Researchat.fm

170. Researnatto

Tue, 04 Mar 2025 22:53:00 +0900

最近飲んでいるコーヒー、中国への渡航、最近の趣味、盆栽、納豆、実験ノートの電子化について話しました。

Shownotes

ep169 … なんとか
Bella Coola … 秘境。二人分の音源はあるから出せなくはない。とても短いけど。
ナイスカットミル
HARIO(ハリオ) コーヒーミル … 手でゴリゴリするやつ
コピ・ルアク … ジャコウネコ
ゲイシャ
HARIO(ハリオ) V60
CHEMEX … ケメックスこんなに高かったか…???
昔のエピソード … コーヒーの話何回かした気がする。
ブルーバックス … この辺り読んでおきましょうや
曙産業軽くて割れないティーポット … 持ち運びも便利で重宝してます。
飲茶のマナー　… ジョジョにあった気がする
365日　… それは言い過ぎ。盛りました。
オキシクリーン
シングルオリジン
インスタントコーヒー … みんな言うことが…
Darwin’s cafe … ありがとう。
Afineur … コピルアクにインスピレーションをうけ、バクテリアによってコーヒーを発酵させるこで新時代のコーヒーを作るスタートアップ。
60. Lab meating (Researchat.fm) … “動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。”
人工ダイヤモンド … デビアスの話は二回している。12. Open Source Cola (researchat.fm) 83. Nice round number (researchat.fm)
薄れゆく天然ダイヤの「永遠の輝き」　人工ダイヤが急速にシェア拡大
2024年10月のchatgptね
出生証明書 … 実は日本の領事館で英語版が取れます（と言うことがわかった)
ビザ会社 … 必要書類とパスポートを送れば、ビザスタンプを代わりにもらってきてくれる会社
notarize/notary … city hallに行って$1
中国ビザ無し渡航 … “11月22日、中国政府は日本に対し、一般旅券保持者のビザ免除措置を適用する旨発表しました。期間は11月30日（北京時間0時）から2025年12月31日（北京時間24時）までで、ビザ免除となる滞在期間は30日以内としています。” ええ、私は12/4から渡航しました…
HKST Guangzhou
深圳 … 写真たくさんある
BYD
Xiaomi
Tesla … 全然走ってなかった
納豆
生納豆 … 生納豆ではなかったっぽい。何か言い方があってそれを調べるとたくさんレシピが出たはず。コンタミの危険が高いから野生納豆はおすすめできない。
そのへんの枯れ草で納豆を作る（デジタルリマスター版） … デイリーポータル
高野秀行 … 高野先生の納豆本おもしろい。
謎のアジア納豆: そして帰ってきた〈日本納豆〉謎のアジア納豆: そして帰ってきた〈日本納豆〉 … 高野先生の著作。おもしろかった。結構いろいろなところで納豆が食べられているのはもやしもんにも書いてあった気がする。
Aya’s Culture Kitchen … ボストン納豆
納豆のタレ … これがなかったら食べられない
researchat.cook
バチラス … 枯草菌。納豆菌は枯草菌の１種。
バチラスのDNA取り込み … すごい。tadasuは学部2年生の時にせっせとバチラスにDNAを食べさせていた。ラボが納豆臭かった。
conjugation … バクテリアの接合
F+, F– …バクテリアの接合型(だよな？)
Craig Venter
Bonsai
高松 … 盆栽
樹齢 … AIがいくら進んでも樹齢は進められないからなぁ…
中国盆栽 … 盆景
盆栽genetics/genomics
物作れるつーことは車組めることだよね … 昔言われた気がする
光学系のzの距離難しい … Egner and Hill
Gilson … ピペットマン。amazonで買えるのか。
釣り　
実験ノート電子化 … 課題
Docker
Conda
Jupyter notebook
Singularity
Weights and Biases
Notion
56. Readable lab notebook … “クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。”
Zettelkasten … ツェッテルカステン/ゼトロカステン
66. Weaving a web of ideas (Researchat.fm) … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。”
Benchling
NeuroRadio … “欧州・米国在住の研究者が神経科学に関して議論するポッドキャスト”
バイオステーションポッドキャスト Biostation Podcast … “バイオステーションポッドキャストは研究やキャリア選択の裏側を可視化することを目指します。”
Pocket Casts
alphafold
eLife
DEI … トランプ政権以降もっと変わってる。
2024/2025年度版 … 2024/2025年版

Editorial Notes

blrblrblr(coela)
2025年、まだ三人全員集合音源ありません！とほほ(tadasu)
blrblrblr(soh)

169. Bella Coola

Mon, 24 Feb 2025 06:06:00 +0900

2024年あたりの話をしました。

Shownotes

玉木さんが予言通り音源飛ばしたので、YouTubeから音源をサルベージしました。なので音質めちゃくちゃですがすいません。PCが飛んだので最後は会話の途中で終わっています。
そのお詫びではないですが、最初の部分をカットせずに出しました。
今回のエピソードは以前YouTubeで配信したものです … フォローよろしくお願いします。
ポッドキャストマナー … とは一体？
社会的地位 … 以前と比べて
google podcast … なくなってしまった
bsky … まだ作ってません
東工大/TiTech … 東京科学大学、Science Tokyo 個人的には東工大の名前がなくなったのはとても悲しい。かっこいい名前だったのに (tadasu)
neuroradio知ってますか？ … そら知ってるでしょ
neuroradioにいじられる … いじってくれてありがとう
SNSに出てる … YouTubeってSNS?
mac mini … 新しいのが出たらしい。
停電 … 街の脆弱性
audio hijack
藤井聡太7冠
サル痘
wbcの音源　… 多分そのうち出る
kindle … キンドル
ナンシー関ベストコラム
mixi2 … この収録の次の日にでた
bsky … researchat作るべき？
Mastodon
Threads
Google+
ChatGPT … ちゃんとリサチャ聞いてない。みんなのコメばかり読んでる。
音圧 … このエピ、全然そろってねぇ…
neuroradio … 最高のポッドキャスト！みんな聞くべき…!!! ポッドキャスト … ポッドキャスト最高！
AI論文 … “Design of highly functional genome editors by modeling the universe of CRISPR-Cas sequences” すごい論文だと思う。
AIにABCにされる … 不適切な言い方。ポッドキャストマナー講師が必要です。
広州香港 … tadasuが行ってきた。
ベラクーラ/Bella Coola … もうちょっと聞きたかった。
次の音源はベラクーラあたりの話からふたっりの音源だけでスタートしてみます。

Editorial Notes

blrblrblr(coela)
2025年もがんばります！(再掲)(tadasu)
blrblrblr(soh)

168. 4 hours podcast

Mon, 17 Feb 2025 05:59:30 +0900

「今年」のポッドキャストの抱負について話しました。

Shownotes

Researchat.fm ep150: fujishimaさんゲスト回
2022年 … だと？？？
2023年の目標 … そんなものは忘れた
Researchat.fm ep122: 如意棒論文紹介回 … 如意棒論文はNature Biotechにでた。
Researchat.fm ep141: 磁力で染色体を動かす論文紹介回 … 磁力で動かす染色体論文はScienceにでた。
Researchat.fm ep143: ヒト細胞の人工クオラムセンシング論文紹介回
Researchat.fm ep123: ゲノム編集のレコーディング論文紹介回 … 2022/01/01に公開したエピソード。最終的には論文は2024年にNatureに出たようだ。こちら
Researchat.fm ep135: リボザイム論文紹介回 … 2023年にNature Communicationsにでた。こちら
一年早い　… 何年遅くなったんだ…
Researchat.fm ep153: Researchat.meetup vol.0
研究者以外の人 … お話しましょう！
アウトリーチ … それでやってみたのが共通テスト
molecular biology of the cell (通称 The Cell) … もちろんみんな読んでるよね?(震え声)
The Cellの読み方 … 私の周りの人はチャプターごとに裁断して読んでいた人が何人かいた。
The Cellの使い方 … The Cellの原著はディスプレイの高さを調整するために、主に用いられます。
Researchat.fm ep72: NEBのカタログを読む回
EcoSal … Ecoli and Salmonella 昔はこれを読み切らんと入れんラボがあったんじゃぁ
教科書読んだ自慢 … 読み切るのはすごい！興奮するのもわかるが、自慢やマウントはほどほどにしような！でも読んだのはすごいぞ！
雑談
#6 SESSION from雑談 … “雑談が発信するポッドキャスト”#from雑談”<最新話配信> 今回のSESSIONでは #Researchatfm (Tadasu / Coela) & Side by Side Radio(#sxsradio) 西園良太さんとの雑談をお届けします。"
#74 SPOTLIGHTS「お薦めポッドキャスト”日本語JoZUです with Mickey and Nelson /よい夜を聴いている / Researchat.fm”を語る60min」Selector:TAKANA … Researchat.fmをとりあげていただきありがとうございます。
これを聞いている高校生
ときど選手 … カプコンカップ全力応援！
Researchat.fm ep53. ロードマップと攻略、学習回 … すごいいい回なので音質なおしたい…
researchatのinstagram
質問 … 送っていただいても答えるのは3年後です。それでもよければよろしくお願いします。
30 episodes … 11 episodesでした。まだでてないやつもある。
いやなんかさー/いや、でも　… 多い(tadasu)
銀魂 … 読んでみたい
4 hours podcast … やるんか？
話したいことリスト　… え？どこにあるの？
Researchat.fm LT … できれば復活させたい。
スパイスカレー　… 一回も作ってない
メチクロさん … ビールあざます！
出し惜しみした企画 … どこにあるの、それ？
一人エピソード … やってない。
Researchat.fm ep136: nakamura guest回 … 蜘蛛糸になぜかくわしい人
ヨーロッパ … え？行ってないぞ！
バンクーバー … まだ行ってない(2025)
YouTubeチャンネル … 登録してください。よろしくおねがいします。
ぷらんちゅプレイ by Researchat.fm … 2022年だと…???
8番出口プレイ by Researchat.fm … クリスマスが…!!!(いつの？？？
2023(再掲)

Editorial Notes

blrblrblr(coela)
2025年もがんばります！(tadasu)
blrblrblr(soh)

167. Knapsack problem

Mon, 10 Feb 2025 04:30:00 +0900

「去年」買ってよかったものについて話し合いました。

Shownotes

2023年 … ええ、2年前です。ちゃんと予言されてました。
3年寝てるやつ…5年寝てます。
ClarityVX … Referral Rewards
「去年」… 2022年
あらBさんの記事 … 最新の編集ソフトを教えてください！
食洗機のいいところ … 適当なこと言ってます。多分、熱湯使える方がでかいかも。　
ファイナルカレー … これなんだろうか？作ってみたい。
ミキサー餅 … 近いレシピがこれ。海外勢には必須のレシピ。
OBDII code scanner … これか？
ボルダリング … 下手くそだが、まだ続いている。あっさいボルダリングとクライミングの話してすいません…結局年パスも買ったし、靴も買ったし、ギアも買ったし。週3-4で行っている時期もあった。今はちょっと気合が低迷している。
Jimmy Chin
Free Solo … どこかのエピソードで話したような
ボルネード … いや、すごい値段だな…
instant pot … こういうの
Ninja … こういう万能調理器具
魔封波 … 魔封波じゃあ！！！
オートクレーブ … 分子細胞生物学実験のおとも
アケコンケース VFケース … ？？？
アルティメットニッパー … ゴッドハンド！
フィギュア魂　姫なんたら … 何???
チャクラエクステンション … 何？
トルクレンチ
ポータブルガスコンロ …　想像してたやつ
ガスコンロ … 多分これ
DAISO … 神
押すと出るマッキー
濡れててもかけるペン
超極細ペン
ポリメラーゼ … 昔はなしたやつ
コーレーグース … 最強の調味料
リュック・ナップサック・バックパック　…. なんでバックパックじゃなくてナップサックって言ってたんだろう…
NIXON … これに近いやつ使ってる。オレンジ。

Editorial Notes

blrblrblr(coela)
二月までに出せてよかった！みなさま、便利な文房具があればおしえてください。何回でも貼れる紙テープこういうの知っている人がいれば聞きたいです。(tadasu)
blrblrblr(soh)

166. Time-wasters

Mon, 01 Jan 2024 10:52:00 +0900

時間泥棒がいるとしか思えない、K-1の思い出、スターバックスはコーヒーを売っているのではない論、熱中感とパチンコ演出と報酬系、献体に関する事件と人骨の売買、ミイラについて話しました。

Shownotes

恋しさとせつなさと心強さと … 懐メロ
異世界おじさん
どるから
K-1
石井館長
Kー1ダイナマイト
まさかの　作者からのツイート
ムサマサ！
アンディ・フグ
ミルコ・クロコップ
ピーター・アーツ
アーネスト・ホースト
ホーリーランド
火中天津甘栗拳
琉球空手上地流
スターバックスは体験を売る … 原典どこ？
163. The College on the Hill … “ボストン周辺の美術館・博物館に行った感想、北斎展、大学とQOLと街とハッピーアワーについて話しました。”
スピードキューブ
ボルダリング
鈴木裕 … スノボとスキー論
バーバラ・マクリントック
Gilson
HHKB
和田先生
馬の鞍 …　くらでした　”アメリカ西部のカウボーイたちは、馬が死ぬと馬はそこに残していくが、どんなに砂漠を歩こうとも、鞍は自分で担いで往く。馬は消耗品であり、鞍は自分の体に馴染んだインタフェースだからだ。 いまやパソコンは消耗品であり、キーボードは大切な、生涯使えるインタフェースであることを忘れてはいけない。”
あぶみ
パチンキフィケーション
H大の問題 … ご自分でご検索ください。
Salem City
Peabody Essex Museum
モース
44. Tabasheer … “1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者(杉浦重剛、小藤文次郎、関谷清景、伊藤篤太郎、南方熊楠)について話しました。”
セイラム魔女裁判
Salemのハロウィン
Kat’s creepy creation … みえなくなっちゃった
TikTok Jons Bones
日本の土葬カルチャー … 日本においてもかなり土葬の文化はあったらしい。
Museum of Science
フィニアスゲージ
ミイラ展 …　柿の種
馬王堆漢墓
人体の不思議展
医学と芸術展

Editorial Notes

(coela)
師走まで飛ばされてました。大晦日。うー日本語めちゃくちゃ…日本語練習します。(tadasu)

165. Spiritual Warrior

Fri, 04 Aug 2023 19:02:00 +0900

ノートと万年筆、ホドロフスキーのDUNE、流・式・発・国産について、パズルとボルダリング、帯状疱疹とurgent care、SF6観戦のすすめについて話しました。

Shownotes

amazonのミーティング
Notion
ピクシブでのNotionのつかいかた
TAIYAKI NYC … なんというあられもない姿
66. Weaving a web of ideas (Researchat.fm) … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。”
Moleskin
ロイヒトトゥルム1917 …Moleskinもこれも値段上がりすぎじゃないか…???
Zettelkasten
新しいデジタルノート術で第二の脳を作ろう　… notionに限らずデジタルノートの扱い方について。zettelkastenについても言及があります。
LAMYのsafari
万年筆のインク　… 皆さんおすすめをおしえてください。
カヴェコ
WATERMANの万年筆 … 高い…!!!
Smith-Waterman algorithm … DNAをアラインメントするアルゴリズム
スタンフォードの人気教授が教える「使える」アイデアを「無限に」生み出す方法 … この激烈に惹かれないタイトル
ホドロフスキーのDUNE
魂の戦士
ロットリング600
北辰一刀流
示現流 … 六三四の剣で日高に憧れたのは私だけではないはず
モンテッソーリー … みんな大好きなやつ。
国産CRISPR
159. Gordian Knot (Researchat.fm) … パズル回
パズルの話半分 … パズルの話を堪能しまくれる最高のポッドキャスト
ダイアゴナル … キョン、フラッギング、ヒールフック、などなどを覚えながら地味にやっている。行っているジムだとV1は大体できるようになって、V2に挑戦中。
Boston Bouldering Project … 最高
帯状疱疹 … みんな気をつけよう。
緊急 … ER, 緊急じゃなくて救急
SF6 … 過去最高傑作との呼び声も高い。
篠原涼子 with t.komuro / 恋しさとせつなさと心強さと 2023
Researchat Dojo
Reject Fight Night
REJECT … ときど選手加入！
Crazy Raccoon Cup Street Fighter 6 … この大会は盛り上がりすぎてやばかったですね。最後のウメハラ選手の締め方も最高でした。
赤見かるび … 正直にいってハマっている。
ずんだもん … 関係ないが、ずんだもんにもはまっている…
Redbull Kumite 2023
背水の逆転劇 … Let’s GO! Justin!
千裂脚 -> 鳳翼扇
3. Here Comes A New Challenger!(Researchat.fm) … “eスポーツ、EVO JAPAN 2019、パキスタン勢とArslan Ash、eスポーツと渡航ビザ問題、格ゲー動画勢の楽しみ方、eスポーツの解説とサイエンスコミュニケーション、ウメハラの攻略法、サムライスピリッツの新作、おすすめのマンガ情報について話しました.”
Arslan Ash
Gamers8 … サウジアラビアで行われる大会
鉄拳はArslan Ash率いるパキスタンの優勝
evo2023
cpt
SFL
東大式小パン
ここから下はcoelaがそのうちに編集します。
モダン入力
クラシック入力
daigo umehara
haitani
sako
fudo
momochi
dogura
go1
nemo
小路KOG … CR cupの後に何かの沼に自ら頭の先まで浸かってしまい、自分の切り抜きを見るという新技まで開発し、もっとも勢いのある格ゲープレイヤーとなっている伝説の人(現在進行形)。twitchの小路さんの視聴者数が最初はバグかとおもうぐらい(失礼)跳ね上がっており、何が起こったのかと思った。
ときどさん
えいたはプロゲーマーになれるか一緒に考えよう … プロゲーマーについて必要なことについてえいた選手にウメハラ選手が語った伝説の回。
種田山頭火

Editorial Notes

(coela)
すいません、メチャクチャすでに試合が行われてしまいました… SF6の盛り上がりやばい。(tadasu)

164. Road to Grand Master

Fri, 04 Aug 2023 18:48:00 +0900

アメリカの花粉とアレルギー、大谷選手を観戦する意義、SFVでグランドマスターに到達、ゲームのオンラインコミュニティー、学習のサイクル・方法について話しました。

Shownotes

アメリカの花粉 … アレグラ飲む人も多い。
ゴムアレルギーとアボカド … ラテックスアレルギー
ニンニクアレルギー … よくわからん。
大谷翔平
吉田正尚 … 私がみに行った時の調子は底だったが、その後好転し、今やボストニアンの希望の星である。
フェンウェイパーク … グリーンモンスターを擁する球場。とりあえず晴れた日にビール飲みながら見る野球は最高である（私が行くと大体雨…)
大谷選手を見る意義 … 自分がエンゼルス、レッドソックスの選手に興味があるとは言っていない。
SFV
sako
格ゲー五神 … ウメハラ、ときど、ヌキ、ハイタニ、sako
EVO JAPAN
ヌキ
ハイタニ
3. Here Comes A New Challenger! (Researchat.fm)
85. Road to Diamond (Researchat.fm) … Road to Diamond
グランドマスター … マジですごい。
メナト
ローズ
F.A.N.G
悠木碧
SF6 … 過去最高傑作との呼び声も高い。
剛健 … “リュウとケンの師匠！”
電刀波動拳
昇竜コマンド … 623+P
モダンタイプ … 革命
マリーザ　… 歴史
赤見かるびさんのマリーザ
ジェイミー
レバーレスアケコン
Fusion360
Researchat.fmのinstagram
Nuckledu
109. Большая победа! (Researchat.fm) … “説明書を読むのが難しい問題、実験プロトコルの記述、ゲームのキャラクターセレクトと実験テーマ選定の類似性について話しました。”
グルグルPDCAを回す … 自分ができるとは言っていない。
男木島
20. Seen/unseen Known/unknown (Researchat.fm) … “瀬戸内海の島々（直島・女木島・男木島・豊島・犬島)、高松市をめぐる旅とアート、建築の魅力についてたっぷり話しました。”
マリオの映画
Your Story

Editorial Notes

(coela)
SF6やってみたい。というかSF6もすぐマスターになっていてcoelaさんすごいじゃん。(tadasu)

163. The College on the Hill

Mon, 29 May 2023 23:42:00 +0900

ボストン周辺の美術館・博物館に行った感想、北斎展、大学とQOLと街とハッピーアワーについて話しました。

Shownotes

5. Natto is soy sauce (researchat.fm) … ボストンでやりたいことをはなしたエピソード
カタール/ジャマダハル
メイス … ドラクエでしかみたことないやつ
30. Battle Aura (Researchat.fm) … 例の武器回
142. Is Aye-aye a monkey? (Researchat.fm) … 研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)
meteoriteとasteroidの違い
瑠璃の宝石
105. Fill the hole (Researchat.fm) … ラピュタ、ポム爺の悲哀の話など
アンモライト
カモノハシ骨格
Moccasin
ホルス
円筒印章
BC, AD … BC25Cとか言われるとマジでわけわからんくなる…
モネ
オランジュリー美術館
タネをまくひと(ミレー)
岩波書店のマーク … 種まく人
アフリカの呪物 … researchat.fmのinstagramもよろしくお願いします。
ンガンガ(Nganga) … “アフリカの伝承のみられる語の中でも広い地域でみられるもの。西部のバコンゴから東部のスワヒリ、南部のズールー（インヤンガ）までバンツー語地域全体にみられる。邪悪な力を制御できる医者、呪医的な伝統的聖職者で、特徴や役割などは多様で、様々な細分化した名称もある。”
北斎展(Hokusai: Inspiration and Influence)
アンディ・ウォーホール
皿屋敷中
ガシャドクロ … 歌川国芳の相馬の古内裏のこと。厳密にはがしゃどくろではない（はず）。
タコの絵 … 例の春画　(タイトルがHokusai:Inspiration and Influenceなのでこの絵の横に会田誠先生の例の絵が飾ってあるんだろうなぁと思っていたのだがそれはなくて残念。)
オディロン・ルドン -『「起源」 Ⅲ. 不恰好なポリープは薄笑いを浮かべた醜い一つ目巨人のように岸辺を漂っていた』
ゴジラSP
卍楼北鵞
卍斎一昇
神奈川沖浪裏 … 正直MFAのこの版画は色が抜けててイマイチに思えた。
三井淳平
ダックボート
ボストン茶会事件 … “その夜、モホーク族の戦士の仮装をした者も含めて30人から130人の集団は港に停泊中の3隻の船に侵入し、3時間で、その積荷である342箱の茶葉をすべて海に投棄した。茶葉340箱分の重量は9万2000パウンド(およそ46トン)以上あった。東インド会社の報告では、被害額は9659ポンド（現在の価値で170万ドル相当）とされている”
フリーダムトレイル
ボストン虐殺事件
つくば市とケンブリッジ市 … 姉妹都市
NAIST
OIST
つくばのロケット
柏レイソル　柏キャンパス … 実際どうなん？
札幌スタジアムと北大 … 結構近いよね？
ICU　… 行ってみたい。
早稲田 … 都の西北
お茶の水 … 街がいいらしい。昔は楽器屋がたくさんあったイメージ
金沢大学 … 金沢大好き
京都大学 …
阪大　吹田キャンパス … 歩くのが大変だった…
QOLが高い大学選手権 … 皆さんおしえてください。
ターキー
スタンフォード　(1891年創立)
Caltech (1891年創立)
MIT (1861年創立)
慶應義塾大学(1858創立) … MITと大体同じぐらいか
遺伝研　… 坂下とかそういう名前のバス停が手前にあるところは怪しい。坂があるだけで今日はちょっと行くのやだなーってなる、よね？
金沢大学の坂
広大の朝食 …　学生だけへの提供。でもとりあえず普通でも安い。
Q … tadasuの行っていたお好み焼き屋。熱々の鉄板と一緒に出てきてビビった。
T大のハッピーアワー

Editorial Notes

(coela)
結局この後も駄弁っててビール飲みに行かずに終わった…(tadasu)

162. A lab doormat

Mon, 03 Apr 2023 04:52:00 +0900

ゲストにAyaneさんを迎え、サイエンスコミックライター、生命科学系ラボあるある、VTuberとしての活動、これからの展開について話し合いました。

Shownotes

Ayaneさん Twitterアカウント@yuruyuru777
AyaneさんのInstagram
AyaneさんのYouTube
Ayaneさんの公式お仕事情報
バイオ系テクニシャンの独り言まとめ
バイオ系テクニシャンの独り言まとめ2
AyaneさんのBooth
サイエンスコミックライター … Sicenceをテーマに描く漫画家としてAyaneが作った造語 (自分を示すための職業を作るのが大事って偉い人が言ってた tadasu)
VTuber … アバターと通してYouTubeで発信活動を行うバーチャルYouTuberのこと。
RPNP … リスパンネコパンデミック
ラジオリスパンネコラジオ…「FMかほく」にて毎週水曜日「リスパンネコラジオ」放送中！
ポッドキャストリスパンネコラジオ … リスパンネコラジオ、AnchorとSpotifyにアーカイブがあります。
researchatLT vol1 … 最高のイベント。今後のイベントのためにもResearchatのYouTube登録お願いします！
researchatLT vol2 … 今年はvol3やろうな…
ウーパールーパーのゲノムサイズ … もっと大きいの読まれたよ！
ウーロンの背表紙 … ヤジロベーだったわ… 悟空も二回でてくるよね。42巻だけ分厚くて好きだった。
深夜冷蔵庫うぉんうぉん
深夜まで実験
妖怪bufferミリ残し … チップとかディッシュとかもあるあるだよね。
ラボの引っ越しを超えた猛者
発注しないやーつ
ナノドロップとUSB
チューブの霊圧…
チャッキー … child playのガキ
小さき人
ピノコ … ピノコのステッカーが欲しくて欲しくて探していた時期があった
昔PCRオイルというものがあった … ep46で話しました。
五年雇い止め問題…無期雇用に転換などレスキューされる場合も増えてきたが、レスキューされない事例もやはり多い
マウス一万匹の猛者
アガロースゲルをつきやぶる
ところてんじゃなくてこんにゃく … いややっぱりところてん？
手技がサチる … ep159で話しました。
ギルソン … ピペットマンや！
ピペット腱鞘炎の予防にゲームコントローラーを導入
やかんで培地をつくる
ワトソン様のアンバサダー
日本ジェネティクス様
好きな実験機器を聞く … 何に書いてたんでしたっけ…
カタログを読む … ep72で話しました。またやりたいなぁ
実験医学の怖い話　… 実験医学さんが出している本、どれだっけ…すいません…
ラボ百景　… まじでこの企画楽しみ！
バイオマーフィー … Ayaneが2022年にだした同人誌。バイオ系実験・研究あるあるをマーフィーの法則風に漫画でまとめた。TadasuさんとのTwitterでのやりとりが執筆の発端。
バイオマーフィー … 色々な事例を集めていけば必読本になる予感（ラボでの危険行動予測もかねて)
バイオマーフィー
バイオマーフィー2
マーフィーの法則 … “「失敗する余地があるなら、失敗する」「落としたトーストがバターを塗った面を下にして着地する確率は、カーペットの値段に比例する」をはじめとする、先達の経験から生じた数々のユーモラスでしかも哀愁に富む経験則をまとめたものである”
ヘテロは甘え
ジェネ研の人々 …日本ジェネティクス株式会社様の季刊カタログ「UP！」にて「ジェネ研の人々」を連載中
らのぼのーと！ …サイエンス学びラボ様にてサイエンス＆ラボライフ漫画「らぼのーと！」を連載中！
#ポ絵かき
研究室紹介漫画…中央大学高瀬研究室の研究室紹介漫画を担当
動物のお医者さん
clip stadio …イラスト、漫画制作ソフト。愛用。
リサちゃん
リサちゃん2
リサちゃん3
WACOM … 何の話だっけ… (WACOMの話はペンタブの話だと思います！ by Ayaneさん)
156. Plants as new media (Researchat.fm) … 植物回塊根植物の栽培とDIY温室、家庭菜園と害獣、クラシックなInstagramの使い方について話しました。”
実験医学オピニオン … 第134回　サイエンスの裾野から漫画で叫ぶ (Ayaneさん回)
実験医学オピニオン … 第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力 (soh回)
ポッドキャストアワード
まいんさん … まいん先生のゲスト回 ep157
YouTube登録してください
今年はゲスト… 2022年のことです。
FMかほく …　水曜日に放送中ネットで聞ける
サイエンスアゴラ隣り合う未来〜市民と科学者の垣根を超えて〜
researchat.book vol.1 … まぼろしの本。もっている人は超レアだよ！
OL進化論
瑠璃の宝石
デュエルイベント … ep154などを参照
デュエリスト … 随時募集中

Editorial Notes

インフルエンザで39度の熱を出して朦朧としながら初めて聞いたResearchatに出演できたのが、熱に浮かされた夢のようで本当に嬉しかったです！また次のデュエルを楽しみにしてますー！(ayane)
ayaneさんありがとうございます！！動物のお医者さんはぜひみんな読んでほしい。瑠璃の宝石めっちゃ面白い(coela)
公開が遅れてすいませんでした！あまりにも楽しい話ができてよかったです。そしてクリエイターとしても勉強になりました。次回のデュエルに期待！(tadasu)

161. Cell Transformation (CX)

Tue, 21 Mar 2023 05:10:00 +0900

ChatGPTの使い方、研究者の異名・二つ名クイズ、細胞農業にかわるキラキラネームについて話し合いました。

Shownotes

ChatGPT … 今回の話はGPT4が出る前の話です。どれぐらい変わったのだろうか。
Grammarly
ChatGPTによるレビュー … 話の元になったツイートは、実際に使ってレビューしたのか、つかってみようという趣旨だったのか忘れました。私は使っていません。
AIによるレビュー … ただ最近はレビューワー不足も如実ですので、人2+AI1ぐらいの補助レビューワーとして導入されていく例は増えていくと予想します。
nature, scienceによるChatGPTによる規約 … 流れていった… どこかに書いてある。
ChatGPTはMBAの入試問題が解けるか
ChatGPTは存在しない論文を出してくる
中国語の部屋
AlphaFold … なんとかFoldはもうちょっと抑えたい。そしていいネーミングだよね。
研究者の異名・二つ名 … 面白いものがあればぜひ教えてください。
44. Tabasheer (Researchat.fm) … “1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者(杉浦重剛、小藤文次郎、関谷清景、伊藤篤太郎、南方熊楠)について話しました。”
60. Lab meating (Researchat.fm) … “動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。”
細胞農業 … 細胞農業をプッシュされている皆様、乱暴な言葉遣いをしてしまい、申し訳ありませんでした。なお官僚の方々がこの言葉を推しているという論拠はございません。大変申し訳ございません。ただ、かっこいい名前がいいなぁ、とおもっただけ、それだけなんです。
cellular agriculture
in vitro … 試験管で、、みたいな意味
meatX
alpha meat
細胞SDGs … 結構好き
バイオSDGs … これも好き
Meat-DX … 何がないやら。以下羅列。
DX … Digital Transformation 誰がつけたか知らないがぶっ飛びすぎてる。英語圏でもつかわれているっぽい。
BX … Bio Transformation / Biological Transformation
CX … Cell Transformation / Cellular Transformation
AX … Agriculture Transformation / Agicultural Transformation
Ex … Energy Transformation / Energetic Transformation
Fx … Foreign Exchange
Systems Biology … 北野先生が提唱したのかと思っていたけれどもどうなんでしょうか（もちろん概念的には昔からあったとは思いますが)
Mx … Meat Experience
トランスフォーメーション … 形質転換じゃないか… CXは紛らわしいかな？笑
Omega Meat … もうなんでもあり
New (µ) Meat

Editorial Notes

GPT-4試したい (soh)
ChatGPT超便利ですね！！カスタマーエクスペリエンス(CX）さんには申し訳ない。(coela)
CXは正直強すぎる。meat plantsとかもちょっと考えた。言葉遣いを綺麗にしていく！(tadasu)

160. 600 tabs in your mobile web browser

Tue, 21 Mar 2023 05:02:00 +0900

ポッドキャストを初めてからの4年間、現在のモチベーション、ポッドキャストのセルフリメイク、ポッドキャん想文、飽き性について話しました。

Shownotes

ポッドキャん想文を書いてくださった方は以下のフォームに投稿していただけると助かります(リンクが見えない方はResearchat.fmのサイトのforrmからご投稿ください)。もしくはresearchatのメールアドレス宛でも構いません。
Researchat.fmへのお便りフォーム
iTunesU … 昔あった古のプラットフォーム。MITの授業やUri Alonの授業をみていた記憶。
video podcast … おそらく歴史はふるい。
新宿ロフトプラスワン …　トークライブの聖地
キャパシティは椅子・テーブル設置時150人、椅子のみ設置時200人、オールスタンディングで300人。
1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm) … “tadasu、soh、coelaの3人でアメリカで見つかった珍しいザリガニ、染色体数や生物個体のサイズ、ハッカソン、強迫的ホーディングと片付け、ドラゴンボール、la la landなどについて話しました。”
ポッドキャストのリメイク … 流行るか？（むり
ディスカッソン(discuthon) … 名前だけです。
4年間を圧縮すれば30min … もちろん、ゲスト回はのぞきます。
ボルダリング … 楽しい。というかなぜボルダリングにハマっているかはそのうちすでに収録済みの音源が出るはず…
雷獣 … かしこい人たちの話を聞く番組。”灘中・灘高の卒業生4人でやってます。(ベテランち・かべ・今井チャンネル・永遠)”
雷獣 w/ 令和ロマン
【morgenコラボ】第一回•雷獣たばこ感想文コンクール✏️ … 感想文回。すごいよかった。
【神童】かべ、灘中合格への軌跡を全て語ります【英才教育】　… 雷獣メンバーかべさんの中学受験紀。親御さんの教育法が興味深かった、と同時に中学受験エグすぎるやろ…って思いました。ベテランちさんのやつももちろんよかった。
しがない数学徒 … 雷獣をみていこうよくわからないチャンネルが進められるのですが、しがない数学徒さんがおもしろかった。数学の勉強法や大学数学、雑談、自分語りまで、ちょうどよくて私は好きです（オラオラ感がなくすっきりみられる）。
#ポッドキャん想文 … どしどしよろしくお願いします。
researchat.book … まぼろしの作品。出なすぎて0g.さんの同人誌ポ画ZINEに寄稿しました。
ガイアの夜明け
限りなく透明に近いブルー
半島を出よ
五分後の世界

Editorial Notes

fugafugafuga(soh)
hogehogehoge(coela)
ボルダリング、お笑い、ヒップホップ、研究、ゆっくりの動画レコメンドが基本。聴き直すと最近日本語が汚くなっていて問題…不快に思われた方は申し訳ないです。ちょっとずつ修正していきます。 (tadasu)

159. Gordian Knot

Fri, 24 Feb 2023 06:04:00 +0900

パキポディウムの育て方、実験の手技のサチり具合、手の器用さと改善する方法、T字パズルとあるなしクイズ、アナグラムの作り方、知恵の輪、ゲームの必勝法について話しました。

Shownotes

パキポディウム(パキポ) … coelaさんが言っていたのはグラキリウス
156. Plants as new media (Researchat.fm) … “塊根植物の栽培とDIY温室、家庭菜園と害獣、クラシックなInstagramの使い方について話しました。”
Researchatのインスタ … Researchatfmのインスタグラム、フォローよろしくお願いします。
Agave(竜舌蘭)
サボテン
BRUTUS(ブルータス) 2019年7/15号No.896[新・珍奇植物] … 多肉植物の特集。これをボケーと見ながらなんか欲しいなと思っていた(tadasu)
氷で作られた顕微鏡 … Researchatfmのツイッターもフォローよろしくお願いします。
142. Is Aye-aye a monkey? (Researchatfm) … 博物館に行った後の収録回 “研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)”
食虫植物
某ゲストの方の音源 … 音源はできました！
手技がサチる … 手技ってなに？technique?
減らないように練習 … 同じやつを何回もというよりは同じテクニックをとりあえず色々なサンプルでどんどんやるという感じでした。いい練習だった、気がする。
69. Pro tips for tips (Researchatfm) … pipettingについて話しています。”kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。”
実験リカバリー … dessanも興味があるって言ってた気がする。
斜めになってるチューブ立て … どれ？
やかんで培地をつくる
人馬一体　
攻殻機動隊 S.A.C 2nd GIG … 見てないやつおらんよな？ん？
Hideo Kuze (久世) … イケメソ。
草迷宮 affection … せっかちなのねぇ
片手でおり鶴　… 久世がやっていたやつ。素子も義体になれるためにやっていた気がしたけどどうなんだっけ？片手ではないか。みんな憧れて練習したよね？
MAJORの夢島 … MAJORの中で最高潮におもしろい。
一円玉の上に一円玉　たぬ … あこがれのたぬ先生。いみわっかんねーーー！すごすぎる。
一円玉の上に一円玉 by researchat … 2枚はすぐできる。再現性ある。
10. The endgame keyboard (Researchat.fm) … 自作キーボードの話 “記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。”
小指と薬指をゴムで巻く … 中指薬指もやってた
烈海王 … 説明の必要なし
Alex Myers選手のアケコン
格ゲー研究室出張編！謎のコントローラー「Ergobox（ErgoArcade）」の使い手Alex Myers選手を直撃！【海外インタビューシリーズ】 … アレマイ選手のアケコン解説
カプコンカップ2022
ウメハラさんがちょうどレバーレスコントローラーを使い始めたのがep10あたり
のりりん
ぼくらの
なるたる … 友人がおすすめしてきたのだが、その友人の趣味を考えれば…!!!だった。
エルフェンリート … ノノノノのファンだったからこれ読んじゃったのよ… 冨樫先生が勧めていたところで気づくべきだった。
M-1
笑い飯 … 笑い飯はもちろん2010のチャンピオンですが、それ以前から売れていたということです。
奈良民族歴史博物館 … あの人形展示見に行きたい。
ウエストランド … ウエストランドといえばぶちラジ。ポッドキャスト配信歴も長い。
あるなしクイズ … 昔から形式としてはある。
芦ヶ原伸之 … 本当にどのようにして数々のパズルを創作していたのか気になる。
マジカル頭脳パワー
知恵の輪 … 誰が命名したのだろう…
キャストパズル
多湖輝 … 頭の体操の作者
頭の体操 … 頭の体操を通ってしまったせいで考え方がある意味あれになってしまった… 副作用が強い本。
The T (T字パズル) … 小学生の時は全くできなかったが、中学生3年生になったらできるようになってた。とりあえずTを作ればそこからの変形でほぼ作れる。
超々難問数理パズル―解けるものなら解いてごらん (ブルーバックス) … 芦ヶ原伸之先生のブルーバックス本。記憶違いしているかもしれない。
芦ヶ原伸之先生のパズルの例
５円玉　木の矢
コカコーラと木の矢 … 5円玉バージョンもある。
ハンターハンター　オークション編 … 大好き
小町算
good dance … dodecagon のアナグラム
researchatfmのアナグラム
- Free Mac Trash
- Cheaters Farm
- Teachers Farm
- AR Chef Master
Puzzles Old and New: How to Make and Solve Them
千年パズル … 遊戯王のあれ。
ビンの中でナットを締める　探偵ナイトスクープ … これのオリジナル放送またみたい。
ゴルディアスの結び目
轅 … ながえ。読めなくない？
もやいむすび
ひとひねり
ガチャガチャの森
Homraku 木製バランスゲームボードゲーム立体パズル石の形ブロック積み木 … バランス石積みゲーム。tadasuがやったのがこれなのかはわからないがとりあえずこれ系はめちゃ面白い。
スピードキューブ … かしゃかしゃが気持ちいいルービックキューブ
ルービックキューブの論文 … 探していない。どこかにある。
tik tac toh
numbersの必勝法 … microsoftの入社問題（といわれていたもの）に似たような（形は全く違う）ものがあったので非常に印象に残っている。
指導教官の学生時代の自由研究　… 彼が行ったパズルの研究の話は非常に興味深く、研究論に通ずるところがあるので今度もしゲストに来ていただくことがあれば話をお聞きしたい。というか、今回パズルネタだったのでもう少し話せばよかった…orz
ルービックキューブの早ときのnetflix … 意味がわからん。どうなってるの？
宮本哲也
宮本算数教室の教材-賢くなるパズル―入門編-宮本-哲也 … 自分がやったのはもう10年近く前なのでどれかわからない… アメリカではKenKenと呼ばれている。
Are KenKen Puzzles the Future of Logic-Based Games? (The New Yorker Documentary) … 宮本先生のドキュメンタリー。New York TimesじゃなくてThe New Yorkerだった。
影廊 -Shadow Corridor-　な気がするけれども違うかも
Larry Nichols … 2x2x2のルービックキューブをルービックよりも先に作っていた人。
目玉の体操 … 3D迷路の本

Editorial Notes

良い実験のノウハウがあったら教えて下さい！(coela)
DNAパズルつくりたい。おもしろいアナグラムできたら教えてください。(tadasu)

158. A gradient of difficulty

Mon, 06 Feb 2023 05:40:00 +0900

ゲストにまいんさんを迎え、共通テスト生物(2023)を解いてみての感想と解説、そしてどのような力が問われているのかについて議論しました。

Shownotes

157. Litmus milk (Researchat.fm) … “ゲストにまいんさんを迎え、共通テストの特徴、共通テスト生物基礎(2023)を解いてみての感想と解説、そしてどのような力が問われているのかについて議論しました。”
まいんさん
2023年度大学入学共通テスト生物基礎
2023年度大学入学共通テスト生物
2023年度大学入学共通テスト追試
あいまいまいんの生物学 … まいん先生のブログ
2023年度大学入試共通テスト　生物基礎　所感 (あいまいまいんの生物学) … まいん先生による生物基礎解説
ぷらんちゅ … “植物を同定して進める恋愛ゲームです!” 是非プレイしてください。
ぷらんちゅの配信 by Researchat.fm … “分子生物学者がプレイする「植物同定恋愛ゲームぷらんちゅ」ぷらんちゅの作成者のまいんさんをお呼びし、ポッドキャスト番組Researchat.fmのメンバーで実況プレイしました。” YouTubeフォローしてください…
中間集計（最高得点に関する話)
得点調整について
オペロン
ジャコブとモノー … オペロン説の提唱により、1965年のノーベル生理学・医学賞を共同受賞
A Genetic Switch … 転写制御の第一人者であるMark Ptashneが書いた本。1st Editionが良いと聞く。結構薄くて大学で初めてちゃんと読み切った洋書。
ラクトースオペロン
アラビノースオペロン
RNA polymerase II …　「真核生物」で一般的な転写に用いられているRNA polymerase。他にもIとIIIがある。原核生物では一個しかないのでそもそも数に反応してしまった私が悪い…すぐ真核で考えちゃう…
細胞核
overexpression … 過剰に発現
シャジクモ
二次共生
マトリョーシカ …　関係ないけれどもマトリョーシカの起源が日本にある問題って本当なの？ “19世紀末、神奈川県箱根町にあったロシア正教会の避暑館にやってきたロシア人修道士が、本国への土産に持ち帰った箱根細工の七福神の入れ子人形がマトリョーシカの元になったという説。”
葉緑体から描ける系統樹と核ゲノムから描く系統樹の違い … Suisetzさんから拝借させていただきました。
盗タンパク質
Manabu Bessho-Uehara先生 … すいません！BeppuではなくBesshoさんです…
さすがにミトコンドリアと真核生物の系統を見るに、シアノバクテリアが共生して葉緑体になる段階では真核細胞になっていたというべきか… ただそのプロセスは結構気になる。ミトコンドリアと葉緑体間におけるgene transferとかも起こっているのかな？（学生の時に調べた気はする….（要調査)
とにかく、現存の真核細胞の祖先は一つであり、そこにはミトコンドリアがあったはずであることは、強調しておく必要がある（と主張してもいいよね？)
LECA … LECA(The last eukaryotic common ancestor)の議論… ちょっと全然追えてないです…
LECAとFECA … 元気な時にでも読みます…
eukaryote = archea + bacteria説もまだ一説(だよね？)（要調査)
Garg and Martin. GBE (2016) … “Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor” tadasuが最近面白いと思っているmitosis, meiosis, mitchondria, sexの進化についての考察。meiosisはmitosisよりも起源が古いのか。mitochondriaはmeiosis, sexの誕生に必要なのか、それともvice versa。
接合 … eukaryoteだとmating, bacteriaだとbacterrial conjugationかな。アーキアはわからん…（要調査)
アーキアだとcell fusionしてrecombinationする例はあるらしいが、どのくらいまでやるの？？？もちろんRecAホモログはあるわけだが、染色体全体での相同組換えはしないよね？（要調査)
sex … 基本的には配偶子がfusion(mating)して相同染色体間組換えを行うシステムを持つことをsexと言っていいようだが、もう少し調べていく必要がある。（要調査)
a/alphaは酵母とかの真核生物で使われる。バクテリアだとF+, F-とかのイメージだが他にも色々あるのだろうか。
Meselsonの動画 … 最高の動画。Meselson and Stahlの実験から、mRNA、制限酵素の発見、そして政治の話まで幅広いインタビュー。インタビューをしているのは上で書いたGenetic Switchの著者であるMark Ptashne。現在は性やgene conversionについて興味あるっていってます。
Laine, Sackton, Meselson. Genetics (2022) … “Genomic signature of sexual reproduction in the bdelloid rotifer Macrotrachella quadricornifera” Meselsonの最新論文。Bdelloid rotifers（ヒルガタワムシの仲間)は長年無性であると考えられてきたがどのようにしてその種を保ち続けているのか。
赤の女王仮説
Muller’s rachet … マラーだね。
ノドジロオマキザル … Cebus capucinus, 新世界ザル
X inactivation
48. XXXXXYYYYY(Researchat.fm) … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。”
遺伝子重複 … 遺伝子重複自体はかなり古くからアイデアがあったらしいがOhno (1970)で有名になった、とのことらしい。（要調査)
犬と色覚 … モノクロではなく二色？
遺伝子座
対立遺伝子
gene drive
遺伝的浮動(genetic drift)
嗅球
ROS
アクチン
母性・父性遺伝 … ミトコンドリアの母性遺伝を思い浮かべるんだけれども今回のような母性因子の遺伝に関してはちょっと枠組みが違うかも。
多湖輝 … リサチャリスナーなら必読の頭の体操の筆者。頭の体操の中で作者が試験官をしたテストを読みだけで解いていく話が掲載されている。受験テクニックではない笑
頭の体操 … え？読んだことない？今すぐ読みなさい。
プルテウス幼生
解いた時のテクスチャ … 何？？？？笑
大学入試数学　不朽の名問１００　大人のための“数学腕試し” (ブルーバックス) … 鈴木貫太郎先生のブルーバックスの本。円周率のあれとかああいうのが載ってる本。1/3ぐらいは解いた(T)。楽しい問題が多い。
ピーター・フランクルの中学生でも分かる大学生にも解けない数学問題集 … ピーターフランクル先生の本。一問目が中学生の時に解けず、いまだに一問目でスタックしております（15年以上経過)。昔の本は平太通信みたいなのが載っていて、そこに載っていた生物学者になったけれども早逝された研究者の方の話が記憶に残っている。なお問題はまだ解けないし、なんなら本はボストンに持ってきている。なお解けない(T)。
数学オリンピック問題にみる現代数学 … これの生物オリンピック版頼む！素数が無限にあることを証明せよ、みたいな問題だけ覚えている。
生物新・考える問題100選 (駿台受験シリーズ) … 新じゃないやつを解いていた記憶
まいん先生とたどる伝説の大学入試問題100選、まいん先生とたどる生物オリンピックにみる現代分子細胞生物学、出版希望
むしろ海外大学入試の伝説の一問とかみたい。北京大学2023とか。

Editorial Notes

2日連続で共通テストのアツい気持ちをtadasuさんとシェアできて楽しかったです！もし皆さんのイチオシシビれ問題があればぜひ教えてください。お待ちしております。(まいん)
頭パンパンでした。後半の疲れっぷりがひどい！体力つけなければ…まいん先生、ありがとうございました。あと、さっといろいろと疑問を振られた際あまりうまく答えられなかったので特に進化周りやsex周りは自分の中でちゃんともう一度組み立てておく必要があるなと感じました。アーキア周りも全然わからん。あやふやになっているままのところが非常によくわかったのでそう言う意味ではいい問題だなと思いました。シンプルゆえに強い。まいん先生の問題集きぼんぬ。ああ、そういえばあゆのモノマネするの忘れてた。(tadasu)

157. Litmus milk

Sat, 21 Jan 2023 21:40:00 +0900

ゲストにまいんさんを迎え、共通テストの特徴、共通テスト生物基礎(2023)を解いてみての感想と解説、そしてどのような力が問われているのかについて議論しました。

Shownotes

まいんさん
2023年度大学入学共通テスト生物基礎
2023年度大学入学共通テスト生物
共通テストの目的（声明？)
あいまいまいんの生物学 … まいん先生のブログ
2023年度大学入試共通テスト　生物基礎　所感 (あいまいまいんの生物学) … まいん先生による生物基礎解説
ぷらんちゅ … “植物を同定して進める恋愛ゲームです!” 是非プレイしてください。
ぷらんちゅの配信 by Researchat.fm … “分子生物学者がプレイする「植物同定恋愛ゲームぷらんちゅ」ぷらんちゅの作成者のまいんさんをお呼びし、ポッドキャスト番組Researchat.fmのメンバーで実況プレイしました。” YouTubeフォローしてください…
共通一次、センター試験 … 昭和・平成を感じる (T)
令和５年度大学入学者選抜に係る大学入学共通テスト出題教科・科目の出題方法等及び問題作成方針
共通テストの役割
大学入学共通テスト実施方針策定に当たっての考え方
大学入学共通テスト：実施の趣旨 - 文部科学省
Molecular Biology of the Cell … 通称Cell。買っても持て余すか、ディスプレーの高さ調整台になるか、ダンベルになるか、鈍器になるか、君の血肉になるかは君次第(T)
Essential Cell Biology … 上記の本を薄くしたやつ。それでもきっつい… (T)
以下ネタバレ注意
真核生物
原核生物
マーギュリスの細胞内共生説 … 最初に勉強した時、ちびるぐらい感動したよね… (T)
ミトコンドリア … もう名前がかっこええんよ(T)
葉緑体
代謝経路 … 高校生の時に解糖系とTCA回路は覚えた記憶
卵
坐骨神経
呼吸 … やっぱりあの漫画が流行ったし、みんな呼吸について深く考えたよな？っていう出題なのかな…(T)
シアノバクテリア
パラサイトイブ … これ読んだらミトコンドリアにワクワクすること必至(T)
ミトコンドリアや葉緑体の一部の遺伝子が核内ゲノムに移行している（移行中）なのを知った時はちびったよね。マジで感動した (T)。
遺伝子 … DNAとゲノム、遺伝子、染色体の違いを説明せよ(R5 researchat.fm)みたいなのはまとめておくと便利。
G1, S, G2, M … 覚えていくしかない…
間期 (interphase), 分裂期 (mitosis)
meiosis … 減数分裂　真核生物のロマン(T)
生物I・II … 平成
生物基礎・生物に変わったのは平成24年～26年くらい？らしいです（指導要領上では24）
コオロギとキリギリスの見極め方　… 働き者じゃないのがキリギリス (T)
ヌクレオソーム
30nmクロマチン線維は存在しない！
クロマチン
酢酸カーミン
減数分裂 … ワクワクするな！(T)
二倍体 … 倍数性の変化をしっかり理解していこう。(T)
半保存的複製
Meselson・Stahlの実験
MeselsonとStahlのインタビュー動画 … もう好きすぎて何十回かはみた。本当に良い(T)。
3G bp x 2 = 6G bp
フローサイトメトリー … あの細胞のラベルわけの図はよくみる。
EdUでラベルしよう
ユークロマチンとヘテロクロマチン … 転写が活性化している部位とそうではない部位。ユークロマチンから複製が始まるといわれているため、DNA標識する物質を入れるタイミングをかえることで染め分けられる。言い忘れましたが、短時間で標識するっていう文言も大事でしたね。(T)
single replication origin … 何て言ったか忘れたのですがシングルなのはバクテリアで、アーキアは複数のはず…
細胞を同調させてイメージングする実験でひたすら起きていた日のことや午前二時に自転車で爆走してラボに来た日のことを思い出しまして涙出ました(e.g., Nozaki et al., 2017 Figure 5AB)
リトマスミルク
リトマスゴケ … え、リトマスってここから来てるの？(T)
NK細胞
弱酸性ビオレ
免疫系
T細胞
B細胞
はたらく細胞 … 見たことないのであまり知らない(T)
窒素循環 … これからは窒素循環を感じていく。
草じゃなくて葉っぱ(T)
以下、なんとなくtadasuが大学生(高校生)で読んだ本シリーズ
生物進化を考える … 高校生の時に生物IIで読んだ木村資生先生の名前と中立説というのが気になって借りて読んだ本。進化のロマンを感じた。
大いなる仮説 … 大野乾先生のこと知って大学で借りて読んだ本。
進化する階層―生命の発生から言語の誕生まで … 大学生の時に読んだジョンメイナードスミスの本。他の本は数式だらけでわけわかめだったがこの本は読みやすくて色々考えた気がする（違ってたらすいません)
進化の特異事象 … 大学生の時に読んだChristian deDuveの名著。進化について考える時にはこの本を読むとかなりガイドになると思う。高校生でも読める、とおもう。
ワンダフルライフ … グールドの本。古生物学にかなり興味が湧いた。
A Genetic Switch … 転写制御の第一人者であるMark Ptashneが書いた本。1st Editionが良いと聞く。結構薄くて大学で初めてちゃんと読み切った洋書。
利己的な遺伝子 … ドーキンスの本。周りのみんなは結構読んでいたが実は大学院生ぐらいまで読んでいなかったのだった…
Garg and Martin. GBE (2016) … “Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor” tadasuが最近面白いと思っているmitosis, meiosis, mitchondria, sexの進化についての考察。meiosisはmitosisよりも起源が古いのか。mitochondriaはmeiosis, sexの誕生に必要なのか、それともvice versa。

Editorial Notes

Researchatに出してもらうなんて光栄すぎて改めて感謝です。ただの趣味で問題解いてる人間なので間違った説明などしてたらごめんなさい。共通テストは楽しいぞ！！！(まいん)
高校生マジですごい。自分が高校生だった時だったら絶対に解けないです。受験生のみなさん勉強がんばって！問題見ながら話すの以上につかれました…後半ガス欠。まいん先生ありがとう！(tadasu)

156. Plants as new media

Mon, 16 Jan 2023 21:45:00 +0900

塊根植物の栽培とDIY温室、家庭菜園と害獣、クラシックなInstagramの使い方について話しました。

Shownotes

コーデックス … 塊根植物とも。名前の通り根っこや幹が膨らんでる。みためがかわいい
GORE-TEX
塊根(かいこん)植物･コーデックスとは？特徴や育て方･代表的な種類も紹介します
アデニウム … 学名：Adenium, その他の名前：砂漠のバラ科名 / 属名：キョウチクトウ科 / アデニウム属
メガニウム … チコリータの最終進化系。ポケモン第二世代で登場。
ガジュマル
貧者の薔薇(ミニチュアローズ) … 人間の底すらない悪意(進化)を！！
ぷらんちゅ … “植物を同定して進める恋愛ゲームです!” 是非プレイしてください。
ぷらんちゅの配信 by Researchat.fm … “分子生物学者がプレイする「植物同定恋愛ゲームぷらんちゅ」ぷらんちゅの作成者のまいんさんをお呼びし、ポッドキャスト番組Researchat.fmのメンバーで実況プレイしました。”
レッドリスト
ワシントン条約
オペルプリカリア　パキプス　… コーデックスの一種
コーデックスの種 … いくつか買って種から育ててみた。なお収録中に言及した、実生が実際にレッドリストに登録されている植物に与える影響はcoelaの独自見解です。
DIY温室 … こちら(https://mkskblog.com/caudex-onsitu/)のサイトなどを参考に作成してみました
SwitchBot　温湿度計
ドラセナドラコ … 樹液が赤いことから竜血樹とも呼ばれる。いちいち名前がかっこいい。
マンドラゴラ(マンドレイク)
コミフォラカタフ … これに関しては正直ノリで種を買ってみたのでどんな植物か正直良くわかってない（coela)
researchatのインスタグラム
ユーフォルビアステラータ … 和名(でいいのか？園芸名?）だと飛龍
リオレウス … モンハンの代表的モンスター
ユーフォルピアイネリウス … 和名（？）だと九頭龍
竜舌蘭 … アガベ
ディオスコレアエレファンティペス … 和名だと亀甲竜
チューリングパターン
近藤滋
フィボナッチ数列
ガンダムのヒロインとトマト … ガンダムTVシリーズ最新作「水星の魔女」のヒロインがトマト育ててます（参考）
フェノール入り -> フェノールフタレイン
ツイン・ピークス … みんなコーヒー、ドーナッツ、ダイナーにあこがれたよな？
Instagram (Wikipedia) … インスタグラムは2010/10/06らしいので本当に多分石黒は古参とのことですが、確認したら最初のラーメン画像の投稿は、2011年3月21日でした。インスタの日本語サービスが2014年に始まる随分と前ですね。この頃はインスタ映えみたいな感じじゃなかったな。
yorufukuro
中吊り広告 … old media
根津のたい焼き屋
CPAN

Editorial Notes

かつて無いほどにアライグマが嫌いになりました (soh)
いつまで続くか正直謎ですが、インスタグラムアカウントもよろしくおねがいします！！(coela)
植物に覆われていく…！(tadasu)

155. Theory of Meetup

Mon, 09 Jan 2023 04:40:00 +0900

Researchat.meetup vol.0の感想とポッドキャストオフ会について話し合いました。

Shownotes

153. Researchat.meetup vol.0 (Researchat.fm)
Side by Side Radio … “Side by Side Radioは、元プロロード選手の西薗良太 (Ryota Nishizono) がサイクリング全般のことから、サイクリングに関係がないことまで、お話するPodcastです。中でもロードレースやシクロクロス、スポーツサイエンスのことが多いです。”
研エン x sxsradio @ 2022 researchat meetup vol. 0 … “2022年12月に行われたresearchat fmのミートアップイベントにて、研エンの仲からAyakaさん、Ryoheiさん、Ogawaさん sxsradioからざいこうさん、西薗が出演した公開収録の模様です。”
研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています。”
#91 Experimental Supermarket (研エンの仲) … “雑談回です。researchat.fm さんのオフ会に行ってきた報告、Side by side radio さんとの公開収録、Podcastプレイヤーのライブコーディング、パパパパパイン、エクスペリメンタル・スーパー・マーケット、Ayakaの博論提出報告 (お疲れさまでした!)、予定調整の難しさ、などについて話しました。”
#6 SESSION from雑談 … “雑談が発信するポッドキャスト”#from雑談”<最新話配信> 今回のSESSIONでは #Researchatfm (Tadasu / Coela) & Side by Side Radio(#sxsradio) 西園良太さんとの雑談をお届けします。"
雑談 … “「雑談」は、音声コンテンツ制作会社である「株式会社雑談」が 2022年8月31日(水)にオープンした、オフィス兼タップルーム付スタジオです。北新宿エリア、東中野の風情ある商店街の入り口に構えた「雑談」は、オープンスタイルのポッドキャストスタジオであり、厳選されたクラフトビールとソーダが堪能できるタップルームを併設する、日本初の「雑談ビアサロン」です。”
researchatLT vol1 … YouTubeへの登録もよろしくお願いします。
researchatLT vol2
researchatfmのステッカー@東中野雑談 … researchatfmのステッカーを東中野雑談で手に入れることができます！
Sticker Mule … Researchat.fmのステッカーはここで作っています。日本に送れるかはよくわからない…

Editorial Notes

第2回やります (soh)
まさか我が家に旗を飾れる日がくるとは・・・！(coela)
次回のオフ会に期待！(tadasu)

154. Declare the beginning of the duel

Sat, 31 Dec 2022 23:22:00 +0900

暑さがまだ残る季節に、アニメ版平家物語、清原なつの、言葉の魂の哲学、ゆっくり解説などについて話し合いました。

Shownotes

残暑！ … またやっちまった！
126. The act of recommendation (Researchat.fm) … 前回のデュエル回
121. Panpanya (Researchat.fm) … panpanya回
中山功太
とろサーモンのラジオ
とろサーモン
ジャック・ラカン
疾風怒濤精神分析入門:ジャック・ラカン的生き方のススメ…ジャック・ラカンの精神分析の入門書
アニメ版平家物語
古川日出男
平家物語 - 古川日出男(翻訳)
京都アニメーション（京アニ）
山田尚子
けいおん！
たまこまーけっと
たまこラブストーリー…ラストの切れ味が素晴らしい傑作
響け!ユーフォニアム
高野文子
絶対安全剃刀
清原なつの…高校でなく浪人生のときにデビューでした（参考）夏貸文庫
家族八景
作画サークル…手書きの原稿を綴じた「肉筆回覧誌」を製作
飛鳥昔語り…りぼん新人漫画佳作受賞の実質的デビュー作「チゴイネルワイゼン」収録
じゃあまたね
花岡ちゃんの夏休み
春の微熱
パラダイスアベニュー
桜の森の満開の下
私の保健室へおいで…
とり・みき
山本直樹
花の24年組
千の王国百の城…「アンドロイドは電気毛布の夢を見るか」収録
ヤマトナデシコ日和
千利休
花図鑑
一度きりの大泉の話
エクゾディアデッキ
ユーディット・シャランスキー
キリンの首
ルートヴィヒ・ウィトゲンシュタイン
古田徹也
言葉の魂の哲学
あひるにもうさぎにもみえるあれ
小笠原鳥類
CRISPR … みんなご存知
エピジェネティクス … これを説明するのはかなり難しい。”DNAの一次配列の変化を伴わない後天的な修飾により行われる制御機構” と私の卒論に書いていますが、これはかなり一面的ですね。
後成遺伝学 … epi + geneticsの日本語訳
ブラックホールもダークマターもなんかかっこいいもんね
Our Father
哲学読書会 … dessanやyamakenさんがあつまってやっている怪しい会合
ゆっくり解説
俺の世界史Ch … 世界史が学べるゆっくり。最高。
第74位：ハンニバル　世界史上最強の戦術家　世界史に影響を与えた人物ランキング … coelaさんの言いたいことがわかってきた！ハンニバル！
ゆっくりアドベンチャー
ゆっくりまうんてん … 山岳まとめ最高！ニルマル・プルジャ最高！
ゆっくり宇宙ハンター
voiceroid … いろんなのがあるな
一人称のやつも違和感なくなった (tadasuの感想) 解脱に向けていく必要がある。
audible
宇宙やばいラジオ
Coefont … 意外とすでにすごかった。ひろゆきさんに「リサーチャットがおもしろい？それ、あなたの感想ですよね。」って言わせてみてください。
赤江珠緒
平山夢明 … 冨樫展の最後が夢さんのコメントでびびった。
東京ガベージコレクション
よみあげくん
大塚明夫
Planet Biology…やまけんの初めて公開したSF小説

Editorial Notes

今回も音質悪くてすいません！マイク買います！ (dessan)
お父さん、バイオ何してるかよくわからないマティシャンで食っていこうと思うんだ……。(yamaken)
残暑すいませんでした！今回も暑すぎたぜ！(tadasu)

153. Researchat.meetup vol.0

Sat, 31 Dec 2022 20:47:00 +0900

Researchat.meetup vol0の閉会時に収録した音源です。

Shownotes

Researchat.meetup vol.0の詳しいまとめは後のエピソードで語ります。Side by Side RadioのRyota Nishizonoさんとざいこうさんには会場の予約・収録機材で特にお世話になりました。ありがとうございました。会場にお越しくださったみなさま、辿々しい運営だったと思いますが、ありがとうございました。

Editorial Notes

新鮮な体験ができて嬉しかったです！！Researchatを聞いてくださっている方々がいらっしゃることを実感できて感動しました。(coela)
Researchat.meetup vol.1を開催できる日が来るのを楽しみにしています。(tadasu)

152. In defence of passion

Sat, 31 Dec 2022 20:43:00 +0900

いただいたお便りをベースにいろいろ話しました。

Shownotes

148. The Mountain is Calling You (ASMR)(Researchat.fm) … ASMR回
ネアンデルタール人は私たちと交配した … Researchat.fm ep12で紹介しました。
スバンテ・ペーポ … 上記の本の著者。2022年ノーベル医学・生理学賞受賞！
Blue Microphones Yeti USBマイク
ZOOM H6
福岡の屋台動画 … わくわくする
吉野家の牛丼を再現するレシピ
YOSHINOYA America … アメリカの吉牛
YAYOI … YAYOI…ねぇ…
Ootoya America … 西の人間優遇されすぎじゃね？
Santouka … 初めて日本で食べた時は感動したのだが… 今は全く美味しいとは思えない。
Oryza sativa Japonica group
バーミキュラ … 噂の高級調理器具。土鍋の方が普通に美味しかったがいかに。
69. Pro tips for tips (Researchat.fm) … kyonちゃんがきて飯テロした回
In defence of passion (Andrew Murray)) … tadasuは大学院生時代、これをデスクに貼っていた。
總持寺
阿字観 … 消してリライトしない方。總持寺の瞑想は静、阿字観は動というような感じを受けた。ゴールは近くても方法論が全く異なるのがおもしろい。
ケモインフォマティクス
山越うどん … 釜玉を発明したといわれる名店。個人的には釜玉よりもかけの方が山越は美味しい気がする…
うどんバカ一代 …　カルボナーラうどんとかが有名な店。ここも普通のうどんの方がおいしい気が…
丸尾の醤油 … 某うどん店でも外に山ほどここの醤油の段ボールが積んでいた。
山越の醤油 … 最高や！
鎌田のだし醤油 … 鉄板
コーレーグース … 最強の調味料。なんでみんな使わないの…人生変わるよ？
ソーキそば … うまい
泡盛　… 酒はもうこれだけでええ。
OIST … OISTで研究しながらソーキそば食べて泡盛飲むだけの生活したい。
萬座 … 恩納村(OISTがあるところ)の泡盛。ここの一番普通のやつが臭くてコーレーグース用にちょうどいいと島唐辛子と泡盛が送られてきたのが色々の始まり。地元の人も敬遠すると聞いたが普通にうますぎる。鼻が壊れてるのかもしれない。
残波 … 飲みやすすぎるのでまずはここから。
大上先生の学振本 … まずはここから。
J1 two years rule　… 結構大事なので気になる人はチェック
133. The longest self-introduction (Researchat.fm)) … mazさん回 “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。”
mazpod.fm … maz (@dynamicsoar) が淡々と論文を紹介していく podcast, になるかもしれません。専門からわりと近くないと難しいので、たぶん生物飛行やその周辺。ハッシュタグは #mazpodfm あたりがいいんじゃないでしょうか。
#73 論文の未来を語ろう (🔬おすすめ回) … 研エンの仲まじおすすめです。というか今年収録した中ではトップにおもしろい回
タコ娘さん
ざっかけないマンガたち (by タコ娘さん) … 『自治体による「ごみ屋敷」対策』序章
1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm) … ゴミ屋敷やタブの話をしている回
ギャルと恐竜
チェンソーマン
研究者たちが語る食欲 … 気になるな
Researchat.fmのinstagram … なにかそのうちに投稿します。
Researchat.fmのyoutube … 目指せ1000人。登録よろしくお願いします！

Editorial Notes

(soh)
日本に行った感想回もすぐだします！みなさん2023年もよろしくお願いします。(tadasu)

151. Olympus Mons

Thu, 15 Dec 2022 06:45:00 +0900

Kosuke Fujishimaさんをゲストに迎え、これまでの研究人生に触れながら研究雑談しました。

Shownotes

このShownotesは藤島さんからのコメント・修正を受ける前です。またコメント・修正を受け取り次第更新いたしますのでご了承ください。 (by tadasu)
Kosuke Fujishima
Fujishimaさんの一つ前のエピソード
テラフォーマーズ
冥王代
tri-split tRNA
RNA world仮説
目ブラスト
貴家悠
藤島さんと貴家さんの対談
高井研 vs 貴家さん
減数分裂
東京喰種トーキョーグール
レベルE
44. XXXXXYYYYY (Researchat.fm) … レベルE解説エピソード
Lynn J. Rothschild
火星のマグマは噴出するか？ … Nature Geo Science?
火星の海
テラフォーマーズ20巻 … どこに藤島さんいるのか正直特定できておりません…
ロスチャイルド家
エンケラドゥス
質量分析
衝突マス
Eリング
decadal survey from NASA
高速衝突実験装置
ISS
アストロバイオロジーの三大研究 … 生命の起源、生命の分布、人類の宇宙進出
東大の工藤先生
全自動メダカ飼育装置
宇宙メダカの論文
宇宙メダカ選抜テスト
某ショット … 人類は月には何年前に到達したんだっけ？
ケンタウルス座アルファ星
ブレイクスルー財団
鉛の板
Yuri Milner
ブレイクスルースターショット計画
イーロン・マスク　… ep19 Neuron Maskを参照のこと
SpaceX
The Martian … いわゆるオデッセイ
Andy Weir
過塩素酸
Soda Lakes
過塩素酸入り培地で育つ微生物
ATGCU … DNA/RNAの塩基
111. Mirror Image Biology … 鏡像異性体の回
鏡像異性体は味がするのか？
ラセミ化
深海の微生物にはラセマーゼが多い
ホモキラル
EBI … European Bioinformatics Institute
Joana Pereira
タンパク質の配列空間 … よく使うフレーズなのですが、適切な名前が思い浮かばない (tamaki)
ふじしまさんが載っているJAXAの宇宙飛行士募集ページ … 「宇宙飛行士に転職だ」
宇宙飛行士選抜テスト
こまささん … 藤島さんのお友達
「大西宇宙飛行士に、OB訪問だ。」JAXA宇宙飛行士候補者募集スペシャルムービー … ふじしまさんがOB訪問という形で大西宇宙飛行士インタビューしています

Editorial Notes

(fujishi)
実は今回は高校生の皆さんにリーチするという野望があったのですが、届いたのだろうか・・・(coela)
おもしろすぎました。完全版shownotesはそのうちに(tadasu)

150. Not Just on Earth

Tue, 15 Nov 2022 04:08:00 +0900

Kosuke Fujishimaさんをゲストに迎え、アストロバイオロジー、生命の起源などについて話しました。

Shownotes

このShownotesは藤島さんからのコメント・修正を受ける前です。またコメント・修正を受け取り次第更新いたしますのでご了承ください。 (by tadasu)
Kosuke Fujishima
Kosuke Fujishima@Twitter
Kosuke Fujishimaさんがバイリンガルニュースに出た回
アストロバイオロジー … 宇宙生物学
アストロバイオロジー　米国航空宇宙局（NASA）エクソバイオロジーとアストロバイオロジーの歴史 … アストロバイオロジーの説明漫画
NASA
ESLI
SFC … 慶應義塾大学湘南藤沢キャンパス
冨田勝
金井明夫
アーキア(古細菌)
RNA
藤島さんのtri-split tRNAの論文 … “Tri-split tRNA is a transfer RNA made from 3 transcripts that provides insight into the evolution of fragmented tRNAs in archaea” 別々に転写された3つのパーツからｔRNAが合体して機能する！！
慶應義塾大学先端生命科学研究所
海外学振
あのクマムシ博士 … クマムシ博士、我々はいつでも出演していただけるのを待っております！(by Researchat.fm一同)
クマムシ博士の「最強生物」学講座私が愛した生きものたち
クマムシ?!―小さな怪物
AMES Research Center
クマムシさん
腸内細菌
リボソーム … 高校生物IIでは習うはずです by tadasu
細胞はリボソームを作るマシーンである
RNA, アミノ酸、タンパク質、それぞれの構造の複雑さと組み合わせの複雑さ、そして粒度などなどを考えていく必要がありますね (by tadasu)
翻訳 … セントラルドグマの方のやつ
リボソームRNA
tRNA
アミノ酸
分子生物学
スーパーサイエンスハイスクール(SSH)
バイオサミット
ミトコンドリア
ネアンデルタール人　… ノーベル賞取った！
シアノバクテリア
LUCA以前の話とネアンデルタール人、隕石とかの話はごちゃごちゃにするとわかりにくい気がする。そもそもその時代の選択圧とは。
進化の特異事象 … この本を再履修するか… (by tadasu)
深海熱水噴出孔
バキ … 柳は死刑囚編に登場
柳龍光　… 「この地球上で最も強力な毒ガスとは何かわかるかね？」
クローバーリーフ構造 … tRNAの取る二次構造
コドン
原始代謝系
グリシン　
Alpha helix
Beta sheet
LUCA … Last universal common ancestor
冥王代
はやぶさ
pre-biotic chemistry
ユーリー・ミラーの実験
デカフェ
ハーデース … ギリシャ神話は聖闘士星矢とFGOで勉強しました by coela
外惑星
JAXA
超臨界
JAMSTEC
しんかい6500
アスガルド古細菌
高井研 … 大尊敬する大先生
ケプラーミッション
ハッブル
ウェッブ
Craig Venter
Mycoplasma laboratorium
Synthetic Biology
アストロバイオロジーキャンプ -　たとえcoela氏が大学入学前に情報を持っていたとしても何もしていないんじゃないかなぁ by tadasu

Editorial Notes

どんどん話題が移り変わっていく感じで自由に話すことができて非常に楽しかったです。若年リスナーの好奇心を少しでも刺激できているといいな。(fujishi)
藤島さん出演ありがとうございます！！！ロマンがある話がたくさんできて楽しかったです。(coela)

149. Syako Punch

Tue, 11 Oct 2022 04:00:00 +0900

kagayaさんをゲストに迎え、シャコパンチの話題を中心に色々話しました。

Shownotes

Katsushi Kagaya
140. Recurrency (Researchat.fm) … “kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)”
kagayaさんの(Self-organized criticality 自己組織化臨界)SOC論文　準備電位は自己組織化臨界状態で生じる神経雪崩と呼ばれるスケールのない、冪則に従う神経活動であるという主張の論文　https://doi.org/10.48550/arXiv.2209.09075
リザバー … リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ)
Researchatfm sticker
リザバーハンドブック … Hands-on reservoir computing: a tutorial for practical implementation
リザバーのコード … Simple Echo State Network implementations で、Echo State Network のミニマルな実装が、R、Julia、Python、MATLABのそれぞれの実装が公開されています。
Herbert Jaeger
かがやさんの文章 … 超高速運動から個性そして多様性
ゆるふわ生物学のシャコパンチ回
シャコパンチ … 主にパンチして貝殻を割って食べるタイプのスマッシャーシャコの打撃運動のことをシャコパンチと言っているが、突き刺すのが得意なスピアラーシャコもパンチをする。スピアラーシャコに破られた水槽
Sheila Patek
The shrimp with a kick! … Sheila Patek先生のTED
テラフォーマーズ
海の牙 … 勝手に拝借失礼いたします。星野之宣先生の作品のようです。
えびボクサー … “邦題は『えびボクサー』で公式ポスターにもエビが描かれているが、実際に登場するのはシャコである。”
Mantis shrimp … シャコの英語での一般の呼び方。
Roy Caldwell … シャコ界のゴッドファーザー
133. The longest self-introduction … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。”
ハイスピードカメラ
Malcolm Burrows
スピアラー・スマッシャー　…　機能的に主にこのふたつに大別される。中間タイプもいる。
水槽を割るスピアラー
自分の指が刺さっている論文 … The mechanics and neural control of the prey capture strike in the mantid shrimps Squilla and Hemisquilla 刺されたところ
顎脚
Patekさんの最初の論文 … Deadly strike mechanism of a mantis shrimp
スピアラーを測った論文 … Strike mechanics of an ambush predator: the spearing mantis shrimp
空気中でパンチが遅くなる … Medium compensation in a spring-actuated system
キャビテーション
シャコパンチが光る動画
テッポウエビ
ヨコエビ
テッポウエビの2000年の論文 … How Snapping Shrimp Snap: Through Cavitating Bubbles
テッポウエビの動画
Kaji-sanの論文 … Parallel Saltational Evolution of Ultrafast Movements in Snapping Shrimp Claws
「回転中心乗り越えて」 … 意味不明だったと思います。「作用点がもと回転中心だったところを乗り越えて」に訂正します。
シャコパンチの4棒リンク機構モデル
「スピード優先」 … スマッシャーは速いのですが、このリンク機構だけの説明では「フォース優先」としないと間違い。変位が小さくなるとスピード小さくなっちゃうので。
筋肉の並列構造　カニの筋肉の羽状配置
Animal Physiology: Adaptation and Environment (休憩)
ザリガニをサクリファイスしていた話 … Researchat.fm ep140でお聴きになれます。
(Probability of success)(Value)/Time = PV/T
Kagaya and Patek, J Exp Biol (2016) … “Feed-forward motor control of ultrafast, ballistic movements”
ダーウィンが来た！
EMG … electromyography 筋電図
混合分布モデル確率分布を混合した分布 … 「モデルの中では」と言っていますが、データでモデルを学習する段階では5個体分かれているけど、予測のときには(全体の線をひくときには)分かれてないということを言うべきでした。lme4
Stan … “Stan is a state-of-the-art platform for statistical modeling and high-performance statistical computation. Thousands of users rely on Stan for statistical modeling, data analysis, and prediction in the social, biological, and physical sciences, engineering, and business.”
シャコのブラッシング、グルーミング
シャコの眼 … 偏光が見える・感じられる
シャコの「驚異の色覚」は幻想だった？
Kagaya and Takahata, Science (2011) … “Sequential synaptic excitation and inhibition shape readiness discharge for voluntary behavior”
SKK
ritualized behavior … Contests with deadly weapons: Telson sparring in mantis shrimp (Stomatopoda)
meral spread … 上の論文の図版
Kagaya and Takahata, Science (2011) … “Sequential synaptic excitation and inhibition shape readiness discharge for voluntary behavior”
白眉プロジェクト
神経系はなぜ東なのか
下澤楯夫
並列構造　… e.g., 神経の束、イオンチャネルなど
コオロギのセンサー　コオロギやゴキブリの仲間にある尾葉という気流感覚器
ハマホト … 浜松ホトニクス
ザリガニのジャイアントニューロンと逃避行動　2本の腹髄の横断面をみると二対の巨大軸索が見える。外側と内側にそれぞれ lateral giant と　medial giant と言われるニューロンがある。それぞれ後方と前方からの脅威（水流刺激）に一発のスパイク応答を示して脅威から遠ざかる逃避遊泳を「司令」するため、コマンドニューロンとも言われた。コマンドという、ニューロン活動と行動が一対一に対応するという概念は感覚における「おばあさん細胞」のいわば運動版である。
「神経系は東」タグ
mazpod.fm　… mazさんのポッドキャスト
mazpod.fm

Editorial Notes

こちらこそ楽しく自分のお話させていただいてありがたいです。シャコやカニを食べる時、その筋肉繊維の向きを見て思い出していただければ幸いです。(kagaya)
メチャクチャ楽しく聴けました。シャコ、今度日本に帰ったら食べます（違(tadasu)

148. The Mountain is Calling You (ASMR)

Mon, 03 Oct 2022 09:00:00 +0900

BC州に広がる大自然の音をお届けします。

Shownotes

Elaho River (Wikipedia) … BC州は険しい山々を擁し、手つかずの大自然が広大に広がっています。Elaho川には2,000m級の山々と夏場でも雪が溶けない氷河から豊かな水が流れ込みます。険しい山道を川沿いに50km以上も北上し、辺り一帯を探索しキャンプしています。もちろん一人の人間もいません。
Exploring Elaho river in BC (Google Photo) … sohが撮った写真です。雪山、天の川銀河まで見える満点の星空、激しい岩肌がお気に入りです。
TheStoryTillNow (YouTube) … BCに住むYoutuber。彼の映像を見てBCに広がるバックカントリーの美しさや激しさに引き込まれました。
The Road To Paradise, Epic Jeep Gladiator and EcoDiesel JL Off-Road Adventure TheStoryTillNow (YouTube)

Editorial Notes

途中、なにを料理している音かわかりましたか？好評ならこのシリーズを続けたいです。感想あれば嬉しいです (soh)

147. Can't Imagine How Big Is That

Fri, 30 Sep 2022 04:00:00 +0900

コロナの終わり、植物や星の名前、アメリカやカナダの捉えきれない広大さ、新しいポッドキャストについての雑談です。

Shownotes

Editorial Notes

編集をながらくさぼってすみませんでした… もうカナダは冬に突入しています (soh)

146. The Black Triangle

Wed, 31 Aug 2022 04:48:00 +0900

昔使っていたウェブブラウザ、使いにくいあのシステム、パスワードのふりがな、最先端のチェックテクノロジー、学振の黒三角形の思い出等について話しました。

Shownotes

Opera
Internet Explorer
Sleipnir
Netscape
Google Chrome
Microsoft Edge
Firefox
Safari
1. 600 tabs in your browser (Researchat.fm)
Infoseek … 今は楽天なのか…
ドリームキャスト
scam … 詐欺
Google Pixel
例のイルカ
Dunkin’
TurboTax
Multi-factor authentication (Wikipedia)
携帯の解約問題 (Togetter)
沈黙 (Wikipedia)
在ボストン日本国領事館 … いつもお世話になっております。
ゴルゴ13の漫画 (Twitter) … みんなSNSで報告するやつ
割印
アメリカも読んだ確認のために謎のイニシャルだけを書いていくやつあります。最近はイニシャルを登録するとクリックするだけで勝手に入れていってくれる…
公益社団法人全日本印章業協会 … 公益社団法人全日本印章業協会は、個人、法人の財産を守る印章の重要な役割を啓発し、日本の文化に根を下ろし、社会において重要な役割を果たしている印鑑登録制度の健全な発展に寄与することを目的としています。
学振の三角形 (Twitter) …　調べると落合先生も最近書いてくださっていた。
学振の三角形 … もともと三角はプリントされていて、余白の部分を含めて枠の外を塗るのだった気がする。
日本で獲ったPh.D.がアメリカでも通用することの証明 … Ph.D.は世界共通じゃなかったのか！！！
researchmap … researchatと少しかぶるやつ
NIHのbiosketch
ファクシミリ (Wikipedia)
ピーヒョロローは違う? … 昔のインターネッツだよな
スマートスピーカー (Amazon.co.jp)

Editorial Notes

これは本当にありそうな夢の話です (soh)
ドリカム(coela)
夢が揃いすぎてびびりました。アメリカはアメリカでビビるほどダメなシステムあります。(tadasu)

145. Poop doesn't lie.

Thu, 04 Aug 2022 04:40:00 +0900

遠藤礼子さんをゲストに迎え、アメリカのスタートアップ(Biobot Analytics)での仕事、下水疫学とCOVID-19、マラリア研究のためのエチオピアでのフィールドワークと大学院留学、自分を成長させる方法、故郷・山形への熱い思いと将来の目標について話しました。

Shownotes

遠藤礼子(Noriko Endo)さん … 今回のゲスト。tadasuがこいつ強すぎるぜぇ…と思っている一人。今回は出演していただき光栄です。
解答のない参考書 - 人生をデザインするための12人のインタビュー - #01遠藤礼子さん … こちらに遠藤さんの経歴がまとめられています。
山形東高校 … 東北の名門
山辺町 … 今の町長さんも遠藤さんだけど遠藤礼子さんとは関係ないらしい。
MIT
Biobot Analytics
TIME100 MOST INFLUENTIAL COMPANIES OF 2022 … Biobot AnalyticsはTIME誌が選定したMOST INFLUENTIAL COMPANIES of 2022に選ばれました！
The 10 most innovative biotechnology companies of 2021 … こちらにもBiobot Analyticsは選ばれています！
オピオイド
public health(公衆衛生)
overdose …過剰摂取
policy intervention … 政策介入
legal consequence … 法的効果
Duvallet et al. ACS EST Water (2022)) … “Nationwide Trends in COVID-19 Cases and SARS-CoV-2 RNA Wastewater Concentrations in the United States”: Biobot Analyticsのチームによる論文
Pepper mild mottle virus(PMMV)
Cambridge Covid19
Weekly Municipal Wastewater Sampling Data
下水疫学 … Wastewater-based epidemiology
CDC(Centers for Disease Control and Prevention)
Biobot Analyticsによる測定値 … 見るだけで楽しい。
下水シグナルとクリニカルシグナルのラグが14週間と言っている部分がありますが、14日間の間違いです。(by 遠藤さん)
Oct-Nov 2020 in Cambridge … Cambridgeでは綺麗にBiobot Analyticsの測定値が患者数のearly indicatorになっていたのだが、今となって見直すともう数が違いすぎて何が何だかわからない笑
Endo 2017 … 遠藤さんのD論:Malaria transmission around the Koka Reservoir in Ethiopia : field observations, model predictions, and strategies for prevention
コカ貯水池
マラリア
hydrology … 水文学
hydraulics/hydrodynamics … 水理学/水力学
エチオピア
ナイル川
ルネサンスダム
Civil and Environmental Engineering @MIT
Earth Science @MIT
Political Science
ハマダラカ
デング熱
ジカ熱
undergrad … 学部生
世界銀行
アジア開発銀行
depression … 鬱
高校浪人 … 留年じゃなかった…日本語だめだ…
左沢線
COTEN RADIO … 遠藤さんが好きなポッドキャスト

Editorial Notes

話すのって難しいですね。複数での話すから必ずしも思い通りの章構成にならないし、書くときと違って文単位の校正できないし、そもそも日本語で話すことに慣れていない。聞きずらかったらすみません。今年1年日本で働くので精進します。(noriko)
遠藤さんにゲスト出演していただき感動です！2.5年ぶりに対面収録したのでtadasuの声がボエボエになってしまいました…遠藤さんの声は綺麗に撮れているから許してください。次回はもっと綺麗に撮れるようにがんばります！そして最後のコメントまで成長の鬼だった…(tadasu)

144. Which hand did the sound come from?

Mon, 01 Aug 2022 09:03:00 +0900

植物の名前がわからない問題、スポーツ・ゲームのいいプレイとは何かについて議論しました。

Shownotes

ぷらんちゅ … “君と植物を同定して紡ぐ恋愛物語。植物を同定して進める恋愛ゲームです！植物の同定に自信がない方も、問題なくプレイできますのでぜひぜひプレイしてみてください！勿論自信がある方も挑戦してみてくださいね！”
ぷらんちゅ IN Singapore … “植物同定恋愛ゲーム第二弾！今回の舞台はシンガポールです。シンガポールにある植物を、沢山知ることができます。同定に自信がない人も、シンガポールの植物を知らない人も、こんなものがあるんだ～と楽しんで頂けたら幸いです！きっとあなたもシンガポールに来たくなる！”
まいん先生 … ゲーム開発者と化したまいん先生
ぷらんちゅ実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅをプレイしました。
ぷらんちゅ IN Singapore 実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅ IN Singaporeをプレイしました。
nanopore
Street Fighter V
Street Fighter 6
弟切草 … 花言葉は、「復讐」。
researchat.book … 出ることのない幻の本
ポについて話した回
ポ画ZINE … ポ絵かきの同人誌が出る？PDF版もあるっぽい？
ポ絵かき
テスタメント
過去の攻略回　… ep53 とか ep109 とか
2006年インターハイ剣道　水戸葵陵初優勝 … tadasuは小6の時に同級生の遅野井選手を2001年の正月に松山でみてちびったんだよ。まじで。こんなにつえーやついんの？って。撮影したビデオを本当に擦り切れるまで見返したんだよ。遅野井選手はIH優勝も輝かしいけれども、魁星旗2005の決勝逆4タテはマジで痺れた。とかいいつつ、我々はこの動画の準優勝の成田選手率いる桐蔭学園にフルボッコに予選でされたわけですが笑今同世代の筆頭といえば西村選手ですが、成田選手も本当にちびるぐらい強かった。北海道の神童村上選手もチームにいるし、東京出身の最強一年生田島選手、宮城の若松兄弟もいて、山形の野口選手もいて、本当に当時の桐蔭学園は泣くほど強かった…オールスターだった。
1986年の高校剣道,伝説のPL学園鍋山選手 … だいぶ雰囲気違いますね。鍋山選手、そのあとの活躍も凄まじい。数少ない玉龍旗が関門海峡を渡った優勝のうちの一つ。
梅ヶ谷選手の伝説のやつ … 東京ポッド許可局でもマキタ局員が熱く話していたあれ。
梶谷彪雅一本集 … 本当に気持ち良い。
梶谷選手のYouTube … 爆誕していた。というか気づいてなかった…試合の解説や選手間での対談もあってうれしい！最高！
第69回全日本選手権　一本集　… 本当に気持ち良い。
高校剣道　一本集 8 - Highschool Kendo Ippons 8 … 動きが速すぎるんよ。どうなってるの？
剣道の技術革新 … あまし技とか(抜き技の変形)？
剣道のレッドブルアスリート … 公務員以外での剣道プレイヤーの爆誕に期待したい。梶谷選手みたいにYouTubeでぶん回していくのも楽しみですね。
秋田面 … 昔、秋田面という肩で抜く伝説の技一本で全国トップまで上り詰めた選手がいたという。秋田出身で東京教育大学で名を馳せたらしいが詳細不明。知っている人、ご連絡ください。
おれは鉄平 … tadasu(& coela?)のバイブル。本当に好き。風車だった気がする。
巻技 … 竹刀飛ばすやつ。有名なのだとこの動画とかかな？
警察剣道のルール … けたぐりじゃなくて足払い・足がらみですね、正確には。失礼しました。大昔のルールだったらOKだったので、tadasuが子供の頃には足がらみ・足払いしてくるおじいちゃん先生たくさんいました。
皇宮警察
伊藤くんの剣道 … 推しの伊藤くん、貼っとくな。彼の剣道本当に好き。これからの活躍にも期待したい。
全日本剣道選手権
戸田忠男先生 … 今回話した話は、tadasuの経験談以外どこまで本当なのかは知らない…さすがにハエの話は創作だと思う(宮本武蔵・宇野金太郎の逸話)。電話の話は本当っぽい。柏手の話は、禅の公案である隻手の声を引用したものな気がします。
上段時代の戸田忠男先生の動画
二刀流時代の戸田忠男先生の動画
高鍋進先生
剣道八段 … とりあえず合格率が1%を切ってる。
ハイスピードカメラと剣道 … それまでは何が起こっているのかわからなかったのだよ。
フェデラー
ダーツのルール … よくわからん。
ウメハラ　背水の逆転劇 … いわゆるレッツゴージャスティン！
背水の逆転劇 … wikipediaにプレイの解説がある！
EVO Moment37 … いわゆる背水の逆転劇。英語版は数字で呼ばれていてかっこいいなー。
ブロッキング
ウサイン・ボルト
「二人の出会い」智弁学園和歌山高嶋監督と明徳義塾馬淵監督スペシャルトーク Part.1 … 現代高校野球の名将といえば！
ヤン・ウェンリー
Barbara McClintock
Mendeley
統一hogehoge … いい研究とは二種類しかない。教科書を薄くするか、新しい教科書を書くかだ。って昔だれかが言ってた（ようは教科書を分厚くするのではないってこと)
人類史上最高の研究とはなにかにつながる。やはり分子細胞生物学であればMeselson and Stahl 1958を推したい by tadasu
誤配 … やっぱり誤配なんですよ。
Listen Notes
渡辺明名人の【作戦術】 … AIの活用法
渡辺明名人】将棋AIによる序盤研究とは？名人による将棋AI活用法【水匠/dlshogi】
AF2
Researchat.fmのおすすめ回を紹介します。後編（研究とゲームのはなし） … 今回のいいプレイ論は、雛形さんのブログを受けての回となりますのでそちらもご参照ください。

Editorial Notes

数年間眠っていたネタを話せて嬉しかったです。格闘ゲームにも通ずることなのですが、きれいに整備されたチュートリアルが分野の発展には必要不可欠だと思います(coela)。
剣道全然強くないので色々ドヤ顔で話してしまいイタいやつでしたね…はずかしい…(後輩たちが活躍しているのでOK!) けれども剣道のこと書く機会もないのでたくさん書きました。聞き直すと結構話噛み合ってなかった気がする… 頭が回ってない！笑んー分野毎にそれぞれレビュー書いたりしてる人はいるけれども日本語だとそれを集積するところが必要という感じなのかな？んーわからん笑(tadasu)

143. Human Quorum Sensing

Sat, 30 Jul 2022 19:40:00 +0900

ヒトの細胞で人工的なクオラムセンシングの構築を目指した論文を紹介しました。

Shownotes

Synthetic mammalian signaling circuits for robust cell population control. Cell 2022 … 今回sohが紹介する論文です
The Elowitz Lab at Caltech
Quorum sensing (Wikipedia)
80. Guest explains everything (Researchat.fm) … Pomeさんをゲストに迎え、CAR-T治療などについて教えていただいた回
Nishimura et al. Nature Methods 2009 … “An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells”
Blasticidin S
DamID

Editorial Notes

随分と収録から公開の間が空いてしまいましたが引き続き論文を紹介していきます (soh)
Quorum sensingおもしろいなぁ(tadasu)

142. Is Aye-aye a monkey?

Thu, 21 Jul 2022 19:12:00 +0900

研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)

Shownotes

研エンの仲
Neuroradio
Harvard Museum of Natural History
Glass flowers and plants
Aye-aye (アイアイ) … お猿さんなのか？？？
Science Center … 有名な建築家が作った建物
MBTA redline … ボストン周辺は電車が結構走っているので住み良いです(なお家賃…
Amtrak … アメリカの鉄道。ボストンからフロリダまで行けるらしいが乗ったことはない。Peterpan busなどの格安バスでもNY-Boston間は移動可能(もちろん、車、飛行機も可能)。名古屋-東京間ぐらい？
Gordon Research Conferences
The Power Hour
ハーバードの古いコンピューター … Howard Aikenが作ったMark IがScience Centerには展示されていた。今は他の場所に移動。
Harvard Yard
Nicholas Bellono … この会合の時に話したtadasuがたまげた研究者。

Editorial Notes

環境音が乗ると Vlog (Alog?) 感があって新鮮ですね。ボストン案内していただきありがとうございました! (ryohei & ayaka)
ゲリラ収録面白かったです。三番組のパーソナリティが対面で集まった時の定番になったりして笑　またなんかやりましょう！(miyawaki)
ポッドキャストのつながりでお会いできてよかったです！miyawakiさんも来てくれてありがとう！博物館では刺激をいただきました(tadasu)

141. Rock, Tweezers, Pepper

Mon, 27 Jun 2022 10:00:00 +0900

春の訪れ、Daylight saving time、ペッパーランチの思い出、マリトッツォって何、磁力を使って生きた細胞の中のクロマチンを動かす論文、種間で寿命のばらつきが非常に大きい(11-200歳)根魚のゲノム解析論文について話しました。

Shownotes

Daylight saving time … いわゆるサマータイム
ソメイヨシノ … ソメイヨシノ研究といえば遺伝研の竹中要先生。
Daylight saving timeを一年中使うことの議論
ペッパーランチ
超高級食材でペッパーランチ作ったら美味すぎて言葉を失いました… (by ヒカキン) … 飯テロ許すまじ！
Pepper Lunch in Vancouver
Yoshinoya
Yayoi
BOSSO … Harvard Buisiness Schoolを卒業した人が始めたラーメン屋さん。唐揚げが一番おいしかった。
mochi doughnuts & Taiyaki … ポンデリング系ドーナッツ(mochi doughnuts)とタイ焼きの口からアイスが突っ込まれているタイ焼きアイスクリームのヒットについてはまた話したい。
Tsurumen davis … Researchat.fm ep5で登場した1000日しか営業しないラーメン屋さん。ついに1000日を迎え、営業を終えた（らしい）
マリトッツォ … 名前だけ聞いたことがある伝説上の食べ物
BOOK OFF NY
Keizer et al. bioRxiv (2021) … “Live-cell micromanipulation of a genomic locus reveals interphase chromatin mechanics”
John Gurdon
Egli et al. Nature (2007) … “Developmental reprogramming after chromosome transfer into mitotic mouse zygotes” 体細胞の染色体スワップではなかったです…
光ピンセット(Optical tweezers)
磁気ピンセット(Magnetic tweezers)
Atomic Force Microscope (AFM)
Tetracycline (Tet) Inducible Expression
mCherry
Yang and Shah Front. Oncol. (2020) … “Nanobodies: Next Generation of Cancer Diagnostics and Therapeutics”
Ferritin
パーマロイ … ニッケル鉄の合金
Kolora et al. Science (2021) … “Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes”
根魚
Lu et al., Science (2021) … “Long-lived fish in a big pond”

Editorial Notes

今年のカナダは歴史的な降水量で雨ばかりの日々でしたが、先週から1ヶ月遅れでようやく夏が来ました (soh)
時節の話なんかするものだから季節外れの話になってしまいました。タイトルにはTweezersを入れましたが、magnetic tweezersの論文ではないです。Rockfishの寿命論文はオープンアクセスではなかった…すいません。(tadasu)

140. Recurrency

Wed, 25 May 2022 03:31:00 +0900

kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)

Guest (加賀谷の研究履歴)

アメリカザリガニの自発性行動開始の脳機構研究(高畑雅一lab)

行動が外部感覚刺激ではなく自発内発的に生じるとき、その開始が起こる脳内機構を調べるため、ザリガニ脳内の単一ニューロンの膜電位活動を記録、形態染色の技を卒論時から9年間継続してようやく特定のニューロンが見つかった。
シャコの超高速運動の研究(Sheila Patek lab)
神経系が身体機構を通して環境に働きかけるメカニズムの研究として、超高速パンチをするシャコを研究。
カニの行動の個性の研究(Seto Marine Biology lab)
京大白浜水族館の飼育員の原田桂太さんがカイメンで帽子をつくるカニをシャコ水槽の隣でされていて、体のわりに小さすぎる帽子をつくってるカニがいたりして、行動実験とデータ解析を計画。ベイズ統計による解析。
ソフトロボット研究(中嶋浩平 lab→國吉中嶋 lab 2022-)
科研費の新学術領域ソフトロボット学に公募班で採用されて、ソフトロボット的研究開始。中嶋さんとは京大白眉、この領域でお世話になり、現在中嶋ラボへ。

Shownotes

Katsushi Kagaya
maz
Researchat.fm mazさん回 (ep133) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。”
ゆるふわ生物学のシャコパンチ回
カニの行動の個性の研究
ソフロボ：ソフトロボット、新学術領域ソフトロボット学
リザバー: リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) 中嶋さんの総説
北大水泳部
kagayaさんの輝かしい水泳の記録 … 勝手に貼ってすいません！(tadasu)
北大理学部生物学科
山本貴司さん
千葉すずさん
イトマンオーストラリア遠征：年に一度、全国のイトマンスイミングスクールから選抜され豪州遠征があった。近大附属高校：近畿大学附属高等学校。当時、普通科、理数科、国際科のほか、水泳をはじめスポーツによる活動を重視するクラスもあった。
「鳥が飛ぶようにヒトは言語をつかう」Steven Pinker, Language Instinct
高畑雅一 (たかはたまさかず)： kagayaの北大在籍時の先生
アメフラシの神経：キャンデル神経科学のエリック・キャンデルのアメフラシの神経系で学習の分子機構の研究
イカの神経: ホジキンとハクスレーはじめとする活動電位の発生メカニズムの研究が念頭にありました
シナプス統合作用：中枢ニューロンは、複雑な形状をもった樹状突起をもって多くの他のニューロンとシナプスを形成する。細胞でのシナプス電位の空間的時間的分布は、シナプス部位からの解剖学的距離だけでなく、三次元構造、膜・細胞質の電気的性質、電位依存型イオンチャネルによるコンダクタンス変化などの影響を受ける。シナプスでの電流が細胞内をどう拡散していくかと合わせてこれらが「神経計算の実体」に大きな影響を与える。この入出力関係(計算)を決めている諸過程をシナプス統合作用という。
ザリガニの脳：kagayaが学部4年生のときに作成したザリガニの脳の組織切片の染色像
ザリガニ論文1：Kagaya & Takahata, 2010
ザリガニ論文2：Kagaya & Takahata, 2011
細胞内記録(イントラ)：ガラス管微小電極を細胞に刺入し、主にカレントクランプで細胞内外の電位差を測る。ガラス管内に蛍光色素を充填して細胞内染色をすることが可能。
マイクロエレクトロード(ガラス管微小電極)：シャープエレクトロードともいう。クラシックな手法。パッチ電極では細胞膜を密着させるが、自然に膜がシールするのを待つ。膜が破れて細胞を破壊してしまうことも。
カレントクランプ：電流固定法。電流を固定して、電位を測る。
細胞外記録(エクストラ)：ほぼスパイク(イントラの記録の活動電位だけフィルタされた電位記録)だけの記録。電極と細胞との位置関係、その他もろもろの複雑な細胞外液の状況に依存した記録になるのでスパイクのタイミングだけをデータとすることが多い。また、近くに複数の細胞があれば複数のスパイクが混じるので一つの電極に複数のユニットが混じるのでスパイク・ソーティングする必要がある。一方、イントラではシナプス活動と同時に活動電位も記録できる。が、細胞の刺さる場所が軸索だとスパイクしか見えない。ザリガニでは樹状突起の肥厚部が主なシナプス統合部でここに刺さればシナプス活動が見える。
パッチ電極をつかったパッチクランプ
イオンチャネル
ルシファーイエロー
下村脩 … Researchat.fm ep112を参照
下村脩先生がクラゲを採っていた様子 … 家族とクラゲを採っていた下村先生。写真に映っているお子様の一人は伝説のハッカーTsutomu Shimomuraさんである。
下村先生のクラゲ漁の伝説 … “海岸で朝６時から夜まで毎日、家族総出でクラゲを取り続け、１７年間で８５万匹も捕獲し分析。ごく微量しか含まれないＧＦＰが光る仕組みを突き止めた。”
コマンドニューロン: ザリガニコマンドニューロンのレビュー “Fifty years of a command neuron: the neurobiology of escape behavior in the crayfish”
アメフラシの水管刺激によるエラの引き込み反射
光遺伝学
神経軸索：シナプス活動によって生じる活動電位は、脊椎動物の運動ニューロンでは軸索の起始部で生じる。ここは活動電位を発生するための電位依存型イオンチャネルがたくさんあって閾値が低い。脊椎動物の細胞ではシナプスからこの部位までに細胞体が介在する。一方、ザリガニなど節足動物では細胞体はこの流れから離れたところにあってシナプス統合に関与しない。よって、統合部位として肥厚した樹状突起に電極を狙って刺入してシナプス統合作用を調べることになる。シナプス統合、つまり神経計算の結果発生した活動電位は軸索を伝導する。
下行性ニューロン：脳内に細胞体と樹状突起をもっていて脳を出て胸部へと軸索を伸ばしていく。
腹髄、囲食道縦連合：梯子型神経系の腹側を通る縦連合を腹髄という。囲食道縦連合は、食道を囲んでいる縦連合。左右をつなぐ連合を横連合という。
神経計算の実体：アナログ的な神経膜電位活動の記録について、田渕さん並木さんの比較生理2019「神経回路の自発活動パターンとその機能的役割」に詳細にまとめられています
キイロショウジョウバエ：いわゆるモデル生物のひとつ。
コネクトーム
HHMI Janelia
デンドライトdendrite: 樹状突起のこと。
ウチダザリガニ … ウチダザリガニと染色体の話は記念すべきResearchat.fm ep1で話しています。Researchat.fmはウチダザリガニと共に始まったと言っても過言ではない。
氷冷麻酔: 昆虫ではCO2が（も？）よく使われる印象がある (maz)
クチクラ：外骨格表面
おおらかな指導：先生ははじめから10年かけてもいいとは思われてはいなかった、はず。
identifiable neuron、 identified neuron 同定(可能)ニューロン: Scholapediaに期待したらまだ書かれておらず「どなたかご存命の方に書いて欲しい」というようなことが。別の個体から得られたニューロンどうしであっても生理学的、形態学的に似ていて同一視できるニューロン。運動ニューロンだと筋肉との関係で厳密な意味で同定ニューロンになる。介在ニューロン、とくに中枢のニューロンになってくると生理と形態の情報の再現性の問題で同一視しづらくなる。なお、同定ニューロンであっても個体間変異が生じる。
Leland H. Hartwell … 出芽酵母を用いた細胞周期に関する研究により、2001年度のノーベル生理学・医学賞を受賞
Leland Hartwellの動画 … 観察から細胞周期に関する因子を同定していく様の解説。
Leland Hartwellの動画 … インタビューワーはResearchat.fm ep107で紹介したBungo Akiyoshiさんの指導教官であるSue Biggins先生。
仮説生成型 vs 仮説検証型: Researchat.fm ep127のHARKingも参照。
Strong inference の翻訳 … めちゃくちゃいいので必読！kagayaさんご紹介ありがとうございます。今度これについて話したいです。(tadasu)
Ronald Hoy
柳田敏雄
研究をすすめる「よりどころ」、inflection point（変曲点）: mazの脳内では横軸が時間、縦軸が成果みたいなものとして、最初はあまり成果が伸びないが途中からぐいっと上に曲がるような曲線が想像されていた【maz】
ポール・グレアム: 本人の公式ページ・英語版ウィキペディア
Y Combinator
ハッカーと画家 … オーム社による和書あり。
早すぎる最適化：これは Donald Knuth 博士による記述
早すぎる最適化 … ANRIの江原ニーナさんによるハッカーと画家と早すぎる最適化に関する記事 (関係ないですが、江原ニーナさんのポッドキャスト、復活希望です。)
Researchatのポールグレアム回　(ep87)
スケールしないことをしよう … FoundXの馬田さんによる解説記事
naoya_tさんによるポール・グレアムの日本語翻訳記事まとめ
Coffee machine: いわゆる「コーヒーメーカー」だが英語版ウィキペディア記事では冒頭文（定義文）で “A coffeemaker, coffee maker, or coffee machine” と並列されており英語では同義語のようだ。
雲のツイート
自由意志:「で、ザリガニに自由意志はあるの?」ってPaul Katz氏に聞かれたのが思い出されます。
ヒトであれば内省、内観を言葉で伝えることができるが（リベットの実験）、そうでない動物では行動や生理現象を分析するにとどまる。
運動準備電位: Kornhuber & Deecke, 1965
コンフォーカル：共焦点走査型顕微鏡
ブラックホールの観測: Researchat.fm ep8でも話していました。　
スーパーカミオカンデとニュートリノの検出
スーパーカミオカンデとニュートリノの検出
重力波の初検出
シャコパンチ
冨菜雄介さん …　(関係ないですが、researchmapのIDがlobsterなのいかつすぎますね)
シーラ・パテック：シャコパンチはじめ、生物と物理の境界を研究されている。kagayaのシャコパンチ研究のメンター。シーラのTED Talk
The Patek Lab
キャビテーション
はてブ：はてなブックマーク
Comparative Biomechanics:「比較」は多様な生物種を対象とするニュアンスがある。
SICB: Society for Integrative and Comparative Biology というアメリカの学会。毎年1月に年会があり 2011 Annual Meetingで Kagaya と maz はニアミスしていた。非ヒトのバイオメカニクス研究発表の場としてはこの SICB とヨーロッパの SEB (Society for Experimental Biology) が代表的と思われる【maz】
リザバー計算 (reservoir computing)
中嶋浩平さん Kohei Nakajima
京大の白眉プロジェクト
シャコパンチ論文
リカレントニューラルネットワーク：回帰的神経回路網 RNN。典型的なRNNとしてはランダムにそれぞれが結合した echo state network (後述)がある。スパイクニューラルネット型もある。
Herbert Jaeger
リードアウト：リザバー計算の典型的設定のパラメータチューニングはこの線形読み出し器部分だけなので学習にかかる計算コストがとても小さい。
echo state neural network：シンプルなPC上での Echo State Network (ESN) による計算の例
spiking neural network
たこあし、シリコンたこあし計算機：中嶋さんの royal society interface に掲載された論文のひとつ
Wolfgang Maass
ブラックボックスを解剖する研究
Echo State Property: “Intuitively, the ESP states that the reservoir will asymptotically wash out any information from initial conditions.”
流体構造連成: ある物体、たとえば布みたいなものに風があたって力（いわゆる揚力や抗力）が生じて、形が変わったとする。そうすると、形が変わったことで揚力や抗力が変わるので、また変形がおきる。この繰り返しで振動的な挙動が生じたりする。このように、流れと物体変形の相互作用現象（問題）を流体構造連成 (fluid-structure interation, FSI) と呼ぶ【maz】
双子渦（カルマン渦？): 円柱などの物体の後方には、流れのスケールで決まる無次元数である Reynolds 数に応じて左右対称な双子渦や左右交互の周期的な渦放出（Kármán 渦列）ができる。このうち双子渦を利用してリザバコンピューティングをしようという発想がある (Goto et al., 2021). なお双子渦ができるのは Reynolds 数が低いときで、つまり { サイズが小さい OR 流れが遅い OR 流体の粘性が高い（ねばねばしてる）} ような状態で、具体的には40程度まで。たとえば直径 2 cm の電線を風が 1 m/s でゆっくりと吹きすぎるような場面ですら Reynolds 数は 1300 程度で、双子渦はできない。興味深いことに、上記論文では双子渦からカルマン渦に遷移する直前の Reynolds 数で最も成績がよいという結果が出ているようだ【maz】
カオス的遍歴, “Chaotic itinerancy as a dynamical basis of hermeneutics in brain and mind”
井上さんの論文: Inoue, K., Nakajima, K., & Kuniyoshi, Y. (2020). Designing spontaneous behavioral switching via chaotic itinerancy. Science advances
Unconventional Computing
Diagital Computing, “Towards a generalized theory comprising digital, neuromorphic and unconventional computing”
大自由度力学系
E-kagen: 鈴森康一「新学術領域研究「ソフトロボット学」
ルースカップリングとタイトカップリング … 柳田敏雄先生による一分子研究の歴史とその解説
モルフォロジカル・コンピュテーション
Kunt Shmidt-Nielsen
下澤先生：下澤楯夫先生

Editorial Notes

ザリガニ研究は出てから10年以上たってからのもので、あまり外で話す機会がなくなっていたので、今回紹介する機会をいただけて感謝です。シャコパンチを詳しくはまた別の機会に(？)(kagaya)
ほぼ聞き役でした。シャコパンチや関連して高速運動・超高速運動の面白さみたいな話はもうちょっとしたかったけど、それやったらたぶんリザバまで行かなかったですね… (maz)
kagayaさんとmazさん、お忙しい中、ご出演いただきありがとうございます。全然掘りきれていませんが、また次回よろしくお願いします(シャコとカニの個性！気になる!)。それにしてもkagayaさんのキャリアの変遷は面白すぎて今回お話できて良かったです。リザバーの部分については更なる自身での理解が必要だと思いました。完全版は+40minぐらいあるのですがまたいつか。(tadasu)

139. What We Talk About When We Talk About Formula 1

Tue, 17 May 2022 03:05:00 +0900

F1好きなゲストを迎え、2021年にF1で起きたニュースを取り上げ、F1という競技の面白さや複雑さ、国際情勢とスポーツの関係などについて話しました。

Show notes

研エンの仲 - A podcast on Anchor … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています”
93. Language Is Not Required … Researchat.fmのF1回をsohが一人で話しているエピソード。
128. Let’s start a science podcast … Researchat.fmと研エンとのコラボ回
130. SOMEBODY TO LOVE … Researchat.fmと研エンとのコラボ回
Radio port F … F1のレギュレーションを読むポッドキャスト番組
国際モータースポーツ諸規則
FIA REGULATIONS … ここから100ページ以上に及ぶF1のレギュレーションを読むことができます（英語）
2021 F1 ABU DHABI GRAND PRIX - REPORT TO THE WORLD MOTOR SPORT COUNCIL - 19 MARCH 2022 … アブダビGPの問題について、何が起こり何が問題だったのか、様々な解決策などが記されている。これが2022のシーズンに実装されることになった。
Race Highlights - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … アブダビGP2021年のハイライト動画。
Verstappen Wins Title With Final Lap Overtake! - 2021 Abu Dhabi Grand Prix (YouTube) … MaxとLewisのセーフティーカー明けの伝説的なラップ…このような終末になるとは誰も予想できなかった。
Formula 1: Drive to Survive - Netflix Official Site … ネットフリックスによるF1のドキュメンタリーシリーズ
Verstappen & Hamilton Clash at Monza - 2021 Italian Grand Prix (YouTube) … モンツァで起きてしまったMaxとLewisのクラッシュ。優勝を争う二人はシーズンを通して激烈なバトルを繰り広げた。
グラウンド・エフェクト・カー (Wikipedia)
Haas part ways with Nikita Mazepin ‘with immediate effect’ (formula1.com)
F1 announces termination of Russian GP contract
ウラルカリ (Wikipedia) … ロシアの肥料メーカーであり、ハースのメインスポンサーでもあり、そして社長の息子のニキーマゼピンはハースのF1ドライバーだった。
Haas Automation Inc
Mathematicians Protest Russia Hosting Major Conference (Scientific American)
The future of research collaborations involving Russia (CAREER NEWS, Nature)
Formula 1 launches #WeRaceAsOne initiative to fight challenges of COVID-19 and global inequality
サウジアラビアにおける女性の人権 (Wikipedia)
Sebastian Vettel organised women-only kart race in Saudi Arabia
The Hamilton Commission into improving representation of Black people in UK motorsport
22 Yuki Tsunoda … アルファタウリで活躍する日本人ドライバー

Editorial notes

2022年のシーズンはすでに開幕し、去年とは勢力図も大きく変わり、面白くなってきましたね (soh)
出演できて嬉しいです。このepを機にtamaki さんtadasu さんもF1にハマってくれたりしないかな〜と期待しています。(nami)
Instagramではボッタスだけをフォローしています。ほっこりする近況がたくさん流れてきておすすめです (ryohei)
出演させていただきありがとうございました！シーズン開幕戦直前の期待と不安がつまった収録で、現時点までのレースでもすでに語りたいことが多すぎます笑 (ayaka)

138. Amylase Mounting

Thu, 12 May 2022 03:00:00 +0900

あんかけの餡が食べていると分解されてしまう問題、北米のスーパー事情、クルマで国境を超える簡単さ、おすすめの雑誌やマンガを紹介しました。

Shownotes

TVer
かりそめ天国
月曜から夜ふかし (Wikipedia)
アミラーゼ (Wikipedia)
フールナイト
フールナイト
白雷の騎士
男子高校生の日常
BRUTAS マガジンハウス
BRUTAS 危険な読書 (Amazon)
dancyu 餃子の王道 (Amazon) … 巻頭で紹介されている沼津の中央亭が今でも世界最強だとおもっています。本当にあの餃子を最初に食べた時は衝撃だった。(by tadasu)
POPEYE
集英社すばる
早稲田文学
講談社群像 … 日本にいたころsohは群像や新潮を毎月のように買って読んでいた…
SFマガジン (Wikipedia)
Number あの人のノートが見たい … ノートフェチにとっては本当に最高だった。Researchat.fm のノート回も一緒にどうぞ。
将棋世界日本将棋連盟
kotoba 生命とは何か (Amazon) …Torsten Wieselの良い研究は「対」によって行われるとか、今の研究は星を繋いで星座を作るようなもの、みたいな批判やPaul Nurseの「良い研究者はいくつかの問いを投げ掛ければすぐにわかる」みたいな念能力者の言葉みたいなのがすごいよかった笑 (by tadasu)
エルフェンリート (Amazon)
なるたる (Amazon)
のりりん (Amazon)
ぼくらの (Amazon)

Editorial notes

みなさんはあんかけで困っていますか？(soh)
あんかけがびしゃびしゃになる人がいるの本当に目からウロコです。アスパラガス尿なみにびっくり。(tadasu)
俺のアミラーゼ力が足りないというのか…？(coela)

137. Paper Clips in Season

Tue, 03 May 2022 04:13:00 +0900

アガロースだけを温め続けた電子レンジ、ラボを渡り歩く長寿な実験器具、弁当箱にあった1.5mlチューブ、クリップの旬について話しました。

Show notes

133. The longest self-introduction (Researchat.fm) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。”
136. Silk Lord (Researchat.fm) … “生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)”
アガロース … いわゆる寒天。生物実験のいろいろなものを固めるために使われる。温めて溶かすため、電子レンジが多用される。突沸注意！
アガロースを温め続けた電子レンジ by @Tamura_Lab
電気泳動
エチブロ(エチジウムブロマイド) … 電気泳動後にゲル中のDNAを染色するために用いられる。発癌性があるために取り扱いに注意が必要であり、最近は他の代替物によって置換されつつある。
サランラップ … 日本のラップは神。サランって何？余談ではあるが、wrapである。tadasuがアメリカに来た当初のノートにはrapと書かれており、それを同僚に見られて爆笑されてしまったことがある…
ブロッキング … 非特異的なタンパク質への吸着を防ぐために、おこなわれる処理。スキムミルクが用いられることがある。
やかんオートクレーブ
なんちゃらしん … カナマイシン、ネオマイシン、ナタマイシン、などなど。クロちゃんではない。
PS3と軍 … 本当にそんな話あるのか？
PS4と仮想通貨　… 本当にそんな話あるのか？
山本直樹 … a.k.a. 森山塔 or 塔山森
明日また電話するよ … 最近になって読んでめちゃくちゃよかった山本作品。後半のCl2とか呼ぶ声の路線も好きすぎる。お子様注意。
イラレじゃなくてフォトショでした… … NHKの漫勉で紹介されていました。
1.5ml チューブ
CHEMEX
きみはコフィアを知っているか？
コフィアに関するブログ
University of California Irvine
ギルソン … ピペットのメーカー
Mathiew Meselson … MM
Mark Ptashne … 発音多分まちがえてた。いつもわからない。
遺伝子の調節機構 … 分子遺伝学をやる人にとっての必読本。英語もとても読みやすいのでおすすめ。
Meselson’s interview by Ptashne!!! … Mark PtashneによるMeselsonのインタビュー。本当によすぎる！
Harvardの分子生物学勃興時に撮影された記念映画　… Ptashneにフォーカスした映画。若いときのWatsonやらなんやら全部出てくる。
暗黒バエ
リチャード・レンスキー
白浜水族館の展示(生物学者のひみつ道具展) … 7/20まで！いそげ！
キムワイプじゃなくてVWRのLight-Duty Tissue Wipersっていう商品でした…

Editorial notes

似たようなエピソードもお待ちしています (soh)
彼/彼女も科学の発展に貢献したのだよ…(tadasu)
他の分野の意外な機器たちが知りたい(coela)

136. Silk Lord

Sun, 17 Apr 2022 12:05:00 +0900

生き物がつくる「糸」の強度に関する議論を行いました。(guest:なぜかクモに詳しい人)

Show notes

アミノ酸
リシン … ライシン、リジン。ヒストンといえば、これ。
トリプトファン
グリシン
ep55. Homecoming (Researchat.fm) … “クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。(過去のnakamura回-1)”
ep56. Readable lab notebook (Researchat.fm) … “クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。(過去のnakamura回-2)”
リン酸化 … タンパク質修飾のひとつ
セリン … 名前はどこからとられたでしょうか？
スレオニン (トレオニン)
チロシン … 構造タンパク質にはチロシンが重要な役割を果たしているものもある。詳しくは Benjamin et al., 2016 を参照
カイコのセリシン … カイコの絹糸はセリシンという糖タンパクの一種で覆われている。これを取り除く工程が精錬と呼ばれる工程。セリシンは化粧品にも使われる。
アスパラガス … 今の時期は旬で美味しい。アスパラギンはアスパラガスから単離された。
テラフォーマーズ … じょう…じょうじ…
クモ … 糸の強さが注目され、盛んに研究されている。繊維化のメカニズムやその強さの秘密は全てが明らかになった訳ではなく、現在も盛んに研究されている。
カイコ … いわゆるシルクといえばカイコガのシルクのことを指す。最も材料として使われている構造タンパク質の一つであり、医療用材料にも使われている。国内外で盛んに研究されている。
ミノムシ … オオミノガは最近寄生バエにやられて数が減っていると言われている。ミノを持って帰ってきてハエが出てきた時の衝撃は大きい。
鱗翅目 (りんしもく) … 羽根にウロコがある人たち。鱗翅目のシルクについては Fedic et al., 2002 にまとまっています。
honeybee silk
糸腺 (しせん) … 絹糸腺のことをそう言っている。クモやカイコなど、糸を作る生物は専用の器官を持っており、絹糸腺と呼ばれる。
ザザムシ … カワゲラやトビケラの幼虫の総称。シルクで巣を作るのはトビケラの方でした。佃煮にして食べると美味しい。長野県に行くと食べられます。Amazonでも買えます。
ザザムシの糸 … 漁網みたいになっていて綺麗 (Fig. 2)。特にβシートを形成する部分の配列が特徴的 Wang et al., 2010。
昆虫食 … 近年一般的になってきた風習。タイや長野がよく知られている。東京近辺では米とサーカスが有名。
ざざむし。 … 食虫ブログといえば
おかいこさま … カイコはおかいこさまと呼ばれて大切にされていた。
タナイス … 2mm 程度の甲殻類。かわいい。Kakui et al., 2021
カニムシ … 小さくてかわいい。
フィブロイン … シルクを構成する主要なタンパク質。クモ糸を構成する主要なタンパク質は Spider Fibroin で Spidroin と呼ばれる。
ダーウィンズバークスパイダー … クモ界最強との呼び声も高い。網の張り方は Gregoric et al., 2011 に詳しい。牽引糸に含まれるタンパク質も明らかになっている。
くもの喧嘩試合 … 四万十市で開催されていた。2020年から中止されていて残念。
加治木くも合戦の動画 … 完全にスマブラ
ミノガとクモどっちが強いの問題 … 諸説あります。
地球防衛軍

Editorial notes

歯にざざ虫が挟まってたんですよね…(nakamura)
敗北が知りたい。(tadasu)
昆虫食のレポートがんばりま〜〜〜す(coela)

135. No Protein Involved

Tue, 12 Apr 2022 11:30:00 +0900

特定のRNAの発現に反応する細胞内センサーについての原著論文を紹介しました。

Show notes

A split ribozyme that links detection of a native RNA to orthogonal protein outputs. BioRxiv 2022 … 今回紹介するプレプリントの論文。
57. All papers are created equal - Researchat.fm … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました”
Ribozyme (Wikipedia)
Tetrahymena Ribozyme … テトラヒメナ由来のリボザイムの反応についての解説。
Thomas Cech (Wikipedia) … “RNAが触媒的機能を持ち細胞内での反応に関与していることを初めて発見し、これをリボザイムと命名し…1989年にノーベル化学賞を受賞した”
Cryo-EM structures of full-length Tetrahymena ribozyme at 3.1 A resolution. Nature 2021 … テトラヒメナの立体構造解析を行った論文。
Ribozyme-mediated repair of defective mRNA by targeted trans-splicing. Nature 1994
Raman2RNA: Live-cell label-free prediction of single-cell RNA expression profiles by Raman microscopy. BioRxiv 2021

Editorial notes

この分野はおそらくこの先も面白い技術が次々に出てきそうです (soh)
まぁええんじゃないですか (tadasu)

134. Maze solver by single-molecule DNA navigators

Mon, 04 Apr 2022 04:30:00 +0900

DNAを用いて迷路を探索する方法を開発した論文を紹介しました。

Show notes

Researchat.fmで2019年に紹介した論文まとめ
Researchat.fmで2020年に紹介した論文まとめ
ep122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell (Researchat.fm) … “自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。”
ep123. We are still in the middle (Researchat.fm) … “数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。”
ep24. Driving, Surfing, and Sciencing (Researchat.fm) … “PCR法の発明者であるKary Mullis博士追悼回。PCRの原理と初期プロトコルやKary Mullisの生涯、爆速DNAポリメラーゼ、DNAを用いたハミルトン経路問題の計算（DNA computing）について話しました。”
ep7. In the golden age of molecular biology … “シドニー・ブレナー博士特集回（前半）。RNAタイクラブ、シドニー・ブレナーによる遺伝暗号解明へのアプローチ、ガモフの仮説、コドンとアミノ酸の対応関係、ファージを用いた遺伝学について、1950~60年初頭に出版された当時の原著論文を紹介し、分子生物学の黎明期における美しい実験や大胆な仮説と発見のドラマについて話しました。”
ep48. XXXXXYYYYY … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。”
Nature Materials
Chao et al., Nature Materials (2019) … “Solving mazes with single-molecule DNA navigators”
ep36. DNA-of-things (Researchat.fm) … “DNAをシリカビーズに封入し、3Dプリント可能な材料に混ぜることで、DNA入り3DオブジェクトをプリントするDNA-of-things (DoT)の技術と、DNA Storageと噴水符号化の技術について紹介しました。”
ep18. WikipeDNA (Researchat.fm) … “DNAに大容量のデジタルデータを書き込む技術を開発したベンチャーとその周辺技術、シリコンバレーで巨額の投資を受けたTheranosの一連の顛末を取り上げ、バイオ系ベンチャーにおける技術開発の難しさ、格ゲーの大会の盛り上がり、おすすめの映画とマンガについて話しました。”
ep16. Beyond imaging (Researchat.fm) … “DNA microscopy法という分子や細胞の位置を、分子間の近接情報のみから再構成することができる新しい方法論について、原著論文とその周辺技術を中心に詳しく話しました。”
ep74. Imaging-by-Sequencing (Researchat.fm) … “ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。”

Editorial notes

(soh)
ちょっと今回は説明が雑すぎました！もうちょい練習します！(tadasu)

133. The longest self-introduction

Mon, 28 Mar 2022 20:35:00 +0900

mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。

Show notes

maz
maz式ツイートの例
Kagayaさん … リザバーコンピューティングについてお聞きしたい。maz & kagaya回お待ちしております。
biomimetics/bio-inspired design: このあたりについて全く話せなかったが、生物は人の目から見て有用な特定の指標に特化しているとは限らない（一般にはしていない）ので、模倣する（バイオミメティクス）よりもそこから何らかの設計指針や着想を得るのに使う（生物規範工学・設計）方が良いだろうというのが大まかな流れとしてある、と思う。
Soft Robotics
Wyss Institute
Intelligence requires a body
ゆるふわ生物学さんのシャコパンチ回
ショウジョウバエのホバリング：高速度カメラによる運動計測 Fry et al., 2003; それを基にした数値流体力学シミュレーション (computational fluid dynamics, CFD) の論文 Aono et al., 2008, および動画.
ハイスピードカメラ（高速度カメラ）とフィルム
分解能と解像度： mazの私見だが「解像度 (image resolution)」は、画像や画面などについて、その実空間での物理的な寸法とは無関係に縦と横の画素数だけを指す場合と、寸法を考慮しての画素密度 (dpi, ppi) の意味との両方で使われることがあるように思う。密度や「2点を区別できる最小の距離」という方について議論したいことを明確にするためには「空間分解能 (spatial resolution)」の方が誤解を避けやすくてよいのではないかと思う。同様に時間方向の刻み幅については「時間分解能 (temporal resolution)」がある。
29:45あたり、シャッタースピードをなぜ上げたいか（露光時間をなぜ減らしたいか）の説明がないが、物体の運動を撮影するときの「ぶれ（モーションブラー）」を減らしたいから。その直後、絞りと被写界深度の話で「奥行方向に動くようなカメラ」というのは意味不明だが、動くのはもちろんカメラではなく翼。「複数台のカメラで同時に撮影したときに、画像上で翼が奥の方に動いていくように見える配置になってしまうカメラがある」という意味。
飛ばした修士の研究（の一部）は、地面や水面の近くを飛行するときに生じる「地面効果 ground effect」という空気力学的現象が研究テーマで、ホバリング中のショウジョウバエについてこれをシミュレートしたら、羽ばたきによる吹き下ろしが地面付近に高圧のエア・クッションをつくり、この上に胴体 (abdomen) が乗る、いわばホバークラフト的なことが起きていた、というもの（論文）。
マルハナバチ：ここで言っている羽ばたき周波数（1秒間の羽ばたき回数）は過大で、実際にはホバリングでは 145-165 Hz程度 (Fig. 7 in Dudley & Ellington, 1990)。
翼：読みは「つばさ」または「よく」だが工学的には後者の読みが多い。昆虫の翼は「翅（はね）」と呼ばれる事が多い。鳥の場合、1枚1枚の feather は羽毛（うもう）または羽根（はね）と呼ばれる。
ライト兄弟が史上初の動力飛行とされる Write Flyer I を飛ばしたのはキルデビルヒルズ（複数形が正しかった）で、キティホークはその少し北にある町。
レイノルズ (Reynolds) の相似則：たとえば日本語版や英語版ウィキペディアあるいは NASAのページなどを参照。
前縁渦 (leading-edge vortex, LEV) の発見:
- スズメガ（昆虫）： Ellington et al., 1996. 翼の長さが約1 mの拡大模型でホバリング飛行を模擬。このサイズは元にした蛾の約10倍。一方、本物の蛾は1秒間に26回羽ばたく (= 26 Hz) が、この模型は大きくしたぶんだけ 0.3 Hz とゆっくりと動かすことができた。
- アマツバメ（鳥）： Videler et al., 2004. 模型（1.5倍に拡大）で滑空を模した風洞実験をし、流れを煙とレーザーシートで可視化 (= particle image velocimetry, PIV)。
- コウモリ： Muijres et al., 2008. 生きたコウモリに風洞で飛んでもらい、流れをPIVで可視化。
- マダラヒタキ（鳥）： Muijres et al., 2012. 生きた鳥に風洞で飛んでもらい、流れをPIVで可視化。
- 翼果・翅果（植物）： Lentink et al., 2009. [explanation TBD（ちょっとちゃんと読みます）] 動画 (Wired)
- 前縁渦じゃないけどタンポポ： Cummins et al., 2018. 動画 (Nature)
「1秒間に200回のミニ竜巻」←誤り。ハエやハチのホバリングでは、打ち下ろしで1回だけでなく打ち上げでも1回発生するため、1秒間には400回ほど生成・消滅を繰り返している。後でハチドリの羽ばたきの話をするときにもこれに言及している。なお全く話せなかったが、前縁渦以外にも空気力（くうきりょく）増大メカニズムはいくつか提唱されている（少し古いがよく参照される総説論文 Sane et al., 2003）。最近、蚊で後縁渦というのも見つかっている（Bomphrey et al., 2017、動画 (Nature)、日本語の解説記事）。
北米のハチドリ：東側にいるのは Ruby-Throated hummingbird（ノドアカハチドリ）のようです。マイグレーション (migration) はこの文脈では「渡り」の意味。ノドアカハチドリはフロリダやメキシコへ渡って越冬する模様。
多摩動物公園：昆虫園にかつていたチャムネエメラルドハチドリというハチドリが対象だった。長崎バイオパークにもいたらしい。ワシントン条約の関係で輸入はかなり難しいようだ。
オオスカシバ：ウィキペディア
ハチドリの体重：一般に最小とされるマメハチドリは 2 g. 最大のオオハチドリは 20 g を超えるがこれはかなり「外れ値」なようで、2番目に重い種より2倍ほども重い (Fernández et al., 2011). AVONET（大元はDunning）によるとこの2番目に重い種というのは Topaza 属のいずれかで、12 g 程度のようだ。
体温を下げる torpor（休眠？）：英語版ウィキペディア
ハチドリの体温を測りまくってる Powers lab
FLIR
「あんなちっちゃいのに（沢山の種がいる）」←小さい方が種が多いのはおそらく一般的な傾向なので、逆接は意味不明。
「キュービックルート2」←意味不明。体重が10倍違うなら体サイズ（1辺の長さ）は cube root 10 で、約 2.15 倍。「キュービックルート10だから約2倍」と言いたかったのかも。
ハチドリの飛行の論文の例：空気を「ヘリウム・酸素混合ガス」に置き換えて酸素濃度を保ったまま密度だけ低下させた際の羽ばたき運動を計測した Chai & Dudley, 1996; 広い速度域に渡る羽ばたき運動を風洞で計測した Tobalske et al., 2007; 空気力学をPIVで調べた Warrick et al., 2005;Warrick et al., 2009 など。他にも Hedrick, Lentink, Altshuler といった北米（当時）のラボを中心に沢山出ている。
mazのハチドリ運動計測論文のハイライト動画。およびシミュレーション例の動画（動画開始直後、前縁に発達する白い渦が前縁渦）。論文についての説明で「次列風切はハチドリは5枚しかない」と言っているがこれは誤り。本当はこの種では6枚ある。ただし胴体に近い一番内側の羽根 (S6) は非常に見づらく、羽軸のトレースができていない。
初列風切・次列風切：ウィキペディア。東先生の本にはそう書いてたかもしれないが、「初列が推力で次列が揚力」なんていう明確な区別があるというのは眉唾、というかそもそも推力というのは揚力を分解して出てくる成分なので…（もちろん東先生はそのことはわかっているが）。
オナガラケットハチドリ：ウィキペディア・YouTube動画。ダーウィンが来た！で取り上げられていたようだ。実際にはこれよりも少し前から別のハチドリ映像についての話が何度か来ていた気がする。補足すると、maz には高尚な理由が見えていなかったが、先生は先を見据えてハチドリ型ロボットを開発していたと思われる。この後の2011年に AeroVironment の Nano Hummingbird が発表されていることからも潮流を読めていたことがわかる。
硬骨魚綱・ニシオンデンザメ
マダラヒタキ：ウィキペディア。気候変動（地球温暖化）関係でよく研究されているらしい。
スウェーデン・ルンド大学のラボ： Animal Flight Lab. 昆虫・鳥・コウモリの飛行を全部やってる。昆虫と鳥とかはチラホラあるがコウモリも含めた3グループ全部というのは非常にレアと思われる。風洞の論文があったが、7度ではなく8度傾けられるとのこと。
東昭（あずまあきら）：研究者の名前。日本での生物飛行・遊泳の力学の草分け的存在。日本語の本も多いが内容的には少し古いため、今から読む場合は他の本も読んだほうが良い。
木から落ちる蟻： Yanoviak et al., 2005. Yanoviak による動画。さらにイシノミやクモもあり。たまにまっすぐ落下してるやつはビー玉かなんかの対照実験です。制御について、頭を振るというのは勘違いだったようで、そもそも逆さまになって腹部 (abdomen) 側へ落ちていくらしい。さらに Yanoviak et al., 2010 によると主に後脚で制御してるようです（色々な脚を remove しての比較落下試験をしている）。また、落下角度が水平から45度を境界とする（それより浅いのを gliding, 深いのを parachuting）のは確かに文献にあるようです（初出？は Oliver, 1951 らしいが読めなかった）が、そういうことよりも飛行が制御されてるかどうかで分けろや、とかなんか色々あるようです。詳しくは Moffett, 2000 などを参照。この場合 descent としているのは、このへんのゴタゴタを避けたいからんあじゃないかって気もします。滑空関係でもっとガッツリ進化と絡んだ話を読みたい人向けにはたとえば Dudley et al., 2007 の総説もあります。←書きすぎでは？？
mealworm: ゴミムシダマシの幼虫、らしい。
マニューバー（機動）：コウモリの機動の論文
Robert Wood の Harvard Microrobotics Lab: 超小型羽ばたき飛翔体の RoboBee で有名（YouTube channel, ナショジオの動画）。Wyss Institute の Associate Faculty となっている。
長崎ペンギン水族館：世界で最多の9種のペンギンを飼育している。
ジェンツーペンギン：オレンジのクチバシと、頭の上の白い帯が特徴的。似た種がいないので見分けやすい。
GoPro: むき出しでもプール程度の水圧には耐えられるが、市販の透明な保護ケースに入れ、さらに各カメラの視野が最適になるような角度のケースを3Dプリントしておき、そこにはめ込んだ。
ペンギンの羽ばたき周波数： 4 Hz は巡航（採餌）遊泳時としては高すぎ。体サイズによって変わる（大きいほどゆったり）だが、最小の種であるリトルペンギンで3.5 Hz, 最大の種であるエンペラーペンギンで約1.5 Hz (Sato et al., 2010).
ペンギンの羽ばたき運動論文：東工大のプレスリリースがよく書けていて動画も載っている。「なん日かに分けて…4日」は間違い。論文に使ったデータを撮影したのは連続しない2日間で、初めの日に3個体、1年半後の別の日に初回の3個体に含まれていた1個体。
バイオロギング：動物に記録計（ロガー）を付けて、位置・速度・深度などの行動情報を記録する研究手法。日本バイオロギング研究会のページを参照。狭義のロギングは記録計の回収が必要となる。最近は送信機を付けてのテレメトリも増えている模様。
菊地デイル万次郎さん・SHIOMIさん：仲のいいバイオロギング屋さん。
レヴィフライト (Lévy flight)：英語版ウィキペディア。採餌（餌探索）の例でざっくりいうと、一箇所にとどまってその付近で餌を探すモードと、ある程度離れた場所まで割と一直線に動くモードとの組み合わせからなるような行動。レヴィウォークとも。
「彼らのフィールドワーク」：話のつながりがおかしいが、これは理論屋でなくバイオロギング屋さんのこと。
三代始祖：馬は専門外です。
三代始祖について話した回
Royal Veterinary College (RVC) の Structure and Motion Laboratory (SML) という研究所。主に歩行・走行の研究者が多い。飛行のPIは2名しかいないが2人ともトップレベル（仲もいい）。
Alan Wilsonの論文例：ライオン・シマウマ・チーター・インパラでした。
Oxford喋り[要出典] … Oxford周辺の方々、ご意見お待ちしております。
Imperial College of London: 自然史博物館「Natural History Museum (NHM) London](https://www.nhm.ac.uk/) がすぐ隣にある。入場無料だしオススメ。
mechanosensor: 機械的受容体と言っているが、受容器が正しいのかも。トンボの翅上の機械センサを調べた共著論文 (Fabian et al., 2022)。
Imperial College London の Huai-Ti lab.
ハエで有名な Holger Krapp.
AutoDesk Fusion 360：無料なのでよく使われるCAD.
Rhinoceros 3D：有料だがかなり安い。建築や宝石分野での利用が多いが、自由曲面生成に強いサーフェスモデラー。Grasshopper というプラグインでできるビジュアルプログラミングがおすすめ。何度か言及のあった「メッシュを切る」というのは、CADで作った形状モデルを基にして、構造または流体シミュレーションのために表面や構造または流体内部に格子点（およびそれからなるセル）を作ること。
メガネウラ … 眼鏡ウラではない。メガ-ネウラ
翅脈（しみゃく）：昆虫の翅のうち、膜じゃない骨組みの部分。英語は vein. ウィキペディアの昆虫の翅の記事も参照。
トンボの pterostigma（縁紋）：マスバランス効果を論じた論文は1992でなく1972でした。
Pterosaur（翼竜）：翼竜の研究はしたことがないので話せることはほとんどありませんが、昔バイオメカニクス研究者が古生物学者にボロクソに言われてた話なんかはあります（ボロクソに言われていた論文 Wilkinson et al., 2005）。

Editorial notes

久々に沢山話せて楽しかったです。後半、のどがかれていてちょっと聞きづらいいですね。失礼しました。残りの80%（そんなに無いと思うが）はまたいずれどこかで… (maz)
久々に2時間半超えました。やばい量のshownotesも執筆ありがとうございました。皆様にすこしでもバイオメカニクスという分野の面白さが伝わればうれしいです。今回は自己紹介だけで終わってしまったのでまた参戦していただきたいです。mazさんありがとうございました。(tadasu)

132. A Pile of Letters 2

Sun, 27 Mar 2022 20:38:00 +0900

過去2年分のお便りを紹介しました。

Show notes

TOKYO WARDROBE
Ep21. Living in the base-21 world (Researchat.fm) … coelaが顕微鏡のワークショップに参加した感想を話す回。
Ep114. Logs of Logs (researchat.fm) …　”ブランドのカリスマ性とタトゥー/PCに貼るステッカー、大学の校章デザイン、スポーツチームのロゴデザイン、企業ロゴのデザイン、ポッドキャストのアートワークデザインについて話しました。”
東京外国語大学 … しびれる校章
横浜市鶴見区 … 区章？は鶴見区の横にあるやつっぽいです。
アメリカの救急車のマーク … “スター・オブ・ライフ（英: star of life、命の星）は「アスクレピオスの杖」を中心に青い六本の柱が突出したデザインのマーク。”
NAIST Tシャツ … グツグツするTシャツ
Ep10. The endgame keyboard (Researchat.fm) … “記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。”
Ep66. Weaving a web of ideas (Researchat.fm) … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。”
Ep57. All papers are created equal (Researchat.fm) … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。”
ZEQUENZ/ジークエンス … SiO2さんにおすすめいただいたノート
ユニボールワン 0.38mm …SiO2におすすめいただいたボールペン
Lily58 Pro … 自作キーボード
Ep48. XXXXXYYYYY (Researchat.fm) … “レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。”
Docker
R Markdown
Jupyter Notebook
history
researchat.book … 未だ見ぬ大作？
Ep12. Open Source Cola … “ボストンのコーヒー事情、コーヒーのこだわり、希少性の高い食品や物の価値、地球温暖化の原因、お便り機能の実装、おすすめの本紹介、書店や図書館の魅力、科学研究におけるデータ共有の難しさ、オープンソース化されたコーラの作り方などについて話しました。”
Ten simple rules to improve academic work–life balance
Ep70. Existing Legend … “現存する伝説の武器について話しました。”
ぼおるぺん古事記
Ep17. Ghost in the half-shell … “カルビーの新ジャガイモ・ぽろしりの凄さ、個体サイズと染色体数・細胞数の関係性、バオバブバー閉店、世界の武器、象、ゲーム開発や研究における職人技について話しました。”
iBiology … 最強の動画シリーズ
Conversations in Genetics … 最高の動画シリーズ
MITのOpen Course … あとはこれをひたすら流します。
Image Cast

Editorial notes

引き続きお便りお願いします！(soh)
遅くなりましたが、お便りありがとうございます。(tadasu)
頂いたメッセージへの当時の回答をメモっておこうと思いました。 (coela)

131. A Pile of Letters

Fri, 11 Mar 2022 04:43:00 +0900

過去2年分のお便りを紹介しました。

Show notes

Researchat.fm お便りフォーム … こちらからお便り受け付けております。
原腸陥入はお済みですか？
ルイス・ウォルパート「人生において最も重要なのは、誕生でも結婚でも死でもなく、原腸陥入の瞬間だ。」
V(D)J組換えはお済みですか？
アレグラ飲んで実験してるよね？
THIS WEEK IN VIROLOGY … 石原さんご紹介ありがとうございます。
TWシリーズ
NEB podcast
eLife podcast
The Lonely Pipette : helping scientists do better science … SHIOTAさんが教えてくれた海外のresearchat.fmっぽいポッドキャスト
葬送のフリーレン
湯神くんには友達がいない … Ayaneさん、ご紹介ありがとうございました。
Artiste
防衛漫玉日記
神戸在住
76. The Chimeric RNA (Researchat.fm) … dessanがCRISPRについて説明してくれた回
79. Connecting Dots (Researchat.fm) … pomeさんがバイオスタートアップについて説明してくれた回
Zhu et al., Science Advances (2019) … “A prokaryotic-eukaryotic hybrid viral vector for delivery of large cargos of genes and proteins into human cells” たうちさん紹介ありがとうございます。おもしろい論文です。
いいねの数だけ論文を今年紹介する
2020年の論文紹介実績
2019年の論文紹介実績
登さんのブログ
登さんの情熱大陸
論理的思考の放棄
相分離 (Phase separation)
LLPSに関する言及 … LLPS研究の歴史から問題点まで
chromatin/DNA loop extrusion … 興味がある方はググってください。
Cytoscape
Bioconductor
Fiji/ImageJ
Chan Zuckerberg Initiative
BioPerl
Biopython
BioRuby
74. Imaging-by-Sequencing (Researchat.fm) … DNA origamiについての軽い言及があります。
37. Biological Enigma (Researchat.fm) … dessanによる分子生物学入門

Editorial notes

こう見えて懸命に答えをだそうとはしています (soh)
遅くなりましたが、お便りありがとうございます。(tadasu)
ポッドキャストでの回答のペースが遅くて申し訳ないです。お便りは全て目を通させて頂います！とても励みになっております。(coela)

130. SOMEBODY TO LOVE

Sun, 06 Mar 2022 21:05:00 +0900

研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、FFTとLoLについて話しました。

Show notes

#73 論文の未来を語ろう … とてもいい回なのでみなさんに聴いていただきたい。 “生命科学研究者Podcast の”researchat.fm”・”NeuroRadio” から tadasu さん、 tamaki さん、Hagiharaさんをお招きしたゲスト回。”
128. Let’s start a science podcast (Researchat.fm)) …　ポッドキャストを始めることを検討している方にはぜひ聞いていただきたい。 “研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。”
ファイナルファンタジータクティクス(FFT)
League of Legends (LoL)
League of Legends プレイヤー人口は1億人と言われている
ボタン連打とポケモン
岐阜コンボ
あめみやたいよう　vs kazu … 獣道４あめみやたいよう VS kazu ぷよぷよテトリス
今夜勝ちたい
キャラのリメイク … 公式には VGU (Visual Gameplay Update) と呼ばれている。例
LoL のキャラ数 … 2022年時点で158キャラ。昨年の世界大会ではそのうち80キャラが使用された。
Project L … LoLの格ゲー (開発中)

Editorial notes

収録から時は流れ、今はエルデの王になるために研鑽を積んでいます。クラシックRPGはいつも長距離フライトのお供にして遊んでいるので、次回海外に行く機会にこのエピソードを聴きながらFFT始めてみます! (Ryohei)
このままお蔵入りかな〜と期待してましたがとうとう出てしまいますか…高速フーリエ変換に関しての熱い議論を期待していたリスナーの方々には申し訳ない限りです。25年経って、自分がいかに”持たざる者”かを痛感する毎日です。(Hagihara)
FFTは本当におすすめなのでみんなにやって欲しいです。LoL観戦面白そうなのでちょっとルールを覚え始めました(coela)
いろいろ書き物で死んでいたので公開までに時間がかかってしまいました。FFTもLoLもおもしろそうです。(tadasu)

129. We Are Smart Enough

Mon, 28 Feb 2022 06:00:00 +0900

1バレルと1石、体積が大きいのはどっち？分からない疑問についてGoogle検索を使わず答えをひねり出す様子をお届けします。

Show notes

115. Ramen Restaurant Serves Foie Gras (tadasu, hinakamo, and Zaikou) - Side by Side Radio
#73 論文の未来を語ろう - 研エンの仲
128. Let’s start a science podcast - Researchat.fm … “研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました”
80. Guest explains everything - Researchat.fm … “pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました”
フェルミ推定 (Wikipedia)
Researtchat.fmお便りフォーム … お便りフォームはこちらです。ぜひ面白い問題を答えは載せずにお待ちしております。

Editorial notes

定期的にやりたいです (soh)
研エンの仲さんありがとうございます。良く分から無いことにあーだこーだいう時間は楽しいですね。(coela)
みなさまからの挑戦待っています。問題文だけこっそりDMください。というか山小屋じゃなくて寺子屋だろ…(tadasu)

128. Let's start a science podcast

Sat, 22 Jan 2022 20:38:00 +0900

研エンの仲のRyoheiさんとNeuroRadioのHagiharaさんをゲストに迎え、研究者/科学者ポッドキャストについて色々話しました。

Show notes

実験医学 2021年11月号 Vol.39 No.18 … “はじめよう！研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア座談会／石黒　宗，加藤郁佳，宮脇健行”
第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力 by Soh (実験医学)
研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者 Ayaka (@kayautoka) とソフトウェアエンジニア Ryohei (@fushimir) の2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、日常の話題についても話しています。”
NeuroRadio … “NeuroRadioは神経科学者のKentaM_Hagiharaとtak_miyawakiが神経科学の新着論文、研究業界、海外での研究生活等、様々な話題を語るPodcast。大西洋を越えて収録しています。”
#40 神経科学者はマイクロプロセッサを理解できたのか? (研エンの仲) … 研エンの仲の論文紹介回。お二人の専門性と論文の相性が高すぎる最高のエピソード。この論文は研エンの仲のために書かれた！(嘘)
#46 波瀾万丈、プログラミング言語「JavaScript」の20年史 (研エンの仲) … 激動の1995年から始まるJavaScriptの話。当時の状況もよく理解でるすばらしいエピソード。それにしても1995年濃すぎる。
#29 Podcastのしくみと歴史 (研エンの仲) … Podcastの始まりからその性質までをわかりやすく説明している回。ポッドキャストをはじめてその歴史や仕組みが気になった方にはおすすめです。
#14 リモート会議を支える技術: 速さだけじゃないネットワークの品質 (研エンの仲)
researchat.fmのediting … sohとtadasuが今のところ半々ぐらいかな。coela編集回は0
#53 どこどこは岡山弁じゃけん (研エンの仲) … 「なんてろかんてろ」が飛び出した神回。こういう話したい！ってなりました。ただあんまりおもしろい方言がないのがコンプレックス(香川県民, tadasu)
#65 AIにPodcastの台本を書いてもらいました (研エンの仲) … AIに台本を書かせて読んでみる回。AIが結構ちゃんとした台本を出していてびっくりします。企画力の高さが光るエピソード。
#54 理系2人暮らし9ヶ月目、リアルな家事分担事情 (研エンの仲) … 生活における最適化問題を解くプロセスの話は大好物です。#10や#6あたりも聴いていただきたい。
#48 なんで私がF1に？ (ゲスト@namicha_1) (研エンの仲) … 今までスポーツ観戦にハマることがなかったというなみちゃん氏をゲストに迎え、F1沼にはまっていく序章となるエピソード。ここから何回かに分けてそのF1沼にはまっていく様子が語られていくことになる。
#13 Non-stealth marketing – the inaugural 1st author review (NeuroRadio) … HagiharaさんのNature 1st論文紹介回。強すぎる！我々の目標とするエピソード。
#11 Sequencing the Connectome (NeuroRadio) … Zadorのsequencingとconnectomeを繋げるという話はResearchat.fmでずっとやりたいなぁと思いつつも、話せてなかった論文群なのでとても勉強になった。
NeuroRadioさんのゲスト回 … 全部最高なんですが、今回のエピソード内に出てきたゲスト回とResearchat.fmのTwitterでコメントした回を載せておきます。
#30 Being a technologist at 10x (NeuroRadio) … 10xに研究者として就職されたSasakiさんのインタビューをMiyawakiさん単体で行ったすらばしいエピソード。
#8 Social Interaction with Dr. Teruhiro Okuyama – Part 1 (NeuroRadio) … MITに留学されていたOkuyamaさんのエピソード。親近感もありつつ、Okuyamaさんの戦略をしっかり聞き込めるすばらしいエピソード。
なぜ，バナナは黄色だと思うのか，思いつく事をしゃべってみろ！ … 奥山さんの留学記。tadasuは以前にこれを読んでいたので#8のエピソードには興味津々でした。
#20. A programmed round-trip for Europe by Dr. Keisuke Yonehara – Part 1 (NeuroRadio) … デンマークでPIされた後に昨年日本の遺伝研でもPIになられたYoneharaさんのエピソード。研究の進め方やラボの運営についてとても参考になる話が聞けます！
#16 Mechanistic vs population codes – Inter-show interaction with Ayaka Kato (NeuroRadio) … 研エンの仲のAyakaさんがNeuroRadioに出演した回。控えめに言って神回です。
Rebuild.fm … 日本のテック系ポッドキャストで最も有名かつ、最高峰の番組。
okaさんによるRebuildのタイトル考察
#研エンの仲 … めっちゃつぶやこうぜ！
#NeuroRadio … ツイートバンバンしようぜ
NeuroRadioのマシュマロ … 発掘したからみんなでマシュマロ投げつけようぜ！
104. Resolution of sweet bean (Researchat.fm) … つぶあんこしあんについて話し合った回
Anchor … みんなここでポッドキャスト始めよう！「Anchor はじめ方」でググってください！
114. Logos of Logos (Researchat.fm) … ポッドキャストのアートワークについて語った回
実験医学のポッドキャスト … 実は存在していたのである。実験医学さん！ポッドキャストをはじめる機運ですよ！
RIKEN CBS presents ❝真夜中の脳科学 Brain Science ‘round midnight❞ … RIKEN CBSのポッドキャスト
The OIST Podcast … OISTのポッドキャスト。これからは大学・研究所の広報の一環としてポッドキャストが重要視されるはず！
100. Researchat.fm (Researchat.fm) … Researchat.fmの命名問題についてはこちらをお聴きください。
Misreading Chat
Ryohei Yasuda … tadasuが神の如く尊敬する研究者。実はtadasuの高校の先輩。
働き者のラボ … なお萩原の今ボスは安田さんのポスドク時代のボスと同一人物で、こんな感じらしい笑 (h)
吾輩は科学者である … Ryohei Yasudaさんのポスドク時代からPIになるまでの記録が記されている伝説のサイト。
グラントの書き方 … Ryohei Yasudaさんのグラントライティングテクニックの根幹が書かれているページ。tadasuは毎回ここに立ち返る。
Ryohei Yasuda先生のツイート … 最近だとこのツイートが唐突すぎておもしろかった。
職探しTips　by 五十嵐 … NeuoRadioにも出演された五十嵐先生のポジションを取るまでの記録。あまりにも最高すぎる資料です。
NeuroRadioのポッドキャストはじめ方まとめ
researchat.fmの収録tips
高井研先生のポッドキャスト考察1 … tadasuが鬼の如く尊敬する高井先生のツイート。”「科学教育アウトリーチにおけるエフォートと効果について」ハーバード大学のピーター・ガーガスというワシの同世代のワイルド天才が笑撃的な論文を書いておる（海洋性ゴリラ経由）。おそらく最も効果的なのは、ラジオやポッドキャストで、休日の市民講演会は最も意味なしらしい（アメリカでは）。” : Peter Girguis先生のことであることはわかるがどこに書いてあるのかわからん！だれかソースちょうだい！
高井研先生のポッドキャスト考察2 … tadasuが鬼神の如く尊敬する高井先生のツイート。”まあ日本とアメリカでは社会の科学教育アウトリーチというとらえ方が結構違うのでワシの個人的印象とはやや異なるが市民講演会が効果が低いというのはなんとなくわかる。人気のあるラジオやポッドキャストが極めて効果的というのも賛成。ただしピーターはテレビや映画に出るほどイケメソではない（笑）”高井鬼神がすすめるんだからポッドキャストは重要なんだ！重要なんだ！
高井研先生がバイリンガルニュースに出た回 … 高井・イケメソ鬼神・研先生がバリンガルニュースに出た回。このエピソードか、爆笑問題の太田さんがラジオで触れていた時にバイリンガルニュースっていうのがあるらしいと知った記憶。このエピソードは非常にいい感じだった。

Editorial notes

Podcastの持続可能性に話せたのもよかったです。推しは推せるときに推そう。(Ryohei)
ゲストで登場していきなり”私は今ストレスで機嫌が悪いです”という感じの悪い自己紹介をしていてどうしようもないですが、後半に行くに連れてそこそこちゃんと喋ったと思うのでお許しを… (米国移住でほんとに若干テンパってた)(Hagihara)
実は結構緊張していたのですが、終わってみれば楽しく収録できて最高でした！実験医学さんにもこの場を借りて改めてお礼申し上げます。(coela)
初めて、他のポッドキャストの方々にゲストとしてきていただいたのですが、結構しどろもどろでした。でもめちゃ楽しかったです！ありがとうございます。聴きたいなぁと思うけれども世の中にそんなメディアがない！というところがあればチャンス！自分で話しちゃいましょう！(tadasu)

127. Momo

Wed, 19 Jan 2022 21:06:00 +0900

ゲストにdessan氏を迎え、反証可能性について考えたことを話し合いました。

Show notes

Massachusetts COVID-19
HARKing … “HARKingは社会心理学者のノーバート・カーが造語した頭字語であり、「結果が判明したあとに仮説を作る」hypothesizing after the results are knownという疑わしい研究慣行を意味する。”
p-hacking
ランジャタイ … dessanとtadasuはここ数年、彼らの動向を追いかけてきた。
科学技術の革新と資本主義（１）ポパー科学理論の再検討 … 小畑二郎先生の議論を参考にしました。
科学技術の革新と資本主義(2) ―イノベーションと起業家に関するオーストリア理論の検討―
カール・ポパー
科学的発見の倫理
客観的知識 … なぜかこれと科学革命の構造を読めと怖い先輩に言われた。チラ見はした(tadasu)
反証可能性
PDCA … PDCA (plan–do–check–act or plan–do–check–adjust): みんなが大好きなやつ。
大澤真幸　〈世界史〉の哲学　近代篇１　〈主体〉の誕生
フリードリヒ・ハイエク
ルートヴィヒ・フォン・ミーゼス
ゲンロン12
リチャード・ローティ
制度論
アートワールド
アンディ・ウォーホール
科学の社会史
Keiko Torii先生のツイート … “米国ではNIHによる$1の投資が$2.15の産業利益を生むとの試算。” 元の資料も探してみたい。
開かれた社会とその敵
トーマス・クーン
科学革命の構造
ラカトシュ・イムレ
デュエム=クワインのテーゼ

Editorial notes

今回はいろいろ大変でしたが、収録（特に後半）は楽しかったです (dessan)
熱出たんです…色々と考えてみましたが勉強になりました。科学哲学ぼちぼち勉強したい。(tadasu)

126. The act of recommendation

Tue, 11 Jan 2022 04:18:00 +0900

ゲストにdessan氏とyamaken氏を迎え、2021年に観た・読んだおすすめコンテンツについて語ってもらいました。

Show notes

文学少女対数学少女
アクト・オブ・キリング
ジョシュア・オッペンハイマー
アクト・オブ・ボディ … yamaken氏の小説！みんな買って読んでください！ “「健康な身体がほしけりゃ、人に借りればいいのに……」人の身体をレンタルして寝ているあいだも働けるようになった世界で、30代管理職の聡美は24時間働いていた。ある日、身体の交換に失敗する事故に巻き込まれた聡美は、そこで昔蒸発した彼氏に再会する。本作品は「24時間働けるようになった世界で人はより幸せになれたのか？自分の身体を脱ぐことで私たちは何をアクトしているか気づくのか？それともアクトし続けるのか？」を描いた30代男女入れ替わりSFである。”
MCU
ファルコン&ウィンターソルジャー
ロマ音楽
ユーゴスラビア
アンダーグラウンド
アンダーグラウンドのサウンドトラックCD … ノリノリのジプシー音楽が楽しめます。
DMM英会話
エミール・クストリッツァ
ジプシーのとき
オン・ザ・ミルキー・ロード
サラエボの花
ゆはるユーゴスラビア-大国の誕生と滅亡の歴史 Chapter1 … ゆはる氏の世界史解説Youtubeチャンネル
コードギアス　亡国のアキト
TSUTAYA宅配レンタル
台風クラブ
相米慎二
魚影の群れ
ラブホテル
スクリプトドクターのサクゲキRADIO … “脚本家・映画監督・スクリプトドクターの三宅隆太が「サクゲキ＝作劇」にまつわるアレコレを語る番組です。”
キャリー・フィッシャー
三幕構成
隷属への道
青い花 … 志村貴子先生の漫画。女の子と女の子が仲良くするお話
田舎 … 子供は見てはいけません。
本の雑誌社絶景本棚 … 様々な作家の本棚の写真を集めた本。背表紙読書を楽しもう！
scrapbox
千葉雅也
ひとこわ　… 本当に怖いのは人間
平山夢明

Editorial notes

いま2021コンテンツベスト25を考えています(dessan)
みなさま、表紙だけでもいいんで小説アクト・オブ・ボディを買ってください。あと、遊戯○形式のコンテンツ紹介楽しかったです。(yamaken)
panpanya先生回の次に出そうと思っていたのですが色々と遅れてしまってすいません。2022年もよろしくお願いします。そしてデュエリスト募集中です。(tadasu)

125. A Scalable Podcast Show

Thu, 06 Jan 2022 07:00:00 +0900

Researchat.fm前年の反省と2022年の目標について3人であれこれ話しました。

Show notes

曙デビュー戦は衝撃的な初回失神ＫＯ負け／復刻 (日刊スポーツ) … 2003年でした…
GitHub Actions
sxsradio 2021 podcasting setup
Researchat.fm お便りフォーム … ぜひ2022年もお便りを宜しくお願いします。
7. ローカルとリモートに複数人のゲストがいる場合のポッドキャスト録音 (Researchat.fm Blog)
Podcast Hosting the Way You Want It (Libsyn Podcast Hosting)
Yattecast (Github)

Editorial notes

LogicPro買おうかな〜ちなみにウェブサイトに今年から編集した人と収録日を載せるようにしてみました (soh)
ぼちぼちやります (tadasu)
あけましておめでとうございます、今年もよろしくおねがいします！(coela)

124. Researchat.LT vol.2 (post-analysis)

Mon, 03 Jan 2022 11:30:00 +0900

Researchat.LT vol.2の振り返りを行いました。

Show notes

ResearchatLT vol.2 … ResearchatLT vol.2の録画はこちらからご覧になれます。
ResearchatLT vol.1 … ResearchatLT vol.1の録画はこちらからご覧になれます。
ResearchatLT vo.2の要旨 … 発表者のTwitterアカウントなどはこちらを参照してください。要旨もご覧になれます。
Researchat.fmのYouTube … 登録よろしくお願いします。
Ayaneさんのコンテンツ
Interaxion Podcast … okaさんのポッドキャスト。”Interaxion [ˌɪntəˈrækʃən] は物理やテクノロジーなどについてゆるく話すポッドキャストです。”
ポアニュネップリの始め方　… 君もポアニュネップリを始めよう！
八訂 … はってい or はちてい。一瞬、席を外していた間にまさか残りの二人が漢字が読めないとは思わなかった… (tadasu)
remonさんのLT発表スライドのまとめ記事
凍らない魚
Hope of Birds 〜楽曲分析エンターテイメントpodcast〜 … サイトウナヲキさんのポッドキャスト “ポッドキャスト Hope of Birds です。コントラバス奏者のサイトウナヲキが、丸の内OLのmamekoや仲間たちと気楽に楽曲分析したり雑談したりする番組です。”
#ホットサンドオススメ … みんな！ホットサンドをつくってつぶやいてね！
ハーモニックドライブ
Side by Side Radio … Ryota Nishizonoさんのポッドキャスト “Side by Side Radioは、元プロロード選手の西薗良太 (Ryota Nishizono) がサイクリング全般のことから、サイクリングに関係がないことまで、お話するPodcastです。中でもロードレースやシクロクロス、スポーツサイエンスのことが多いです。”
sxsradio 2021 podcasting setup … “2018年6月から開始したsxsradioは2021年ついに100回に到達した。初回はまともに話すことすらうまくできておらず音声編集の技術も未熟だったために黒歴史化しているが、さすがに100回やったらそれなりにできるようになってきた。その技術の一端をここに記述したい。”
NeuroRadio
あいまいまいんの生物学 … まいん先生のブログ。生物の勉強に興味がある方はチェックです！
ScienTALK … レンさんのポッドキャスト “おしゃべり研究者レンと普通のOLエマによるポッドキャスト”
サイエンマニア … レンさんの科学者インタビューに特化したポッドキャスト
Slainte! … tadasuが最近聴いているポッドキャスト
78. You can(not) do science in one country … SHIOTAさんがゲスト出演してくださったResearchat.fmのエピソード。留学について。
雛形さんによるResearchat.fmのエピソードおすすめ … 雛形さんによるResearchat.fmのオススメエピソードに関するまとめ記事。
SpatialChat … ネット懇親会用ツール。めっちゃいいです！懇親会やりたい人はアイデアをresearchat.fmに送ってください。
Researchat.fm at Apple Podcast
Researchat.fm at Google Podcast
Researchat.fm at Spotify
Researchat.fm at Amazon Podcast

Editorial notes

参加頂いたみなさま、ありがとうございました！(soh)
最後の各賞の受賞者を決める間、間をつないでくださった皆様ありがとうございました。また次回よろしくおねがいします。(tadasu)
皆様のクオリティの高い個性的な発表が聞けて楽しかったです！！(coela)

123. We are still in the middle

Sat, 01 Jan 2022 13:40:00 +0900

数百種におよぶエンハンサー活性をゲノムにレコーディングし、シーケンシングによって一斉に読み出すテクノロジーについての論文を読みました。

Show notes

Multiplex genomic recording of enhancer and signal transduction activity in mammalian cells … 今回紹介する論文(プレプリント)
Whole-organism lineage tracing by combinatorial and cumulative genome editing. Science 2016. … Jey Shendureらのチームは世界で初めてCas9ゲノム編集を利用した細胞系譜の一斉追跡技術を開発した。
Jay Shendure (Lab website)
Jay Shendure (Wikipedia) … ShendureはGeorge Church labの出身で、Solidシーケンサーの開発などを成功させた一人。
122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell … ep122では自己組織化するタンパク質を利用した細胞内情報のレコーディング技術について紹介しました。
31. Editing the unedited … CRISPR-Cas9を用いた全く新しいゲノム編集技術Prime editing (PE)についての原著論文を紹介した回。今回の論文のコア技術となっています。
71. Data Doesn’t Speak for Itself … サイレンサー配列のスクリーニングについての論文を紹介した回。
TATA box (Wikipedia) … 真核生物においてはTATA配列は、プロモーター配列として機能し転写開始点となる。

Editorial notes

収録は年末でした。2022年のresearchat.fmも宜しくお願いします。(soh)
レコーディング熱い。(tadasu)

122. Cyalume and Fluorescently Tagged Ruyi Jingu Bang in the Cell

Fri, 31 Dec 2021 05:01:00 +0900

自己組織化することで伸長する性質を持つタンパク質を応用することで、細胞内で起きた現象を一細胞レベルでレコーディングし、そしてその情報を顕微鏡を用いることで読み出すことができる手法を開発した2本の論文について紹介しました。

Show notes

Linghu et al., BioRxiv (2021) … “Recording of cellular physiological histories along optically readable self-assembling protein chains”
Lin et al., BioRxiv (2021) … “Time-tagged ticker tapes for intracellular recordings”
02138, 02139, 02115 … アメリカのZip code、すなわち日本の郵便番号。これを知っていると論文と研究の地理感がよりよくわかる。02138はHarvard University、02139はMIT、02115はHarvard Medical School
Ed Boyden
Karl Deisseroth … Optogeneticsの開発者。Ed BoydenとCRISPRを用いたgenome editingで有名なFeng ZhangはKarlのラボ出身。
optogenetics
Fei Chen … Ed BoydenラボでExpasion microscopyを開発。今ゴリゴリの若手。
Expansion microscopy (Science 2015) … Fei ChenとEd BoydenのExpansion microscopy論文
清華大学 … 中国の最強大学の一つ。
Linghu et al., Cell 2020 … “Spatial Multiplexing of Fluorescent Reporters for Imaging Signaling Network Dynamics “: Linghuの一つ前の論文。こちらも自己組織化するタンパク質を用いた細胞内レコーディング、通称signaling reporter islands (SiRIs)の開発論文
Adam Cohen … こーへんじゃなくて普通にかんがえてコーエンですよね…
Luke Lavis … 化学のバックグラウンドを生かした、蛍光dyeの開発をもりもり行っている。
David Baker … タンパク質デザインの巨匠
Baskaran et al., Nature Communications (2015) … “An in cellulo-derived structure of PAK4 in complex with its inhibitor Inka1”: iPAK4の元になった論文。オリジナルの論文ではiPAK4という名前は使われていない。すでに如意棒感があるフィギュアがちらほら。
Zamft et al., PloS One (2012) … “Measuring Cation Dependent DNA Polymerase Fidelity Landscapes by Deep Sequencing”: DNA polymeraseの特性を活かした細胞内レコーディングの論文。Ed Boyden + George Church

Editorial notes

このアイデアの行く末を見守ります。(soh)
面白い発想の論文はいいですね。(tadasu)

121. Panpanya

Mon, 06 Dec 2021 20:54:00 +0900

panpanya先生の作品について話しました。(w/ dessan, yamaken)

Show notes

panpanya
模型の町へ　…panpanya先生の短編。現在無料公開中です。ぜひ気になる方はお読みください。
足摺り水族館 (panpanya) … dessanのおすすめ作品
蟹に誘われて (panpanya) … tadasuのおすすめ作品
枕魚 (panpanya) … yamaken氏のおすすめ作品
動物たち (panpanya) … tadasuのおすすめ作品
二匹目の金魚 (panpanya) … tadasuのおすすめ作品　最初のメロディをまず読んでください。
グヤバノ・ホリデー (panpanya) … yamaken氏おすすめの「比較鳩学入門」収録作品
おむすびの転がる町 (panpanya) … tadasuは買いそびれていたので買いました。
魚社会 (panpanya) … 最新作。とてもいい話がびっちりなのでpanpanya道への入門には最適。
researchatLT vol.1 … この懇親会でpanpanyaを知ることができました。ありがとうございます。
魔術的リアリズム
ガブリエル・ガルシア＝マルケス
ホルヘ・ルイス・ボルヘス
百年の孤独
フリオ・コルタサル
悪魔の涎
南部高速道路 … フリオ・コルタサルの作品
大王 (黒田硫黄) … 黒田硫黄先生の魔術的リアリズムを感じられる漫画。dessanの推薦作品。
ガロ
つげ義春
佐々木マキ
ねむいねむいねずみ
panpanya先生のブロック塀への愛
魔の四角形
新宿駅ダンジョン
梅田駅
なんば駅 … 梅田駅と混同していました。これは怒られる… 渋谷駅と新宿駅を間違うようなものじゃないですか。なんば駅も大概なんでしたっけ？大阪の地理はいまだによくわからない。大阪の屋台の巣はどこだったんだろう。梅田から電車でそこまで遠くなかったと記憶しております。
横浜駅 … 工事が長いだけで大した駅ではないことについては住民にはアグリーしてもらえると思う。以前、最寄駅として使っていたことがある身としてはあまり面白い駅ではない。
横浜駅SF
宮田珠己
四次元温泉日記
探偵!ナイトスクープ
ナットはどこにいった。
楽園
岩波データサイエンス Vol.6 … 【その他】掌編小説(円城塔)計算機で作るナンプレ(とん)掌編漫画(panpanya)

Editorial notes

朝イチ収録で最初のほう頭が回ってない感がある。(dessan)
初めてポッドキャストでお話しました。とても楽しかったです。あんまり自己紹介しませんでしたがバイオインフォマティクスのお仕事している者です。(yamaken)
みんな、panpanya先生の漫画をよんでpanpanyaみの話をみんなでしようよ！tmk先輩は外国育ちだからpanpanya読んでもピンとこないかもね。(tadasu)

120. Izuna Drop

Fri, 03 Dec 2021 09:00:00 +0900

白土三平先生から学んだこと、ポッドキャストの略称、ポ絵描きとポッカソン/ドカ撮り部、論文ビブリオバトルの構想について話しました。

Show notes

白土三平
カムイ伝
カムイ外伝
忍者武芸帳
ワタリ
サスケ
ガロ
変移抜刀霞斬り
飯綱落とし
木耳 … キクラゲ
山田風太郎
魔界転生 … まかい”てんしょう”です。流れで間違えました。
カムイ外伝大四話ムササビ … “術者は己の秘術を編み出した時、その術を破る方法も考えるものだ。”
十文字霞崩し … 敵を知り己を知れば百戦殆からず
るろうに剣心
弧刀影裡流居合術 … “弧刀影裡流居合術（ことえりりゅういあいじゅつ）は、九州出身の野瀬庄五郎が西南戦争に従軍した経験から編み出した居合術。” こんなかっこええのないよ。
椿三十郎 … 本当に最後のシーン見て欲しい。というか用心棒から見て欲しい。
ポッドキャストの略称に関するアンケート
ポッ拳
ストクロ
ポッドキャストお絵かき/podcastお絵かき
ポ絵かき … ポッドキャストお絵かきの略称
ハッカソン
ResearchatLT vol.1 … vol.2も開催予定です。
人狼ゲーム
ビブリオバトル
活動弁士
晋平太
R-指定
剣道と期待値 … tds少年は小学生のころ、剣道において、技のリスクリターン、相手の技の出現頻度、相手の受けパターンの分析、試合開始後は安全に行きたいために固定技になる確率が高い、相手が練習していないところだけで勝負する、博打技の期待値、試合時間をわざと使い切って焦らせる、審判へのアピール、ルールブックを隅から隅まで読む、試合前に相手に話しかけて心理戦に持ち込む、読唇術をつかって相手の試合前のミーティングを諜報する etc… と、如何に攻略して楽に勝つかばかり考えていたので、カムイの言葉は色々と響いたのだった。というかもうちょっというと、ちばてつや先生のおれは鉄平の影響が大きすぎる…いつもあんた、へらこいのぉ、と言われていた…
ドロップ … ドロップっていうとTHEE MICHELLE GUN ELEPHANTのドロップを思い出す。いい曲だよね。

Editorial notes

術者は己の秘術を編み出した時、その術を破る方法も考えるものだ。(tadasu)
格ゲーにおける飯綱落としについてはもっと語りたかったのですが自重しました。(coela)

119. 66200000000000

Fri, 03 Dec 2021 07:23:00 +0900

中華料理屋で耳にした謎の単語、ポケモンカードを始めた初心者の感想、垂金権造という男について話しました。

Show notes

純ジャパ
芋煮会
ガンダラ汁 … 寒鱈汁だし、いいたかったのはドンガラ汁。またエセ山形人と怒られる…
山形弁検定
庄内弁検定
讃岐弁検定
ポケモン … ポケットモンスター
ポケモンカード　… ポケカの話したのに、遊戯王ばっかりshownotesに貼ってごめんなさいね。ごめんね〜。
『能町みね子のときめきサッカーうどんサポーター』、略して　能サポ … 能町みね子氏のエッセイ。丸亀市の商店街でもくもくとカードゲームに興じる人たちの記述がある。私もその光景を実際に見たことがあるが異様だった。
遊戯王の例の動画 … カードゲームとはこういうものだ！
遊戯王
Magic: The Gathering … 憧れのカードゲーム
マジック&ウィザーズ … 遊戯王のカードゲームは初期、こう呼ばれていました。今はデュエルモンスターズ。
カードダス … 昔あったガチャポンのカード版
遊戯王のアニメ … tadasuは初期アニメの方が好き。「渇いた叫び」と「明日もし君が壊れても」は最高だYO!
ブルーアイズホワイトドラゴン … wikipediaがあるぐらいには有名。
スイスドロー
早稲田式 … こちらも覚えておくといいことがあるぞ！
遊戯王がもうけた話
ダンジョンズ・アンド・ドラゴンズ … 遊戯王の御伽くんとやってたゲームの元っぽいゲーム。
うどん県とヤドン
等身大ルカリオ
カラカラとガルーラ … 有名な都市伝説
パルシェンとヤドラン … こっちは公式だったか…
飯食わぬ女房と菖蒲 … 二口女と菖蒲の魔除け
ミュウ … 1996年はtadasuの人生の中でもっとも濃い一年の一つになった。
けつばん … 懐かしい。
恒大集団の負債額
リーマンブラザーズの負債額
垂金権造と国家予算
幽遊白書
垂金権造　… 日本のイーロンマスク。いや、どちらかというと左京がイーロンマスクだろ…
Satoshi Nakamoto … Bitcoin作った人。何回話すんだろう…
田尻智
宮本茂
ピカチュウがなぜ選ばれたのか … アンケートで選ばれたのかと思っていたがそれが直接の理由ではなかったのか…
通信ケーブル) … ボンバーマンじゃなかった…
田尻智さんとゼビウス
パックマンランドで捕まえて … 「ゲーマー」田尻智さんの青春エッセイ
ゲームフリーク … 最初は自主攻略本
新ゲームデザイン―TVゲーム制作のための発想法　… ポケモン前夜の田尻智さんの著作。読みたすぎて読みたすぎて。持っている人教えてください。

Editorial notes

さすがに今回は反省しております。(tadasu)
さすがに今回は反省しております。(偽coela)

118. The father of the internet in a Gakuran

Fri, 26 Nov 2021 23:22:00 +0900

スミソニアン博物館に行って感じたこと、インターネットの父と学ラン、ポッドキャスト音源を流し続ける配信について話しました。

Show notes

実験医学 2021年11月号 Vol.39 No.18 … “はじめよう！研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア”
研エンの仲 … “「研エンの仲」は、神経科学の研究者Ayakaとソフトウェアエンジニア Ryoheiの2人によるPodcastです。科学やエンジニアリング、カルチャーや日常の話題についても話しています。”
NeuroRadio … “神経科学者のとによるポッドキャスト。論文紹介や日々の雑談など、大西洋をまたいで収録しています。”
CPT Japan 予選
スミソニアン博物館・美術館のリスト
某先生のスペースデブリとハッブル望遠鏡のツイート … 貫通したとは言っていない
National Air and Space Museum Steven F. Udvar-Hazy Center … いわゆる国立航空宇宙博物館
National Museum of Natural History　… 国立自然史博物館。みんなが想像している化石の博物館はここ。
レンタル式電動キックボード … bostonにはないので乗ったことがない。乗ってみたい。
絶滅認定されたハシジロキツツキ
Natural History … スミソニアンのNatural history本。あたらしい版が英語では出ました。アメリカ版、安過ぎる(小声) 一冊購入しましたが、紙もとてもいいです。
地球博物学大図鑑 …日本語版
カモノハシのクチバシ1
カモノハシのクチバシ2
The British Museum … 大英博物館
水圧によって潰される日清のカップラーメン … なぜ日清なのか、深海には破棄された未開封の日清が集まっているのか。調査隊はその調査をしに深海へ…
鯨骨生物群集 … ロマンしかない。色々実験がされていますよね。鯨骨生物群集（げいこつせいぶつぐんしゅう、(fauna of) whale falls）とは、深海において沈降したクジラの死骸を中心に形成される生物群集のことである。熱水噴出孔と同様、隔離された環境の特殊な生態系として注目されている。”
鯨爆発 … ドッッカアアアアアアアアン！！！！！
National Museum of American History … 国立アメリカ歴史博物館
バーチャファイター3がスミソニアンに？ 1 … 一体どこにあるのか…
バーチャファイター3がスミソニアンに？ 2 … ないぞ… “The Virtua Fighter series is recognized for its contributions in the fields of Arts & Entertainment and is the only video game on permanent display in the Smithsonian Institution’s Permanent Research Collection on Information Technology Innovation, at the Smithsonian’s National Museum of American History in Washington D.C.”
ウミホタルとresearchat.fm … ep112
Vint Cerf … インターネットの父
Tim Berners-Lee
The Webby Award
Vint Cerf氏がWebby Awardを受賞した時の写真 … どうみても学ランである。
Vint Cerf氏と学ラン2 … カッコ良過ぎる。このお茶目感最高である。
Vint Cerf氏と学ラン3 … どっからどうみても学ラ(以下略)
慶應義塾大学にやってきたVint Cerf … どっからどうみても学ラ(以下略)
インターネット …　インターネットとはなんなのか。
DARPA(The Defense Advanced Research Projects Agency: DARPA) … “.mil”ってあるのか….
トンビ服 … 昔の写真でしかみたことがないアレ
村井純 … tadasuは授業を受けていたような気がしなくもない。”「日本のインターネットの父」とされ、「ミスター・インターネット」と呼ばれることもある。英語圏では「インターネット・サムライ」のニックネームを持つ。”
サソリ飴 … 次世代の虫食である。
サソリウォッカ … この会社、イカれてるぜ…!!!
竹中直純さん … 第一回ポッドキャストアワードではResearchat.fmにコメントをくださり実は死ぬほどうれしかった。
DX時代に考えるシン・インターネット … 村井さんと竹中さんの本
Operation Sound Recovery … 竹中さんのポッドキャスト。まりんさんと、國崎さんと、竹中さんがデジタル時代の音楽についてあれこれ話すポッドキャスト。
Researchat.fm 24/7 streaming station … Researchat.fm 24時間配信。元ネタはep61 だった気がする。あらB氏の助言により、Raspiで完成。一回配信が止まるとリンクが死ぬのでこのリンクもいつまで維持できるか… コメントしてください〜。実際はニコ動みたいな感じで同じエピソードの同じ場所を聴いている時にコメントをみんなで残すのをやりたいのだけどねぇ… 今ポッドキャストに求められているのはそれじゃないかな？(適当)
あらB氏のポッドキャストを24時間、RaspiからYouTubeに配信するための記事 …　あらB氏、ほんまありがとう。アイデアのタネはポッドキャストで話しておくべきですね。
あらB.fm … 毎回多種多様なゲストを呼びまくっているあらB氏のポッドキャスト
Researchat.fmのYouTube … 登録していただけるととてもうれしいです。
Editorial notes
学ランが似合うイケおじになりたい(無理)(tadasu)
詰襟は見る分には良いんですけど、着るのは嫌です。(coela)

117. Researchat.LT vol.2 (announcement)

Thu, 25 Nov 2021 00:00:01 +0900

告知事項がございます。Researchat.LT vol.2 開催に関しての告知を行いました。

Show notes

Researchat.LT vol.2 2021/12/18 19:00- (JST) 開催 … Researchat.fmのYouTubeチャンネルで配信します。
Researchat.LT vol.2 演題投稿フォーム 12/05 23:59 (JST) 締切　… 皆様、こちらから演題登録よろしくお願いします。
Researchat.LT vol.2の説明会
Researchat.LT vol.1 動画
Researchat.LT vol.1の記録
Researchat.LT vol.1 振り返りエピソード

Editorial notes

Researchat.LTの表記揺らぎ問題。皆様ふるってご参加ください。(tadasu)
演題登録お待ちしています。(coela)

116. Podcast Evangelist

Wed, 24 Nov 2021 05:34:00 +0900

ブリティッシュ・コロンビア州に広がる広大な自然の魅力、絶滅の危機に瀕した言語、イヌイットの人々の暮らし、数の概念について話しました。

はじめよう！研究者ポッドキャスト―多様な研究者を“聴ける化”する新たなメディア (実験医学11月号) … 研エンの仲とNeuroRadio、Researchat.fmの３つの番組による対談が実験医学で特集されています。
研エンの仲 • A podcast on Anchor
NeuroRadio - Podcast by neuroscientists
2010年バンクーバーオリンピック (Wikipedia)
1988年カルガリーオリンピック (Wikipedia)
DriveBC … BC州の高速道路のマップ、事故情報、天気予報やウェブカメラからリアルタイムで路面の様子がわかる。
BC Parks - Province of British Columbia … BC州が管理する公園やキャンプサイトの情報がここにすべてまとめられている。焚き火や飲酒の可否についても細かい分類があります。
Seton Lake (Lillooet, BC) … Hwy99で3時間半ほど走るとSeton Lakeが突然姿をあらわす。エメラルドグリーンの湖は絶景です。
リルーエット … バンクーバーからクルマで4時間ほどで、乾燥した山に囲まれた盆地。内陸のために夏はとても暑く、冬でも雨が少ない。
Lillooet language (Wikipedia) … リルーエットの周辺でLower Lillooet peopleあるいはIn-SHUCK-ch Nationと呼ばれる先住民の人々が話す言語。話者が200人以下と推定され、絶滅の危機に瀕した言語の一つ。セイリッシュ語族に分類される。
セイリッシュ語族 (Wikipedia)
カナダ・エスキモー (講談社文庫) Kindle版 (Amazon) … 今回紹介した本多勝一の作品。カナダのエスキモー集落に1963年に数ヶ月に渡りともに生活し、狩猟採集生活を記録した。必読です。
Canadian Indian residential school system … カナダに住む先住民に対してカナダ政府が行っていた同化政策。いわゆる先住民 (First Nations)の人々の固有の文化や宗教の影響から隔離することを目的とし、15万人以上の子どもたちが全国に建設されたレジデンシャル・スクールに強制的に入れられた。また、2021年にはいって、BC州において行方不明とされた215人の子どもたちの遺体が発見され、全国的に大きな問題となった。
カナダの先住民寄宿学校跡で215人の遺体発見　支援団体は「全国的な捜索」要求 (BBC News)
はじめてであうすうがくの絵本1 (安野光雅の絵本) (Amazon)
無限と連続―現代数学の展望 (Amazon)
サル学の現在 (Amazon)

Editorial Notes

カナダ行ってみたい！(tadasu)
この収録のあと、BC州は記録的な大洪水に見舞われ、HopeやChilliwack、Merittなどこれまでに訪れた多くの町と道路が浸水し、寸断された状況が続いており心を痛めています… (soh)

115. Googlability Issue Again

Sun, 07 Nov 2021 16:10:00 +0900

ヒトやマウスのゲノムに残されたレトロウィルス由来のタンパク質を配列解析によって発見し、それを利用した新しいRNAデリバリー手法SENDの原著論文を紹介しました。

Show notes

Mammalian retrovirus-like protein PEG10 packages its own mRNA and can be pseudotyped for mRNA delivery … 今回紹介した論文はこちら。
LTR (Wikipedia) … Long-Terminal Repeatの略で、ウィルスゲノムの両端に存在する配列。
免疫原性 (Wikipedia)
レトロウィルス (Wikipedia)
VLP - Virus like particle (Wikipedia)
eCLIP … RNAとタンパク質の相互作用をシーケンサーによって網羅的に解析する手法。
Pseudotyping (Wikipedia) … ウィルスを外来のエンベロープタンパク質などによって再構成する手法。
Cre … DNAの組み換え酵素の一つで、Lox配列と呼ばれる配列を認識し、二本鎖DNAの組み換え酵素を誘導する。実験ではCreによるDNA組み換え反応によってGFPが発現し細胞が光る仕組みが利用された。
26. Cool tech googlability … CRISPR-Cas13システムを用いたプログラマブルなRNA編集技術であるREPAIRとRESCUEの原著論文について紹介した回。

Editorial notes

配列解析から未知のタンパクを見つけだし、それを利用したバイオテクノロジー開発にはロマンを感じます (Soh)
まぁやはり検索問題ですよね…(関係ない) (tadasu)

114. Logos of Logos

Sun, 10 Oct 2021 03:10:00 +0900

ブランドのカリスマ性とタトゥー/PCに貼るステッカー、大学の校章デザイン、スポーツチームのロゴデザイン、企業ロゴのデザイン、ポッドキャストのアートワークデザインについて話しました。

Show notes

Researchat.fm ep100 … researchat.fmの読み方について議論した回
Researchat.fm ep84 … 格ゲー回
ポッドキャストのアートワーク … researchat.fmなら灰色の風呂場のタイルにresearchatと書いているアレです。
Researchat.fmのTwitter
タコスとタトゥー
坂井直樹
企業のカリスマ性とタトゥー
コカコーラの刺青 … “コカ・コーラ大好き青年だった彼は、背中にコカ・コーラの入れ墨を彫りたいと考える。それだけれは終わらなかった。彼は入れ墨をした背中を広告媒体にしようと電通にプレゼンテーションする。媒体料は１億円。突拍子もない企画だったが、電通の窓口は真剣に検討しようとしたという。しかし、入れ墨は牛の焼き印（ブランディング）にイメージが重なるなど、まだアメリカ社会でもタブー視されていた。結局、広告には向かないと没になる。”
アイスマンとタトゥー … “エッツィの凍りついたミイラには、銅器時代の入れ墨が良好な状態で残っている。合計50片を超える入れ墨が頭から足先まで全身を覆いつくすように刻まれている。これらは針を使って彫られたのではなく、皮膚に細かな傷をつけ、そこに炭を擦り込むことで描かれたものだ”
るろうに剣心
ドカベン … 傑作。土佐丸高校の犬丸じゃなくて、犬神です。大変もうしわけございませんでした。
井岡タトゥー問題
村上隆 … 現代芸術家
DOB君
村上隆全集 … DOB君の由来についてはここに書いてます！
Thorlab … 自作顕微鏡用のメーカー
Thorlab Tシャツ … 冷静になってみなおすと…
学会のTシャツ … 国際学会にいくと謎のリュックと共にもらえることがある。
NAIST … 奈良先端科学技術大学院大学
NAISTのTシャツ … JAISTしかなかったのでJAISTを貼っておきます。
スウェットパンツ … 私が言いたかったのはスウェットパンツ
ハーバードの校章
鋼の錬金術師
dessan
Harvard’s motto … VERITASの解説記事
神学部 … Divinity School
TAS … “TASとは、TVゲーム等においてエミュレータの機能を用いたタイムアタックを行う事、およびその競技名。”
Ivy league … “Brown University, Columbia University, Cornell University, Dartmouth College, Harvard University, the University of Pennsylvania, Princeton University, Yale University”
Ivy Leagueの校章
Oxford大学の校章
Cambridge大学の校章
パリ大学の校章
ボローニャ大学の校章
MITの校章
ミシガン大学の校章
スタンフォード大学の校章
東京大学の校章
京都大学の校章
東京工業大学の校章
一橋大学の校章
筑波大学の校章
慶應義塾大学のペン
開成のペン
早稲田大学の校章
同志社の校章
立教学院の校章
青山学院の校章
新島襄
Phillips Academy … 新島襄さんの出身エリート校
Phillips Exeter Academy … ザッカーバーグや望月新一先生が出身の学校は姉妹校のこちらです。
University of Massachusetts Amherst … UMASのアマースト校
北京大学
Researchat.fm ep7 … シドニーブレナー回
シーサー … “名前は「獅子（しし）」（元はサンスクリット語のライオン、シンハー）を沖縄語で発音したものである。八重山方言ではシィーシィー、シーシ－という。スフィンクスや中国の石獅、日本本土の狛犬などと同じく、源流は古代オリエントのライオンと伝えられている。犬という説もあるが、沖縄に関連の深かった中国や南方からの影響を考えてやはり獅子であろうという意見や、またその音からも獅子と断言される事がある。中国南部や台湾には風獅爺、風獅と呼ばれる石造の獅子を風除けの守りとして設置する風習があり、これらがシーサーと訳されることがある。”
OIST　… 沖縄の雄。沖縄科学技術大学院大学
UC … The university of California
UC Berkeley
レッドソックスのロゴ
Researchat.fm ep23 … 大谷回
レッドソックスのダメなユニフォーム
レッドソックスの靴下マスコット
大阪近鉄バッファローズ
鍛治舍巧監督 … 名将
岐阜県立岐阜商業高校
Golden State Warriors
Cold Spring Harbor Laboratory
Johnson and Johnson
moderna … すばらしい会社
而今
IPA … India pale ale
キャノン … Kwanonかっこいい！！！
octocat
NASURA … NAISTのキャラ。思っているよりかっこよかった。
“物性犬、地球犬、情報犬、びけん以外の研究所犬キャラ情報をお待ちしております” by okaさん　
ドロイド君
ダンボ君
dockerのクジラ
SNK
NEOGEO
FF6
スターオーシャン
鳥山明先生
三越のライオン
ハンガリーの鎖橋
金剛組
虎屋
Researchat.fm ep5 … 羊羹の回
levi’s
笑い男
りさちゃん、ちゃっとくん、CasXくん
深津さんの東京オリンピック記事
Researchat.fm ep111 … 鏡像異性体ポリメラーゼの話
Researchatの”シン”アートワーク … これだ！！！！

Editorial notes

ポッドキャストのアートワークをしっかり考えないとね。多方面に先に謝罪しておきます。(tadasu)
TBD (coela)

113. DNA transporting machine with casters

Sat, 18 Sep 2021 23:38:00 +0900

DNA・RNA・タンパク質を、デジタルな情報から物質へとプリントするDigital-to-Biological Converter (DBC)の技術について、論文を中心に議論しました。

Show notes

ASMR (自立聴覚絶頂反応) … Autonomous sensory meridian response (ASMR)。#ラボASMR募集中です。
エッペンチューブ … エッペンドルフ社のチューブ
遠心機
超音波ホモジナイザー … ソニケーター
Boles et al., Nature Biotechnology (2017) … “Digital-to-biological converter for on-demand production of biologics” 今回の論文
J. Craig Venter … Biotechnology研究のリード研究者のうちの一人。自伝はマジでオススメです。
ヒトゲノムを解読した男クレイグ・ベンター自伝 … もうタイトルからしてかっこよすぎます。
J. Craig Venter Institute … Venterさんの私設研究所。研究者自前の研究所なんてもう憧れof憧れです。
Daniel Gibson … Gibson assemblyを作った人。
Gibson Assembly … 断片化したDNAをつなげる技術
GLR parser … 通称Tomita LR法
Okazaki Fragment … “DNAの不連続的複製モデルを支持する研究成果は、1968年に行われたコールドスプリングハーバーシンポジウム (Replication of DNA in Microorganisms)において発表された。岡崎グループが発見した短いDNA鎖は、R. ホッチキス博士によるシンポジウムの最後のまとめの中で、”Okazaki pieces”と名付けられ (3)、その後「岡崎フラグメント」と呼ばれるようになった。”
Synthetic genomics, INC
biologics … バイオ医薬品とかのこと
GenBank
VEEV
transfection/transportation/infection … 使い分けがきっちりできていませんでした。大変申し訳ございません。勉強し直します。
biosafety
Star Trek
Transporter … Star Trekに出てくる転送装置
Reprapプロジェクト … 自己複製する3D printerを目指すプロジェクト
アジャイルソフトウェア開発
攻殻機動隊 … このポッドキャスト、もう何回攻殻機動隊の話すれば気がすむの… 今回の話はG.I.Sです。
Kilroy was here. … “Kilroy was here.”
Codex DNA
BioXP
CodexDNA twitter

Editorial notes

CodexDNA試してみたいです (soh)
Cypher 1.0とかクソ適当な話してすいませんでした。#ラボASMR よさげ。論文をめくる音とかいいながら紙包みを開けつづけるおじさんにしか聞こえなくて悲しいです。(tadasu)
アケコンASMRは俺に任せろーー(coela)

112. Anonymous poem

Tue, 07 Sep 2021 12:03:00 +0900

MITでビットコインを無料配布した実験、ジョージ・ソロスのプリンター、活版印刷とインキュナブラとレンズ、ミームの原産地、江上不二夫語録、下村脩と1944年のウミホタルについて話しました。

Show notes

2014年にMITでビットコインを無料配布した実験 1
2014年にMITでビットコインを無料配布した実験 2
ビットコイン … 仮想通貨
ブロックチェーン
Diem … 仮想通貨
Cambridge市にあるbitcoinのATM … 魔法のATM
Monk Fish … MITとHarvardの間にある寿司屋。近所に住んでいたが行ったことはない。
CoCo壱の立替払い … Akiなんとか氏のビットコインわらしべ長者物語。Akiなんとか先生、勝手に紹介してすいませんでした。
オードリー・タン … Appleでの時給が1 bitcoinだったという話
ビットコインが入ったHDDを掘る
鉛筆と紙でビットコインをマイニングする
草コイン … researchat.coinつくるしかないじゃないか
Nebula Genomics … George Churchの会社？ブロックチェーンとゲノムでほにゃほにゃするらしい。
Turn on, tune in, drop out.　… ティモシーの名言
LSD … イケマセン
僕は君たちに武器を配りたい/瀧本哲史
ジョージ・ソロス
エスペラント語
ジョージ・ソロス――投資と慈善が世界を開く橋本努
インキュナブラ … 1500年までに活版印刷によって刷られた書物のこと。エピソード内では、技術の活版印刷というべきところで、インキュナブラと言ってしまっているケースが複数見られるが、これはインキュナブラと言いたくてしょうがなかったことによるものなのでご容赦いただきたい。
インキュナブラの単数複数形　… incunabulum (単数), incunabula (複数)
ホムンクルスの単数複数形　… homunculus (単数), homunculi (複数)
国家錬金術師 … ハガレンのアレ
マーシャル・マクルーハン　… The medium is message. の人。実はちゃんと勉強していない…
ユークリッドの原論
東方見聞録
42行聖書 … かっこいい
識字
宗教改革
マーティン・ルター
Harvard Rare book library
ヤンセン父子 … 初めて顕微鏡をつくったといわれている父子
リッペルハイ … 初めて望遠鏡を作ったと言われている人
Researchat.fm ep37 … ロバート・フックやレーウェンフックについてはep37で話しています。
ケプラー … 望遠鏡のところでなんとなくケプラーを引用しましたが、まずはガリレオというべきでした。
ロバート・フック … 初めて顕微鏡でCellを見た人
レーウェンフック … 顕微鏡でさまざまなものを発見した人。例えば微生物など。
畢昇(ひつしょう) … 世界で初めて活版印刷を発明したといわれる北宋の発明家
ベストセラーの本一覧
シュトヘル
西夏文字
トーラー
タルムード
風姿花伝
メタルギアソリッドV
波よ聞いてくれ
スティーブ・ジョブズ
Dynabook
Alan Kay … The best way to predict the future is to create it.
Zen
Yoga
体の柔らかさやストレッチの功罪 … side by side radioさんのどこかでお話されていたと思います！
よみ人知らず
君が代
芭蕉の句とハイビジョンＴＶとでは、どちらの情報量が多いか。by 石井裕先生
江上不二夫
科学者の卵たちに贈る言葉－江上不二夫が伝えたかったこと … 江上不二夫語録
三菱生命研
アガロース
荒木長次先生のアガロースに関する初期の論文
実験に用いる寒天について、食用寒天
下村脩
ウミホタル
ウッズホール海洋生物学研究所 … 通称MBL。さまざまなノーベル賞級の発見を推進し、また細胞分子生物学のコミュニティーを発展させてきた。日本人研究者としてはShinya Inoue先生やOsamu Shimomura先生の著しい業績が思い起こされる。下記の三崎の臨海実験所関連でいえばKatsuma Dan先生のThe last one to goもはずせない。
The last one to go
トーマス・ハント・モーガン … ショウジョウバエ研究、そして遺伝学研究の始祖
Edmund Harvey
Frank Johnson … 下村先生のアドバイザー
三崎臨海実験所
ロバート・ボイル … ボイルシャルルの法則のボイル
羽根田弥太
国立科学博物館 … 地下一階にウミホタルのボトルがある。

Editorial notes

ホゲラホゲラホゲラ(soh)
とりあえず詠み人知らずのインキュナブラって言いたかったんだ… (tadasu)
結構印刷周りで断定的な言い方をしていますが、僕の個人的な感想です(coela)

111. Mirror Image Biology

Sun, 22 Aug 2021 01:52:00 +0900

オリンピック、F1やミニ四駆、そして天然には存在しないL体DNAを合成できるポリメラーゼの開発とそれを使った面白い暗号についての原著論文を紹介しました。

Show notes

EVO EVOLUTION 21 CHAMPIONSHIP SERIES
F1レギュレーション
ミニ四駆キャッチャー
モナコグランプリ (F1)
NeuraLink
Bioorthogonal information storage in L-DNA with a high-fidelity mirror-image Pfu DNA polymerase. Nature Biotechnology 2021 … 今回Sohが紹介する論文。
37. Biological Enigma … PCRなどについて解説した回。
36. DNA-of-things … DNAストレージについての論文を紹介した回。
光学異性体 (Wikipedia)
Pfu DNA polymerase
巨大深海魚を釣って食べたら尻から油が！！ - デイリーポータルZ
尻から油を出さずにバラムツを食べたい - デイリーポータルZ

Editorial notes

この論文を読むと著者の情熱が感じられてよかった。がんばって鏡像リボソームも作って欲しい (Soh)
格ゲーの2Pキャラも鏡映りですよね。(coela)

110. Seeds of seedless watermelon

Fri, 13 Aug 2021 03:01:00 +0900

木原均先生と3倍体種無しスイカについて話しました。

Show notes

だらけとまみれの違い
マルコ・ポーロ … 東方見聞録の人
マルコ・ポーロ … プールの鬼ごっこ
東方見聞録
ジパング
麺の起源
蕎麦粉のガレット
ワクワク伝説
Trader Joe’s
NeuroRadio
ピクルス味のポップコーン
種無しスイカがnon GMOなのか？という質問はお控えください。
サイケデリック・マッシュルームやその他のエンテジェニック植物の非犯罪化に向けての協議(サマービル市) … “サマービルは、マサチューセッツ州で初めて、サイケデリック・マッシュルームやその他のエンテジェニック植物の非犯罪化に向けて動き出しました。”
しいな
西瓜
シークヮーサー … 小さい「ヮ」って存在するんですね。
スペースワールド
H2 … あだち充先生の傑作漫画
木原均
木原均小伝 … 木原ゆり子さんによる回顧録
Kihara. Proc. Amer. Soc. Hort. Sci. (1951) … “Triploid Watermelons” 3倍体種無しスイカについて英語で発表した最初の論文
スイバ … XY染色体による性決定を行う。高等植物では珍しい。
48. XXXXXYYYYY … researchat.fm ep48ではスイバについても触れています。性と染色体について話しました。
ゲノム
Hans Winkler … 1920年にゲノムを提唱
倍数性
多倍体　… 多倍体(polyploidy)というべきところを倍数体といってしまうの良くないですね…
木原均
メンデル
コレンス、チェルマク、ド・フリース … 1900年にメンデルの法則を同時に再発見
ネーゲリ … 染色体を初期に発見した人。ネーゲリの細胞生物学への貢献はすさまじいのでまたいつかまとめたい。
フレミング … 染色体を初期に観察した人。クロマチンの名付け親。フレミングの法則のフレミングとは別人。
Sakamura. Shokubutsugaku zasshi (1918) … “Kurze Mitteilung über die Chromosomenzahlen und die Verwandt-schaftsverhältnisse der Triticum-Arten.” 坂村徹先生が小麦がn=7であることを発見した論文。
財団法人木原生物学研究所編生研時報 … “西瓜に種子がなかったらとは従来多くの人たちの願望であった。ところが最近その希望にそう如く西瓜の種子を発達せしめず単位結果のみをせしむることに成功した。即ち種子をなくす二つの新技術を発見することができたのである。第一は植物ホルモン処理によって西瓜の単位結果を促す方法で(寺田・益田1938,1940,1941,1942)、第二は三倍体の不燃性を利用する方法である(寺田・益田1943)。” このことからも寺田・益田の研究が先んじていたことは明白であろう。ただ、木原ゆり子さんの手記には”しかし、前述の寺田、益田両氏、共同研究者の西山市三氏、近藤典生氏、阿久津昴氏など大勢の協力によって作出は成功した。”と書かれているので、お互い協力関係にあったことは想像できる。また、4倍体スイカの作成は「木原・山下　1939」と「寺田・益田1943」なので、木原・山下の方が先行しているようだ。詳しいことをご存知の方はご連絡ください。現状、弊チャンネルでは「木原均先生は世界で初めて種なしスイカの実用化に成功した」とします。
寺田甚七先生・益田健三先生 … この寺田先生と益田先生は寺田植物研究所で研究をしていたと、木原ゆり子さんの手記には書いてあった。お二人とも北大の出身のようです。
寺田・益田. 京都園芸 (1935) … 単為結実に依る無種子西瓜に就いて: 初めての種無しスイカに関する論文。
寺田・益田．京都園芸 (1938) …．単為結実に依る無核西瓜に就いて（続報):インドール酢酸を使用？
寺田・益田．農及園　(1943) ..．三倍性による西瓜の単為結実に就いて:三倍体種無しスイカに関する初めての報告
Sugiyama et al., Hort. Res. (Japan) (2015) … 上記の寺田先生と益田先生の論文群に関しては、資料を読むことができなかったために、杉山先生の論文を参考にさせていただきました。
単位結果
子房
受粉 … 今回の話は「種子植物においては」と毎回注釈をつけるべきでした。
受精
ジベレリン
ノウカノタネ　ヒトの非科学を笑うな … ノウカノタネさんによるジベレリンの解説
胚珠
花粉と花粉粒
減数分裂
autosome … 常染色体のこと
自家不和合性
コルヒチン
Bomblies et al., Chromosoma (2016) … “The challenge of evolving stable polyploidy: could an increase in “crossover interference distance” play a central role?”: 4倍体植物の減数分裂に関する解説。
南洋興発
国立遺伝学研究所 … 静岡県三島市にある遺伝学を中心とした研究所
遺伝研年報 … 1949年以降、毎年の年報が見られる。英語も毎年発行されている。
片山哲
ソメイヨシノ
遺伝研のさくら
大麻
29. Born to chat … researchat.fm ep29では通し矢について言及しています。
カラコルム
Morishima et al., Heredity (2008) … “Meiotic hybridogenesis in triploid Misgurnus loach derived from a clonal lineage”: 三倍体ドジョウにおけるmeiotic hybridogenesisについて
プロイディゲーム染色体セットの数と組み合わせの変化は魚介類に何をもたらすか。… 上記のドジョウの減数分裂の研究も行われている北大荒井先生によるドジョウとギンブナの三倍体減数分裂の解説。まだまだ理解しきれていないので勉強させていただきます。Figure1にギンブナの三極紡錘体形成についての記述があります。めちゃくちゃワクワクしますね！
ギンブナの減数分裂 … まいん先生の三倍体ギンブナクローンの解説
Stenberg and Saura. Cytogenetic and Genome Research (2013) … “Meiosis and its deviations in polyploid animals”: hybridogenesis, Kleptogenesis, Pre-equalizing hybrid meiosis, Meiotic hybridogenesisの解説。何が何だかわかりません。勉強します。
プラナリア
Cebrià et al., Nature (2002) … “FGFR-related gene nou-darake restricts brain tissues to the head region of planarians” プラナリアのnoudarake(ndk)に関する論文
おもてうらさかさに見ても変わらぬは螺旋の巻きと縄のよれ方木原均 1974
“The History of the Earth is recorded in the Layers of its Crust; The History of all Organisms is inscribed in the Chromosomes.” Hitoshi Kihara (1946) … “地球の歴史は地層に、生物の歴史は染色体に刻まれている。” 木原均 (1946)

Editorial notes

種無しスイカを食べるときには遺伝学に感謝しながらいただくことにします。種子は苦手ですが、フルーツは好きです、パイナップル以外は。(tadasu)
近場で種無しスイカが売ってないので、バナナを食べながら歴史に思いを馳せます。(coela)

109. Большая победа!

Sat, 31 Jul 2021 07:39:00 +0900

説明書を読むのが難しい問題、実験プロトコルの記述、ゲームのキャラクターセレクトと実験テーマ選定の類似性について話しました。

Show notes

赤城
ミニ四駆
東大出身某プロゲーマー
midiprep
PCR
Nature Protocols
ドラクエの始まり
マリオの進む向き
ポケモン赤緑
ドラゴンクエストV
波動拳/昇竜拳コマンド
スマブラ
スノボ理論　… ep75 にて話しております。
マゴさん … 2D神
藤村さん
ザンギエフ
エドモンド本田
今夜勝ちたい攻略
わからん殺し
ストリートファイターIII 3rd Strike
Q
ユリアン
ガー不
減数分裂
tadasuのDの仕事
画狂老人卍 … 葛飾北斎
ウメハラさん
学振 … 日本学術振興会
対空
冨田勲
Moog
冨田勝
E-Cell
ハーバート・サイモン
冨田LR法 … GLR法
カーネギーメロン大学
高橋恒一
メッセージ
但し書き … 正直後半の論理的整合性はめちゃくちゃで、coelaはゲーム、tadasuは研究の話をしているのでさらにめちゃくちゃですが、お互いの間ではテレパシーによって話が通じています。順番をグチャグチャにはなしているので、論理的整合性が一見ないのですが、個人の中ではそれっぽく存在しているので、わかりにくければどこかでまたやりたいです。まぁ雰囲気を楽しむってことで！

Editorial notes

頭の中ではいろいろとつながっているのですが話してみるとかなりとっちらかっていますね。二人の間では話が通じています。途中から大雨で水が流れる音が入っています笑(tadasu)
ザンギとホンダは概念的な存在として取り上げるつもりが、彼らに対する感情がちょっと漏れてしまいました。(coela)

108. Fullmetal Podcaster

Sat, 31 Jul 2021 07:35:00 +0900

汚水の調査、火災報知器の思い出、神と三単現のs、タッカー氏、アメリカ横断について話しました。

Show notes

Biobot
Weekly Municipal Wastewater Sampling Data in Cambridge
オピオイド
mixi
サンシャイン牧場
きょろさんの足湯
DX … デジタルなんちゃら
God bless you.
三単現のs … 中学英語、三人称単数現在系のs
May the force be with you.
ダンケルク
閃光のハサウェイ
F91
Fullmetal Alchemist … 鋼の錬金術師
Fullmetal Jacket
alchemy … 錬金術
パラケルスス
エコール・ノルマル … 正直エコール・ノルマルの例えは多分正しくないです。グランゼコールのシステムはよくわかりません…
ジョジョリオン
STEEL BALL RUN
シベリア鉄道 … ウランバトールではなくてウラジオストク…
ザンギエフ

Editorial notes

これでよかったのか？？？笑(tadasu)
漫画しか読んでなくて、アニメ版を見てないと海外の人と微妙に話が合わない事ありますよね。(coela)

107. Kineto(chores|plastids)

Mon, 14 Jun 2021 07:50:00 +0900

トリパノソーマのキネトコアについて話しました。

Show notes

トリパノソーマ
キネトコア(動原体)
セントロメア
Misleading Chat
7. In the golden age of molecular biology (researchat.fm) … シドニー・ブレナー回
41. Single is not bad (researchat.fm)
Akiyoshist … Akiyoshiさんファンの呼称
Akiyoshi Lab
Bungo Akiyoshi
ハルキスト
Akiyoshi and Gull. Cell (2014) … Discovery of unconventional kinetochores in kinetoplastids
Tromer et al., Open Biology (2021) … Repurposing of synaptonemal complex proteins for kinetochores in Kinetoplastida
体細胞分裂 (mitosis)
減数分裂 (meiosis)
2倍体
相同組換え
相同染色体
姉妹染色体 … sister chromatids
コヒーシン
シナプトネマコンプレックス
double strand break … DNAの二本鎖が切断されること
Spo11
Bloomfield. Annu Rev Microbiol (2018) … Dicty(キイロタマホコリカビ)はspo11がないが、減数分裂時に相同組換えを行う。
Cas9
DNAトポイソメラーゼ
キアズマ … chiasma。chiasmaがない減数分裂のことをachiasmaと呼ぶ。
Rasmussen. Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci. (1977) … “Meiosis in Bombyx mori females”: カイコのメスで見られるachiasmata
John et al., Front Cell Dev Biol. (2016) … “Achiasmy: Male Fruit Flies Are Not Ready to Mix”: ハエのオスにおけるachiasmataに関する総説
Xia et al., Genome Biology(2007) … カイコの性細胞におけるspo11発現の論文(Additional Data 5)
48. XXXXXYYYYY (researchat.fm) … 性の多様性について。XYやZW型についても解説しています。
Garg and Martin. Genome Biol. Evol. (2016) … “Mitochondria, the Cell Cycle, and the Origin of Sex via a Syncytial Eukaryote Common Ancestor”: mitosisとmeiosisの進化について
水素仮説
William F Martin
Muller’s rachet
水平伝播(horizontal gene transfer)
アフリカ睡眠病
ナガナ病
ツェツェバエ
キネトプラスト
キネトプラスト類(kinetoplastids)
Benne et al., Cell (1986) … “ Major transcript of the frameshifted coxII gene from trypanosome mitochondria contains four nucleotides that are not encoded in the DNA”: RNA editing in Trypanosoma
Berriman et al., Science (2005)…The genome of the African trypanosome Trypanosoma brucei
中心体
微小管
ホモログ
Ogbadoyi et al., Chromosoma (2000) … “Architecture of the Trypanosoma brucei nucleus during interphase and mitosis”: Trypanosomaのキネトコア様構造を電子顕微鏡で観察した論文
Peacock et al., Communications Biology (2021) … “Sequential production of gametes during meiosis in trypanosomes”: trypanosomaのmeiosisについて
Weir et al., eLife (2021) … “Population genomics reveals the origin and asexual evolution of human infective trypanosomes”: asexual eukaryoteのTrypanosoma brucei gambienseについて(減数分裂がないというよりはsexがないというべき？)
Déjardin and Kingston. Cell (2009) … “Purification of Proteins Associated with Specific Genomic Loci”: PICh法の論文
Thomas Cavalier-Smith
LECA … The last eukaryotic common ancestor
システム生物学
収斂進化
CENP-A
Dinoflagellate… 渦鞭毛藻
Dinokaryon
無脊椎動物の発生 … 団勝磨先生ら著
ヒドロキシルメチルウラシル
Talbert et al., The kinetochore (2009) … “Evolution of Centromeres and Kinetochores: A Two-Part Fugue” セントロメアとキネトコアの進化についての論文。Henikoff lab
ファインマン
デーモンコア
プルトニウムは温かい
What I cannot create, I do not understand. … 自分で作れないものは、理解していない。
Synthetic biology … 合成生物学
ツイート1 … EMBO, HSFP, Wellcome Trustによるサポート
KKT1 uniprot
Akiyoshi et al., Genes Dev. (2009) … Quantitative proteomic analysis of purified yeast kinetochores identifies a PP1 regulatory subunit
Akiyoshi et al., Nature (2010) … Tension directly stabilizes reconstituted kinetochore-microtubule attachments
精製した動原体を用いた動原体とスピンドル微小管との結合の再構成 … 新着論文レビュー。秋吉さんの博士時代の論文解説
トリパノソーマのもつ型破りな動原体タンパク質の発見 … 新着論文レビュー。トリパノソーマのキネトコア論文の日本語解説
Sue Biggins
Sue Biggins先生のインタビュー
Sue Biggins先生のiBiology
ドブジャンスキー
高井研
44. Tabasheer (researchat.fm) … 伊藤篤太郎、南方熊楠を含む、1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者について話しました。

Editorial notes

次のシリーズにも期待したいです (soh)
話し始めで構想からはずれてしまったため、アワアワしてしまいました。色々とっちらかってすいませんでした。次回チャンスがあればもう少しまとめられるようがんばります。(tadasu)
キネトコアって名前かっこいい(coela)

106. Metaphysical podcast

Mon, 14 Jun 2021 07:48:00 +0900

特記すべきことはありません。

Show notes

碇ゲンドウ … 新世紀エヴァンゲリオンの登場人物。特務機関NERV最高司令官。主人公のお父さん。
冬月コウゾウ … 新世紀エヴァンゲリオンの登場人物。特務機関NERV副司令官。
形而上生物学第1研究室 … 冬月の大学時代のラボ
白眉プロジェクト
新学術領域研究
冥王代
冥王代生物学の創生 … 話の流れから冥王代を茶化した様になってしまいましたが、決してそんなことはありませんのでご容赦ください。
SDGs … Sustainable Development Goalsの略。日本語だと持続可能な開発目標。関連する外務省のページ
シンギュラリティ … 人工知能がすごいことになるアレ。日本語だと技術的特異点、かっこいい。
テンセグリティ
ムーンショット型研究開発制度
ケンタロスアルファショット … 月よりも遠いどこか
スプツニ子！
アンドロメダ … 前衛武装宇宙艦
惣流・アスカ・ラングレー … 式波・アスカ・ラングレーもいる
円城塔
文字禍
薄っぺらな嘘 … 「ドッキリテクスチャー」とルビが振られる。HUNTER X HUNTERに登場するヒソカの能力。
冨樫義博
荒木飛呂彦先生が表紙を飾ったCELL … Cell, Sep 07, 2007
荒巻大輔 … 攻殻機動隊に登場する内務省公安9課の部長
攻殻機動隊
るろうに剣心 … 続編の北海道編がジャンプSQで連載中！
1/3の純情な感情 … SIAM SHADEによる、るろうに剣心のエンディングテーマ
シティハンター
冴羽獠 … シティハンターの主人公
キッズステーション
Get wild … TM NETWORKによるシティハンターのエンディングテーマ
海藤優 … 幽遊白書の登場キャラクター。読みは「かいとうゆう」。
幽★遊★白書
ポロロッカ … 「アマゾ…」。上記海藤のゲームマスター戦における名シーン。元ネタはこちら
Zettelkasten … ノートテイキングの手法。Ep66. Weaving a web of ideasでも取り上げさせていただきました。
則巻千兵衛 … Dr.スランプの登場人物。
天才バカボン
クレヨンしんちゃん
北斗の拳
あしたのジョー
矢吹丈 … あしたのジョーの主人公
GS美神極楽大作戦!!
横島忠夫 … GS美神極楽大作戦!!の登場人物。
ルパン３世
花の慶次 ―雲のかなたに―
サンクチュアリ
島耕作
騎士団長島耕作
騎士団長殺し
アカギ－闇に降り立った天才
銀と金
オールラウンダー廻
ホーリーランド
ヒカルの碁
六三四の剣
おれは鉄平
カムイ伝
サスケ … カムイ伝、あしたのジョー、鉄平、サスケ、ドカベンが小学生時代のtadasuのバイブル
ワタリ
忍者武芸帖
ブラック・ジャック
ブッダ
火の鳥
医龍
愛と幻想のファシズム
ああ播磨灘
大谷翔平 … 怪物大谷翔平。今年のフェンウェイパークの値段にチビっていかなかったことを後悔。二年前の観戦記はこちらep23。
ONE OUTS
ROOKIES
SLAM DUNK
duolingo
竜馬がゆく
マシュー・メセルソン
トニー・スターク … アイアンマンの中の人
イーロン・マスク
グリゴリー・ペレルマン
h-index
nature metaphysical biology
すべてがFになる
犀川創平 … すべてがFになるの主人公
ドグラ・マグラ

Editorial notes

(soh)
metaphysical biologyについてはいずれ。(tadasu)
軽いジャブのつもりが一本撮れました(coela)

105. Fill the hole

Thu, 20 May 2021 20:45:00 +0900

特記すべきことはありません。

Show notes

HUNTER×HUNTER
新世紀エヴァンゲリオン
ゴジラSP … リサチャ勢必見の作品。
ウルトラマン
実相寺昭雄
攻殻機動隊
攻殻機動隊1.5
攻殻機動隊2
GHOST IN THE SHELL/攻殻機動隊
スチームボーイ
士郎正宗
アップルシード
ブレードランナー
攻殻機動隊 STAND ALONE COMPLEX
攻殻機動隊 SAC 2nd gig
攻殻機動隊 SAC SSS
バトルロワイヤル
PUBG
APEX
竹内力
剣道8段 … 2021年5月の8段審査は合格率0.4%という、旧司法試験もびっくりの合格率。通称ハンター試験。
北野武
ウマ娘 … キングヘイローとクラシック三冠を達成すべく頑張ってます。
Fate
はたらく細胞
もやしもん
ニーレンバーグ
RNA Tie Club
刀剣乱舞
堀川大樹
クマムシ
ワムシ
クマムシ姫 … おっと、なんのことだろうか。絶対にgglなよ！なよ！
シンカリオン
初音ミク … ミク先生
The toys that made us … netlflixのホビーおじさん特集
超電磁マシーンボルテスV
超電磁ロボコン・バトラーV
闘将ダイモス … 上記ロボットモノの３作品で「長浜ロマンロボシリーズ」
スパロボ … スーパーロボット大戦、最近coelaはスーパーロボット大戦Vを始めました。VなのにVガンダムがいなかった・・・。
シャーマンキング … 最近アニメや続編なども盛り上がっているらしい。
オーバーソウル
パシフィック・リム
ファイブスター物語 … 収録中には「ふぁいぶすたーものがたり」と言ってしまっていますが正式な読み方は「ファイブスターストーリーズ」です。
聖戦士ダンバイン … 異世界転生ものですよね
閃光のハサウェイ … 今年映画公開予定！
鋼鉄ジーグ
勇者ライディーン
魔神英雄伝ワタル
トップをねらえ！
GONIN … 音楽最高。
宇宙戦艦ヤマト2199 … 宇宙戦艦ヤマトのリメイク作品
もののけ姫
コダマの落書き … ep62で話しました。
機動武闘伝Gガンダム
天空の城ラピュタ
ドーラ一家　カキクケコ
ポム爺 … 泣ける。石の声がわかる謎の老人。細胞の声が聞けるようになりたい。
メンデレーエフ … メンデレーエフの逸話っぽいの元ネタがわかる人がいたらご連絡ください。
羊のショーン
アードマンアニメーションズ
ニック・パーク
安野光雅 … 絵本作家。数学者の遠山啓先生との共著が多いことは知りませんでした。
はじめてであうすうがくの絵本 (安野光雅の絵本) … 図書館で読めると思います。
かぞえてみよう (安野光雅の絵本)
ふしぎなえ (安野光雅の絵本)
あいうえおの本 (安野光雅の絵本)
日曜喫茶室
伊集院光深夜の馬鹿力／1998年12月14日／第0166回／立川流落語家元立川談志登場スペシャル … 人生が歪む原因(すなわち逆張りおじさんになってしまった遠因)の一つが高校生の時に聞いたこの音源。100回ぐらい当時聞いたと思う。
談志・円鏡歌謡合戦 … 上記のラジオで伊集院さんが探していると言っていた音源。私も当時入手可能なものはいくつか集めた。これを模倣しておこなった談志師匠と爆笑問題の太田さんのラジオは…だったなぁ。
カレーの甘口辛口
Nanami
中川家　ときうどん
豪傑大須晶 … 豪傑　大須晶
こくヌキ王国#76「豪傑の真実」 … 格闘ゲーム界至高のドキュメンタリー。eSportsよりはるか前、命をかけてゲームをしたプレイヤーたちがいた…!!!
豪傑が撮影したときど選手の写真 … この写真が撮影されたから日本の格ゲーeSportsブームが始まったとすら言われる一枚。やはり代表する写真は非常に重要。DNAのワトソンクリックの写真もそれに当たるだろう。
キノコ皮
Wintergatan - Marble Machine (music instrument using 2000 marbles) … 謎の楽器を弾く男
新世紀エヴァンゲリオン(漫画)
新世紀エヴァンゲリオン　ピコピコ中学生伝説 … エヴァの本質を突いている気がするギャグ漫画。
タイムマシン … タイムマシンじゃなくてタイムカプセル
ガラスの仮面
カムイ伝
拳闘暗黒伝セスタス
ベルセルク … 収録した時点で、まだニュースは出ていませんでした。三浦建太郎先生のご冥福を心からお祈りします。
BASTARD!!
火の鳥
ゲーミングお嬢様 … 佐子お嬢様登場ですわ！
ネオファウスト
ゲーテ
三菱化学生命科学研究所
手塚治虫の論文
どろろ
七色いんこ

Editorial notes

なんだかおじいちゃんみたいに毎回同じ話ししてる気がする。これはもうダメなのでは？エヴァの話は全カットしました。(tadasu)
エヴァについてアツく（？）語っていたのに！。全然関係無いんですけど、ちょっと前からRustの勉強始めました。いいですねRust!(coela)

104. Resolution of sweet bean

Sun, 25 Apr 2021 12:03:00 +0900

つぶあん・こしあん論争からはじめ、カレーうどんの可能性について言及し、研究テーマの嗜好性について議論しました。

Show notes

チョコモナカジャンボ
モナ王
こしあん
つぶあん
小倉トースト
赤福 … “伊勢”名物
餡
胡麻団子 … 黒胡麻餡の胡麻団子は珍しいのか…???
ぜんざい
コンツーブ
中華料理のつぶつぶデザート … おそらくタピオカ入りココナッツミルクのこと
バブルティー
サンマルクカフェ
串カツ田中
ブロッコリーの写真 … どでかいブロッコリー
ブロッコリーの茎のザーサイ … トクロン先生おすすめ
ザーサイ
松下製麺所
若鯱家
カレーうどん鯱乃家 … 名古屋にあるsohおすすめのうどん屋。冷やし肉うどんがおすすめ。
新着論文レビュー … “関心事：細胞においてDNAの情報はどのように収納され検索されるのか．おいしいカレーうどんを作りたい．”
老抽　… 老酒(ラオチュウ)じゃなくてラオチョウでした笑
上海風焼きそば
竹内郁雄
ハッカーの遺言状──竹内郁雄の徒然苔第5回：つぶ餡と漉し餡 … 本当は複雑性の議論までしたかったのですがまた次回
103. Blood Test of a Cell … Live-seq
少数性生物学 … ニュースレターが全部おもしろいのでオススメです。
鳩の巣原理

Editorial notes

こういう話をすると少し日本に帰りたくなります (soh)
四捨五入すると同じでも、話している人数が2人と3人では大きく異なります。101人と102人の違いはわかりにくいですが。というか、まぁカルボナーラうどんの一つの到達形は山越のかまたまですよね。(tadasu)

103. Blood Test of a Cell

Thu, 15 Apr 2021 11:03:00 +0900

同じ細胞から異なるタイミングでトランスクリプトームを複数計測できる技術Live-seqの原著論文を読みました。

Show notes

Genome-wide molecular recording using Live-seq BioRxiv 2021 … 今回紹介した論文。
NeuroRadio … 本格派の神経科学研究者系ポッドキャスト
Rebuild
Misreading Chat CSの論文読んで話をしよう
サンキュータツオ
予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」 (YouTube)
PNE … 蛋白質核酸酵素
新着論文レビュー
Manolis Kellis (YouTube) … Manolis KellisのYoutubeチャンネル。MITでの講義動画が盛りだくさん。
iBology
Conversations in Genetics: Leland Hartwell (Cell Cycle Control in Yeast)
Conversations in Genetics: Matthew Meselson (DNA Replication, Recombination and Repair)
Conversations in Genetics: Sydney Brenner (Genetic Code, Worm Development)
Conversations in Genetics: Elizabeth Blackburn (Telomeres, Cancer, Aging)
Future of CRISPR (base & prime) and epigenome editing (Interview with Prof David R. Liu)
Transcriptional recording by CRISPR spacer acquisition from RNA. Nature 2018 … Record-seqについての原著論文。
9. One-shot beautiful experiment … ゲノム編集を利用した情報の記録について話した回。

Editorial notes

雑談ばっかりにならないよう論文もどんどん読んでいきます (soh)
桜咲きました。いうて、研究者の方がやっているYouTubeもちらほらありますよね。(tadasu)

102. 23, 46, 92

Sun, 04 Apr 2021 08:30:00 +0900

アウトプットの蛇口が一個しかない問題、スマホで論文を読む・書く、論文をオーディオブックにする、研究者のゾーンとオカルト、染色体研究者が買うべきキーボードの話をしました。

Show notes

Paperpile … 論文管理ソフト、スマホでも読めて便利
Zotero
GoodNote
Side by Side Radio … 西薗さんが運営している競技自転車系ポッドキャスト。雑談も論文紹介も選手との話も全てがおもしろい。というか西薗さんが最高にいい(語彙不足ですいません)。
ゆっくり … テキスト読み上げ系ソフト
木島日記
テニスの王子様
黒子のバスケ
変性意識
天牌
Joe Rogan … 世界最高峰のポッドキャストの一つ
Researchat.fm: 62. Graffiti of Octopi … octopiの話
苗字がTRUEさんの話
nillpo先生 … いつも”自キ”について学ばせていただいている。自作キーボード界の永遠の初心者。
それはそう: Season 2: Keyboards Ep. 1 初心者と自作キーボード … マツコの知らない世界で自作キーボードをプレゼンしたBiacco42さんの自作キーボードポッドキャストでnillpoさんが話した回
mitosis …体細胞分裂
mitosis キーボード … 実際には複製後のヒト細胞は46 * 2 = 92本の染色体を持つので、若干ややこしいのですが…
centromere キーボード … centromere(セントロメア)は染色体分配のためにキネトコアが形成される領域。いわゆる染色体のくびれた部分。キー数は42にみえる。
meiosis … 減数分裂。染色体の倍数性の現象を伴う分裂
テロメア … 染色体の端。真核生物においては染色体が線状なので、テロメアは両端にある。そのため、46本の染色体があると、92個のテロメアがある。
HeLa細胞
コドン
tRNA

Editorial note

結構前にとったので何も覚えていません…(soh)
なんだかんだこの収録の後に最新の論文は10-20%ぐらいスマホで書きためた気がする… (tadasu)
(coela)

101. Adjusting Random Number Generator

Wed, 10 Mar 2021 08:55:00 +0900

春の訪れ、人狼、Among Us、72時間見えるボタン、なろう系小説について話しました。

Show notes

Fighting game is something so great. … ときど選手がEVO2017優勝後のスピーチで語った名言
孟宗汁 … 孟宗竹をつかった山形春の郷土料理
A Snow Day at Harvard University (Researchat.vlog #1 20210220) (YouTube)
1991 新宿散策散歩 Shinjuku Walkabout 910410 … sohが生まれた歳の新宿駅の様子。ずっと見ていられる。
Researchat ep40
ベア・グリルス
Man vs. Wild (Wikipedia)
iTunes U
Systems biology course 2018 Uri Alon - Lecture 1 - Basic concepts (YouTube)
格ゲーマー人狼 … メタ読み、煽りなんでもあり、最強の格ゲーマー人狼　それぞれのチャンネルで全ての視点があるため、見始めると人生が終わるぐらいおもしろい。
人狼最大トーナメント
Among Us
Project Winter
将棋ウォーズ
女流棋士の将棋ウォーズ実況#01 お着物で新企画、はじめてみました。 (YouTube) … 女流棋士香川愛生先生による将棋ウォーズ実況。
女流棋士山口恵梨子ちゃんねる (YouTube)
エリクサー (Wikipedia)
転生したらSpreadsheetだった件 (カクヨム)
仁 - TBSドラマ
映画シン・ゴジラ

Editorial note

カウンターでおまかせの天ぷら食える店を教えてください、カナダで… (soh)
積み重ねしかないのよ (tadasu)
エヴァの映画楽しみです(coela)

100. Researchat.fm

Mon, 01 Mar 2021 06:37:00 +0900

Researchat.fmの呼称について、民主的に話し合うことで公式見解を決定しました。

Show notes

水曜どうでしょう - 北海道テレビ
今日からはじめる「技術Podcast」完全入門 (Amazon)
Bayfm.org
Fm yokohama 84.7 (FMヨコハマ横浜のFMラジオ)
Researchat.fm おたよりフォーム
いたのりさ … 思えばR体とL体は無理があって、D体とL体でした。
CasX君
Researchat.fmステッカー … 現存する唯一の物理的非公式グッズ。ステッカーを交換されたい方はご連絡ください(ただ、実物は米国にしかないので、うまく交換できるかはわかりません…)

Editorial note

ポッドキャストでまたドッキリやりたい (soh)
なんだか一区切りですね。sciencefm.fmを諦めない。(tadasu)
雑談も大事なんやで (coela)

99. First In, First Out

Wed, 24 Feb 2021 14:35:00 +0900

ep1からep98までを3人で振り返りました。

Show notes

Researchat Blog … ブログに実はいろいろ記事があったりします。
Researchatで紹介した漫画のまとめコーナー
Reseatchatのお便りフォーム … お待ちしております。
ResearchatのYouTube
人気投票Googleフォーム … 後日やります！
すあま投票@twitter
sohのおすすめ回
- 86. Mysterious Defense Islands … レトロンというバクテリアで発現する謎のRNAについての論文を読んだ回です。
- 77. At The Conference Floor … 後半はまるで学会のあとの懇親会のような雰囲気でdessanと盛り上がりました。
- 57. All papers are created equal … 論文の読み方や理想の論文など話し始めたら熱くなってしまった回。
- 18. WikipeDNA … DNAデータストレージ周辺の技術やバイオベンチャーについて話しました。
- 16. Beyond imaging … 光学的に観察せずに分子の位置を計測するというとんでもないアイディアについての論文を読み大いに盛り上がりました。
- 6. A senior who pretends to be a beginner … 3人で集まって録った思い出深い回の一つ。リモートじゃないので、会話のテンポが随分と早い。
tadasuのおすすめ回
- 66. Weaving a web of ideas … アイデアとノートの取りについて話しました。
- 60. Lab meating … 動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。
- 48. XXXXXYYYYY … レベルEと性と染色体。レベルEから始まり、カモノハシのXXXXXYYYYY染色体、三毛猫まで。44と48はめっちゃ真面目にサーベイしました。
- 44. Tabasheer … Natureに初めて出した日本人。 1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者(杉浦重剛、小藤文次郎、関谷清景、伊藤篤太郎、南方熊楠)について話しました。
- 45. The ATGC Murders … Researchat史上、もっとも闇鍋感がある雑談
- 38. Respect Doesn’t Make History … 研究者についての雑感
- 11. Intelligence requires a body … 身体改造・身体拡張特集回
- 3. Here Comes A New Challenger! … パキスタンの格ゲー超新星襲来。ep34とセットで。
- 19. Neuron Musk … Elon MuskとNeuralinkについて。おそらく日本語で一番くわしい解説の一つです。Researchat.fmでは一番人気の回です。
coelaのおすすめ回
- 1. 600 tabs in your browser … 初回のこの感じはなかなか出せない
- 10. The endgame keyboard … 自作キーボードを作った話。今年こそ基盤発注したい。
- 30. Battle Aura … ファンタジーな武器の元ネタを調べました。
- 55. Homecoming … 蜘蛛回。蜘蛛ってすごいですね。
- 65. Lateral Thinking in Biotechnology … 枯れた技術の水平思考などについて。色々勉強になりました。

Editorial notes

Researchatはまだまだ続きます…話すことがあるので… (soh)
気づけば遠くまで来たものだ (tadasu)
キルラキルの総集編(？)が好きです(coela)

98. Homebrew Sprit

Fri, 19 Feb 2021 17:53:00 +0900

IoTデバイス、カナダの生活の様子、餃子、家二郎、ステーキ、地理のマッピング、おすすめの本について、壁に向かって話しました。

Show notes

What’s the Difference Between Bread Flour, All-Purpose Flour, Cake Flour, and Pastry Flour? (Phew!)
IoT無線規格の動向―周波数帯別の特徴を理解しよう
自宅でできる二郎風ラーメンの作り方 - デイリーポータルZ
The Best Smart Plugs and Power Strips for 2021
CompassCard
Glanvile Island
大阪岸政彦/柴崎友香 (Amazon)…紹介した本その1
断片的な社会学岸政彦 (Amazon)…紹介した本その2
ビニール傘岸政彦 (Amazon)…紹介した本その3
ご本、出しときますね? (Wikipedia)…BSでやってたオードリーの若林正恭と作家があれこれ話すトーク番組。
ご本、出しときますね？ (Amazon)…紹介した本その4
西加奈子 (Wikipedia)
朝井リョウ (Wikipedia)
山崎ナオコーラ (Wikipedia)
綿矢りさ (Wikipedia)
角田光代 (Wikipedia)
村田沙耶香 (Wikipedia
コンビニ人間 (Amazon)…紹介した本その5

Editorial note

一人で話して一人で編集していると自己完結感が凄まじい (soh)

97. Darwin's Coffee

Thu, 11 Feb 2021 10:53:00 +0900

レトロゲーム、Alexa、速読、読書感想文、小説の終わり方、海外における治験募集、他人の留学記などについて話しました。

Show notes

トリビアの泉
『トリビアの泉』金の脳、銀の脳を実際に持ってる人は見つかるか？Twitterでの呼びかけに持ち主が名乗り出る
The King of Fighters ‘98 … KOF’98
中国人はなぜKOF98をやり続けるのか？ … 中国では今でもKOF’98の人気が高いとききます。
月華の剣士
プロギアの嵐
カプコムアーケードスタジアム
R-type
R-type final2
Alexa
Alexa488 … 抗体染色やFISHなどに用いられる蛍光dyeのこと
グレン・グールド … ニワカのtadasuでも大好きになってしまうピアニスト
J.S.バッハ:ゴールドベルク変奏曲 by グレン・グールド (Amazon) … グールドといえばこの曲。若い時のバージョンと歳を取ってからのバージョンがあるが、歳を取ってからのバージョンの方がtadasuは好き。
The Joh Rogan Experience
エドワード・S・モース
速読術
山岡荘八織田信長 (Amazon) … 家にあったからという理由だけでtadasuが読書感想文のためだけに読み始めてしまった本
ドキュメント横浜vs.PL学園 … 例の試合。松坂投手や上重アナが活躍した一戦。近代高校野球の情報戦の面白さがみて取れる。この試合をリアルタイムでみてしまったがために(春も見たのだが)、このあと高校野球沼に沈んでいってしまう。松坂投手の渡米前最終登板も西武ドームに見に行きました。この数年後、まさか自分が高校生として神奈川に引っ越し、横浜高校と自分の高校の試合を見に行くようになるとは思わなかった。
沈黙 (Amazon)
沈黙 (Amazon) … スコセッシ監督の映画
深い川 (Amazon)
雪国
草枕 (Amazon) … 完全に無意識でしたが、草枕を高校生だった当時に読んだ理由が、当時好きだったグールドが草枕が好きだったらしいという話を同級生に聞いたからでした(tadasu)
乱黒澤明
宮本武蔵 (Amazon) … 吉川英治
五分後の世界 (Amazon)
ゲノム編集丸わかりブック (Amazon)
Researchat.fmのお便りフォーム
RSS (Wikipedia)
Introducing HTML formatting Spotify
Rebuild Transcript Search
千葉雅也先生のTwitter
Irving House … Irving Stには二つB&Bが並んでいる
A Friendly Inn … Irving Stには二つB&Bが並んでいる
Darwin’s Ltd … 千葉先生もtadasuもこのカフェからアメリカ生活が始まったのだった… Irving Stのすぐ横にある。
アメリカ紀行 (Amazon) … 千葉先生の留学記
悲しき熱帯 (Amazon)…レヴィストロースの名作中の名作。これのほかに野生の思考などもあります。
独学大全 (Amazon)
アイデア大全 (Amazon)
読書猿
レヴィ=ストロース (Wikipedia)
村上春樹辺境・近境 (Amazon)
サニーデイ・サービス

Editorial notes

治験の知見よろしくおねがいします (soh)
シン・ウルトラマンの30秒予告に、レヴィ=ストロースの思考がうつっているのが気になる。予告編がこの収録の直後に公開されたので高まりました。(tadasu)
高嶺響は「発勝する神気也」や「死を恐れぬ心也」といったかっこいい技がいっぱいいあるので知らない方は是非！(coela)

96. My Second Journal Club Presentation

Mon, 08 Feb 2021 05:03:00 +0900

「遺伝暗号表の構造が環境中のリソースから影響受けており、コドンの使用頻度にも反映されている」という説の論文を読みました。

Show notes

Resource conservation manifests in the genetic code. Science 2020…今回読んだ論文です。
Resource conservation manifests in the genetic code. BioRxiv 2020…Scienceに出版される前にプレプリントサーバーにも原稿があるので、無料で読めます。出版されたバージョンとは図表・番号などが違うので注意。
コドン (Wikipedia) … 今回の題材である、みんな大好き三文字のあいつ。今回コドンの詳しい説明は↓に丸投げしました。
37. Biological Enigma…dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。タンパク質やコドンについて(dessanが）丁寧に話しています。
7. In the golden age of molecular biology… アミノ酸をコードするコドン発見に至る歴史を当時の論文と背景を交えて3人で話しました。
Ep19. Neuron Musk…Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがはじめて詳細にその技術を公開した時期に（当時）、bioRxivに投稿された論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。
Ep50. My first journal club presentation…coela（たまき）が始めて紹介した論文。今回は2本目。
ResearchatLT vol.1 (YouTube)…Researchat.fmのリスナーから有志で、ライトニングトーク大会をやりました。その配信アーカイブです。
Researchat.fm Lightning Talk Vol.01 … ResearchatLTの要旨集を含む開催概要。
Last universal common ancestor, LUCA (Wikipedia)
窒素固定 (Wikipedia)
Sequence Homology (Wikipedia)… 今回取り上げたOrthologyの意味、混同しやすいParalogy・Ohnology・Xenology・Homoeology・Gametologyの違いについて。
Single-nucleotide polymorphism (Wikipedia) … podcast中でSNP（スニップ）って言っているもの。日本語では一塩基多型。
KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes
KEGG ORTHOLOGY
EggNOG v5.0…“A database of orthology relationships, functional annotation, and gene evolutionary histories”
同義置換と非同義置換: 計算方法、意味、論文での示し方 … podcast中でなんの説明もなく「dN/dS」と言っていた内容の説明（ごめんなさい）。
正の自然選択圧・負の自然選択圧 … ここらへんは限られた文字数で要約するのが怖いので割愛！！↑のリンクでも説明があります。
GLMM (Wikipedia)
データ解析のための統計モデリング入門――一般化線形モデル・階層ベイズモデル・MCMC … GLMM(論文中ではLMM）の入門におすすめな書籍。
GEO (Gene Expression Omnibus)…“GEO is a public functional genomics data repository supporting MIAME-compliant data submissions. Array- and sequence-based data are accepted.”
Microarray (Wikipedia)
アミノ酸生合成経路
細胞の物理生物学 … coelaがはじめて、アミノ酸を合成するのに必要なエネルギー（ATP数）に関する記述をみかけた本。他にも様々な生命現象を取り上げている素晴らしい書籍。鈍器になるレベルで分厚い。
BioNumbers … 直接は関係ないですが、今回議論された内容を調べるとっかかりとして便利とcoelaが思っているデータベース。

Editorial notes

Researchat.fmは研究者3人が話すポッドキャストです！！(coela)
また一年後にお願いします (soh)
う、今回は反省の多い回でした。次回の論文回は最後まで聞いてから質問します(悪い癖が出ちまった…)(tadasu)

95. Post Office Barrel

Wed, 20 Jan 2021 05:05:00 +0900

孤島にある樽の郵便ポスト、死後の世界、恐怖体験、夢と現実の境目についてあれこれ話しました。

Show notes

Amazon Gift
Researchat.fmのステッカー
最後に宇宙人が出る回ドラえもん … おそらくこの話。1994年9月30日の放送をみたようです。
Side by Side Radio… researchat.fmのリスナーにオススメの今一番アツいポッドキャストの一つ。最先端スポーツ科学/サイクリングに関する論文などについて”も”、雑談を交えながらバンバン話すポッドキャストです。”Side by Side Radioは、元プロロード選手の西薗良太 (Ryota Nishizono) がサイクリング全般のことから、サイクリングに関係がないことまで、お話するPodcastです。”
ガラパゴス諸島 (Wikipedia)…“郵便局とは名ばかりで木製のポストが置いてある簡素な郵便局であり、手紙を回収にくる郵便局員もいない”
フロレアナ島… wikipediaを見ると無人島ではなく人は少し住んでいるようです。”ポストオフィス湾はフロレアナ島にあります。ここには 1793 年に設置された樽の郵便ポストがあり、長い間捕鯨船の船乗りに利用されてきました。現在このポストを使っているのは主に観光客です。ポストに手紙を投函する代わりに、別の誰かが投函していった手紙を回収します。もともとは自分が直接届けられる場所に宛てたものだけ引き取るという前提でしたが、最近では自国宛ての手紙を持ち帰り、帰国後に切手を貼って郵便物として出してあげるという人も増えています”
ジョン万次郎…土佐から漂流を経てアメリカにたどり着き活躍した生き方はユニークでとてもおもしろい。井伏鱒二の小説の題材にもなった。
Whitfield-Manjiro Friendship Society
白鯨 (Wikipedia)
足摺岬
新島襄
Charles Darwin Foundation
ビーグル号航海記 (Amazon.co.jp)
ウユニ塩湖 (Wikipedia)
カナダフェアバンクス
旅をする木星野道夫 (Amazon.co.jp)
相続税 - 国税庁
生命保険 (価格.com)
平山夢明 (Wikipedia)
東京ガベージコレクション … 京極夏彦さんと平山夢明さんのラジオ
富士急ハイランド
MERU - Official Trailer on YouTube (映画)
零~zero~ (ゲーム)
OCULUS QUEST 2
Apple Watchで悪夢の治癒が可能に　スマートウォッチのウェルネス商戦は激化の一途
インセプション (Wikipedia)…クリストファー・ノーランの代表作。
映画のように、夢を再現することができるのか？ - 京都大学神谷之康教授
夢日記のKickstarter … これだった気がする。
夢太郎がくる … “電波系。「仮面を被りマントをつけて、全身タイツ」、「胸にはトレードマークの漢字一文字」、「長靴を履いている」、「袋を持っていて、中に何が入っているかは会った時に見せてもらえる」、これらの特徴を持つ架空の人物「夢太郎」の事を強く念じながら眠り、その時に見た夢の詳細を送ってもらう電波系コーナー。テーマ曲は「夢廃工場99」と同じく宮城まり子の「夢を見たの」。2007年4月16日（第600回） - 2007年7月9日（第612回）。” (wikipedia)
夢廃工場’99 … もちろん元ネタはみんな大好き夢工場’87。夢工場’87をなぜ1989年生まれのtadasuが知っているのか問題とそれに関連するY・O先生の話、YouTubeの原型についてはまたどこかで触れたい。
This Man (Wikipedia) … The Manじゃなかった… 夢に出てくるあいつ。
ペンローズの階段 (Wikipedia)…永遠に登ることのできない階段
上昇と下降…エッシャーによる作品。上昇と下降 (Ascending and Descending)。
東京伝説―うごめく街の怖い話 (竹書房文庫)
夢 … 黒澤明監督作品
夢で逢えたら
夢で逢いましょう

Editorial Notes

皆さんの夢を募集しております (soh)
怖い方がいいよね。夢占いの矛盾の話をしようと思ったのだが忘れてしまった。 (tadasu)
AR (MR?)でやるスポーツ、HADOが最近気になってます (coela)

94. Mach 1.25

Sun, 17 Jan 2021 09:08:00 +0900

キーボード打鍵時の小指、神社、労働時間、ドローンレース、フリーフォールジャンプについて話しました。

Show notes

自作キーボード回…Researchat.fm ep10
格ゲー回…Researchat.fm ep84, Researchat.fm ep85
ビルゲイツとパンケーキソート (Quora)
パンケーキソート (Wikipedia)
Gates et al. Discrete Mathematics (1979) Bounds for sorting by prefix reversal…Bill Gatesが学生時代に書いたパンケーキソートに関する論文
椿大神社
アメリカの神社
ティモシー・リアリー (Wikipedia)
MKウルトラ (Wikipedia)
幻覚系ドラッグによる宗教的「悟り」は本物か偽物か
Dokuro OshoとPsychonaut Jeff氏の対談…一体何が語られたのか気になるが怖くて行けなかった。ラボの同僚は行ったらしく素晴らしかったと言っていた。
中島らも (Wikipedia)
アマニタ・パンセリナ (Amazon.co.jp)
マジックマッシュルームを注射した男、体の中できのこが育つ
研エンの仲 #23 頭が良くなる薬ってあるの? (Anchor)
Researchat.fm ep66…本田圭佑のノートについてエピソード66で話しました。
イーロンマスクは週100時間働く
藤田社長は110時間働いた
週94hが限界説…シェアハウスだと意外と洗濯乾燥の時間が大変でそこで数時間削られていた。
サイパン島 (Wikipedia)
ハワイと正月…99.6%は間違いでした。95–98%減らしいです。
木村政彦はなぜ力道山を殺さなかったのか (Amazon.co.jp)
神国の残影 (Amazon.co.jp)
伏見稲荷大社…inari.jpかっこよすぎる
厳島神社
羽黒山
ドローンレース (YouTube)…かっこいいけどなにがなんだかわからない。
レッドブル・エアレース (Wikipedia)
Xアルプス…“パラグライダーとトレッキングが融合した、世界で最も過酷なアドベンチャーレースと言われる「レッドブル Xアルプス」とは？ 2015年大会が行われたばかりで話題沸騰中の「Xアルプス」の魅力に迫ります！”
ファン！ファン！JAXA
超音速ダイブ成功、世界記録を更新
フリーフォールジャンプの様子 (YouTube)…Felix Baumgartner氏。マッハ1.25を計測。
フリーフォールジャンプ (YouTube)

Editorial notes

2021年のResearchat.fmもどうぞ宜しくお願いします！(soh)
やばいっすね。(tadasu)
ベース二人のユニット、「ベースペア」を結成しようと思います (coela)

93. Language Is Not Required

Thu, 14 Jan 2021 18:14:00 +0900

インターネットなし生活のその後、IKEAの家具の組み立てとデザイン、F1マシンの開発と観戦の醍醐味について、また一人で話しました。

Show notes

GlocalMe
eSIM
Logic Pro
Lame…Sohはいつも編集したWAVファイルをlame -b 96 -h --resample 44.1 -q 2 --cbr -m m --noreplaygain ep.wav ep.mp3でmp3にエンコードしています。
MUJI Online Canada
Save-on-foods
IKEA
クロネコヤマト海外引越
YouTube Music
Change your Google Play country
DoorDash
ホンダパワーユニット
Max Verstappen
燃えさかるF1マシンからの「奇跡の生還」の舞台裏 (WIRED)
Honada エンジニアトーク空力
FIA フォーミュラ・ワン世界選手権への参戦終了について
レッドブルF1、ホンダとは2022年以降のF1エンジン継続についてほぼ合意
Formula 1: Drive to Survive. Netflix Official Site

Editorial Note

2021年のF1開幕楽しみです（soh）

92. All I Need Is WiFi

Sat, 09 Jan 2021 19:03:00 +0900

インターネット契約の困難さについてまた一人で話しました。

Show notes

AT&T Prepaid Sim Card for USA Canada 10 Days Preload 22 GB Data (Amazon.ca)
Noise Reduction (Audacity)
Truncate Silence (Audacity)
なぜコンプをかけるのか - コンプレッサーの基礎知識
水曜どうでしょうClassic
Canadian Style 陽だまりインタビュー…どうでしょう班のガイドをした熊谷芳江さんのインタビューがあった。
Sweet River Enterprises…95年からユーコンに住んでいるそうです。これは熊谷芳江さんがやっているツアー会社。

Ediorial notes

GlocalmeというMobile Routerをゲットすることができたので、このエピソードを上げています。良かった。。(soh)

91. Started A New Life in Vancouver

Thu, 07 Jan 2021 15:59:45 +0900

カナダ・バンクーバーでの生活の始まり、2週間の自主隔離、家探しの難しさなどについて一人で話しました。

Show notes

Ediorial notes

インターネットが早くほしいです (soh)

90. One in two hundred

Thu, 31 Dec 2020 23:59:45 +0900

2020年の振り返りと2021年の展望について話しました。

Show notes

2020年 Researchat.fm 関連論文まとめ
Researchat.fm Ep57: All papers are created equal … “科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。”
Researchat.fm Ep66: Weaving a web of ideas … “アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。”
Researchat.fm Ep65: Lateral Thinking in Biotechnology … “バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。”
Researchat.fm Ep70: Existing Legend … 武器回
Researchat.fm Ep72: The Hitchhiker’s Guide to the Enzyme Galaxy … “NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。”
いたのりさ
第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力 … sohがポッドキャストについて書いた実験医学の記事
ライフサイエンス新着論文レビュー … First Author’s。非常に人気があった。もちろん論文誌の選定などは考える余地があったとは思うが、論文には載らない苦悩などが書かれていて良かった。
tadasuが書いた新着論文レビューの記事 … この記事が書けたことは当時うれしかった。今読み直すとほぼResearchat.fmで話している内容と同じである。
Wyssのポッドキャスト
OISTのポッドキャスト
NEBのポッドキャスト
Natureのポッドキャスト
Scienceのポッドキャスト
iBilogy
Anchor
SONY WH-1000XM3…ノイズキャンセリング機能のついたヘッドフォン
村上すっぽん本舗村上すっぽんスープビアンド…1本1000円もした自販機で買えるすっぽんスープです。。伊勢丹でも買えるよ。
すっぽんの大市
ATH-ANC300TW…オーディオテクニカのノイズキャンセリングできるワイヤレスイヤホンです。sohが使ってる。

Ediorial notes

Researchatのマスコット「いたのりさ」ちゃんをよろしくおねがいします！ (coela)
雑談力上げていきたいですね。(tadasu)
2021年もどうぞ宜しくお願いします。(soh)

89. Look Back on the Talks

Thu, 31 Dec 2020 23:58:00 +0900

先日開催されたResearchatLT vol.1について大晦日に集まり、あれこれ振り返りました。

Show notes

Researchat.fm Lightning Talk Vol.01…LTの開催概要や要旨などはここからすべて公開しています。
ResearchatfmのYouTubeチャネル…当日の様子はここから見れます。
スパニッシュオムレツのまとめ (Researchat.fm Blog)

Ediorial notes

LT楽しかったです。またしたいです。(tadasu)
改めてResearchatLTで発表・ご視聴頂きました皆様、ありがとうございました！ (coela)
みなさん、良いお年を！紅白は二階堂ふみちゃんのステラマッカトニーの衣装がとてもよかったです。(soh)

88. 88

Thu, 31 Dec 2020 23:30:00 +0900

お遍路の話を取る予定でしたが、間に合わなかったのでそのうちアップします。

Show notes

そのうち収録してアップします。

Ediorial notes

このエピソードが公開される日を楽しみにしていてください。 (tadasu)
88にちなんでお遍路回だそうです (soh)

87. Collecting Anti-patterns

Thu, 24 Dec 2020 23:40:00 +0900

キャリアの変遷、ゲンロン戦記の紹介、配信の尺の長さ、ポッドキャストというメディア、雑談の正体、アンチパターンについて話しました。

Show notes

Bioinformatics (Wikipedia)
Manolis Kellis (MIT)
ENCODEプロジェクトやその歴史については、エピソード71で話しました。
Broad Institute
NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium
パターン認識と機械学習 (Amazon)
ChIP-Seq (Wikipedia)
Chromosome conformation capture (3C) (Wikipedia)
餓狼伝(Amazon) … 板垣恵介先生の漫画版
餓狼伝(Amazon) … 原作小説。表現がすごい。
夢枕獏 (Wikipedia)
Researchat.fmのおたよりフォーム
ゲンロン戦記「知の観客」をつくる (Amazon)
株式会社ゲンロン
経営危機に陥ったゲンロンが「大復活」を遂げることができたワケ
東浩紀 (Wikipedia)
アーキテクチャと思考の場所 … 宮台真司×東浩紀×磯崎新×浅田彰×宇野常寛×濱野智史 (2009/01/28) これでtadasuは初めて東さんを知った。
dessan
ゲンロンカフェ
ゲンロンスクール
村井純インターネットの父、戦いの歴史。”アンワイアード”な現在に思うこと。
ゲンロンニコ生
ゲンロンvimeo
20180214_東浩紀+坂上秋成+吉田雅史 … アンチパターン(失敗)やアウトリーチについてはこの回で話されています。
Ep84
Ep85
JAPAN PODCAST AWARDS 2019
ポトフさん
Adam Curry
荘口彰久
Dabel
世界雑談学会
みなみしまと雑談と … 雑談の正体について
ResearchatLT vol.01…ライトニングトーク大会やります。みんな来てね。
東京大学 FoundX
スタートアップ初級者向けリソース集
スタートアップの初期アンチパターン
スケールしないことをしよう
Y Combinator
naoya_t:ポール・グレアムのエッセイと和訳一覧
ハッカーと画家 (Amazon)

Ediorial notes

ぜひゲンロン戦記買いましょう (soh)
junk DNAと雑談の相似性(tadasu)

86. Mysterious Defense Islands

Tue, 22 Dec 2020 08:15:00 +0900

バクテリアで35年前に発見されたレトロンと呼ばれる謎の因子の機能に大胆に迫った論文を読みました。

Show notes

Bacterial Retrons Function In Anti-Phage Defense. Millman et al Cell 2020…これが今回紹介するレトロンの論文です。
細菌の逆転写酵素およびmsDNAの構造と機能 (日本細菌学雑誌, pdf)…日本語で読めるレトロンの機能などに関する総説論文。
逆転写酵素 (Wikipedia)
Genomically encoded analog memory with precise in vivo DNA writing in living cell populations. Science 2014…この論文で初めてレトロンの一部の領域が自在に改変でき、大腸菌の集団に外部刺激を記録するツールとして転用された。
Functional Genetic Variants Revealed by Massively Parallel Precise Genome Editing. Cell 2018…この論文ではレトロンを改造し、相同組み替えのドナーDNAをガイドRNAと同時に細胞へ導入する新しいゲノム編集法として転用された。
RNaseH (Wikipedia)
制限酵素についてはエピソード72で詳しく話しました。
ウイルスプラーク (Wikipedia)
バクテリオファージT4とT7
Anti-CRISPR protein applications: natural brakes for CRISPR-Cas technologies. Nature Methods…Anti-CRISPRタンパク質に関するレビュー論文。
フレームシフト変異 (Wikipedia)
RecBCD (Wikipedia)

Ediorial notes

Defense islandで宝探しをしよう！ (soh)
レトロンって名前がかっこいい。fugafuga-tronっていう名前に憧れる。イントロン、レトロン、ウルトロン(tadasu)

85. Road to Diamond

Sun, 20 Dec 2020 06:20:00 +0900

格ゲー初心者脱出のために取り組んだことを話しました。

Show notes

ストリートファイターV … ストリートファイターシリーズで現状最新作のナンバリングタイトル。今年で稼働５年目。
EVO Japan 2020
CPT … CAPCOM Pro Tour。１年のツアーを通じて最強のストVプレイヤーを決定する（正確にはツアー > トーナメントの順）。今年はオンライン開催で大会も少ないので入門に最適です！
sako選手 … FAVゲーミング所属のプロゲーマー。coelaは大ファン。sako選手のTwitchチャンネル
akikiさん … sakoさんの奥さん兼マネージャー。
かりん … 中平正彦先生の漫画「さくらがんばる！」に登場したさくらのライバルキャラクター。ストリートファイターZERO3でプレイアブルキャラクターとして参戦した。
メナト … ストリートファイターVの登場キャラクター。水晶を設置して戦う。かわいい。
メナトの声優 … 悠木碧さん。
沖田さん … 大勝利
ファンネル … ガンダムに登場する無線で遠隔操作可能な兵器。ニュータイプと呼ばれる宇宙に適応したやばい奴らしか使用できない。
インコム … ガンダムに登場する遠隔操作可能な有線兵器。ファンネルをニュータイプでない人で使えるように使いやすくした感じ。ファンネルやインコムを用いた攻撃はオールレンジ攻撃と呼ばれる。
ストリートファイターVのキャラクター使用率
ダルシム … ストリートファイターに登場するキャラクター。手足が伸びて火を吹くインドのヨガの達人。
エドモンド本田 … ストリートファイターに登場するキャラクター。隈取り＋相撲とジャパニーズカルチャーを体現している存在。2020.12現在、ランクマ勝率１位。
スーパー頭突き … エドモンド本田の必殺技。謎の推進力で地面と平行に飛んで頭突きを行う。ちなみに弱スーパー頭突きは「どすこい！」中は「どすこぉぉぉい！」強は「どーすこぉぉい！」。
スーパー百貫落とし … エドモンド本田の必殺技。空からヒップアタックで攻撃する。
ランクマッチ … 近年の格闘ゲームに実装されているモード。勝敗によりポイントが増減し、実力の近いプレイヤー同士が戦えるようになっている。通称ランクマ。
ストリートファイターVのランクマッチ … ルーキー・ブロンズ・シルバー・ゴールド・プラチナ・ダイヤ・マスター・ウォーロードの順に階級が上がっていく。
対空 … 2D格闘ゲームでは空中からの攻撃を食らうと大ダメージになるため、これに対応する対空と呼ばれる行動が重要になる。
起き攻め … 格闘ゲームで相手からダウンを取ったあとに展開する攻め。
確定反撃 … 相手の攻撃に対し、こちらの攻撃が改定して当たる反撃。ざっくり言うと相手の技をガードした際のスキを殴る行動。
アーケードコントローラー … 通称アケコン。レバーとボタンを入力装置とする。
HORI … ゲームの周辺機器メーカー。アケコンを始めとして多くの商品を展開している。sakoさんをスポンサードしている。
ファイティングエッジ刃 … HORIのアーケードコントローラー。coelaも愛用している。
CiRA … 京都大学iPS細胞研究所
おじリーグ3
アケコンのボタン・レバー配置 … メジャーどころではビュウリックス配置とノワール配置の２つがある。ファイティングエッジ刃はノワール配置。
アケコン関連のメーカー … 国内では三和・セイミツ・HORIが有名。
蔵土縁紗夢 … ギルティギアシリーズのキャラクター。声がめっちゃうるさい。
ときど選手 … 東大卒プロゲーマー。ときど選手のOPENRECチャンネル
ふ〜ど選手 … Mildom Beast所属のプロゲーマー。いつも勉強させてもらってます。この場をかりてお礼申し上げます。ふ〜ど選手のMildomチャンネル
ジコケンTV … ふ〜ど選手の「超参加型ゲーム配信番組」。初中級者講座や初中級者が参加しやすい大会を開催している。ジコケンTVも配信しているふ〜どさんのTwitchチャンネル
自作アケコン … いつか作ってみたい。
Golden Lever … インドネシアのアーケードレバー。豊富なパーツを組み合わせる事で自分好みの設定のレバーを作れる。coela的にはニュートラルへの戻りを早くできるのと遊びを少なくできるのがメリット。
GREEN ARCADE … かつて韓国に存在した鉄拳の聖地と呼ばれたゲームセンター。独自のレバーの作成まで行っていた。
韓国レバー … 中にシリコンが入っているためニュートラルに戻るのが早い。鉄拳などのニュートラル操作が重要なゲームで重宝されている（気がする）。
GamerFinger … アケコン用のボタン。押し心地がとても良い。中にCherry MXの銀軸が搭載されている（軸は交換可能）。
Cherry MX 銀軸 … メカニカルキーボードのスイッチの種類。反応が早いのが特徴。主にゲーミングキーボードに採用されている。
240Hzのディスプレイ … 240Hzのディスプレイを使用することで、60Hzのゲーム（格闘ゲームは主にこれ）でも１フレームほど有利になることが近年話題になっている。
自作PC … Ep56でも取り上げました。coelaのはケースの側面を透明のにして中身をめっちゃ光るようにしました。
ゲーミングお嬢様 … ジャンプ+の連載ページ
対ありでした。～お嬢さまは格闘ゲームなんてしない～ … ComicWalkerの連載ページ
ウメハラ fighting gamers
ゲーミングうちゅうじん

Ediorial notes

この人早口で自分の喋りたい事だけ喋ってる…(coela)
これぐらいいつも気合いれて欲しいですね笑　重ねて、お付き合いくださった皆様、ありがとうございました。Researchat.fmはこういう回もあります。(tadasu)

84. Exe Beast

Sun, 20 Dec 2020 06:15:00 +0900

学生時代に熱中したゲームの話をしました。

Show notes

Researchat過去の格闘ゲーム回 … Ep3、Ep34、Ep53(ちょっとだけ)、Ep64(ちょっとだけ）
アーケードコントローラー … 通称アケコン。PlayStationやSwitchなどのデフォルトコントローラーとは異なり、レバーとボタンを入力装置とする。
雛形書庫 … Researchat.fmのep53を聴いてパッド勢に切り替わったとのこと。
King of Fightersシリーズ … SNKの格闘ゲーム。シリーズによって若干異なるが、基本的に 3 on 3で対戦するのが特徴。coelaはKOF98を最も遊んだ。
ゲーメスト … 当時あったゲーム雑誌（月刊誌）。
アルカディア … 当時あったゲーム雑誌。ゲーメストの後継誌として発売された。
ギルティギアシリーズ … coelaが中高時代もっともハマった格闘ゲーム。
MARVEL VS. CAPCOMシリーズ … マーベルシリーズのヒーローとCAPCOMのゲームキャラクターが入り乱れて戦う格闘ゲーム。演出が派手派手。「マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイターシリーズ」からより多くのCAPCOMのキャラが登場する「MARVEL VS. CAPCOMシリーズ」になった。
憲磨呂 … マーヴル・スーパーヒーローズ VS. ストリートファイターのキャラクター。とんねるずの生でダラダラいかせて!!との連携企画で誕生した。声優は木梨憲武さん。
真空波動拳 … ストリートファイターのリュウの超必殺技。
ヴェノム … スパイダーマンのヴィラン。
ジル … バイオハザードシリーズの登場人物
ストライダー飛竜 … 「ストライダー飛竜」からVSシリーズに参戦したキャラクター。ニンジャ。
ナスレバー … 主に海外のアケコンで使われているレバーの形。
ジョジョの奇妙な冒険 … ジョジョの奇妙な冒険の第三部を題材とした格闘ゲーム。続編に「ジョジョの奇妙な冒険未来への遺産」がある。
私立ジャスティス学園 LEGION OF HEROES … CAPCOMの格闘ゲーム。今度ストリートファイターVに本ゲーム出身の「アキラ」が実装予定。
ぱぷりぃ … coelaが格闘ゲーム大会で使用したリングネーム
パプリカ … ハンガリーの特産品
CAPCOM
SNK
八神庵 … King of Fighersシリーズに登場するキャラクター。多くの青少年の中二病をこじらせた。嫌いなものは暴力。
八神庵のズボン … 「ボンテージパンツ」という実在するパンクファッション。
草薙京 … King of Fighersの主人公
GGXXACのキャラクター一覧
テスタメント … ギルティギアシリーズの登場キャラクター。初代ギルティギア、ギルティギアゼクスでは中ボスを務める。coelaの持ちキャラ。
グレイブディガー … テスタメントの必殺技。
エグゼビースト　… テスタメントの必殺技。
蔵土縁紗夢 … ギルティギアシリーズの登場キャラクター。coelaの持ちキャラその２。声がめっちゃうるさい。
FDC/FCD … GGXにおけるフォルトレスキャンセル（フォルキャン）と言われるテクニックとその派生テクニック。フォルキャンの発見によって環境が激変した。
エディ … ギルティギアシリーズに登場するキャラクター。操作がめちゃくちゃテクい。声優は塩沢兼人さん > 子安武人さん。
geocities … 昔はみんなこれで無料ホームページを作っていた(気がする)。
GUILTY GEAR -STRIVE- … 2021年4月発売予定のギルティギアの最新作。テスタメントの参戦が待たれる。
キャラセレと研究テーマ … いつか話したいテーマ
どぐら選手 … CAG所属のプロゲーマー。複数のタイトルで実績を残している。どぐら選手のMildomチャンネル
ふ〜ど選手 … Mildom Beast所属のプロゲーマー。ふ〜ど選手のMildomチャンネル
はらだのゲームばぁー … 鉄拳プロデュサーの原田勝弘さんが出演している番組。
sako選手 … FAVゲーミング所属のプロゲーマー。coelaは大ファン。sako選手のTwitchチャンネル
ヴァンパイアシリーズ … CAPCOMの格闘ゲーム。ユニークなキャラクターが多数登場している。ゲームスピードがとても早い。
ストリートファイターV … ストリートファイターシリーズで現状最新作のナンバリングタイトル。今年で稼働５年目で結構攻略も進んでいる。
CPT … 一年間のツアーを通してストリートファイターV最強を決める。今年はオンライン開催で大会数が少ないので初心者にもオススメです！
梅原大吾選手 … 格闘ゲーム界のレジェンド。ウメハラ選手のMildomチャンネル
ときど選手 … 東大卒プロゲーマー。ときど選手のOPENRECチャンネル
トレーニングモード … 通称トレモ。格闘ゲームの練習で多用される。
ダイヤグラム … 格闘ゲームのキャラ同士の相性はダイヤグラムと呼ばれる。6:4などの数字で言われる事が多い。何をやっても詰んでる組み合わせは10:0と呼ばれる。
サムライスピリッツシリーズ … SNKの格闘ゲーム。とにかく一撃でめっちゃ減るのが特徴。最新作SAMURAI SPIRITSも好評発売中。
妖怪腐れ外道 … トライガンの作者、内藤泰弘先生がデザインしたキャラクター。coelaは初めて見たコイツを見たとき衝撃を受けた。
真鏡名ミナ … 多くのキャラが剣で戦う（いうほどでもないかもしれない…）サムライスピリッツにおいて弓で戦うちょっと変わったキャラクター。かわいい。
妖怪腐れ外道 vs ミナ … 収録後調べてみたら実はいうほどミナ有利ではないらしい（零シリーズでは）。謹んで訂正申し上げます。
sakoスペシャル … ヴァンパイアセイヴァーのバレッタのコンボ。1フレームしか猶予がない行動を繰り返す必要がある。
バレッタ … ヴァンパイアシリーズのキャラクター。赤ずきんちゃんがモチーフ。
チップ=ザナフ … ギルティギアシリーズのキャラクター。移動速度がとても早いが防御力がとても低い。
梅喧 … ギルティギアシリーズの登場キャラクター。ガードをキャンセルして必殺技を出せるガードキャンセルと呼ばれる行動が特徴。
紙 … 防御力の低いキャラクターがこう呼ばれる事がある
ギルティギアのキャラの理論値 … 本編で言及したチップ・梅喧の理論値に関してはどぐら選手が配信でおっしゃっていました。収録中にリファレンスを挙げられなくて申し訳ありません。
テキサスホールデム

Editorial notes

予定より熱が入って喋り過ぎてしまいました…。取り上げる余裕が無かったのですが、月華の剣士の響も大好きです(coela)
怒られるで本当に笑　とりあえず熱がすごい。お付き合いいただいた方々ありがとうございます。(tadasu)

83. Nice round number

Thu, 03 Dec 2020 09:45:00 +0900

ペア実験、実験プロトコルと動画、キリのいい数字、人工と天然、書き出し文、オススメされた漫画を読んでいない問題について話しました。

Show notes

Researchat.fm ep75…“「この分野は専門外なのですが」「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。 “
Researchat.fmのTwitterアカウント…#researchatfm をつけてつぶやいていただけると対応しやすいです。
Researchat.fmのお便りフォーム…こちらのお便りフォームからもお便りを出していただけます。
Researchat.fm ep82
ペアプログラミングに関するコメント (Twitter)…ep82に関していただいたペアプログラミングに関するコメント。@naoharuさんありがとうございます。
ペアプログラミング (Wikipedia)
Googleの哲学…遅いより速いほうがいい。
Bio-Rad…みんな大好きBio-Rad
ウェスタンブロッティング (Wikipedia)
ウェスタンのゲル…作るのがめんどくさい。失敗しやすい。分子生物学初心者の鬼門。
Nature Protocols
JoVE
Cookpad
クラシル
為末大 (Wikipedia)
進数 (Wikipedia)
ウィスキーの熟成スタートアップに関する記事…Bespoken Spiritsという企業
Afineur…コピルアクにインスピレーションをうけ、バクテリアによってコーヒーを発酵させるこで新時代のコーヒーを作るスタートアップ。
龍涎香 (Wikipedia)
青春あるでひど…科学ポッドキャストの先達。知識の引き出しとトークのキレがやばい。アダルト科学相談室。
Big Hall (Wikipedia)…南アフリカ共和国のキンバリーに存在するダイヤモンド採掘のために掘られた穴。
De Beers…デビアス
ダイヤモンドの4C…デビアスと4Cについて。
lab grown diamond…lightboxが商標。
デビアスの人工ダイヤモンド … 識者によると同一カラットのダイヤであれば天然ダイヤの1/5程度の値段とのこと。
コラ半島超深度掘削坑…ロシアの穴
マンションポエム … “1000作品以上集めてわかった「マンションポエム」に隠された“ワナ”” by 大山顕さん
マンションポエム…「空にそびえる鉄の城」っていう歌詞が思い浮かびました。声はマジンガーZのオリジナルではなく、証言のYou the Rockさんの方でしたが。
DPZ…デイリーポータルZ。最高のサイトである。
地味ハロウィン…DPZ主催。海外のツイッターでもかなり話題になっていた。
天久聖一 (Wikipedia)…天久の前に天久なし、天久の後に天久なし。
書き出し小説大賞…天久先生がDPZで主催している最高の知的ゲーム。一行小説。tadasuも以前投稿していた。
書き出し小説大賞 (Amazon)…書き出し小説の珠玉作品まとめ
挫折を経て、猫は丸くなった。(Amazon)…書き出し小説の珠玉作品まとめ vol.2
バカドリル (Wikipedia)…平成史に燦々と輝くバカドリル。天久聖一先生とタナカカツキ先生の作品。
バカドリル (Amazon)
バカはサイレンで泣く…SPA!といえばバカサイ。天久先生、椎名先生、せきしろ先生による投稿コーナー。昔はゴメス氏も。30年近く経つも、電気グルーヴのANNの残り香を楽しめる。対抗は伊集院さんのラジオかファミ通町内会か。tadasuは高校生時代に投稿していた時期があり、少し掲載された。書き出し小説の元になったような回に掲載されたのがうれしかった。
バカはサイレンで泣く09 (Amazon)…少しネタが載っていてうれしい。自分語りばかりですいません。
バカはサイレンで泣く13…前書きがかっこよすぎる。
ノーベル賞とファミリーネームの都市伝説…AとBという人が同じ年に論文を出しているとA(2000), B(2000)という引用がされやすいため、Aの方が重要に見えて、結果的にcitationも増え、Bの評価が不当に下がってしまったという話。
スパイダーバース (Amazon)
日本酒のサブスクサービスの苦難 (Togetter)…非常に勉強になるまとめ

Editorial notes

ネットワークの調子が悪く遅延があり、ゆっくりゆるふわに話しました。(soh)
ダイアモンドなのかダイヤモンドなのか。油井が読めなくて油田って言っちゃいました。(tadasu)

82. Problem Bisection

Tue, 24 Nov 2020 14:30:00 +0900

問題発見と解決のための二分探索の方法、最近買ったソフトウェア、漫画について話しました。

Shownotes

Rui Ueyama – 自作コンパイラでPythonのtest_utf8_modeテストが通るようにする (Youtube)…二分探索を利用して自作コンパイラにあるバグを修正するライブコーディング。必見。
test_utf8_mode.py (Github)
Rui Ueyama – chibiccのコード紹介 (Youtube)
chibicc: A Small C Compiler
Turing Complete FM…Ruiさんによるポッドキャスト番組。
Bisection method (Wikipedia)
GNU Emacs
Misreading Chat - CSの論文読んで話をしよう…コンピュータサイエンスの論文を読むポッドキャスト。Sohはこのポッドキャストを昔聞いたときに自分もやりたいと思った。おすすめです。
LevelDB…“LevelDB is a fast key-value storage library written at Google that provides an ordered mapping from string keys to string values”
#14 – LevelDB (Misreading Chat)
Affinity Designer – Professional Graphic Design Software…買い切りのグラフィックデザイン用のソフトウェア。
Researchat.fmのステッカー
Audio Hijack: Record Any Audio on MacOS…Sohはこれを使ってポッドキャストで録音した音をDiscordに流したり、その音を更に録音するのに使っている。
Soundflower…仮想的にチャンネルをたくさん作れる。
LadioCast
ローカルとリモートに複数人のゲストがいる場合のポッドキャスト録音 – Researchat.fm Blog
峠鬼１ (HARTA COMIX) Kindle版 (Amazon)
葬送のフリーレン（１） (少年サンデーコミックス) Kindle版 (Amazon)

Editorial notes

あとで調べて知ったのですが、ソフトウェア工学ではbisectionという考え方が浸透しているのですね。(soh)
こっちは音源無くして無いです！！今度ポスターAffinity Designerで作ってみます。(coela)

81. Non-professional Podcaster

Sun, 22 Nov 2020 10:05:00 +0900

カナダの就労ビザ取得あれこれ、海外旅行に行きたい、オフラインとオンラインミーティングの良さ、買いたいゲームなどについて話しました。

Show notes

Editorial notes

さて、今回の収録ではたまきさんが音源の保存に失敗するというミスを起こしたため、アフレコ+鬼編集であたかも会話しているような部分が20分以上あります。みなさんは気づきましたか？？たまきさんは反省してください。(Soh)
反省(coela)

80. Guest explains everything

Sat, 21 Nov 2020 00:10:00 +0900

pomeさんをゲストに迎え、TALEN・UCART治療・シングルセル解析・核酸医薬・DNA合成に関する技術と関連のバイオテック企業の動向について話を伺いました。

Shownotes

Researchat.fm ep79…pomeさんゲスト回前編はこちらです。
TALEN…詳しくはResearchat.fm ep76
Cellectis … Swedenではなく、Franceの企業だったようです。(BB氏訂正ありがとうございました。)
CAR-T
UCART…Universal Chimeric Antigen Receptor T-cells。”Off-the-shelf”ってかっこいいですね。
T細胞 (Wikipedia)
HLA (Wikipedia)
NK細胞 (Wikipedia)
CD47 (Uniprot)
Pfizer
Allogene Therapeutics
CRISPR (Wikipedia)…Researchat.fmの過去回をお聞きください。Researchat.fm ep76、Researchat.fm ep77など
iPS細胞 (Wikipedia)
Spatial Transcriptomics
10X Genomics
seqFISH
FACS (Wikipedia)
BioLegend
Highly Parallel Genome-wide Expression Profiling of Individual Cells Using Nanoliter Droplets. Cell 2015…InDrop法による１細胞シングルセル解析の元論文
1CellBio
Broad Institute
アンチセンスRNA
筋ジストロフィー (Wikipedia)
核酸医薬 (Wikipedia)
siRNA (Wikipedia)
固相合成 (Wikipedia)
液相合成
T7 (NEB)
GenScript
TdT (Wikipedia) … 話が途中からDNA合成からRNA合成にすり替わってしまいましたが、RNA合成の基本であるIVT(in vitro transcription)に関してはまたいつか話します。
Molecular Assemblies, Inc
Enzymatic DNA synthesis enters new phase. Nature Biotech 2020…TdTを用いたDNA合成の最前線に関する記事(2020/10月)
De novo DNA synthesis using polymerase-nucleotide conjugates. Nature Biotech 2018…TdTを用いた核酸合成の元論文。
Moderna…今COVID-19のワクチンで名前を轟かせている製薬会社
さくら通信
さくら剛 (Wikipedia)
インドなんて二度と行くか!ボケ!!―…でもまた行きたいかも (Amazon)
感じる科学 (Amazon)
丸山ゴンザレス (Wikipedia) … 通称丸ゴンさん
海外ブラックロード … 丸ゴンさんと嵐よういちさんのポッドキャスト
丸山ゴンザレスの裏社会ジャーニー (Youtube)
クレイジージャーニー (Wikipedia)
草下シンヤ … 個人的には草下さんも超気になっている。まさか裏のハローワークの作者だったのか…
BLUE GIANT (Amazon)

Editorial notes

ブルージャイアント読者仲間がいて嬉しかったです。次も面白い漫画の話ししたいですね。(pome)
楽しかったですね、また宜しくお願いします(soh)
pomeさん楽しい話をいっぱいありがとうございました。漫画の話いっぱいしたいですね！ (coela)
北欧のいいメタル教えてください、ぐらいのノリでスタートアップを聞いてしまいました。そしてこの音源は10月に収録したものだったのですが、PfizerやModernaのmRNAワクチンのニュースが出る前に公開するべきでした！！！大変申し訳ございません。未来を読んだことにしてくれませんかね？ここはひとつ。pome劇場第二幕に期待…!!!(tadasu)

79. Connecting Dots

Tue, 10 Nov 2020 05:40:00 +0900

pomeさんをゲストに迎え、ボストン界隈を中心としたCRISPR関連のバイオスタートアップについて話を伺いました。

Show notes

Top CRISPR Startup Companies Changing the Future of Biotech and Medicine … CRISPR関連スタートアップまとめ
Researchat.fm, ep76 … ゲノム編集特集回
Researchat.fm, ep77 … ゲノム編集特集回
Researchat.fm, ep2 … CRISPR特集回
Researchat.fm, ep77
Researchat.fm, ep47 … SHERLOCKについて話しました。
Boston
MIT … マサチューセッツ工科大学。Kendall Station近くに位置する。厳密にはボストン市ではなく、ケンブリッジ市である。
Harvard University … ハーバード大学。こちらもメインキャンパスはケンブリッジ市。Oxford Stに位置する建物もあるため、Oxford St., Cambridgeと住所的には何が何だかわからないところもある。
Boston University … BU
University of Massachusetts … UMass
Tufts University
Berklee College of Music … いつもバークリーなのかバークレーなのかわからなくなる。有名な音楽学校。
NOVARTIS
Takeda
Biogen
Bayer
Cell Press … いわゆるCell誌。MIT,ハーバードの目と鼻の先にある。
カリフォルニア州
マサチューセッツ州
ニューヨーク州
ニュージャージー州
Akamai
Feng Zhang
David Liu
Researchat.fm, Ep60 … 培養肉などについて話しました。
GMO …Genetically modified organism
Plantedit
FAD2
Solive … by Plantedit
spCas9
Cas12
Cas13
Inscripta
mad7 nuclease
Unreal Engine
Unity
C4U
BioPallete
Cas3
モダリス
Beam Therapeutics
Researchat.fm, ep22 … Base editorやTarget AIDについて話しました。
in vivo
ex vivo
鎌状赤血球
CRISPR Therapeutics
造血幹細胞
CD34+
ヘモグロビン
BCL11A
eGenesis Bio
George Church
胚盤胞置換法
Living cell technologies (LCT)
Diatranz Otsuka
CAR-T
レンチウイルス
AAV
HIV
ゾルゲンスマ
TLO … Technology License Organizationの略
Wyss Institute
Wyss Instituteのポッドキャスト … めちゃくちゃ良い。tadasuはリピートしまくって聞いている時期が度々ある。
Peng Yin
Researchat.fm, ep74 … DNA Origamiについて話しました。
Cambridge Innovation Center (CiC)
Venture Cafe
Venture Cafe Tokyo … 虎ノ門ヒルズ内にある。木曜日にイベントをやっているようです。
CiC Tokyo … 虎ノ門ヒルズ内にある。
Cambridge City, MA … ケンブリッジ市
スタンフォード大学のパテントに関する資料 … Stanford UniversityのOTLによる資料。
lab central
Johnson & Johnson
Roche
Job Description
四行教授 … とあるブログ様を引用させていただきました。当時修士のtadasuに四行教授や「履歴書を汚せ」と説いた人物は黒川清先生です。
Researchat.fm, ep75 … I’m not sure though.

Editorial notes

とっても楽しいおしゃべりでした。仕事と関係ないマニアックな話をできる場はあんまりないので貴重です。またやりましょう。(pome)
後編もお楽しみに〜 (soh)
同じ地区に住んでいるのに何にも活かせていません…(tadasu)
(coela) <- 早くコメント書いてください！ゲキオコdeath！！！ by tadasu

78. You can(not) do science in one country

Sat, 31 Oct 2020 21:30:00 +0900

shiotaさんをゲストに迎え、カナダ、アメリカ、フランスの三ヶ国における留学体験(学部-博士-ポスドク)についてお聞きしました。

Show notes

Shiotaさん
希少癌NUT Carcinoma発症メカニズムとは、新規治療法発見を目指す … Shiotaさんが特集された記事。途中から有料です。
Massachusetts General Hospital: MGH
Brigham and Women’s Hospital
オタワ大学留学生用コース … English Intensive Program
ESL (English as a second language)
カンザス州
オズの魔法使い
カンザスシティロイヤルズ
コミュニティカレッジ
カンザス大学
OPT: Optional Practical Training
germ cell … 生殖細胞
エピジェネティクス
グルノーブル
undergraduate … 学部生のこと。graduateは大学院生のこと。
master … 修士課程のこと
Ph.D コース　… 博士課程のこと。日本では学部(4年)->修士(2年)->博士(3年)が想定されている一般的な課程であるが、海外では(日本国内でも)様々なパターンがある。
なかやまきんに君 … なーかーやーまきんにくんです！！！でおなじみきんに君。筋肉ルーレットや、Bon Joviの音楽とともに料理を作るネタなど多数。
ガン免疫
14. Popte-PIWI-c | Researchat.fm … kyonさんがハムスターにおける抗体を作る話をしてくれた回。大学院生共通の悩みがありますね。
68. A primer for homebrew antibody | Researchat.fm … kyonさんによるモノクローナル抗体作成の話
ボストンキャリアフォーラム … いわゆるボスキャリ
GRE
ヌクレオソーム
プロタミン
ChIP-Seq
ヒストン
ヒストンバリアント
NUTM1
NUT Carcinoma
転座
sperm injection (ICSI)
BRD4
p300
Takao Hensch … You cannot do science in one country.
Studio … アメリカの間取り。いわゆるワンルーム。
Marie Skłodowska-Curie Actions
船井財団
孫正義育英財団
上原記念生命科学財団
内藤記念科学振興財団
海外特別研究員
Human Frontier Science Program: HFSP
ウッズホール海洋生物研究所
この音源の収録は2019年11月16日に行われました。それから時間が経過し、変化したこともあると思いますが、何卒ご理解のほどよろしくお願いします。

Editorial notes

楽しくて喋り倒してしまいました。留学を少しでも考えてる方、お気軽にお声掛けください。(shiota)
この情報を高校生の時に知りたかった…！！！(tadasu)

77. At The Conference Floor

Mon, 26 Oct 2020 10:19:00 +0900

dessanをゲストに迎え、CRISPRの仕組みを利用した様々な技術や遺伝子回路、これからの発展について話しました。

Show notes

The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.”
Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財団による詳細なCRISPR研究のレビュー、そしてなぜDoudnaとCharpentierの二人が受賞に値するのかについて説明している。
76. The Chimeric RNA, Researchat.fm…ゲノム編集についてdessanをゲストに迎えて話しました。
A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Science 2012…CharpentierとDoudnaによるノーベル賞につながる論文の一つ。CRISPR–Cas9システムがこの論文によってその大枠が明らかにされた。
Multiplex Genome Engineering Using CRISPR/Cas Systems. Science 2013…Feng Zhang labによるヒト細胞におけるゲノム編集技術の報告。
RNA-Guided Human Genome Engineering via Cas9. Science 2012…George Church labによるヒト細胞におけるゲノム編集技術の報告も同時に掲載された。
First rounders: Feng Zhang (Podcast)…Feng Zhangが出演したNatute Biotechnologyのポッドキャスト。おすすめです。
26. Cool tech googlability, Researchat.fm…RNAを標的にできるCas13bについては、エピソード26で紹介しました。
Cas14 (crisp_bio)…“Cas14は、PAMに依存しないssDNA切断活性に加えて、PAMに依存するdsDNA切断活性も帯びている”
CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors. Nature 2019…CasX
Transposon-encoded CRISPR–Cas systems direct RNA-guided DNA integration. Nature 2019…トランスポゾン型のCasシステムの報告。
RNA-programmed genome editing in human cells. eLife 2013…Doudna labによるヒト細胞におけるゲノム編集技術の報告。FengやChurchらよりも少しだけ遅かった。
Microhomology-mediated end-joining-dependent integration of donor DNA in cells and animals using TALENs and CRISPR/Cas9. Nature Communications 2014
Ep52. Split into a row
Double Nicking by RNA-Guided CRISPR Cas9 for Enhanced Genome Editing Specificity. Cell 2013…Double nicking (2つのgRNAとCas9 nickase)によるより正確なゲノム編集方法が示された。
Genome-scale transcriptional activation by an engineered CRISPR-Cas9 complex. Nature 2015…Cas9を用いた転写の活性化手法。
Live visualization of chromatin dynamics with fluorescent TALEs. Nature Structural & Molecular Biology 2013 … TALENを用いた染色体の特定領域のイメージング方法
Dynamic Imaging of Genomic Loci in Living Human Cells by an Optimized CRISPR/Cas System. Cell 2013…dCas9-EGFPによる生細胞のイメージング技術。SpCas9の場合は、D10AとH840Aの２つの変異を入れることで、DNAに結合するが切断しないdead Cas9 (dCas9)として利用することができる。
Live cell imaging of low- and non-repetitive chromosome loci using CRISPR-Cas9. Nature Communications 2017…ガイドRNAにMS2 loopをたくさんつなげることで (14個!)、明るい輝点を得ることができる。
CRISPR-mediated live imaging of genome editing and transcription. Science 2019…こちらは蛍光標識したガイドRNAを利用した生細胞イメージング方法。
A protein tagging system for signal amplification in gene expression and fluorescence imaging. Cell 2014…Sun tagとCas9を用いたイメージング方法。
Split Green Fluorescent Proteins: Scope, Limitations, and Outlook…Split GFP
Programmable RNA tracking in Live Cells with CRISPR/Cas9. Cell 2016…PAMmerによるSpCas9のmRNAイメージング
CRISPR-Mediated Programmable 3D Genome Positioning and Nuclear Organization. Cell 2018 … CRISPR-GO：CRISPR技術、核内でのゲノム空間構造、ポッドキャスト内ではゲノム同士を寄せるという説明をしていましたが、今調べてみると特定のゲノム領域と核膜やカハール体への再配置ということでした。
Manipulation of nuclear architecture through CRISPR-mediated chromosomal looping. Nature Communications 2017 … こちらがCRISPRの仕組みを用いることで人工的に染色体内部にループを作成した論文。
Transcriptional repression mediated by repositioning of genes to the nuclear lamina. Nature 2008 … LacO-LacIの仕組みを用いることでゲノムの特定領域にLacO arrayを差し込み、核膜に局在させたLacIに結合させることである遺伝子領域を核膜側に誘導しようとした論文。最初にこの論文を読んだ時はそのアイデアにたまげました。
9. One-shot beautiful experiment (Researchat.fm)…人工的なDNA領域へ細胞内の情報（細胞系譜）を書き込む技術についてエピソード9で話しました。
CRISPR–Cas encoding of a digital movie into the genomes of a population of living bacteria. Nature 2017…George Churchらは、Cas1-Cas2システムによって馬の動画をバクテリアゲノム書き込み、それを読み出すことに成功した。
Multiplex recording of cellular events over time on CRISPR biological tape. Science 2017…コピー数の異なる2つのプラスミドをCas1-Cas2で取り込ませて、細胞内で人工的な時計のような仕組みを実現した。
Single-Nucleotide-Resolution Computing and Memory in Living Cells. Molecular Cell 2019…Tim Liu Labによる複雑な遺伝子回路の実現。DOMINOについては、プロモーター配列を標的にしているのではなくオペレーター配列でした。
Rewritable multi-event analog recording in bacterial and mammalian cells. Science 2018…David Liu labから報告されたガイドRNAによって連鎖する遺伝子回路（カスケード）の実現。
Terminal Deoxynucleotidyl Transferase, TdT…テンプレートに依存しないDNA合成を可能にする酵素。
Tandem fluorescent protein timers for in vivo analysis of protein dynamics. Nature Biotechnology 2012…GFP Timer
Permanent genetic memory with >1-byte capacity. Nature Methods 2014
Continuous genetic recording with self-targeting CRISPR-Cas in human cells. Science 2016…自分で自分のガイドRNAを編集することで、理論的には無限に情報を書き込む方法が提案されたが、領域が壊れてしまう問題もある。
Ten Simple Rules to Win a Nobel Prize.
ヘンリー・ブラッグ (Wikipedia)
iPS細胞 (Wikipedia)
国境なき医師団
Human Genome Project
Xiaowei Zhuang
Expansion microscopy (Wikipedia)
Renato Dulbecco (Wikipedia)
Programmable RNA editing by recruiting endogenous ADAR using engineered RNAs. Nature Biotechnology 2019…LEAPER
crisp_bio … 世界広しといえでも、これだけCRISPRの最新情報がまとまっているサイトはCRISP_BIOさんの他に世の中には存在しません。日本語でCRISPRの最先端情報を追える喜び。CRISP_BIOさん、いつもありがとうございます。

Editorial notes

1分でわかるとか無理なのですが、一方で言葉を尽くせばわかる可能性についても同時に信じておりますので…(soh)
思い出しながらどんどん話しているので、後から聞き返すと細部が間違っていたりしています。気になった方はshow notesをご参照ください。(dessan)
いい感じのグルーヴがみられてよかったです。ポッドキャストやってきてよかったです。(tadasu)
最初に喋らんと出番が無くなる！と思ってこれまでの流れをまとめてみたんですが細かく色々ミスってました…(coela)

76. The Chimeric RNA

Mon, 12 Oct 2020 22:34:00 +0900

dessanをゲストに迎え、CRISPR–Cas9やTALENなどのゲノム編集技術とその背後にある遺伝学について話しました。

Show notes

The Nobel Prize in Chemistry 2020…The Nobel Prize in Chemistry 2020 was awarded jointly to Emmanuelle Charpentier and Jennifer A. Doudna “for the development of a method for genome editing.”
Scientifc Background on the Nobel Prize in Chemistry 2020 A TOOL FOR GENOME EDITING…ノーベル財団による詳細なCRISPR研究のレビュー、そしてなぜDoudnaとCharpentierの二人が受賞に値するのかについて説明している。
Emmanuelle Charpentier…DoudnaとCharpentierは2011年に学会で知り合い、そこからノーベル賞につながる共同研究を開始した。
Jennifer Doudna…CharpentierとともにCRISPRの仕組みを明らかにし、その後のゲノム編集そしてCasタンパクを用いた核酸検出など多大な貢献をした。
2. An emerging technology is always not perfect…始まって間もない第二回でもざっくりとCRISPR–Cas9について解説しました。
dessanが出た過去回のResearchat.fmのエピソード…ep37, ep38, ep51, ep58
37. Biological Enigma … 今回のep67はep37の続編という位置付けなので、分子細胞生物学に興味がある方はep37を聴いてからep76を聴いていただけるとより理解が深まります。
ゲノム編集とはなにか　「ＤＮＡのハサミ」クリスパーで生命科学はどう変わるのか (ブルーバックス) (Amazon)
遺伝学 (Wikipedia)
遺伝学的スクリーニング…逆遺伝学と順遺伝学について。
トランスジェニック動物
表現型 (Wikipedia)
Thomas Hunt Morgan (Wikipedia)
遺伝子の必須性は細胞の進化可能性にリンクした定量的特性である…必須遺伝子などについて
Cell type (Wikipedia)…日本語ではセルタイプあるいは細胞種
部位特異的ヌクレアーゼを基盤とするゲノム編集技術…ZFNやFok1などについての山本先生らによる日本語解説論文。
72. The Hitchhiker’s Guide to the Enzyme Galaxy…エピソード72では制限酵素の多様な世界について紹介しています。
TALEN (Wikipedia)
Golden Gate Assembly法…Type IISと呼ばれる制限酵素を用いることで、複数のDNA断片を一度に連結させることのできるクローニング技術。
ガイドRNA…guide RNAあるいはsingle-guide RNAとも呼ばれるcrRNAとtracrRNAを一つのRNAとして連結させたRNA分子。
crRNA…CRISPR RNA
tracrRNA…trans-activating crRNA
A Programmable Dual-RNA–Guided DNA Endonuclease in Adaptive Bacterial Immunity. Jinek et al Science 2012.…ノーベル賞の受賞に直接的に関連するDoudnaとCharpentierらによる論文。この仕事によってCas9によるゲノム編集の仕組みの大枠が解明された。
Ribozyme (Wikipedia)
Argonaute (Ago)

Editorial notes

実はdessanと初めて話しました。そしてまだ対面では会ったことはないのちょっと面白くないですか？(soh)
ノーベルのおかげで、急遽参加させていただきました！(dessan)
~亜米利加男塾~ 王TALEN 「切断確認」という冗談はさておき、リトアニアのVirginijus Siksnys先生についても話したかったですね。(tadasu)
dessan相変わらずの分かりやすさでした！何かに例える事のいい側面と失われる情報の側面が悩ましい。(coela)

75. I'm not sure though

Wed, 30 Sep 2020 18:35:00 +0900

「この分野は専門外なのですが」、「この分野は初心者なのですが」等から始まる研究者のはなし方について思うことを言い合いました。

Show notes

Researchat.fm @Amazon music … Researchat.fmがamazon musicで聴くことができるようになりました。ご登録よろしくお願いします。
料理のステップと人気度に関するツイート … @kenkawakenkenke さんのツイートを引用させていただきました。これを実験に置き換えたら結構良さそう
コーヒーの科学
Pokemon GOとガチ勢の定義
ポトフさん … 日本ポッドキャスト産みの親の一人。日本のポッドファーザー。実はTwitterも日本人では十数人目に始めたらしい。たくさんのポッドキャスト番組をやってらっしゃるのでどれをリンクに貼っていのかわかりませんでした…
ポトフさんのあれこれ
ポトフさんによる24h配信前編
ポトフさんによる24h配信後編
International Podcast Day … ポッドキャストの日、9/30
ポトフさんによるポッドキャストの歴史講座 … 上記の24h配信でポトフさんが語った世界、日本のポッドキャストの歴史
Adam Curry … Podcastの産みの親。ポッドファーザー。
隙間に　sukima ni … 環境音を集めたポッドキャスト
Anchor.fm … スマホ一台から始められます。みんなで始めようポッドキャスト
スマホ一台だけでポッドキャストをAnchorで始める方法
鈴木裕さんのインタビュー … 鉄拳のプロデューサー原田氏との対談。最高すぎる。
ポッドキャストの始め方 … スマホ一台からサーバーを立ててマイクを買ってやる方法までいろいろあります。はじめられるところからはじめて徐々に環境を整えていきましょう。話したいことがあればそれでいいんです！！！リスナーが一人いればあなたは立派なポッドキャスターなのです。

Editorial notes

自分の音声を編集していると否応無しに自分の口癖とその深層心理と向き合うことになります。「〜ていう感じの」で話してしまうことがとても多い…これもある種の言い切りに対する抵抗の表れといえますね。(soh)
「まぁ、でも…」とか「いや…」とか「だから〜…」から話し始める癖も治したい。ついた癖は中々治らない、知らんけど (tadasu)
自分は完全に専門外なんですけど、ちょっと関連する内容としてセルフハンディキャップという概念があるみたいですね　(coela)

74. Imaging-by-Sequencing

Mon, 28 Sep 2020 09:00:00 +0900

ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。

Show notes

A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy. (BioRxiv 2020)…今回Sohが紹介する論文はこれ。
研エンの仲…“研究者とエンジニアのカップルが、様々な話題について時にゆるく時に白熱した議論をするPodcast”
論理回路 (Wikipedia)
Peng Yen
Toehold switch (Wyss Institute)
原子間力顕微鏡/AFM (Wikipedia)…DNA Origamiの構造もAFMによる観察が行われている。
Researchat.fm ep16…光学顕微鏡を使わない新しいイメージングの方法DNA Microscopyや染色体の構造を解析するHi-Cについてはep16で話しました。
Design and self-assembly of two-dimensional DNA crystals. (Nature 1988)…SeemanによるDNA Nanotechnologyの大本の論文。
Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns. (Nature 2006)…Paul W. K. RothemundによるDNA Origamiの元論文。
Primer Exchange Reaction…このビデオによる解説がとてもわかり易い。
Programmable autonomous synthesis of single-stranded DNA. (Nature Chemistry 2018)…Primer Exchange Reactionの元論文。
A DNA nanoscope via auto-cycling proximity recording. (Nature Communications 2017)…Auto-cycling proximity recordingの元論文。
Determination of bacteriophage lambda tail length by a protein ruler. (Nature 1987) … 自然界におけるmolecular rulerの研究。ファージのtailの長さとそれを調整するタンパク質に関する論文。
Flap endonuclease (Wikipedia)
Oxford Nanopore…長鎖DNAをシーケンスすることができるシーケンサーの一つ。

Editorial notes

もうちょいうまく説明できた気がする…(soh)
DNAを使った試みは何かワクワクしますね (tadasu)
全然関係ないですが、漫画とかで折り紙で戦うキャラって良いですよね(coela)

73. Multi-function of Ki-67

Fri, 25 Sep 2020 06:32:00 +0900

染色体分配時におけるKi-67の機能性に関する論文を紹介しました。

Show notes

周期ゼミ
Periodical cicadas … 全米における周期ゼミの分布について
論文の縦読み … 同じオーサーの論文を時間軸で読む、論文の縦読みについてはresearchat.fmのep57にて説明しました。
Cuylen-Haering et al., Nature (2020) … “Chromosome clustering by Ki-67 excludes cytoplasm during nuclear assembly”
Gerlich et al. Cell (2003) … “Global Chromosome Positions Are Transmitted through Mitosis in Mammalian Cells”
Cuylen et al., Nature (2016) … “Ki-67 acts as a biological surfactant to disperse mitotic chromosomes”
Samwer et al., Cell (2017) … “DNA Cross-Bridging Shapes a Single Nucleus from a Set of Mitotic Chromosomes”
Daniel Gerlich
植物の細胞で染色体が分配される様子 … 1956に撮影されたAfrican Blood Lilyの細胞における染色体分配と細胞分裂の様子。植物には中心体が存在しないので少し動物細胞のものとは趣が異なる。64年前に撮影された動画だが未だ色褪せず様々な洞察を与えてくれる。無染色・ライブセルで行われた驚異的なイメージング。
上記動画に関するツイート … 海外勢もかなりコメントをくれているのがわかる。
体細胞分裂 … prophase->prometaphase->metaphase->anaphase->telophase->cytokinesis。英語だとmitosis
DNA複製
遺伝情報
減数分裂 … 英語だとmeiosis
HeLa細胞
染色体
核(細胞核)
ミトコンドリア … パラサイト・イヴでご存知の方も多いだろう。
細胞小器官
核小体 … 仁とも呼ばれていた。
リボソーム
リボソームRNA
倍数性
姉妹染色体/姉妹染色分体
コヒーシン … 姉妹染色体を接着させるために重要なタンパク質
Locke. JCS (1990) … “Is there somatic inheritance of intracellular patterns?”
transvection
mitophagy
ヒストン
ヌクレオソーム
クロマチン … ヒストン、ヌクレオソーム、クロマチン、染色体についてはどこかでじっくり話します。
CFP, YFP … 蛍光タンパク質
細胞周期 … G1->S->G2->M. G1->S->G2が間期、Mが分裂期
FRAP(Fluorescence recovery after photobleaching)
FISH
Kimura and Cook. J Cell Biol (2001) … “Kinetics of core histones in living human cells: little exchange of H3 and H4 and some rapid exchange of H2B”
染色体テリトリー
Cremer and Cremer. Cold Spring Harb Perspect Biol. (2010) … “Chromosome Territories”: ドンピシャタイトルのThomas CremerによるChromosome territoryのレビュー。
Carl Rabl
Theodor Boveri
Sutton-Boveriの染色体説
キネトコア
セントロメア
スピンドル … 紡錘体
微小管 … microtuble
RNAi
ki-67
G0期
核膜
核膜孔
open mitosis/closed mitosis
Nuclear envelope break down … 核膜の崩壊
ノコダゾール
コルヒチン
FCS
両親媒性
Crasta et al., Nature (2012) … “DNA breaks and chromosome pulverization from errors in mitosis” micro nucleiに関する最近の代表的な研究
スプライシング
コンデンシン
Delarue et al. Cell (2018) … “mTORC1 Controls Phase Separation and the Biophysical Properties of the Cytoplasm by Tuning Crowding”: GEMs(genetically encoded multimeric nanoparticles)を開発した論文。これは激アツである！
Akita et al., JCS (2007) … “The crystal structure of a virus-like particle from the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus furiosus provides insight into the evolution of viruses”: Delarue et al. (2018)で使われたencapsulinに関する論文。これも激アツである！
養王田先生の科研費報告書 … “Encapsulinとは単一のシェルタンパク質で構成される内部が空洞のナノ構造体であり、一部の微生物細胞内に形成されている。”
核移行シグナル
Görisch et al., JCS (2005) … “Histone acetylation increases chromatin accessibility”: クロマチンへのaccessibilityをイメージングで示そうとした論文
Dextran
Flavopiridol
Trichostatin A (TSA)
Angelika Amon
Breakthrough Prize in Life Sciences
染色体の異数性 … aneuploidy
出芽酵母
Ünal et al., Science (2011) … “Gametogenesis Eliminates Age-Induced Cellular Damage and Resets Life Span in Yeast”: 老化した出芽酵母は減数分裂に進みにくいことを示した定量解析。Amon labからの研究。
King et al., eLife (2019) … “Meiotic cellular rejuvenation is coupled to nuclear remodeling in budding yeast”: 上記のFirst authorであるÜnal labから出た論文。年老いた出芽酵母が減数分裂に進んだ場合の”Nuclear rejuvenation”(核若返り)に関するイメージング研究
エピジェネティクス(epigenetics)
Conrad Hal Waddington … epigeneticsの提唱者。

Editorial notes

素人にもロジックが追いやすかった気がする (soh)
綿々と続くドイツの細胞生物学/染色体学研究の系譜はまたどこかで話せたらと思います。(tadasu)
figureがモンスターボールみたいですね (coela)

72. The Hitchhiker's Guide to the Enzyme Galaxy

Wed, 09 Sep 2020 20:42:00 +0900

NEB社の巨大な製品カタログの楽しみ方、多様な制限酵素の世界とその巧妙な仕組みについて話しました。

第123回　ポッドキャストで語るサイエンスとその魅力(実験医学)
NEB…日本語のNEBウェブサイト。NEBはNew England BioLabsの略でした(BioScienceではありませんでした。)大変申し訳ございませんでした。
NEB Literature Portal…カタログのまとめページ。
NEB Catalog & Technical Reference…これがNEBが誇る400ページ超のカタログ！
Eric Lander (Wikipedia)
DNA Structure and Classic experiments (Youtube)…Eric Landerの超おすすめなMITの授業動画。見よう！
制限酵素の基礎知識 (ThermoFisher)…とてもわかり易いのでぜひ。
ファージ (Wikipedia)
DNAトポイソメラーゼ (Wikipedia)
ニック
EcoRI…このエピソードで例として紹介しました。GAATTCという配列を認識して切断する。
回文配列(パリンドローム)
DNA ligase…DNA断片同士を連結させることができる。
Gibson Assembly…配列の相補性を利用して２つ以上のDNA断片を試験管内で連結する方法。Dan Gibson博士が作ったのでみながそう呼ぶようになった。彼が自分でつけたわけではない。
DNAメチル化
Talen…ゲノム編集法のうちの一つ。
メタゲノム解析 (Online ISSN : 1881-6681)
CasX enzymes comprise a distinct family of RNA-guided genome editors…地下水にすむバクテリアから単離されたCas-X
オペロン (Wikipedia)
IRES (Wikipedia)…Internal Ribosomal Entry Siteの略
REBASE…制限酵素のデーターベース。
IUPAC Codes - Bioinformatics.org…DNAの縮重塩基はこのように表現されます。
正規表現
Homing endonuclease
I-SceI…ホーミングエンドヌクレアーゼの一種でとても長い認識配列を持つ。
I-SceI mouse model…ゲノム中にI−SceIサイトをもったマウスに対してI-SceIを発現させると二本鎖切断応答を誘導できる。この研究 (Nat. Comm 2016)など。
Miné-Hattab and Rothstein, Nat Cell Biol. (2012)…I-SceIを誘導して染色体動態の変化を観察した名論文
MmeI
EcoP15I
CAGE法…FANTOMの基幹技術。MmeIを用いたトリックが秀逸。
DpnI (NEB)…メチル化されたDNAのみを切断する
DamID (DNA adenine methyltransferase identification)
RNA splint ligase (NEB)…“SplintR LigaseはRNA splint上のDNAをライゲーションする”
NEB podcast
Science podcast
Nature podcast
iBiology
デヴィッド・リンチ
Ten Simple Rules to Win a Nobel Prize
マシュー・メセルソン
ショ糖密度勾配法…初期分子生物学の重要技術。正直やったことがないです…
DNAの半保存的複製
ep7. In the golden age of molecular biology…メセルソン先生とmRNA発見の話についても触れています。
Twitter @researchat_fm
Researchat.fm

Editorial notes

普段あまり考えずに使っていた制限酵素について、もともとの機能や精製方法を知りとても面白かった。みんなカタログを読もう！(soh)
DNA修復はすでにノーベル賞が来ていますね。メセルソン先生の偉業の数々もいつかしっかりまとめて話したい。(tadasu)

71. Data Doesn't Speak for Itself

Tue, 08 Sep 2020 02:06:00 +0900

ENCODEプロジェクトにおけるサイレンサー探索の論文紹介と現代生物学の複雑性と多様性について話しました。

Shownotes

ENCODE…ENCODEとはEncyclopedia of DNA Elementsの略！
ENCODE (Wikipedia)
ヒトゲノムの機能解明に向けたENCODEの試み (pdf)
Initial sequencing and analysis of the human genome. Nature 2001…ヒトゲノム解読の論文。
The Sequence of the Human Genome. Science 2001…ヒトゲノム解読の論文。
ENCODE 4…ENCODEのPhase 4についてはここにaimなどが書いてある。
ENCODE3勉強会…Sohも論文読みをしました。
ENCODE 3 paper collection…ENCODE 3の論文リストはここにあります。
DNase I hypersensitive site (Wikipedia)
Systematic identification of silencers in human cells. Nature Genetics, 2020…今回Sohが解説する論文はこれです。　
転写制御因子 (脳科学辞典) … プロモーターやエンハンサー、サイレンサーまわりについて。遺伝子発現とは、遺伝子というDNA上にコードされた情報がいかにRNA、タンパク質として実体を伴って機能するかということであるのだが、この量を調節する機能、とくにDNA->RNAの段階(転写)で調節することを転写制御という。ここで重要となるのがプロモーターやエンハンサー、サイレンサー、さらにはインスレーターなどである。
遺伝子発現制御機構: クロマチン, 転写制御, エピジェネティクス (Amazon) … tadasuはこの本で一度転写周りを勉強しなおしたが、自分が思っていたプロモーターやエンハンサーと実際の定義はかなりズレがあったことを思い知らされた。
STARR-seq (Wikipedia)…ゲノム中に含まれるエンハンサーやプロモーター配列をバーコードと次世代シーケンサーを用いて大量にアッセイする方法の一つ。オリジナルの論文はここ: Genome-Wide Quantitative Enhancer Activity Maps Identified by STARR-seq, Science 2013
Caspase-9 (Wikipedia)…Caspase9はアポトーシスを担う重要なタンパク質の一つ。
EF1aプロモーター…ヒトやマウスの細胞の中で高い活性を持つ恒常発現プロモーターのうちの一つ。CMVプロモーターも使われることが多い。
サイレンサー…哺乳動物細胞における転写を制御する配列のうち、転写活性に対して抑制的に働く配列を指しています。恒常発現プロモーターの下流にあるとそのさらに下流にある遺伝子発現を強く抑制する配列（200bp程度）を指しています。
ハウスキーピング遺伝子…細胞機能を維持するために常に発現している遺伝子。これを「恒常的な遺伝子発現」と呼んだりします。
K562…ヒト慢性骨髄性白血病由来の培養細胞株。
293T…ヒト胎児腎由来の培養細胞株。
HepG2…ヒト肝癌由来の細胞株。
ルシフェラーゼアッセイ
pGL4.51[luc2/CMV/Neo] Vector…スクリーニングで見つかったサイレンサーはこのベクターを用いてルシフェラーゼアッセイによってその活性が調べられた。
ヒストン修飾 (Abcam)
ヒストン (Wikipedia)
Purification of Proteins Associated with Specific Genomic Loci. Cell, 2009.…PICh法を用いるとゲノムに結合したタンパク質を同定することができる。
Hi-C…Hi-Cについてはエピソード9などで話しました。
ChiA-PET (Wikipedia)
FANTOM…“FANTOMは、理化学研究所のマウスゲノム百科事典プロジェクトで収集された完全長cDNAのアノテーション（機能注釈）を行うことを目的に、林崎良英博士が中心となり2000年に結成された国際研究コンソーシアムです”
NIH Roadmap Epigenomics Mapping Consortium…ヒトのエピジェネティクスに関連する大量のデータを計測しアトラスを作ることを目的とした国際コンソーシアム。
Illumina Body Map 2.0
Human Cell Atras…ヒトの体を構成する全ての細胞の分類とマッピングを目指す国際共同プロジェクト。
4D Nucleome Project…染色体構造のマッピングのためのコンソーシアム。
The 4D nucleome project. Nature, Dekker at al 2017
The Cancer Genome Atlas Program (TCGA)…がんゲノムの大量のデータを収集している国際プロジェクト。
ゲノム編集とはなにか (ブルーバックス) (Amazon)…山本先生が書かれたゲノム編集について非常にわかりやすい本が出ております。ぜひ。
ep47, Researchat.fm…エピソード47ではCas13を用いた微量の核酸検出SHERLOCKやDETECTRについて紹介しています。
Advances in Chromatin and Chromosome Research: Perspectives from Multiple Fields. Molecular Cell, 2020 … tadasuが参加しているBoston Chromatin Clubで書いた筆頭著者17人のレビュー。
ep37, Biological Enigma, Researchat.fm…セントラルドグマを含む分子生物学の基礎についても話しました。
ep7, In the golden age of molecular biology … 遺伝暗号解明周りの研究について話しました。
ep9, One-shot beautiful experiment … 細胞系譜について
ep2, An emerging technology is always not perfect … CRISPRとゲノム編集周辺について話しました。
Gene drive (Wikipedia) … 遺伝子ドライブ
ワトソンの遺伝子の分子生物学 (Amazon)
後成説 (Wikipedia) … エピジェネシス。アリストテレスから始まる発生の理論。
前成説 (Wikipedia)
分子進化のほぼ中立説偶然と淘汰の進化モデル (ブルーバックス) (Amazon)
ep36, DNA-of-things … DNAを練りこんだ3Dプリンティング技術について話しました。
情報量 … 情報量、エントロピー
シャノンの情報理論入門 (ブルーバックス) (Amazon)
ファインマンの計算機科学 (Amazon) … tadasuおすすめの情報理論の教科書。ゲノムやセントラルドグマの話についての情報理論についても記述がある(あった気がする)。
Developmental Biology (Amazon) … 発生のGilbert本
Principles of Development (Amazon) … 発生のWolpert本
Molecular Biology of the Cell (NCBI)

Shownotes

正直、プロモーターとかエンハンサーとかサイレンサーって言っていますが、実際にプロモーターとエンハンサーの違いなどよく考えるとわからなくなってきます。とても難しい。雰囲気でやっています。(soh)
データは山のようにある。あとは君たち次第だ！(いいのかそれで？)(tadasu)
作業が楽しくても3日以上寝ないと空から奴らが襲ってくるので要注意です(coela)

70. Existing Legend

Mon, 07 Sep 2020 08:03:00 +0900

現存する伝説の武器について話しました。

Shownotes

前回の武器回 researchat.fm ep30 Battle Aura
草薙剣 … 別名天叢雲剣
三種の神器 … 八咫鏡、草薙剣、八尺瓊勾玉。三種の神器といえばKOFを思い出しますね。
一向一揆
THE CELL … 分子生物学における代表的な鈍器の一つ
放射性炭素年代測定 … C14の存在比率で年代測定をする手法
空海
熱田神宮 … 草薙剣の実物が祀られている
三種の神器と贈与税 … 非課税
壇ノ浦の戦い … 草薙剣の形代が一度失われた
聖骸布
古事記
千と千尋の神隠し
ポールアレン
十握剣 … 日本神話に出てくる剣。特定の剣を指す言葉ではなく、10束の長さの剣の総称。
天之尾羽張剣 … イザナギが使用した十握剣。カグツチを斬った。
天羽々斬剣 … スサノオが使用した十握剣。ヤマタノオロチを斬った。
八咫烏
ミスティルテイン … 古ノルド語・アイスランド語、スウェーデン語・デンマーク語、ノルウェー語でヤドリギの木を差す。北欧神話でバルドルを殺すのに使用された。
バルドル … 世界中の生物・無生物から傷付けられないはずだったが、ヤドリギの木だけは例外だった。
グラディウス … 古代ローマで使用された剣。特殊の剣を指す言葉ではない。同名の名作シューティングゲームもあります。
ツヴァイハンダー … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。
クレイモア … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。実は2種類ある。余談ですが同名の漫画もオススメです。
ショーテル … 剣の種類、特定の剣を指す言葉ではない。
ファイナルファンタジーシリーズ … いろんな伝説の武器が登場
ヴァルキリープロファイル … 北欧神話を題材としたプレイステーションの名作ゲーム。フレイ様の「まったく褒められたものではないわね」はトラウマ。リンクはスマホ移植版。
刀剣乱舞
天下五剣　… 童子切・鬼丸・三日月・大典太・数珠丸
映画刀剣乱舞-継承-
Fateシリーズ
村正 … 具体的な日本刀の名前ではなく刀工の名前
干将莫耶 … 中国の名剣、並びに製作者の夫婦の名前
ジョワユーズ … シャルルマーニュ伝説でシャルルマーニュが所持していた剣。ルーブル美術館にあります！
カール大帝 … 初代神聖ローマ皇帝。フランス語でシャルルマーニュ。シャルルマーニュ関連は伝説と史実の両方があるのでややこしい。
アーサー王 … 円卓の騎士、エクスカリバーなどが有名なアーサー王伝説に登場する王様。
エクスカリバー … 語る事が無いぐらい有名な剣
死海文書の偽物
デュランダル … フランスの叙事詩ローランの歌に登場する英雄・ローランが持つ剣。イーリアスに登場するヘクトールが所持していた剣と同一のものとされることもある。ロカマドールの岩に今も刺さっているという話やそれはレプリカであるという話があるらしい。
ローラン … シャルルマーニュに仕えた聖騎士
イーリアス … 最古期の古代ギリシア詩作品
ヘクトール … ギリシャ神話の英雄
トロイア戦争 … トロイの木馬で有名
天の逆鉾 … 日本の中世神話に登場する矛。レプリカが高千穂山頂部に刺さっている(オリジナルの柄は地中にあるらしい)。坂本龍馬が引っこ抜いた話が有名。
イタリアの修道院に刺さってる剣　…　サン・ガルガーノ修道院には岩に刺さった剣が保管されている。
カーテナ … イギリス王家に代々伝わる剣。剣の先が折れたような形をしており無先刀、無鋒剣、慈悲の剣などと呼ばれる。戴冠宝器の一つ。ピューリタン革命で失われたが後に作り直された。現在ロンドン塔の宝物館に保管されている。アーサー王伝説に登場するトリスタンが使用したとされる伝承がある。
トリスタン … 「トリスタンとイゾルデ」や「アーサー王物語」に登場する騎士。
連合王国の戴冠宝器 … 141個ある。中には聖界正義の剣（Sword of Spiritual Justice）、俗界正義の剣（Sword of Temporal Justice）、献納の宝剣（Jewelled Sword of Offering）、国剣（Great Sword of State）などカッチョイイ名前の剣がある。
ロンドン塔の宝物館
カリナン … ロンドン塔で展示されている世界最大のダイヤモンド。530.20カラット。
4C… 宝飾用ダイヤモンドの品質を評価する国際基準。色（color）、透明度（clarity）、重さ（carat）、研磨（cut）の4点。
甲斐駒ケ岳の二本剣　　… 甲斐駒ケ岳に刺さっている二本の剣
七支刀
蜻蛉切 … 本田忠勝が使用した槍。天下名三槍の一つ。
ダマスカス … 都市の名前並びにそこで造られていた鋼。
ガンダリウム合金 … 詳細は省くがガンダムに使われている合金
ティソーナ … スペインの叙事詩「わがシッドの歌」の主人公(実在の人物ロドリーゴ・ディアス・デ・ビバール)が所持していた二振りの剣のうちの一本。ブルゴスの博物館(スペイン)で展示されている。ダマスカス鋼製。
わがシッドの歌
根津美術館
弓取式
越王勾践剣
方天画戟 … よくゲームなどで呂布が持っている武器。これも厳密には特定の武器を指す言葉ではない。
青龍偃月刀 … よくゲームなどで関羽が持っている武器。これも厳密には特定の武器を指す言葉ではない。
蛇矛 … よくゲームなどで張飛が持っている武器。これも厳密には特定の武器を指す言葉ではない。
イージス … アイギス、エイジスとも。ギリシャ神話で女神アテナが持つ防具。
イージス艦
ペルセウス … ギリシャ神話の英雄。ゴルゴーン(メデューサ)を退治など様々なエピソードがある。
テセウス … ギリシャ神話の英雄。ミノタウルス退治などのエピソードが有名。
テセウスの船 … パラドックスの一つ。
アルゴナウタイ … ギリシャ神話でアルゴー船に搭乗した英雄の総称。英語ではアルゴノーツ。
Argonaut … RNAサイレンシングに関わるタンパク質。RNAサイレンシングに関してはep45でも話してます！r
リチャードドーキンス
The Extended Phenotype
UMA
タキタロウ … 釣りキチ三平にO池の滝太郎として登場
倉谷滋
キングダム
終末のワルキューレ … 今回のおすすめ漫画

Editorial notes

古事記をまた読み返したくなりました (soh)
このshownotesの熱量を見ればcoelaさんがどれだけ頑張っていたかがわかると思います。ただ、あまりにも何を話しているのかわからなくて泣きました。他分野の学会に参加した気分でした。ヨイショすらできなかったので面白いと感じた方はおたよりかTwitterでcoelaさんを褒めていただくとcoelaさんも喜ぶと思います。そうすると第三回もすぐあるかもしれません。(tadasu)
第三回はもう少しみんなに興味持って貰えそうなネタ考えとくわ！！(coela)

69. Pro tips for tips

Wed, 26 Aug 2020 19:05:00 +0900

kyonさんをゲストに迎え、実験道具のこだわりと誤差、おすすめの餃子、無水料理や料理の楽しみなどについて話しました。

Shownotes

ピペットマン
知らないの？とバカにされないための正しいピペッティング操作とテクニック … フォワード法だけではなくリバース法も使っていこうぜ！
Gilson
Eppendolf
レイニン Liquidator 96
Gilson プレートマスター
Oリング
ピペットチップ
LoBindチューブ
パラフィルムの上でやる
パラフィルムの上でやる2 … Hiroko Bannai先生のツイートを引用させていただきました。
自家蛍光
96穴ガラスプレート
MatTek
IWAKI
Matsunami
ピンセットを研ぐ
鍛冶師・憑二斉 … ブラックジャックの研ぎ師
エタノール沈殿あれこれ
無水料理
Cpad社
ドライカレーのレシピ … これを学生の時に食べてびっくりした。そこから真面目にカレーに取り組むようになりました(tadasu)。
「最終的には徹底的に引き算したいんだよね。それが30代カレーの目指すとこです。」 … 上記某氏の名言。結果的にどのようなカレーが出来上がったのか一度お伺いしたい。
カレー
ファイナルカレー
staub ストウブ (Amazon) … kyonちゃんおすすめのホーロー鍋
バーミキュラ (Amazon)
かまどさん電気
かまどさん電気 (Amazon)
バルミューダ 3合炊き電気炊飯器 BALMUDA The Gohan
hmskさんによるホームブリューイング … 自炊勢も突き詰めるとここまで行くという稀有な例。我々もこの高みを目指していきたい。訪問して是非自ビールをいただきたい。
野生の酵母が異数性に強い理由（というより実験室酵母が異数性に弱い理由）が判明した … 守屋先生による酵母に関する記事。
コーレーグース
スヰートポーヅ (食べログ) … 最高の餃子だった。閉店。tadasuとsohは昔一緒に食べに行ったりした。
マルオの醤油 … tadasuが好む醤油
世界のお酒でコーレーグースをつくる
OIST(沖縄科学技術大学院大学) … 沖縄にある最先端の大学院大学　本当にすごい！
萬座 (Amazon) … OISTがある恩納村周辺で作られている泡盛。これがいいよと、島とうがらしと共に送られきた。
空港食堂 (食べログ) … 那覇空港にある食堂
中央亭 (食べログ) … 最 of the 高の餃子。dancyuの餃子特集で巻頭を飾った名店。沼津駅から徒歩で行けます。
兆徳 (食べログ) … KyonとSohが大絶賛するチャーハンと甘酢あんかけ餃子など。ぜひ行ってみてください。並びますが。
モランボンの餃子の皮
Koh Kentetsu Kitchen (YouTube)
ずぼら料理教室 (YouTube)
ストウブビストロ　はるひごはん
へんな魚おじさんのひとり言 (YouTube)
きまぐれクック (YouTube)
前田式テールスープの作り方 (YouTube)
肉骨茶
長州力【公式】RIKI CHANNEL (YouTube)
貴ちゃんねるず (YouTube)
藤森慎吾のYouTubeチャンネル (YouTube) … マネージャーと二人で話す回がおすすめだよ
Picking Up UBER Riders In A Mclaren! (YouTube) … マクラーレンでUberが迎えに来る
Picking Up UBER Riders In A Lamborghini! (YouTube) … ランボルギーニでUberが迎えに来る
石田九段一門チャンネル (YouTube)
森内俊之の森内チャンネル (YouTube)
女流棋士・香川愛生チャンネル (YouTube)

Editorial notes

3回に渡ってお邪魔しました！みなさんのおかげでどの話題を出しても盛り上がり、終始楽しい収録でした！今夜は焼売作ります (kyon)
スヰートポーヅは青春の味になりました…寂しい…(soh)
一人夜中なのでテンションが上がってしまい、kyonさんの話を邪魔して申し訳ありませんでした。クソ邪魔で本当にkyonさんファンには申し訳ない笑 (tadasu)
すごい鍋買って料理のレパートリー増やそうと思います(coela)

68. A primer for homebrew antibody

Sat, 08 Aug 2020 14:31:00 +0900

kyonさんをゲストに迎え、自作のモノクローナル抗体をつくるプロトコルとその魅力について教えてもらいました。

Shownotes

抗体 (antibody)…免疫グロブリンの総称。参考ページ:抗体とは (MBLのwebページ)、抗体とは？ (中外製薬webページ)
抗体ガイド 4. ポリクローナル抗体とモノクローナル抗体 (abcamのwebページ)
モノクローナル抗体の作り方 (中外製薬webページ)
重鎖・短鎖…抗体を構成する部位。参考ページ: Sigmaのwebページ
エピトープ…抗体の抗原認識部位
免疫染色…抗体を用いて目的のタンパク質のみを染めることで可視化する手法。最も一般的なのは蛍光でラベルする蛍光免疫染色 (Immunofluorescence staining)
ELISA
ウェスタンブロッティング
免疫沈降 (Immunoprecipitation)
ミエローマ…マウス骨髄腫由来の細胞株。免疫グロブリン (抗体) を大量に生産する
B細胞…免疫機構を担うリンパ球の一種
細胞融合…細胞同士の膜の融合によって、2つの細胞を１つにする技術。細胞は核も融合し染色体数が4倍体になるが、徐々に減少し、あるレベルで安定化し増殖する細胞株となる (実験医学webページより一部改変して抜粋)
ハイブリドーマ…B細胞とミエローマが融合した細胞
PIWI family…kyonが研究対象にしている遺伝子。詳細はep.14へGO!
アジュバント…ワクチンと一緒に投与することで、免疫効果を高める
Hamers-Casterman et al., Nature (1993) … ラクダ科の動物の抗体について初めて報告した論文
蛇毒抗体の人
ポリエチレングリコール (PEG) (Wikipedia)
エレクトロポレーション…電気穿孔法ともいう。電流パルスにより細胞に物理的な刺激を与え、細胞膜を一時的に破壊し透過性を上げることで、目的の物質を能動的に入れ込む技術
Neon™ Transfection System … 針みたいなエレポ
MIHS法…横浜国立大学の栗原靖之先生のグループが開発したハイブリドーマの作製方法

Editorial notes

完全に余談ですが、実験のやる気がでない日はこの動画が脳内再生されます。Forget about doing a western blot~♪ (kyon)
いつか抗体も自作したくなった (Soh)
バンバン抗体つくりましょう。途中だいぶぼんやりしていて的外れな質問をしてしまった…(細胞融合もうちょい話したかった感)(tadasu)
抗体と言えばブレンパワードのアンチボディ格好良いですよね(coela)

67. Things We'd Love

Sun, 02 Aug 2020 22:30:00 +0900

kyonさんをゲストに迎え、自粛期間中の実験動物の飼育、コーヒーの楽しみ方、ツーリングや海底トンネル工事の魅力などについて好き勝手に話しました。

Shownotes

ゲストのKyonちゃんが最初に登場したのは、エピソード14とエピソード15でした。PIWI-piRNAについては、ep14にてお話ししています。
ハムスター (Wikipedia)…kyonは研究にゴールデンハムスターを使っている
クローズドコロニー…個体間の遺伝的な性質にばらつきを残しつつ、集団としては特定の遺伝的形質を示すように維持されている系統のこと。
近交系…個体間の遺伝的差異をできるだけ少なくなるように維持された系統。実験動物（マウス）は基本的に近交系
ショウジョウバエの植え継ぎ…ジエチルエーテルで麻酔をかけたあとに新しい飼育ビンへ移動させる
BY4741 (SDG)
SK1 (SDG)
エチオピア (カレー)…付け合せのジャガイモがうまい
Dunkin’…Tadasuが愛するダンキンのアイスコーヒーについては、エピソード12で話しました。
ゲイシャ…コーヒーの品種のひとつで、ゲシャ村で自生していた種が起源となり、本来なら「ゲシャ」と呼ばれるところが「ゲイシャ」と伝わり、そのまま広まったと言われている。エチオピアで発見され、その後コスタリカに渡り、パナマなど中米の各地に植えられるようになった、らしい。丸山珈琲のwebページより一部引用
DeLonghiの全自動コーヒーメーカー
豆から挽けるコーヒーメーカー (無印良品)…kyon愛用の無印良品のコーヒーメーカー
ハンドドリップ式コーヒーおいしい淹れ方｜道具・豆量・温度・コツを徹底解説
コーヒーミルの選び方｜電動と手動の違い・購入するメリット・お手入れ
Kalita ナイスカットミル (Amazon)…SohとCoela激推しのコーヒーミル。
コーヒーミルの選び方をプロがおすすめ！電動・手動別19選…ナイスカットミルも紹介されている。ちなみにkyonはハンドドリップするとき、ポーレックスコーヒーミルミニを使っています（これも紹介されていた）
みるっこDX (Amazon)
Ember セラミック製温調マグカップ (Amazon)…CoelaおすすめのUSBで保温できるマグ。
ドリップスケール
堀口珈琲
狛江駅…小田急小田原線の駅。準急と各駅停車しか止まらないので注意！
やなか珈琲
丸山珈琲…限定で出ているマルケンの恩返しシリーズが美味しい上に破格な安さなのでオススメです
ぜにさわコーヒー…Sohおすすめの浅煎りの豆を多く取り揃えるコーヒー屋。
コーヒーの科学
亀山ダム
黒部ダム
プロジェクトＸ挑戦者たち厳冬黒四ダム　～断崖絶壁の難工事～
黒部の太陽 (Amazon)
金谷港…横須賀市にある久里浜港を往来する東京湾フェリーの発着港
宮ヶ瀬ダム
東京湾アクアライン…神奈川県川崎市から東京湾を横断して千葉県木更津市へ至る高速道路。kyonオススメの工事概要動画はこちらから。
青函トンネル (Wikipedia)
英仏海峡トンネル (ドーバー海峡トンネル)
イーロン・マスクが披露した地下トンネルは、本当に「都市交通の未来」へと続くのか？ (WIRED)
光海底ケーブル修理方法
工業地帯のクルーズ
工場萌え(Amazon)
工業地帯の写真家・小林哲朗さん
大山顕 (Wikipedia)…工場、団地、ジャンクションなどの執筆・撮影を行なっている。
今はなき香港のスラム街｢九龍城砦｣に魅入られた写真家が切り取った世界
軍艦島 (Wikipedia)
ブラジル高層ビル
大英博物館 (Wikipedia)
スミソニアン博物館 (Wikipedia)

Editorial notes

前回出演させていただいてからもう1年も経ったのか…次回以降もよろしくお願いします！(kyon)
黒部ダムは本当に素晴らしいところです (Soh)
放談しました(tadasu)
初ゲストが1年ぶりにまた来てくれたのは感慨深いですね(coela)

66. Weaving a web of ideas

Fri, 24 Jul 2020 21:27:00 +0900

アイデアとノートの取り方、ノートの変遷、Zettelkasten (ノート作成方法)について話しました。

Shownotes

MOLESKIN … みんな大好きなMOLESKINのノート
MOLESKIN クラシックハード方眼ラージ (Amazon) … これの色違いを使っています。もらい物ですが…ただ万年筆との相性は悪い。(tadasu)
宮崎駿さんとMOLESKIN (Twitter) … @machizo3000 さんのツイートを引用させていただきました。
石井裕 (Wikipedia) … Twitter @ishii_mit
Hideshi Hamaguchi (Wikipedia) … Twitter @hideshione
Rollbahnのノート (Amazon) … 以前tadasuが使っていたノート
RHODIAのノート (Amazon) … こちらも人気が高い
Leuchtturmのノート (Amazon) … こちらも大人気
LAMY Safari 万年筆 … 大人気のLAMYの万年筆
Number 勝利を掴む13の方法論あの人のノートが見たい。 … 2009年の記事でした。アスリートのノートを大量掲載した号
本田圭佑 (Wikipedia) … △
本田大三郎 (Wikipedia)
本田多聞 (Wikipedia)
中村俊輔 (Wikipedia)
夢をかなえるサッカーノート (Amazon)
Researchat.fm Episode 10 … 自作キーボードについて話した回。最近自作キーボード流行っているようです。
ボールペン: Jetstream (Amazon)
Bicのボールペン (Amazon) … tadasu愛用の硬派なボールペン。ゴリゴリ書ける。
ダイスキン … DAISOのMoleskin風ノート
filmarks
無印4コマノート
舟を編む (Amazon) … 辞書を作るというある出版社に勤める主人公を巡るすばらしい映画。松田龍平と宮崎あおいがとてもよい演技をしている。
京大式カード (Amazon)
知的生産の技術 (Amazon)
美意識と神さま (Amazon) … Sohは高校生の頃にこの本を読み、民俗学に強い興味を持った。
地球時代の人類学 (Amazon)
Zettelkasten … 知の巨人、ルーマンが用いたアイデア管理・創出の方法。ツェッテルカステンという発音が正しいらしい。途中から発音がめちゃくちゃになって最後はゼテロカステンと言っていました…すいません…
Zettelkasten (Wikipedia)
ツィゴイネルワイゼン … 鈴木清順監督の名作です。見てください。音楽が素晴らしい。Sohがおすすめ。
ニクラス・ルーマン (Wikipedia)
Zettelkastenに関するまとめ記事 … これを元にしたGigazineの日本語翻訳記事も出ていました。
日本語におけるZettelkastenの記事 … Gigazineに出ていました。
ルーマンのZettelkastenアーカイブ … ルーマンのZettelkastenの電子アーカイブ。ドイツ語で書かれています。
ルーマンの社会システム理論に関する松岡正剛の解説
Scrapbox
Scrapboxとは
ScrapboxとZettelkasten
増井俊之 … masuiさん。tadasuの大学院入試の面接官でもあり緊張した。
実は増井さんのScrapboxにあるresearchat.fm … 増井さんのブックマーク用Scrapboxにあるresearchat.fmのページ…
なぜScrapboxはMarkdownを採用していないのか
@nillpo先生による自作キーボードのScrapbox … 見よ！これが自作キーボードだ！と言わんばかりのすごいScrapbox。by @nillpo
The Art of Chromosomes … nillpo先生のScrapboxに刺激を受けてtadasuが作ったScrapbox。まだまだ数が足りていないので足していきたい。もちろん名前は恐れ多いがクヌース先生の著書から頂戴した。まだリンクの貼り方などがあんまり慣れていないのでもう少し続けたい。
オートポイエーシス
記憶の宮殿 … ハンニバルレクター博士が用いている記憶法
MONSTER (Amazon) … 浦沢直樹先生の漫画。ルンゲ刑事の独特な記憶法に注目。
卒論〆切Twitter bot … 卒論を書くために作ったTwitter bot。原文は「おい、そろそろWordはインストールしたか？」でした。「お前の卒論まだ0 bitだけど大丈夫か？」、「お前卒論でリア充に負けたら何で勝つつもりなんだい？」、「おい、ケーキ食う暇があったら1ページでも書け。」というかなりきつい言葉が並んでいました。
Writing a thesis with Tex+Texpad … Sohが博士論文を書いたときのTeXの設定が全てここにまとまっているぞ。誰かの参考になれば…
セント＝ジェルジ・アルベルト (Wikipedia) … “Research is to see what everybody has seen and think what nobody has thought.”
上記の言葉に関する変遷
Meru (Amazon)
Free solo (Amazon) … Alex HonnoldがEl Capitanのフリーソロクライミングによる登頂を目指すドキュメンタリー映画
Alex Honnold (Wikipedia) … フリーソロクライマー
セブン・イヤーズ・イン・チベット―チベットの7年 (Amazon) … Sohおすすめ、山岳文学の最高峰の一つだと思う。七年という長い月日が鮮明に記録されている。必読です。これの映画版はNetflixにある。
ダライ・ラマ (Wikipedia)
旅をする木 (Amazon) … 冒険家星野道夫のエッセイ集。SohやTadasuのおすすめです。美しい文章と写真が並ぶ。
旅をする本 … 実際に旅をする木が旅をする本になった話があったようです。この手の話はたくさんあるようですね。
宮沢賢治 (Wikipedia)
ニクラス・ネグロポンテ (Wikipedia)
石井先生と宮沢賢治の肉筆について 1
石井先生と宮沢賢治の肉筆について 2
中原中也 (Wikipedia) … 石井先生がよく読んでいたのは中原中也の詩集だった気もする…
プロフェッショナル　仕事の流儀 … 石井裕先生が出演した回。tadasuは大学生になりたてだったのでかじりつくように見た。
イースシリーズ … 30年以上続いているアクションゲーム。「半キャラずらし」はあまりにも有名。シリーズを通しての主人公、アドルの冒険日誌を翻訳・小説化したもの、という設定。
アオイホノオ (Amazon) … 島本和彦先生の漫画。ギャラリーフェイクの細野先生の紙を指に覚えさせて買いに行く話があった気がする。
A0のポストイット (Amazon) … ポスター風の巨大ポストイット。石井先生が使用しているシーンがプロフェッショナルで放映され、みんな買って使ってみたはず。
なぜ(why)を問い続ける … 石井先生がプロフェッショナルで指導するときに、whyを問い続けろというシーンがある。これを未熟な学生が後輩指導の時などに用いると「それで？それで？で？で？」と何回も聞くので「デデデ大王」と裏で揶揄されることになるので注意。

Editorial notes

いい加減、適当なメモ用紙にアイディアを書き、適当に捨てたりするのをやめるところからはじめたい… (soh)
digital dustもanalog dustも減らす！(tadasu)
モレスキンのノートポチりました (coela)

65. Lateral Thinking in Biotechnology

Mon, 13 Jul 2020 05:05:00 +0900

バイオテクノロジーと枯れた技術の水平思考、ピタゴラスイッチ、507 Mechanical Movementsについて話しました。

Shownotes

任天堂 (公式サイト) … 任天堂
横井軍平 (Wikipedia)
宮本茂 (Wikipedia)
岩田聡 (Wikipedia)
桜井政博 (Wikipedia)
田尻智 (Wikipedia)
横井軍平ゲーム館 (Amazon) … 横井軍平さんが作ったおもちゃとゲームに対する考えを一通り学ぶことができる。
山内溥 (Wikipedia) … 3代目任天堂社長
ゲーム&ウォッチ (Wikipedia)
ウルトラハンド (Wikipedia)
ラブテスター (Wikipedia)
枯れた技術の水平思考 … 今回のエピソードでは、枯れた技術について推しすぎたかもしれませんが、もちろん最先端の技術も必要で、バランスが重要です。素晴らしいアイデアとテクニックであっても使えないのであれば意味がありません。この辺りはそれぞれのスタンスによると思いますが。
水平思考 (Wikipedia)
Livet et al., Nature (2007) … Brainbowに関する論文。蛍光タンパク質とCre-loxシステムの組み合わせによる美しいメソッド
CYP,YFP,RFP … 蛍光タンパク質。それぞれCyan, Yello, Red Fluorescent protein
Cre-lox system (Addgene Blog)
optical barcoding … 蛍光標識により細胞を染め分けてトラッキングする。
Chen et al., Science (2015) … expansion microscopyに関する論文。組織内外における微細構造を超解像イメージングによって明らかにするのではなく、元の構造を維持しながら膨らませることによって、通常のイメージングでも可視化することに成功した。
Dekker et al., Science (2002) … PCRによってゲノムの高次構造を明らかにしようとした論文。この後発展を遂げ、Hi-Cという名前でクロマチン業界を席巻している。
Researchat.fm, エピソード24 … PCRを発明したKary Mullisや、DNA computingの話をしました。
Adelman, Science (1994) … PCRを利用してグラフの問題を解こうとした論文
Researchat.fm, エピソード47 … SHEROCKについて話しました。
Gootenberg et al., Science (2017) … SHEROCKに関する論文
Researchat.fm, エピソード16 … DNA microscopyについて話しました。
Weinstein et al., Cell (2019) … DNA microscopyに関する論文。
Optogenetics (Wikipedia) … 光遺伝学
ロドプシン
van Steensel and Henikoff, Nature Biotechnology (2000) … DamIDの論文
Feng Zhang
佐藤雅彦 (Wikipedia)
ピタゴラスイッチ
ピタゴラ装置DVDブック1 (Amazon)
シャキーン!
ウゴウゴルーガ (Amazon)
ルーブ・ゴールドバーグ・マシン (Wikipedia) … 一般的に海外におけるピタゴラ装置はこのように呼ばれている。
NHK放送博物館
507 Mechanical Movements (Amazon) … Henry Brown著。様々な歯車や滑車を見ることができる(うまく説明できない)。
507 Mechanical Movements… 上記の本の情報を集めたweb
ワンダースワン (Wikipedia)

Editorial notes

僕も横井軍平のちくま文庫を読みました。いやあエピソードが増えてshownotesに過去回のエピソードが沢山関連付けられるようになりましたね。(soh)
バイオテクノロジーに対する憧れと自分の甘さを露呈してしまいました。シンプルで簡単に見えるものが最も難しい…(tadasu)
任天堂さんにはいつもお世話になっています。D論が煮詰まっていたときは「ワンパラ書いたらブレスオブザワイルドの祠一個やっていい」ルールでモチベーションを保ちました(coela)

64. Seasonal Entertainment

Sun, 12 Jul 2020 06:30:00 +0900

エンタメの旬、オンライン指導、おすすめの漫画紹介(大盛)、受動的・能動的情報摂取、ポッドキャストのプレイリストについて話しました。

Shownotes

バーチャファイター2 (Wikipedia)
ストリートファイターII (Wikipedia)
梅原大吾 (Wikipedia)
FPS (Wikipedia)
VALORANT
ゲームブック (Wikipedia)
円城塔 (Wikipedia)
にゃんたんのゲームブック
TRPG (Wikipedia)
遊☆戯☆王 (Amazon)
Street Fighter V (Amazon)
鉄拳7 (Amazon)
Mortal Combat 11 (Amazon)
グラブルファンタジーヴァーサス (Amazon)
Twitch
Mildom
ふ〜ど (Wikipedia)
倉持由香 (Wikipedia)
jikoken TV
Discord
ヒナまつり … いつか紹介しようと思ってたら、単行本に『次巻最終回！』と書かれていて焦って今回いっぱい漫画紹介することにしました、
ダンジョン飯
久井涼子 … ダンジョン飯の作者
竜の学校は山のうえ … 久井涼子先生の短編
竜のかわいい七つの子 … 久井涼子先生の短編
ひきだしにテラリウム … 久井涼子先生の短編
ホーキーベカコン … twitterで公開中の本編と番外編
谷崎潤一郎
春琴抄 … 上記ホーキーベカコンの原案、2016年に谷崎純一郎先生の著作権が切れパブリックドメインとなった
路地恋花 … 以前紹介した京都の職人長屋を舞台とした漫画
小路花唄 … 路地恋花の続編
ラグナクリムゾン
異世界おじさん … ep10で紹介
乙嫁語り
森薫「乙嫁語り」 … コミックナタリーさんのインタビュー記事。ヤバイ作画の漫画制作動画が盛り沢山です。
別式
別式(Wikipedia) … 別式の由来を説明しきれなかったのでこちらで補足。『別式（べつしき）は、江戸時代に諸藩の奥向き（幕府の大奥にあたる）で活動した女性の武芸指南役。別式女、刀腰婦、帯剣女とも呼称された』(Wikipediaより)
宇宙賃貸サルガッ荘 … 別式の作者、TAGRO先生の漫画
変ゼミ … 別式の作者、TAGRO先生の漫画
モーニングtwo
ライ麦畑でつかまえて
いんよう (ポッドキャスト番組)
ジャンプ+のアプリに対する大学生のコメント
冨樫義博
アシカガCAST (ポッドキャスト番組)
アシカガCASTさんによるListen Notesをつかったポッドキャストプレイリストの作成方 … やってみるぞ！
Listen Notes
penis man … ep62 に登場
いんよう！: 第95回【変異解析とRNA-seqと行列と機械学習の話】
白金鉱業.FM: 20. Alphaの系譜を持つアルゴリズムタンパク質立体構造を解くAlphaFold

Editorial notes

収録後すぐに記憶をなくすので内容はいつも新鮮です (soh)
聴いていただいているリスナーの皆様には感謝しかありません。どこから聴いてくださっても自由です！(tadasu)
あと2、3回この量を紹介できれば…!(coela)

63. Hijacking a repair system

Mon, 06 Jul 2020 03:00:00 +0900

改良型のCRISPR–Cas9によるゲノム編集ツールAFIDと変異パターンの予測について原著論文を紹介しました。

Shownotes

Precise, predictable multi-nucleotide deletions in rice and wheat using APOBEC–Cas9, Nature Biotechnology 2020…今回はこの論文を紹介しました。APOBEC–Cas9 fusion-induced deletion systems (AFIDs)と呼ばれるゲノム編集技術です。
Non-homologous end joining (NMEJ)…Cas9で誘導される二本鎖DNA切断が修復される仕組みの一つ。
Researchat.fmで話した過去のCas9関連エピソード…これまでにep2、ep22、ep31などでCas9やゲノム編集について話しています。
31. Editing the unedited, Researchat.fm…PrimeEditingと呼ばれるゲノム編集技術について原著論文を解説しました。
APOBEC3と病態：APOBEC3によるゲノム変異と発がん (Journal of Japanese Biochemical Society 88(5): 576-581 (2016))…今回の論文で使われているAPOBECについての詳しい日本語のレビュー論文です。
Uracil-DNA Glycosylase (UNG)…Cas9のC末端に融合されたタンパク質の一つ。分子生物学の実験に使われたりしています。
AP site (apurinic/apyrimidinic site) (Wikipedia)…核酸塩基が抜けた部位のこと。ウラシルはUDGによってAP siteになることが知られています。
Base excision repair (BER) (Wikipedia)…DNA修復の重要なパスウェイの一つ。APOBECによって変換されたウラシルはこのパスウェイによって修復される。
DNA Repair Profiling Reveals Nonrandom Outcomes at Cas9-Mediated Breaks. Molecular Cell, 2016…Cas9によって引き起こされる欠失変異のパターンはランダムではない、ということを始めて報告した論文。
Predictable and precise template-free CRISPR editing of pathogenic variants. Nature, 2018…大量のゲノム編集アッセイによってゲノム編集のパターンを計測し、そこから機械学習モデルを作成することで、ゲノム編集パターンの予測に成功した最初の論文。
Microhomology-mediated end-joining-dependent integration of donor DNA in cells and animals using TALENs and CRISPR/Cas9 … MMEJのpathwayを利用したゲノム編集
29歳独身中堅冒険者の日常 (マンガ)…今回紹介したcoelaのおすすめマンガ。

Editorial notes

いい加減Tamakiさん紹介のマンガでも読むか… (soh)
CRISPRシステムが受精直後の受精卵でも働く理由が気になっている。受精直後の卵でそもそもDNA修復経路が働いている理由とは…???(tadasu)
マンガとかアニメのキャラより年齢が上になってきた…やはり悟空は偉大(coela)

62. Graffiti of Octopi

Wed, 24 Jun 2020 20:42:00 +0900

英単語の不規則な複数形とグラフィティについて話しました。

Shownotes

Joe Rogan … マッチョな徹子の部屋、ことJoe Roganのポッドキャスト
タコが鷲を食べようとしている動画 … 鷹ではなく鷲でした
単複同形 … 単複両形ではなく単複同形です。恥ずかしい。
ラテン語起源の変化、ギリシャ語起源の変化
us -> i … nucleus -> nuclei, radius -> radii, stimulus -> stimuli, focus -> foci, fungas -> fungi, alumnus -> alumni, syllabus -> syllabi
a -> ae … alga -> algae, larva -> larvae
um -> a … medium -> media
on -> a … phenomenon -> phenomena, criterion -> criteria, mitochondrion -> mitochondria, automaton -> automata, archaeon archaea
野坂オートマタ美術館 … 最高の美術館。オートマタをこれでもかというぐらい堪能できます。
手紙を書くオートマタ … 天才時計職人、Pierre Jaquet-Drozの作。時計とオートマタ、興味深すぎるのでまた今度話したい。
nier:Automata … ニーアオートマタ、名作ゲームです。
The Writer Automataの動画
ma -> mata … chiasma -> chiasmata, diploma -> diplomata -> enigma -> enigmata, stigma -> stigmata
ポケモンの名前(海外)
Abra, Kadabra, Alakazam … ケーシィ、ユンゲラー、フーディンのこと
ケーシー高峰
エドガー・ケイシー … ケーシィのモデルはもちろんエドガー・ケイシーです。ケーシー高峰じゃないよ。し、知ってたから…(震え声)
ハリー・フディーニ … フーディンのモデルとされている
新庄北高校 … ビートきよしさんもこの学校出身というのを言おうかと思ったのですが二人が知っているわけないのでやめました。
ユリ・ゲラー
Targ and Puthoff, Nature (1974) … ユリ・ゲラーの透視実験に関するNature論文。叩かれまくっている。
DUO3.0 (Amazon) … みんな大好きDUO3.0
Graffiti (Wikipedia)
バンクシー vs キングロボ
キース・ヘリング (Wikipedia) … UNIQLOのあの画
ジャン・ミシェル・バスキア (Wikipedia)
法隆寺の落書き (Wikipedia) … 法隆寺五重塔初層天井組木落書
モニカー
Kilroy was here (Wikipedia) … キルロイ参上
Foo was here (Wikipedia) … 第一次世界大戦後にオーストラリアで爆発的に流行ったとされているがなぜかぐぐってもほぼ引っかからない奇妙な落書き(ということを書いているコラムも存在する。Fooはどこにいったの？)
Mr Chad
タギング (Wikipedia)
TAKI 183 (Wikipedia)
Julio 204 (Wikipedia)
Denis Crowley (Wikipedia)
Denis CrowleyとMario … ちょっと記憶違いがあったかもしれませんが、大枠は間違っていないはず…
Foursquare
セカイカメラ (Wikipedia)
KIDULT (Youtube) … よい子は真似しないように
Penis man … あまりにもど直球すぎる。
折田先生像 (Wikipedia) … 風物詩
Graffito … graffitiの単数形
Tempo … 実はtempoも単数形で複数形はtempiになる。
Joe Roganのポッドキャスト収録セットアップ

Editorial notes

Researchatのグラフィティは橋の下に書いてはいけませんよ (soh)
まだ博士課程にいたtamakiさんがPokemonGOを始めた時、ポケモンやりすぎるとマスター止まりですよ？と言い放った私が通ります。(tadasu)
おかげさまでポケモンマスターにはなれませんでしたが、ドクターにはなれました(coela)

61. An infinite contact map

Sat, 13 Jun 2020 11:15:00 +0900

バターコーヒーの自作、ゲーム実況の面白さと視聴コンテンツを探す労力問題、おすすめのYoutubeやアニメについて話しました。

Shownotes

Bullet Proof Coffee (バターコーヒー, 完全無欠コーヒー)
シリコンバレー式自分を変える最強の食事…この本がバターコーヒーの元ネタ。一時期話題になっていた。バターコーヒーでは痩せない(tadasu談 n=1)
tadasuのバターコーヒーの作り方: コーヒー:250-500ml + グラスフェド無塩バター:15g + MCT oil: 15ml -> ミキサーでドン！！！
グラスフェド無塩バター…日本は無塩バターが高いな…さすがに…しかもこれがいいのかはわかりません…
MCTオイル (Amazon)…これも日本だと高いですね…ココナッツオイルで代替可能です。
ギー (Wikipedia)
ゲーム・オブ・スローンズ (Amazon)
水曜どうでしょう (北海道テレビ)
水曜どうでしょう: お遍路 (Amazon)…Netflixでもいくつか見れるぞ
うどん本陣山田家…セルフとはまたちがう品格が感じられる香川のうどん
Lofi hip hop radio - beats to relax/study to (Youtube)…こんな感じで無限にresearchatを流したい
Project Winter (ゲーム)…別名雪山人狼。研究者雪山人狼やりたい。そしてウィンタープロジェクトってずっといってたのが恥ずかしい。
Spatial chat
ビンタ大会 in ロシア (Youtube)…ただただその力のぶつかり合いにうっとりする
パンジャンドラム (Wikipedia)
Besiege (ゲーム)
P1グランプリ…ニコニコ動画版はこちら
Chef Ropia…プロのためのプロによるイタリア料理動画チャンネル
BBQ Pit Boys
ミクソロジーカクテル
Cafe Bar Nemanja…ミクソロジーカクテルのお店。行きたい。
Le CAFE MARCEAU…横浜駅YCAT前。羽田に行く前、もしくは帰ってきた後はここのお店。ライディーンというカクテルを頼むとジャグリングが始まる。一回オーダーが入るとお店からしばらく出られなくなるので時間がカッチンの時は注意。
Nemanjaの北條智之さんの記事…最高すぎる
波よ聞いてくれ (アニメ）
無限の住人 (Amazon)
幻想ギネコクラシー (Amazon)

Editorial notes

久しぶりの雑談回です (soh)
日本に帰ったらNemanja行きたいなぁ。というか泡盛飲みたい…泡盛ぃ…(tadasu)
雪山行きたい… (coela)

60. Lab meating

Mon, 08 Jun 2020 09:08:00 +0900

動物の体外で培養された細胞により作られた培養肉、さらに植物性の代替肉や代替卵について話しました。

Shownotes

Choudhury et al., Trends in Biotechnology (2020) … 最新のCultured meat(培養肉)界隈について
How it’s made: Cultivated Meat … 上記論文を書いた著者のblog。Cultured meatについての全ての情報が書かれている。必読。
Sayamaさん(@Sayamabio)のtweet … いつも素晴らしいBiotechnology関連の情報をくださるsayamaさんのツイッターで上記の論文とblogの情報を知りました。ありがとうございます。
Cultured Meat Company … Cultured meat関連会社まとめ。上記のblogがまとめている神情報。これ無料で大丈夫ですか？日本からはIntegricultureとNU Proteinの2社がエントリー(2020/06/06
Cultured meat (Wikipedia:en) … 培養肉
Tuomisto and de Mattos, Environ. Sci. Technol. (2011)) … Cultured meatにより達成される課題のまとめ
Mark Post … 2013年に培養肉ハンバーガーを初めて出した。
Mosa Meat … Mark Post教授率いる培養肉のベンチャー企業。FBS無し培地による細胞培養に成功している。
Memphis Meats
Aleph Farms
BIOMILQ … 母乳を細胞農業によって作ろうとしている会社
VOW Foods … オーストラリアの培養肉会社。カンガルー肉も作っている？
@round … 鎌倉にあるオーストラリア料理店。tadasuとsohは2011/03/03に食事した。
国連による人口の情報(2019)
2050年、世界の人口は97億人になる
- 77億人(2019)
- 109億人(2100)
- それにしたがい、食料生産量は70%増加する
- 食肉生産の能力は、土地と水の資源が限られているために制限されている。
- Cultured meatは、より少ない資源を使用しながら、増え続ける食肉の需要を満たすための潜在的な解決策である。
- Cultured meat生産の予備的なライフサイクル評価では、従来の食肉生産と比較して以下を達成することができる。
- エネルギー使用量: 7～45％減
- 土地使用量: 99％減
- 水使用量: 96％減
- 温室効果ガス排出量: 78～96％減
- しかし同様の目標は植物性代替肉によってもほぼ達成されている Will Beyond Meat and Impossible Foods Survive Lab Meat’s Challenge?のEnvironmentalismの項目
Integriculture … 日本の細胞農業ベンチャー。フォアグラを肝細胞を培養することで作ろうとしている。
Integricultureの現状 2019年の記事
SpaceSalt™
培養フォアグラ(2019/08/29)
Shojinmeat Project … 自宅で作るオープンソース純粋培養肉
Effective 肉の温度測定 (肉と鍋) … 最高の本。科学と料理。低温調理を自宅でやるためには？最高の本。
肝細胞と幹細胞 … 混じってややこしくなりました。
培地の紹介
リナート・ダルベッコ
FBS (Fetal Bovine Serum)
BlueNalu … 培養シーフードを作る会社。FBS無しの培地で細胞培養可能になった。
NOVA MEAT … 3D printingによって肉を作成。ただ、NOVA meatは現状植物由来の代替肉のようです。
ヘイフリック限界 … 細胞が分裂できる回数の上限
テロメア … 真核生物の染色体は線状であるため、テロメラーゼとよばれるテロメアを伸張するタンパク質が発現していないとドンドン短くなる。
ハダカデバネズミ
Cellular Agriculture (Wikipedia:en) … 細胞農業は、バイオテクノロジー、組織工学、分子生物学、合成生物学を組み合わせた細胞培養による農産物の生産に焦点を当てており、従来の農業からでなければ得られなかったタンパク質、脂肪、組織を生産する新しい方法を創造し、設計することを目的としている。業界のほとんどは、養殖家畜を飼育・屠殺するのではなく、細胞培養で生産された肉、牛乳、卵などの動物製品に焦点を当てている。最もよく知られている細胞農業の概念は、培養肉である。Meat, Dairy(乳製品), Eggs, Gelatin, Coffee, Horseshoe Crab Blood (カブトガニ, 成分を含む青い血液は、毒素エンドトキシンの検査薬として使われている), Fish, Fragrances(フレグランス), Silk, Leather, Pet Foodが含まれる。
AFINEUR … コピルアクにインスピレーションをうけ、バクテリアによってコーヒーを発酵させるこで新時代のコーヒーを作るスタートアップ。
Meat Analogue … 代替肉。fake meatやmeat substitutesなど、呼び名がいろいろある。多くは植物性代替肉を指す。
Beyond Meat … 植物性代替肉の大手。アメリカの多くのスーパーマーケットで購入可能
Beyond Meatの原材料一覧 … Beyond Meat社の主力商品であるビヨンドバーガー原材料一覧: 水、えんどう豆分離タンパク、キャノーラ油、ココナッツオイル、玄米タンパク、天然香料、ココアバター、緑豆タンパク、メチルセルロース、ジャガイモ澱粉、りんご抽出物、ざくろ抽出物、塩、塩化カリウム、酢、濃縮レモン汁、ヒマワリレシチン、ビーツ抽出液、(人参: ポッドキャストでは、紹介しましたが、現在のBeyond meat社のBeyond beefには入っていませんでした。)
Impossible Foods … 大豆と遺伝子組み換え酵母によって植物性代替肉をつくる会社。動物肉の中にあるヘムを運ぶことができるヘモグロビンやミオグロビンのようなグロビンタンパク質であるレグヘモグロビンタンパク質が、大豆の根瘤に存在することに着目し、酵母に作らせることで、肉に近い代替肉を作ることに成功した。
牛肉そっくりの「合成肉」でハンバーガーができるまで──奇妙な「科学」の裏側と、安全性を巡る攻防:WIRED (2018/01/11)
Impossible Foodsの工場の動画(YouTube)
JUST … Just Eggなど、植物性代替卵を販売している。すき焼きや卵かけご飯を探し求める在米日本人にとっては希望？の存在。卵アレルギーの方にとっても興味の対象となるだろう。Just MayoやJust Cookieといった卵を使わない製品も販売している。実は培養肉にも進出している。
Good Catch Foods … 植物による代替ツナフレークを開発している。
New Wave Foods … 海藻やその他の天然素材から作られた持続可能な植物性のエビの代替品を開発している。
Will Beyond Meat and Impossible Foods Survive Lab Meat’s Challenge? (03/06/2020) … 培養肉はBeyond MeatやImpossible Foodsなどの植物性代替肉を超えられるか。
‘Cultured’ meat could create more problems than it solves … 培養肉がもたらすプラスチックディッシュなどによる環境汚染について
レビ記 … 旧約聖書中の一書で、伝統的に三番目に置かれてきた。モーセ五書のうちの一書。11章にコーシャーミールについての記述がある。その中の11:22において、イナゴ食について書かれている。
洗礼者ヨハネ(バプテスマのヨハネ) … イエスに洗礼を授けたとされる人物。マタイ福音書にはイナゴとはちみつを主に食べていたと書かれている。イエス・キリストの直弟子（使徒）である「使徒(エヴァンジェリスト)ヨハネ」とは別人。
Kosher Foods … ユダヤの戒律の中で決められた食事ルールに則った食事。
Biblical Protein … 名前がすごい。イナゴを食べよう。

Editorial notes

おれも早く実食したい (soh)
ヤックデカルチャーミート(coela)
一度調べたいと思っていたので、かなりとっちらかってしまいましたが、悔いはありません。(tadasu)

59. Sequencing RNA proximity

Mon, 25 May 2020 09:30:00 +0900

RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。

Shownotes

RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。
核酸の二次構造 (Wikipedia)
RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス
ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf)
Micrococcal Nuclease, NMase (NEB)
Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。
Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 2009…Hi-C法のオリジナル論文。
平成29年度 NGSハンズオン講習会 Hi-C解析…Hi-Cのデータ解析についてはこの資料がよくまとまっている。
RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure. Cell 2016…RIC-seq論文のなかで類似手法として比較されたPARISという方法の原著論文。
クライオ電子顕微鏡について
AUC/ROC曲線 (三重大奥村先生)
疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割 (生化学 2016年)…RNA編集についての詳しくてわかり易い日本語解説論文。
RNA Conformation Capture by Proximity Ligation. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2020.

Editorial notes

技術もさることながらその論文のストーリーがとてもよかった (soh)
PUBG-seqとか出てこないかな (coela)
Hi-Cはproximityをベースにはしているはずなのですが、実際の距離はわからないので、オリジナル論文に従ってcontact probabilityというべきだったなと思っております。ただcontactとは？？？ (tadasu)

58. Standing on the shoulders of Beasts

Sat, 23 May 2020 04:35:00 +0900

第二回異世界分子生物学会の周辺について話しました。

Show notes

第2回異世界分子生物学会(本) … 感想は #異世界分子生物学会でよろしくお願いします。
第2回異世界分子生物学会(電子)
第1回異世界分子生物学会(本)
第1回異世界分子生物学会(電子)
日本分子生物学会
怪獣生物学入門 … 理研倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。これこそ異世界発生生物学会といえる。
researchat.fm ep38 … dessanといろいろ語った回。dessanが異世界分子生物学会に投稿した作品についてはこのエピソードで話されています。
思弁的実在論
Christian de Duve
進化の特異事象
質疑応答 … 異世界分子生物学会における質疑応答用のハッシュタグ
真性半陰陽
オメガバース
国産み
淤能碁呂島
鬼滅の刃
ハニーワゴンメモリーズ … dessanのうんちバイオパンクSF作品。必読です。
トクロンティヌス … 世界最高峰のゲノムデザイナーでありながら、売れっ子Web小説家としての顔も持つトクロンティヌス先生。一体何本の連載を持っているのか。いつ更新が行われるのか。それはトクロン大先生ですら知り得ないこの世の不思議である。トクロン先生のカクヨム
人鳥暖炉 … 星新一賞を受賞された研究者。今回の第二回異世界分子生物学会長である。人鳥暖炉先生の小説
やまけん … 今回の組織委員長。ツイートをみるに、今回の異世界分子生物学会はやまけんさんがいなければ成立しなかったであろう。やまけん先生の小説
Ayane … 今回の異世界分子生物学会では、鬼滅の刃についての作品を書かれている凄腕テクニシャン。分子生物学実験のあるある漫画は必読。あるあるすぎて怖い。Ayane先生の漫画
いんよう第82回 … 大人気ポッドキャストのいんよう。こちらでも異世界分子生物学会について話されています。

第二回異世界分子生物学会に参加された方の中でresearchat.fmのshow notesにおいて紹介したい作品があった場合、連絡していただければ掲載いたしますので、ご連絡いただければと思います。

Editorial notes

私のシェアハウスで録音したので、ページを捲る音、椅子の音、鳥のさえずりなど環境音が入っています。申し訳ありません。(dessan)
一部、かなりお聞き苦しい音にしか編集できずに申し訳ありませんでした。なかなか対面気持ちが早まりすぎてめちゃくちゃな早口になってしまいました。マサチューセッツ州が新型コロナウィルスによる外出規制を実施する数日前に録音した思い出深いエピソードになりました。(tadasu)

57. All papers are created equal

Wed, 13 May 2020 09:14:00 +0900

科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。

Shownotes

Nature Review Cancer…Natureが出版しているレビュー誌の一つで、がん研究に関連する論文を取り扱う。
Nature Review Genetics…Natureが出版しているレビュー誌の一つ、遺伝学に関連する論文を取り扱う。
Boston Chromatin Club Blog
Karl Deisseroth (Wikipedia)…光遺伝学の開祖
DNA microscopy, researchat.fm…これについては、エピソード16で解説しています。
物体にデータをエンコードできる「モノのDNA」の時代が、小さなウサギのフィギュアから始まった (WIRED)
Eric Lander (Wikipedia)…Genomicsを作った重鎮のうちの一人。
Leonard Adleman (Wikipedia)…AdlemanはDNA computingという分野を作った。これについては、エピソード24で紹介しています。
Researchmap
OCRID…研究者に固有のidを付与することで業績と人物を関連させるためのIDシステムとそのwebサイト。
Gene to Cells…日本分子生物学会の発行する論文誌
Cold Spring Harbor Lab Press
ABC予想の京大望月先生のホームページ
abc予想の主張を理解する (Youtube)…教育系Youtuberヨビノリさんのこの解説動画はとてもわかり易くてよかったです。
Cell Press, STAR Methods
ripgrep-all (Github)…“rga: ripgrep, but also search in PDFs, E-Books, Office documents, zip, tar.gz, etc.”とのこと。めちゃ便利そうですね。
fzf（fuzzy finder）の便利な使い方をREADME, Wikiを読んで学ぶ…コマンドラインから曖昧検索をするツール
エスペラント語…一般社団法人日本エスペラント協会なんてものがあるんですね。
形式言語の構文と意味
Unix哲学 (Wikipedia)
Betweenness centrality…グラフにおけるノードの重要性を評価する指標の一つ。
researchat.fm ep4 … 情報収集について話しました。

Editorial notes

名言？が多い回でした。論文に貴賎なしとはとてもいい言葉だと思いました (soh)
きれいごとを話しすぎた感があります。自分の行動にも矛盾ありまくりなのがよくわかりました。論文に貴賎なしですが、いい/おもしろいと思う論文があるのも事実です。立川談志師匠の落語論について思い出しました。(tadasu)
色々熱が入ってしまいました。全然関係ないですが最近sfvでスーパーゴールドになりました(coela)

56. Readable lab notebook

Tue, 05 May 2020 11:14:00 +0900

クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。

Show notes

Readable Lab NotebookのTipsを集めたいので、ご協力いただける方はtwitterにつぶやいていただくか(我々が検索可能な形であればうれしいです)、お便りコーナーから連絡いただけると助かります。そのうちまた紹介したいと思います。
幻影旅団
HUNTER×HUNTER (Amazon)
フリーハンドで丸と直線を書く…デザイナーの山中俊治さんによると、「今でもスケッチを描く前には、初心に返って、一枚の紙を楕円で埋めつくすことから始めます」とのことです。
手塚治虫 (Wikipedia)
かまいたちの夜ニワンゴ版…JavaとPHPで実装されていた
ニワンゴトップページ…Internet Archive (2009年)。懐かしい。ちなみにこの頃、ニコニコ動画は Youtube の上にコメントを表示するサービスでした。
Linux
Ubuntu
AMD Ryzen 7 3700X
NVIDIA Tesla V100 32GB
GTX 1070 Ti…このあたりがお値段も手頃で良い。
CUDA
AWS
光るメモリ…どうだ明るくなったろう。
光るキーボード…明るい！
LG 27 inch UltraFine 5K Display
Apple Pro Display XDR
MacBookProの車輪
MacBookProの脚
液浸冷却サーバを丸ごと液体に浸して冷やす「液浸冷却システム」【FUJITSU JOURNAL】…解説があります。ドッキリに使えそう。
MOD PIT 02: The end results (水冷式)…見てると欲しくなりますよね。
EK’s ultimate CPU water block…格好いい。
TSUBAME
フロリナート
Zotero…論文のPDF管理ソフトのうちの一つ。Nakamuraさんが使っている。
Mendeley
GoodNotes…iPadで手書きメモ
Blue Microphones Yeti USBマイク
Anchor
Stand.fm
click…Python用のコマンドラインツールを便利に作れるライブラリ
jupyter notebook
Docker
elm…JavaScriptにコンパイルできる関数型プログラミング言語の一つ。
リーダブルコード (Amazon)
Plasmids 101: How to Name Your Plasmid in 3 Easy Steps…Addgeneにもドンピシャのブログがありました。ぜひ参考に。
地球平面協会のウェブサイト…地球平面説は、ガリレオの時代の話が有名ですが、これは現代の話。
ビハインド・ザ・カーブー地球平面説ー (Netflix)…地球は平面だと信じる人達を追ったドキュメンタリー。見終わるとモヤッとした気分になります。Nakamuraさん紹介でsohもおすすめ。
殺人鬼との対話：テッド・バンディの場合 (Netflix)…多分これのことを言っていたんだと思うNetflix はこの手のサイコパス物が充実していて、他にはピザ配達人爆死事件の番組もおすすめ
殺人犯の視聴率 (Netflix)…マナウスで大人気のテレビ番組司会者、ウォレス・ソウザ。彼とクルーは報道番組「カナル・リブレ」を通じて、犯罪撲滅のため日々戦っていた。しかしある日……
ハイパーハードボイルドグルメリポート…ヤバいところに行っヤバイ人と飯を食う番組。ディレクターの上出遼平さんのインタビューも面白い。書籍が出たそうです。

Editorial notes

光るPCはロマンだと思ってます (nakamura)
昼飯作っていて最初らへんの収録に乗り遅れました (soh)
次作るキーボードはめっちゃ光らせるって決めてる(coela)
readable lab notebook ほしいなぁ(tadasu)

55. Homecoming

Tue, 28 Apr 2020 09:55:00 +0900

クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。

Show notes

Albert-László Barabási … scale-free networkで知られるネットワーク科学研究者
Uri Alon … システム生物学の研究者。
Uri Alonによるシステム生物学の授業 (YouTube) … 以前から更新されているUri Alonによるシステム生物学の授業。授業の中でリラックスのために深呼吸を促すこともある。
システム生物学入門 (Amazon) … Uri Alonによるシステム生物学に関する入門教科書。
ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ (Amazon) … Barabásiらによるネットワーク科学の教科書
クラスタリング係数
The Extended Phenotype: The Long Reach of the Gene … Richard Dawkinsによる外部表現型に関する解説本
Bond et al. 2014 (Current Biology) … クモの巣の分類と分子系統進化に関する論文。クモの巣を作る能力は複数回獲得されたのか、それとも複数回失われたかについての議論。
Coddington et al. 2019 (PeerJ) … Bondグループによる最新の論文。
クモの巣について … クモの巣について。こちらを読むと理解が捗ります。
ハラフシグモ … ハラフシグモ科のクモ。腹部に体節の痕跡がある。かわいい。
ナゲナワグモ … 粘球のついた投げ縄を使って獲物を捕まえるクモの総称。日本にはムツトゲイセキグモ、マメイタイセキグモが生息している (谷川 1997)。ムツトゲイセキグモの生態については、新海らによる報告に詳しい (新海 and 新海 2002)
オオヒメグモ … 人家やビルなどの人工物の近くによくいるクモ。円網ではなく、一見不規則な不規則網を張る。ゲノムが解読されている、成体になるまでの期間が短い(2 ~ 3 ヶ月)、飼育がしやすいという理由から、発生の研究に使われており、JT生命誌研究館の小田広樹氏らによって発生生物学的なツールが精力的に整備されている。 (Oda and Akiyama-Oda 2020)
ジョロウグモ … 秋に成体となる大型のクモ。おそらく最もポピュラーなクモの一つ。
CRISPR/Cas9 … ゲノム編集に使われるシステム。ep2などを参照のこと。
寄生バチ
クモヒメバチ
クモヒメバチに操作されるギンメッキゴミグモの全造網過程の動画 (YouTube)
ゴミグモ … 円網の中心にゴミを貼り付けてカモフラージュすることからこの名前がある。
縦糸、横糸、枠糸 … 円網を構成する糸の呼称。ネバネバしているのは横糸のみ。
中島みゆき　糸 (Amazon)
幽★遊★白書 (Amazon) … 冨樫義博先生の名作。美しい魔闘家鈴木については幽遊白書を参考のこと(大した話ではない)。
バルーニング … クモが風に乗って遠くまで移動する方法。
maz … 生物の飛行と遊泳の研究を行う若手研究者。生物の飛行と遊泳に興味がある人はmazさんのtwitterを見よう！researchat.fmで手に入れている飛行と遊泳に関する情報はほぼこの人のtwitterがソース。
Cho et al. 2018 (PLoS Biology) … クモのバルーニングと風洞実験に関する論文
Watch a ‘ballooning’ spider take flight (YouTube) … 上記の論文に関連したクモのバルーニングの様子に関する動画
偽円網 … ボロアミグモ科の Fecenia が造る網は、円網種が造る円網と構造が類似しているためこう呼ばれる。徘徊性のクモであるが、円網と似た網を造るところが興味深い。 (Blackledge et al. 2012)
クモの種類: World Spider Catalog によると、これを書いている時点で世界のクモの種類は 48422 種。
テラフォーマーズ (Amazon)
ミノムシ
キムラグモ … 九州、南西諸島に生息するハラフシグモ科のクモ。生きた化石と呼ばれ、移動能力が低く古くか存在しており、地理的な分化をしていることが知られている (Tanikawa 2013)。
ミズグモ … 世界で唯一水中で生活するクモ。現在はハグモ科に分類されている (World Spider Catalog)。
ダーウィンズ・バーク・スパイダー … 2010年にマダガスカルから報告された、世界で最もタフな糸を持つとされているクモ (Agnarsson, Kuntner, and Blackledge 2010)。川をまたぐように巣を張ることで知られている。造網行動について報告した論文にある、クモが糸を大量に出している動画は必見 (Gregorič et al. 2011)。
クモの目 … クモは単眼のみを持つ。配置と数は科によって異なり、種同定に使われる。
ザトウムシ
ザトウムシとB染色体
闘蟋―中国のコオロギ文化 (Amazon) … “「闘蟋」―それはコオロギを闘わせ、ひと秋をかけて“虫王”を決める遊び。飼い主たちは、戦士の育成に持てる金と時間と知識のすべてを注ぎ、熱中のあまり家屋敷を失ったものは数知れず、一国を滅ぼした宰相さえいた。一二〇〇年の時を超え、男たちを魅了し続ける中国の闘うコオロギとは。 “ この紹介文を読んでこの本を読みたくならないものなどいないだろう！！！
賈似道 … 南宋末期の政治家。闘蟋に入れ込み過ぎたことが知られている。その入れ込みから唐の時代からの闘蟋の歴史を書き記した百科事典、促織経を書き記す。しかしそのあと南宋はモンゴル帝国の前に屈する。
プッチ神父、DIO … みなさんご存知のジョジョの敵キャラ。「質問が悪かった…… 子供が遊びで話す『スタローンとジャン・クロード・バンダムはどっちが強い？』そのレベルでいいよ。」
とりたべるクモ … 沖縄ではオオジョロウグモが鳥を食べているところが目撃されることがある。クモに食べられた鳥について、これまでの報告をまとめた論文 (Walther 2016) もある。これを見るとオオジョロウグモはよく鳥を食べているようだ。ちなみにコウモリも食べるらしい (Nyffeler and Knörnschild 2013)。
ハエトリグモ … かわいい
ハエトリグモハンドブック (Amazon)
コガネグモ
加治木くも合戦 … 文禄・慶長の役の際、島津義弘が士気を高めるために始めたと言われる鹿児島のくも合戦。コガネグモを戦わせる。
浅野いにお
メメクラゲ … 書く必要もないとおもうが、メメクラゲといえばねじ式、ねじ式といえばつげ義春。メメはxxの誤植。ポケモンのメノクラゲの由来でもある。
ハーバー・ボッシュ法
グアノ島法
大気を変える錬金術 (Amazon)
ねこぢる大全 (Amazon) … ねこぢる読もう。
倫理とは何か猫のアインジヒトの挑戦 (Amazon)

Editorial notes

久々にクモの話が出来て楽しかったです (nakamura)
こんなに奥深いクモの世界が広がっているとは… (soh)
クモの行動遺伝学はおもしろく、ゲノム編集やシーケンシング技術が発展した今、これからの展開が楽しみです。(tadasu)
nakamuraさん、ありがとう！クモすごい(coela)

54. Increase exponentially

Sat, 18 Apr 2020 11:14:00 +0900

RNA分子の局在を一斉に捉えるイメージング技術とそれをささえる巧妙な方法について原著論文を解説しました。

Show notes

elmo囲い
電王戦
Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Lubeck et al Nature Methods 2014…CaiらによるSeqFISHのオリジナル論文。無料で読めます。
Ep16. Beyond imaging (Researchat.fm)…エピソード16回ではイメージングせずに位置情報を再構成するDNA Microscopyについて解説しています。
WHAT IS SEQFISH?…CaiらによるSeqFISH技術紹介のページ。とてもわかり易いです。
Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells. Chen et al Science 2015…MARFISHのオリジナル論文。こちらも無料で読めます。
パリティビットの意味と誤り検出、誤り訂正の方法…誤り訂正に関する解説。
ハミング符号 : データの誤り検知/訂正をインタラクティブに学ぶ…MARFISHのプローブの設計において用いられた誤り訂正符号の一つ。
Researchat.fm お便りフォーム…Researchat.fmではリスナーの方からのお便りを募集中です。よろしくお願いします。
無能なナナ…おすすめマンガ
JAPAN PODCAST AWARDS

Editorial notes

うまく解説できたか心配ですが、興味があるひとはこれを取っ掛かりに論文にもチャレンジするのもよいかもしれません (soh)
RNAの局在は非常に興味深いテーマですね、めっちゃ勉強になりました (coela)
Coela先輩は本当に意識が高いんですね。すばらしいスピーチでした (tadasu)

53. Road map to Rome

Wed, 15 Apr 2020 06:40:00 +0900

仕事タスクを最適化できない問題、ロードマップと攻略、門戸の広げ方、教科書の読み方とウェブ授業、DeepLの使用感について話しました。

Show notes

梅原大吾
ゲームパッド
ファイティングエッジ刃 … プロゲーマーsakoさんが開発に関わり、大会でも使用しているアーケードコントローラー。最近coelaも買いました。
Hit Box … ボタンしかないアーケードコントローラー（レバー操作もボタンで行う）。プロゲーマーの梅原大吾選手も大会で使用している。
vim … テキストエディタ
emacs … テキストエディタ
Yeti Blue … researchatメンバーが収録につかっているマイク
WEB DEVELOPER ROADMAP 2020 … Webデベロッパに必要な知識・技術のロードマップ。
roadmap.sh … 同作者によるロードマップまとめページ。フルスタックエンジニア・QAエンジニア版も準備中な模様。
ひろゆき
やる夫で学ぶ
多湖輝
頭の体操 … 多湖輝先生の名著。世の中は頭の体操を通った人か通っていない人かに二分される。世の中の見え方が変わる最高の本。
イシューからはじめよ … 問題解決のための最強本。これを読めばあなたの人生観が変わります！！！(宣伝)
Fate/Grand Order … coelaおすすめのスマホゲーム
ヨコから見る世界史
桃太郎電鉄
クマムシさん
researchatくん … researchatのtwitterアカウントヘッダーにいつの間にか居たresearchatのマスコット（？）
CasX君 … tadasu考案のゆるきゃら
もやしもん … 菌が（肉眼で）見える主人公が農業大学で生活していく漫画。かわいい菌がいっぱい出てきます。
ウルトラ怪獣擬人化計画
プロゲーマーボンちゃん … Street Fighter V のトッププロゲーマー、ボンちゃんのYoutubeチャンネル。初心者向けのコンテンツがたくさんあります。
ヨビノリたくみ
苑田尚之 … 最強の苑田の物理。coelaは薫陶を受けた。
Molecular Biology of the Cell … バイオを志す学徒であれば必読の一冊。分厚すぎる…意識高い勢はもちろん英語。
細胞の分子生物学 … やっぱり英語版はハードル高すぎだよね、人用の日本語版。
Essential細胞生物学 … Molecular Biology of the Cellなんかから始めるとほぼほぼ挫折するのでまずはここから。
パターン認識と機械学習(PRML) … ビショップ本とも。機械学習のバイブル的な存在。
PRML二章 … 死の谷。ほぼ全ての戦士の心がここで折れる。
パターン認識と機械学習の学習―ベイズ理論に負けないための数学 … PRMLを読む前に読む本
DeepL
PubMed … NCBIが提供する論文検索用サービス。ほぼすべての生物関係の研究者がこのサービスのお世話になっていると思われる。
AirPods Pro

Editorial notes

二人とも寝起きだったため、当たり前のことをさも難しそうに喋ってしまいました。反省しています。(tadasu)
今回取り上げたロードマップとか、Civilizationの技術ツリーみたいなの良いですよね。(coela)

52. Split into a row

Sun, 12 Apr 2020 11:14:00 +0900

ゲストにkotoneさんを招き、ディープラーニング、機械学習とそのアルゴリズムや計算用マシンについて話しました。

Show notes

機械学習 (Wikipedia)
ディープラーニング(深層学習) (Wikipedia)
ニューラルネットワーク (Wikipedia)
パーセプトロン (Wikipedia)
GPU (Wikipedia)
ディープラーニング入門 Chainer チュートリアル
株式会社 Preferred Networks
Chainer
NVIDIA CUDA-X GPU-Accelerated Libraries for AI and HPC
Preferred Networks、1024個のGPUでディープラーニングの世界最高速を実現と発表
NARUTO -ナルト- 疾風伝
ナルト全巻セット
ImageNet…学習用の画像データセット
畳み込みニューラルネット(Wikipedia)
THE MNIST DATABASE of handwritten digits…手書き文字認識用のデータセット
誤差逆伝播法 (Wikipedia)…バックプロパゲーション
Data Parallelism VS Model Parallelism in Distributed Deep Learning Training…データ並列とモデル並列の違い
Extremely Large Minibatch SGD: Training ResNet-50 on ImageNet in 15 Minutes (arXiv)…PFNが達成した超高効率データ並列学習
One weird trick for parallelizing convolutional neural networks (arXiv)…畳み込みニューラルネットワークのモデル並列化
Performance Analysis of a Pipelined Backpropagation Parallel Algorithm (IEEE)…パイプライン化による層並列化の検証
GPipe: Efficient Training of Giant Neural Networks using Pipeline Parallelism (arXiv)…マイクロバッチパイプライン化による層並列化の実装
Decoupled Neural Interfaces using Synthetic Gradients (arXiv)…誤差逆伝播に必要な勾配を生成することで並列化可能とする学習手法
Direct Feedback Alignment Provides Learning in Deep Neural Networks (arXiv)…層ごとの誤差逆伝播が不要な学習手法
Training Neural Networks with Local Error Signals (arXiv)…大域的な誤差信号が不要な学習手法
スーパーコンピュータ「京」はとてつもなく速い
スーパーコンピュータ「富岳」プロジェクト
スパコン撤去で「今は無き京前」？　駅名が話題
GUNSLINGER GIRL (全15巻)…Kotoneさんおすすめのマンガ
Researchat.fm お便りフォーム…Researchat.fmではリスナーの方からのお便りを募集中です。よろしくお願いします。

Editorial notes

生命科学の内容がメインのポッドキャストに呼んでいただきありがとうございました。とても楽しく収録させていただいたので皆さまにも楽しんでいただければ幸いです。いずれアイマスの話もリベンジしたいですね (kotone)
機械学習ネタ、これまでとは異なるテーマでとても良かったですね (soh)
他分野の話を聴くのは楽しい〜〜〜(tadasu)
ことねさん出演ありがとうございました！音源が落ちてしまったアイマスの話もまた今度是非！(coela)

51. It is what it is

Mon, 06 Apr 2020 05:30:00 +0900

PCR(ポリメラーゼ連鎖反応)の原理について基礎から話しました。dessanをゲストに迎えました。

Show notes

PCR(ポリメラーゼ連鎖反応) … 特定のDNAサンプルから目的のDNA配列を増幅させる方法。分子生物学における最も基本的な実験の一つ。
DNA(デオキシリボ核酸) … 地球上の生命体の遺伝情報を司る高分子化学物質。いわゆるDNA。
水素結合 … 水素間で起きる非共有結合性の相互作用。2本のDNA鎖が反平行に配向し二重らせん構造を形成する際、A-T,G-Cの間は水素結合によって結ばれる。A-Tは2個、G-Cは3個の水素結合によって結ばれるため、結合の強度が異なる。共有結合やイオン結合と比べて弱く、ファンデルワールス力よりは強い。
DNAポリメラーゼ … DNAを複製するために必要なタンパク質。普通のタンパク質は高温にすると失活して壊れてしまうため、PCRのようにサンプルを高温状態にするとDNAポリメラーゼは失活してしまう。初期のプロトコルではこのため、毎回DNAポリメラーゼが入れ替えられていたが、高温化で生息する好熱性細菌から耐熱DNAポリメラーゼが発見され、PCRが一気に広まった。
半保存的複製 … 相補的な二本鎖DNAがどのように複製されるのか。DNAが非常に情報メディアとして特有の振る舞いをみせる。DNA複製システムを明らかにしたのはスタールとメセルソン。メセルソンについてはep7を参照のこと。
DNA複製 … 生物が細胞を倍加していく上で、遺伝情報を担うDNAも二倍にする必要がある。
プライマー … DNAポリメラーゼは基本的に一本鎖DNAをそのまま複製することはできず、一旦二本鎖にする必要がある。その時に使われるのがプライマーと呼ばれる短い塩基配列である。生体内では基本短鎖RNAでPCR上では短鎖DNAが用いられる。
サーマルサイクラー … PCRのためにサンプルの温度を上下させるための機械
電気泳動 … 荷電している分子を電場中で移動させる。これによりDNAやタンパク質を分離する方法。
RNAウィルス … 遺伝物質としてRNAを用いているウィルスのこと。
エチジウムブロマイド … 二本鎖DNAに架橋する。紫外線を当てると蛍光を発するため、核酸の検出などに用いられる。
qPCR(定量PCR)
RT-qPCR
Researchat.fm ep37 … 前回のdessan出演回。分子生物学の基礎について話しています。
Researchat.fm ep24 … PCRの発明者でノーベル賞を受賞したKary Mullis追悼回。こちらでもPCRについて詳しく話しています。
TAKARAのPCRの説明とそのプロトコル … PCRキットを販売するTAKARAのPCRの説明とそのプロトコル。非常にわかりやすい。トラブルシューティングもしっかりと書かれているのでPCRが動かない時はしっかりプロトコルを読もう！特にP.6からのPCRの原理の部分はPCR原理の理解の助けになると思います。
dessanによるPCRまとめ図

Editorial notes

私の部屋で撮ったのでハウスメイトにビビって最初のほうは音声が小さいです。申し訳ありません。(dessan)
生物の機構とPCRの対比を行うことでわかりやすくなったのではないかと期待しております。 (tadasu)

50. My first journal club presentation

Sat, 21 Mar 2020 22:50:00 +0900

記念すべき第50回は、酵母のストレス環境におけるタンパク質の翻訳制御に関する原著論文を紹介しました。

Show notes

Cells alter their tRNA abundance to selectively regulate protein synthesis during stress conditions. Torrent et al., Science Signaling (2018)…今回のエピソードで紹介した論文。フリーのオンラインアクセスがあります。
コドン (Wikipedia) … コドンについてはep7とep37(入門編)でも話しています！
tRNA (Wikipedia)
RT-qPCR (Wikipedia) … 本論文でtRNAの定量に使われた手法。
グルタチオン(Wikipedia) … グルタミン酸、システイン、グリシンから構成されるトリペプチド。ストレス環境での生育に重要な物質で、リボソームを介さない系で合成される。
tRNAの修飾 … tRNAは複数箇所に修飾を受ける。リンク先のFigure 4ではYeast tRNAの修飾箇所が示されている。
Codon Adaptation Index(CAI) … 最も良く使用されるコドンユセージ解析の指標。雑に説明するとあるたんぱく質の配列が与えられた際、高発現たんぱくが使用しているコドンと比較することでその発現量を予測するのに使用されたりする。
tRNA Adaptation Index(tAI)… 上記CAIから着想を得て開発された指標。あるたんぱく質が与えられた際に、その配列がどの程度細胞内のtRNAプール適応しているかを計算する。実際のtRNAの数を数えるのは難しい場合が多いのでゲノム中にコードされたtRNAのコピー数と相関があるという仮定から類推されたりする。
Gene Ontology(GO) … 生物学的概念を共通の語録で記述するためのプロジェクト。雑に説明すると「みんな好き勝手に説明しないで、同じ言葉使って遺伝子の説明しようよ！」。
GO slim … 上記GOの縮小版。これまた雑に説明すると本家GOの階層が深くて複雑なので、ある遺伝子集団のざっくりとした傾向をつかみたいときなどに便利。
クローバーリーフ構造 … tRNAの二次構造は３つの腕を持つクローバーリーフ構造を取る。(三次元ではL字型になる)
ミトコンドリアtRNA … tRNAの二次構造は上記のクローバーリーフ構造で示されるが、ミトコンドリアtRNAはその腕が一本ないし２本無かったりする場合がある。

Editorial notes

コドン、たんぱく質の翻訳効率、翻訳リソース関係の話は好きなのでまた機会があったら！(coela)
coelaさんを先輩として一年間は尊敬し続けられるようでよかったです。非常に素晴らしかったです。またTMK先輩にやさしくしてあげてというお便りをたくさんいただいておりますので、これからはTMK先輩がより輝けるポッドキャストを目指していきたいと思います。なお、私の大学同期はポッドキャスト上のTMK先輩は日本酒の大吟醸、いうなれば獺祭の二割三分のようなものだと発言しておりました。その発言の真意はわかりません。(tadasu)
次回、Coelaによる奇跡の論文紹介は収録100回目でしょう！ (soh)

49. MEME expression

Thu, 12 Mar 2020 08:17:00 +0900

「わたしは人類」と「柿ゲノム」の共通項を無理やり探しました。

Show notes

死がふたりを分かつまで
やくしまるえつこ　わたしは人類 (YouTube)
やくしまるえつこさんによる「わたしは人類」の解説 … やくしまるえつこさんによるわたしは人類の解説。ぜひ読んでいただきたい。
やくしまるえつこさんによる「わたしは人類(I’m Humanity)」の解説 … シアノバクテリアと塩基の情報があります。
Ohno and Ohno. Immunogenetics (1986) … 大野夫妻によるDNA music論文のオリジナル
Susumu Ohno, DNA Music (YouTube)
空間知覚拡張のための“聞こえる化”デバイスの開発 … 未踏2015にて発表された「聞こえる化」のデバイス
Genomes OnLine Database: GOLD … ここで既に読まれた、もしくは現在進行中のゲノムプロジェクトを調べることができます。
Akagi et al., Science (2014) … 柿のY染色体のゲノムシーケンシングとRNA-Seqを通して、OGIとMeGIという遺伝子を発見した論文。OGIとMeGIはパラログであり、OGIはフレームシフトなどによりタンパク質としての機能は失われ、ncRNAとして働いていると考えられる。植物において初めて性決定遺伝子が同定された。OGIによるメカニズムの詳しいメカニズムは不明と言いましたがRNAiのような仕組みが働いていると考えられているようです。
Akagi et al., PLoS genetics (2020) … 今回の柿ゲノム論文。SiMeGI(Sister of MeGI)を新たなパラログとして同定。Whole genome duplicationとgene duplicationにより、カキノキ属の性決定遺伝子であるOGIとMeGIが作られたことが推定された。
whole genome duplication … 全ゲノム重複。ゲノム全体が二倍になる。
遺伝子重複(gene duplication) … 遺伝子重複。ある遺伝子が二倍になる。
パラログとオソログ
Akagi et al., Plant Cell (2018) … キウイフルーツにおける性決定遺伝子「Shy girl」を同定した論文。
Kiuchi et al., Nature (2014) … カイコにおける性決定システムとncRNAに関する論文。

Editorial notes

エスパーリスナーは　未来に　攻撃を予知した！(coela)
Researchat.fmは、リスナーからのお便りで出演者が勉強するpodcast番組です (soh)
ミームが発現し始めているのかそれともエスパーからの投稿なのか見分けがつきません…また、植物の用語がわからずメチャクチャになってしまい申し訳ございません。researchat.fmの隠しサイトさがしてみてください。 (tadasu)

48. XXXXXYYYYY

Mon, 02 Mar 2020 17:54:00 +0900

レベルEのサキ王女編からスタートし、アメフラシ、ボネリムシ、半倍数性、ヴォルバキアによる破壊、ゾウリムシ、カモノハシ、オスの三毛猫など、真核生物における多様な性決定システムと性染色体について話しました。

Show notes

レベルE … 冨樫義博先生の怪作。生物SF満載。マクバク族サキ王女編について言及。
SRY(sex-determining region Y) … 一部の哺乳類において性決定に重要な遺伝子。
Koopman et al. Nature (1991) … SRYをメスのマウスのembryoにおいて発現させてオス化させた論文。
heterogamety …異型配偶子性。XYやZWのような性染色体がヘテロな状態の配偶子をさす。
homogamety … 同型配偶子性。XXやZZのような性染色体がホモな状態の配偶子をさす。
XX型/XY型 … 雌がホモ(同型)、雄がヘテロ(異型)な場合の性染色体の名前のつけかた。 (例)ヒト、マウスなど
ZZ型/ZW型 … 雄がホモ(同型)、雌がヘテロ(異型)な場合の性染色体の名前のつけかた。(例)チキンなど
XX型/XO型 … 雌がXX、雄がXOという性染色体を持つ場合を指す。Oはこの場合Y染色体が存在しないことを指す。バッタなどでみられる。
XO型/XO型 … アマミトゲネズミなどでみられる (2025/03/14 追記修正しました。)
アマミトゲネズミ … 日本の固有種。哺乳類でありながらXO型の染色体を持ち、Sryを持たない。
黒岩真麻 … アマミトゲネズミなどにおける性決定システムの研究者
Bachtrog et al., PLoS Biology (2014) … 性決定に関する網羅的なレビュー。
性 … 生物における性、セックスについて
雌雄同体/同株
アメフラシの交尾 … “アメフラシは雌雄同体で前が雌役、後ろが雄役。数個体か集まると連なるように交尾をします。”
Yatsu et al., Scientific Reports (2016) … ミシシッピワニと温度依存の性決定システムについて。温度依存性チャネルとイオンシグナル
ボネリムシ
生きものの記録艶説
半倍数性
半倍数性の機構 … 相補モデル、バランスモデル、インプリンティングモデルについて
体細胞分裂 … 真核生物において、一個の細胞から二個の細胞が生み出される現象。染色体の倍数性は維持される。
減数分裂 … 真核生物において、一個の細胞から四個の細胞が生み出される現象。最終的に産出される細胞の染色体の倍数性は半分になる。
対立遺伝子(アレル)
UV染色体 … コケ類など、一倍体の期間(配偶体期)において、性染色体により雌雄が決定される生物に用いられる命名方法。日本ではXY染色体と言われることが多い。U染色体を持つのが雌性、V染色体を持つのが雄性となる。
ヴォルバキア … 水平感染はほとんどなく、垂直感染によって広がる。精子を経由することができず、卵のみで伝えられるため、ミトコンドリアなどの伝播様式と比較されることも多い。オスゴロシやメス化など、メスを多くするための戦略をとることが知られている。ある意味ドーキンスの申し子。ミトコンドリア・イヴならぬ、Wolbachial Eve (ヴォルバキア・イヴ)がいるということか。
エルフェンリート
岡本倫
ノノノノ
パラレルパラダイス … いわゆるPレルPダイス
オートガミー … 繊毛虫において見られる特殊な接合様式。一個体の中で接合が行われる。
ゾウリムシ
性の源をさぐる
ペドガミー … 太陽虫において見られるオートガミー様の接合様式
太陽虫
有糸分裂(mitosis) … 一般的な真核生物における分裂様式
無糸分裂(amitosis) … ゾウリムシやテトラヒメナなどの原生生物の大核において見られる分裂様式
スティロニキア
トゲツメミズケムシ
Ammermann, Archiv für Protistenkunde (1982) … Stylonychia mytilus EHRBGの接合型について。
スイバ … 性染色体がXX型/XY1Y2型と雌雄で本数が異なる。木原均先生が種子植物において初めて性染色体を報告した植物。染色体数は雌株が2n=14=XX+12, 雄株は2n=15=XY1Y2+12である。
ツマモンヒロバカゲロウ … ツマモンヒロバカゲロウ(Plethosmylus decoratus)はX1X1X2X2型/X1X2Y型の性染色体を持っている。
新世界ザル/旧世界ザル … 類人猿の分類
ホエザル(Alouatta)
Steinberg et al. Cytogenet Genome Res. (2008) … ホエザルの性染色体はX1X1X2X2型/X1X2Y1Y2型となっている。
カモノハシ … 哺乳類であるが卵生である。性染色体はX1X2X3X4X5X1X2X3X4X5型とX1X2X3X4X5Y1Y2Y3Y4Y5型である。
単孔類
ハリモグラ … 単孔類はカモノハシとハリモグラからなる。性染色体はX1X2X3X4X5X1X2X3X4X5型とX1X2X3X4X5Y1Y2Y3Y4O型である。Y5が存在しない。
有袋類
Grützner et al., Nature (2004) … DOP-PCRを基にしたFISHを行うことでカモノハシの性染色体を調べた論文。chain pairingと染色体進化について言及。
DMRT1 … 性決定遺伝子の一つ
キアズマ
Robertsonian translocation … ヒトにおける染色体の転座。転座に従って、chain pairingが発生することもある。
Moura et al., Genetics and Molecular Biology (2008) … ブラジルに住むユークロマギガンテアL.1735という甲虫の染色体を調べた論文。X1X2X3X1X2X3型とX1X2X3Y1Y2Y3型の染色体を持つ。multivalent chain pairingの美しいFigureが見られる (Fig.2)。
Santos and Luykx, Biochem Genet. (1985) … シュワルツカンザイシロアリの染色体。X1X2X1X2型とX1X2Y1Y2型の染色体を持つ。Fig2において美しいmultivalent chain pairingのFigureが見られる(Fig2)。
Cleland, Advances in Genetics (1962) … オオマツヨイグサにおけるmultivalent chain pairing
PAR(pseudoautosomal region) … X染色体とY染色体の相同な領域。同一の染色体に由来しているという名残。
dosage compensation (遺伝子量補償)
Barr and Bertram, Nature (1949) … バー小体を猫のニューロンで観察した論文
Ohno et al., Experimental Cell Research (1959) … X染色体のヘテロクロマチン化について
Ohno and Hauschka, Cander Research (1960) … バー小体とX染色体の関係性について
Lyon, Nature (1961) … X染色体の不活性化についてのモデル
X染色体の不活性化
エピジェネティクス … 定義は確定しておらずふらついているため、いつか専門家を集めて討論したい。
クラインフェルター症候群
CCL-28 … クラインフェルター症候群の患者から採取された培養細胞。XXXXYの染色体を持つため、Xの不活性化を調べるためによく使われる。
三毛猫
駒井卓
Komai, 北海道大學理學部紀要 (1957) … 配信では少し言い間違えたが、オスの三毛猫が存在することのモデルを考えた論文。オスの三毛猫が存在しないことを示した論文ではない。
遺伝研の三毛猫
Robertsonian translocation
Deakin et al., PLoS genetics (2008) … カモノハシにおける遺伝子量補償を探った論文。
Rens et al, PNAS (2010) … Xistや遺伝子量補償システムの哺乳類における進化について言及した論文。有袋類と単孔類の培養細胞を用いた研究。
Whitworth et al., Stem Cells and Development (2019) … カモノハシのiPS細胞を作った論文。こういった方法でいろいろな細胞を調べる方法が進んでいくと思われる。ちなみに導入したのはhOCT4, hSOX2, hcMYC, hKLF4, hNANOG,hLIN28の6個の遺伝子(ヒト由来)でした。
岡山大学守屋先生の遺伝子つなひき法 … 酵母の中で酵母が耐えられる遺伝子数の上限を探る方法。dosage compensationとの関係性がきになる。
ENCODE … RIKENのビッグプロジェクト。ノンコーディグRNAの網羅的探索を行なっている。
FANTOM … ゲノム上の情報にアノテーションを
ジャンクDNA
Brenner, Current Biology (1998) … junkという言葉に対するBrennerの考え方が見える。
Ohno, Brookhaven Symp Biol. (1972) … 大野先生がジャンクDNAを提唱した論文。取り寄せが間に合わず未確認。
大野乾
2R仮説 … 全ゲノムが重複したとする仮説。通称大野の仮説。(追記:これは一部に限定され、全ゲノム重複仮説の一部である。
Kellis et al., Nature (2004) … Manolis Kellisが酵母の近縁種間ゲノム比較によって全ゲノム重複仮説を検証しようとした論文。
DNA music … このエピソードの公開直前にちょうどこれに関するお便りが来たのでまた近々話します。
Ohno, Journal of Molecular Evolution (1997) … 大野先生の木村先生への追悼イントロを含む論文。”My fond memories of gentle Professor Motoo Kimura are many. “から始まる木村先生との思い出が綴られている。
大いなる仮説 … 大野乾先生が生命はどこから来たかを議論した本
進化の特異事象 … ノーベル賞受賞者のChristian de Duveが進化上で起こった様々な生命プロセスの獲得について議論した本

Editorial notes

話をきいてわかったような気になったがおれは何も分かってない (soh)
レベルEが染色体について教えてくれた、レベルEは最高！ (tadasu)
やはりレベルEは素晴らしい (coela)

47. Unlocking the power

Thu, 27 Feb 2020 23:04:00 +0900

新型コロナウィルスの広がりで注目を集めているCas13を用いた簡便かつ高感度な核酸検出法、SHERLOCKという技術について原著論文を紹介しました。

Show notes

Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter unLOCKing…これがSHERLOCKの略！
Nucleic acid detection with CRISPR-Cas13a/C2c2. Science 2017.…SHERLOCKのオリジナル論文。Cas13のもつ無差別なRNA分解活性 (collateral activity)と蛍光プローブを利用することで、ウィルスなど様々な核酸分子の検出を簡便に行う技術の扉を開いた。無料で論文の全文が読めます。
Multiplexed and portable nucleic acid detection platform with Cas13, Cas12a, and Csm6. Science 2018…複数のCas13オーソログと蛍光プローブを組み合わせたSHERLOCK v2により、感度が向上したほか、複数の標的を一度に検出できるようになった。
Sherlock Biosciences…Feng Zhangなど開発者たちはベンチャーを立ち上げSHERLOCKの技術開発、とくに医療応用を目指している。また昨年、大型の資金調達にも成功している (3,500万ドル, 38億円)。
CRISPR-Cas12a target binding unleashes indiscriminate single-stranded DNase activity. Science 2018…Jennifer DoudnaらのチームもDETECTRという類似の技術を開発し、Mammoth Biosciencesというベンチャーを立ち上げた。こちらも大型の資金調達 (4,500万ドル, 49億円)に成功しており、競争は激化しており大きな市場が見込まれている。
Mammoth Biosciences
遺伝子編集ツール開発のMammoth Biosciencesが約49億円調達 (TechCrunch)
A protocol for detection of COVID-19 using CRISPR diagnostics…SHERLOCKによるコロナウイルスの検出のためのプロトコルが開発チームらによって公開された。まだFDAの認可はおりていない。

Editorial notes

簡便なウィルスなど核酸の検出キットの開発は想像以上に競争が激化しており、大きな盛り上がりを感じますね (Soh)
紙で全部置き換えられるとするなら途轍もないブレークスルーだな (tadasu)
バイオ面白名前シリーズもいつかまとめたい (coela)

46. It's in the catalogue!

Wed, 26 Feb 2020 18:04:00 +0900

昔はPCRオイルというものがあったらしいというお便りから、自作試薬やプロトコル、培養細胞と人権、おすすめ映画について話しました。

Show notes

PCR増幅法 (Wikipedia)
サーマルサイクラー概要—歴史と発展 … ThermoFisherのPCR概要。オイル、加熱蓋（head lid）について言及あり。
Researchat.fm episode 24…PCRの発明者、Karry Mullisを追悼して、初期プロトコルからPCRを用いた特殊実験について話しています。興味があればぜひ。
Gel purification…切り出したゲルをフィルターペーパーの上に乗せて遠心するとDNA抽出できるらしい…
Gibson Assembly
Qiagen Buffers…Quiagenのバッファーはこのように中身がオープンになっている。
バンバンカー…細胞凍結用培地。これを使うと-80cや液体窒素の中でヒトの細胞などを長期間にわたり保存することができる。
HeLa細胞
Scherer et al. J Exp Med. (1953)…HeLa細胞のオリジナル論文
フォード vs フェラーリ (映画) … [Amazon Video]
フォーミュラ１栄光のグランプリ (Netflix)
Gのレコンギスタ … Amazon Videoはレンタル意外にセル版もあります。 [Amazon Video]
劇場版「SHIROBAKO」
Miss Americana (Netflix)…テイラー・スウィフトを追ったドキュメンタリー映画。

Editorial notes

お便りありがとうございました、意外に話が弾んでしまった (soh)
色々な作業を手作業でやっている我々も30年後ぐらいには懐古厨とか言われるのだろうな (tadasu)
おたよりめっちゃ励みになります！head lid以前のPCR経験はありませんでした…(coela)

45. The ATGC Murders

Wed, 26 Feb 2020 15:50:00 +0900

ワンボタンラブ、親指シフト、煽り文化、鬼瓦とシルクロード、バトル・ロワイアルのオレ設定、江戸時代の厨二病、ATGC殺人事件、イルカとセンジュナマコ、キリンと染色体、Web漫画カレンダー、学会の質疑応答について話しました。

Show notes

ワンボタン河野太郎
親指シフト
Kinesis Keyboard
T-Code
第二回おじリーグ
BLAST
ビーフ
公開処刑
鬼瓦
火の鳥鳳凰編
ゴルゴネイオン
ゴルゴーン … ステンノー、エウリュアレー、メドゥーサのゴルゴン三姉妹。
パルミラ
鬼師　… 医師、弁護士、鬼師
バトル・ロワイアル
中二病と厨二病
へうげもの
森博嗣
Vシリーズ … 森博嗣のミステリーシリーズ。[Kindle]
エルキュール・ポワロ … 言わずとしれた名探偵。オリエント急行の映画も良かったです。
京極夏彦
江戸川乱歩
ウゴウゴルーガ
センジュナマコ
Hawaiian flagtail
mere swine
ゲルマン祖語
ネズミイルカ
キリン
麒麟
石川千代松
ファージ(噬菌体)
キリン解剖記
ゾウの時間ネズミの時間
Web漫画 … 以下、各漫画1話へのリンクです。いますぐ読めます！
SPY×FAMILY … [Kindle]
血と灰の女王 … [Kindle]
姫様“拷問”の時間です … [Kindle]
ケンガンアシュラ … 続編のケンガンオメガがただいま連載中（リンクは前作の第一話です）。[Kindle]
アビスレイジ … [Kindle]
奴隷遊戯 … 続編の奴隷遊戯GURENがただいま連載中（リンクは前作の第一話です）。[Kindle]
いじめるヤバイ奴 … [Kindle]
純情戦隊ヴァージニアス … [Kindle]

Editorial notes

闇鍋感がすごい (tadasu)
やりたい放題しゃべってしまった(coela)

44. Tabasheer

Sun, 09 Feb 2020 22:15:00 +0900

1800年代後半、Natureに投稿した日本人研究者(杉浦重剛、小藤文次郎、関谷清景、伊藤篤太郎、南方熊楠)について話しました。

Show notes

Nature: Aphorisms by Goethe. Huxley, Nature (1869) … 1869/11/04に出版された記念するべきNature第1号の最初の記事(論文)。Thomas Huxleyがゲーテの言葉をドイツ語から英語に訳した。”Nature! We are surrounded and embraced by her—unable to step out of her and unable to penetrate her more deeply.”から始まる。この言葉が本当にゲーテのものだったかについては議論がある(後述)。
Nature … ゲーテのエッセイをドイツ語から英語に訳しているとされているが、実はオリジナルはGeorg Tobler によるエッセイ。ただ、Toblerがゲーテを訪ねた(ヴァイマル) 1781-1782年に書かれており、ゲーテの言葉をToblerが記述したと考えられている。
The Goethean Fragment “Die Natur” in English Translation. Fullenwider, Comparative Literature Studies (1986) … Nature(独:Die Natur)の翻訳を巡っての解説。
アンナ・アマーリア図書館 … ゲーテを招聘したザクセン・ヴァイマル公カール・アウグストの母で、夫の急逝後、ワイマール公国の摂政を行なった。ゲーテが図書館長を務めていたこともある。ドイツ初の公共図書館。
Traces of Early man in Japan. Morse, Nature (1877) … モースが小シーボルトから発掘件奪うためにNatureに投稿した記事のこと忘れてました。申し訳ありません。1880年の論文と混同しておりました… またモース回があれば話します。この論文がディキンズより前の、日本に関する論文だと思われます。
杉浦重剛 … すぎうらじゅうごう・しげたけ。昭和天皇の教育主任を務める。本エピソードの結論としては、杉浦重剛が日本人としては初めてNatureに記事(論文)を載せたということになる。
Pre-historic man in Japan. Dickins, Nature (1880) … ディキンズがモースの貝塚論文の批判を行なった論文。
Prehistoric man in Japan. Sugiura, Nature (1880) … ディキンズの批判に対して、アイヌ民族が東アジアに住んでいた年代の訂正を投稿。この論文はディキンズの次の週の号に載っており、ロンドンに留学していた杉浦が迅速に対応したことがわかる。
フレデリック・ヴィクター・ディキンズ
エドワード・S・モース
小シーボルト(ハインリヒ・フォン・シーボルト)
ハインリヒ・エドモント・ナウマン
Shell mounds of Omori. Morse, University of Tokyo (1879) … モースが東京大学から出版した日本初の学術論文。大森貝塚について。
The Omori Shell Mounds. Morse, Nature (1880) … モース自身が投稿したディキンズの批判に対する反論。ちなみにこの論文はダーウィンが推薦している(一つ前の記事はダーウィンによる推薦記事)。
Peabody-Essex Museum … モースがセイラムに帰った後、館長を務めていた。
小藤文次郎
Agriculture in Japan. Koto, Nature (1883) … 小藤文次郎の1883/07/05に公開された、主にリーブシャーの本を紹介した記事。ミュンヘンから投稿された。1883/07/05に発行。
Georg Liebscher … 1880年に8ヶ月だけ日本にお雇外国人として滞在。
Japan’s landwirthschaftliche und allgemeinwirthschaftliche Verhltnisse. Liebscher, Jena (1882) … リーブシャーが出版した「日本農業および一般経済事情」
関谷清景 … 世界初の地震学教授。
New System of Earthquake Observations in Japan. Sekiya, Nature (1886) … December 28, 1885 の地震を新しい計測システムにより計測した論文。関谷の所属はThe Imperial University of Tokioなので日本から投稿されたと思われる。1886/04/29に発行。
伊藤篤太郎 … 初めて植物に学名を与えた日本人。当時の東大教授、矢田部亮吉との間で破門草事件を起こし、表舞台からは遠ざかってしまう。本草学者の伊藤圭介の孫。
伊藤篤太郎―初めて植物に学名を与えた日本人 … 伊藤篤太郎の妹のお孫さんが書いた伊藤篤太郎、および伊藤家に関する本。
伊藤圭介 … 本草学者。孫には後継として非常に期待していたことがわかる。
トガクシソウ … 別名破門草。
牧野富太郎自叙伝 … 破門草事件についての記述あり。
Tabasheer. Ito, Nature (1887) … Dyerが投稿したインドのTabasheerに対して、中国と日本のTabasheerについて記述した論文。1887/02/24に発行。
竹みそ、田竹黄、竹シリカ … アリババで見つけることができる竹みそ(田竹黄)について。
Tabasheer … 竹を切ったところにできる物質。水、ケイ素、少量のポタシウム(カリウム)と石灰。
Tabasheer. Dyer, Nature (1887) … 篤太郎より前に投稿されているTabasheerの記事。
南方熊楠 … 知の巨人。
The Constellations of the Far East. Minakata, Nature (1893) … 極東の星座の記事。1893/10/05に発行。
The Grouping of Stars into Constellations. M.A. B, Nature (1893) … 極東の星座を投稿するきっかけになった論文。
極東の星座の解説記事 … 松居竜五先生による極東の星座解説記事。
三嶋暦師の館
天地明察
改暦弁
猫楠
最初に海外学術雑誌に発表した日本人は誰なのか … 慶應義塾大学上田修一先生による解説。この記事によって、杉浦、小藤、関谷の三名の論文を発見することができました。ありがとうございます。

Editorial notes

モースが小シーボルトから貝塚の発掘権利を奪うためにNature(1877)に投稿した記事のこと忘れてました、てへぺろ。今度モース回やることがあったらちゃんとまとめます。(tadasu)
“nature calls me”は「トイレに行きたい」という意味らしいのですが、「ねーちゃん氷水」って言えば空耳でネイティブに通じるって昔テレビでやってました。(coela)

43. Shoot the invaders

Sun, 09 Feb 2020 22:11:00 +0900

新型コロナウィルスに関連する論文の盛り上がり、生物学を支えるデータベースの信頼性、無限の可能性があるキーボード、早食いの攻略について話しました。

Show notes

Uncanny similarity of unique inserts in the 2019-nCoV spike protein to HIV-1 gp120 and Gag…解析方法におおくの疑義が短時間で投げかけられ、収録の翌日、この論文はbioRxiv上で撤回された。元のリンクから100件近いコメントが見れる。https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2020.01.30.927871v1#disqus_thread
自作TRRSケーブルキット…遊舎工房さんの店舗で購入
無限の可能性
How We Type: Movement Strategies and Performance in Everyday Typing…ホームポジションをDにしている人は結構いるらしい。
アームレイカー … ガンダムの一部の作品で登場する操縦方法。球型のデバイスに手を置く形でMSを操縦する。
MAX鈴木とは…梅原さん、MAX鈴木さん、こくじんさんの鼎談
ビースト、ビビってる模様です…梅原さんの「人間がこれより早く寿司食うとかあんの？」という煽りに対してのツイート
梅原選手、早食いトレモ
2019 Nathan’s Hot Dog Eating Contest by MAX鈴木さん
MAX鈴木さんの寿司大食い、かっぱ寿司

Editorial notes

ウィルスの話からデータの再現性などの話ができてよかったです(soh)
寿司食べたくなってきた (tadasu)
あんま関係無いんですけど最近新しいアケコン(ファイティングエッジ刃)買いました(coela)

42. Zetto

Wed, 05 Feb 2020 22:50:00 +0900

システム漫才、フードファイトの攻略、今期のアニメと映画、作家の思考について話しました。

Show notes

ミルクボーイ … M-1 2019覇者、ミルクボーイの公式YouTubeチャンネル。おすすめはSasuke、デカビタ、滋賀、あやとり、湯葉
PCRの歌 … すみません収録時にメーカーを間違えて発言していました。
PCRの歌の歌詞
梅原大吾・MAX鈴木 … MAX鈴木とは。梅原さんとMAX鈴木さん(+こく兄さん)の対談。途中、大食いの攻略についてのコメントあり。
ネイサンズホットドッグ …. ネイサンズホットドッグの早食い選手権。アメリカの独立記念日に毎年行われる。速さと量が必要となる。
Usain Bolt is No Takeru Kobayashi … 小林尊がなぜすごいのかという評論。
Disney+
砂漠は生きている
Zillow … アメリカの不動産サイト。価格の推移などが見られる。
Zestimate/Zestimationとは
ロトスコープ
パラサイト
映像研には手を出すな！
鬼滅の刃
ランウェイで笑って
Gのレコンギスタ
閃光のハサウェイ
シン・ウルトラマン
ウルトラマンの謎トレーラー … ヌルヌルウルトラマンの謎トレーラー　最後の7.7とは？
ウルトラの星 … ウルトラマンティガの第49話。過去にタイムスリップし、初代マンらしきウルトラマンと共闘する。
成田亨 … ウルトラマンや怪獣をデザインしたデザイナー
円城塔+大森望+東浩紀 … ゲンロンにおける鼎談
森博嗣
作家になるためには
小説家という職業
やりがいのある仕事という幻想
Hayao Miyazaki’s Airships … 宮崎駿の飛行機のシーンを集めて解説した動画
湾岸ミッドナイト
零戦　その誕生と栄光の記録 … 零戦の設計者、堀越二郎さんによる零戦設計日誌。問題が何でそれをどのようにして解決したかなど、見どころ満載。
自作飛行機の大会

Editorial notes

ぼけてて話したことの記憶がありません…(soh)
初代ウルトラマン全話、Amazonで購入しました。(tadasu)
バイオ関連の面白動画についていつか取りあげたい。(coela)

41. Single is not bad

Tue, 21 Jan 2020 22:50:00 +0900

出芽酵母の染色体をゲノム工学の技術によって1本に連結させた論文とその周辺について話しました。

Show notes

Creating a functional single- chromosome yeast … n=16の染色体を持つ出芽酵母において、テロメアとセントロメアを除きながら染色体同士を結合させ、最終的に大きな1つの染色体にした論文。
A single circular chromosome yeast … 1本にした論文において、さらにテロメアを除いて結合させることにより巨大な環状染色体にした論文。
FISH analysis of the telomere sequences of bulldog ants (Myrmecia: Formicidae) … 当時遺伝研で研究されていた今井先生がFISHによって調べたキバハリアリの染色体研究。2n=2-84と大きな幅を持っていることがわかる。2n=4が祖先型なのではないかとの推測。
Chromosome engineering allows the efficient isolation of vertebrate neocentromeres … 現阪大、当時遺伝研の深川先生らが行ったネオセントロメアに関する研究の論文。
Gametogenesis in a male Indian muntjac x Chinese muntjac hybrid … 2n=6のIndian Muntjacと2n=46のChinese Muntjacが、Shanghai Western Suburb Zooで自然交配した結果、生まれた子供の睾丸における減数分裂の状態を調べた論文。
Transvection … Fukaya先生によるTransvectionに関する最新のレビュー。
Recombination, Pairing, and Synapsis of Homologs during Meiosis … Denise ZicklerとNancy Klecknerによる減数分裂期の染色体に関するレビュー。Fig2において本エピソードでも話したCrossover (CO) interferenceの説明、Fig4においてRabl構造や染色体interlockについての解説がある。
Recombination Proteins Mediate Meiotic Spatial Chromosome Organization and Pairing … Denise ZicklerらによるSordariaの減数分裂期におけるinterlockとその解消に関する論文。
Interference-mediated synaptonemal complex formation with embedded crossover designation … 染色体上におけるcrossover間の距離データを集めることで考えられたcrossover interferenceに対するbeam-film (BF) modelに関する論文。
Unleashing meiotic crossovers in hybrid plants … crossoverの数が一つの染色体上で1-3個しかできない原因に関係する遺伝子を植物で探索した論文。
隠蔽種(cryptic species)

Editorial notes

今年もどうぞ宜しくお願いします。染色体にうるさいpodcastです。(soh)
でかい怪獣がいる世界では分子生物学の予算いっぱい付きそう。(coela)
ちょっとやりすぎました (tadasu)

40. Empty Dumpty

Tue, 31 Dec 2019 11:10:00 +0900

2019年よかった本とマンガ、映画やドラマについて紹介し、2020年の展望について3人で話しました。

Show notes

RTA … Real Time Attack. 同一ゲームの攻略速度を競う。
GDQ (Games Done Quick) … RTAを行う大きなイベント
Pokémon Red race in 1:54:28 - SGDQ 2016…ポケモン赤バージョンのバグなしタイムアタック。ニドキング無双が見られる。KEIZARON選手の魅せプレイがすごい。
Donkey Kong Country 2 by V0oid in 1:32:51 - Awesome Games Done Quick 2016 … ドンキーコング2の102%最速攻略を目指す。
Kirby Super Star in 1:18:17 - Awesome Games Done Quick 2017…星のカービィスーパーデラックス最速レース。
The Legend of Zelda: Majora’s Mask by MajinPhil…ゼルダの伝説ムジュラの仮面のRTA。日本語版がプレイされている。
(1080p)1992年の東京の日常風景…1992年の東京。泣ける。
Japan 1940’s in HD…” このフィルムは、ハンフリー・ボガートが主演した映画「東京ジョー」のために撮影されました。1948年冬の東京が記録されています。 “ (YouTubeのコメントより引用)
1991 新宿散策散歩 Shinjuku Walkabout 910410…1991年新宿。この動画をあげている Lyle Hiroshi Saxonの動画はおもしろい。
1991 新宿東口と西口の散策散歩 Shinjuku Lunchtime Walkabout East and West 910523
1992 日曜日の池袋散策散歩など Sunday Ikebukuro Walkabout 921025
1991 夜の秋葉原と新自動改札口 Akihabara at Night 910105
1991年4月21日日曜日　秋葉原へ
1991年頃？の高松駅前でのバス…コトデンバスのデザインが古すぎて泣ける。
いつかの高松
勝つために戦え！〈監督ゼッキョー篇〉…押井守監督が映画監督の勝利条件とは何か？を定義し、古今東西の映画監督を評価する。
怪獣生物学入門 (インターナショナル新書)…理研倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。
空の思想史　原始仏教から日本近代へ (講談社学術文庫)
松岡正剛の千夜千冊(空の思想史)
石つぶて…外務省機密費流用事件を題材にしたドラマ。sohのおすすめ。
MERU…人類で初めてメルー峰の登頂に成功した登山家たちのドキュメンタリ映画。6,000m級の直立に切り立った崖のようなメルー峰に挑んだその映像が凄まじい。sohのおすすめ。[Amazon Video]
王子様のくすり図鑑
DNA Structure and Classic experiments, excerpt 1, MIT 7.01SC Fundamentals of Biology…Eric Lander先生による授業
YouTuberから学ぶデータサイエンスまとめ。海外チャンネル多め。…白金鉱業.FMにもでてらしたHyperionさんの記事。これの生物版をやりたい！
アオイホノオ…炎尾燃 ~ タマキ論
銀河の死なない子供たちへ
スペクトラルウィザード
エルフを狩る者たち
水曜どうでしょうとガメラ2
researchat_fm in Twitch…Twitchで配信しながら収録しました。コメントいただいた方、リアルタイムで視聴してくださった方、ありがとうございました。
2019年 Researchat.fm で紹介した関連論文まとめ…今年紹介したたくさんの論文をブログにまとめました。ぜひなにかの参考に。

Editorial notes

2019年、ありがとうございました。60本を超える論文を紹介できるとは思ってもいませんでした。(soh)
煩悩の数を数えろ (tadasu)
DDDは懇親のネタだったのですが…。来年も楽しく収録できたらなと思います！(coela)

39. Podcast Year

Mon, 30 Dec 2019 15:58:00 +0900

2019年の収録したエピソードを振り返りつつ、今年3人が買ってよかったものについて話しました。

Show notes

2019年買ってよかったものまとめ (researchat.fm)
Optical Pooled Screens in Human Cells. Feldman et al Cell (2019)…CRISPR-Cas9による遺伝学スクリーニングの結果を光学系イメージング (In situ sequencing)により細胞に与えられた摂動と破壊された遺伝子の情報を読み出す技術。
Yeti Blue…Researchat.fmで3人とも使っている性能のよいUSBマイク。様々な指向性の切り替えなども簡単。
iPad Pro…coelaアンドsoh絶賛のiPadProとApple Pencil。
自作キーボードについて…エピソード10では、自作キーボードの魅力についてcoelaが話しました。
白金鉱業.FM
GTMカイゼリン…coelaが今年最後に買った実質タダのフィギュア。
33. Rising…ep33でもアツくカイゼリンについてcoelaが話しております。
THREE CUP CLASSIC CHEMEX®…sohにそそのかされてtadasuも購入したケメックスのコーヒーサーバー。長い歴史があり、綺麗なフォルム、おすすめです。
【特集｜美味しいコーヒー】OYATSUYA SUNに教わる、美味しいコーヒー（その2）『ケメックスで淹れる』
ハリオコーヒーケトル 0.8LHARIO V60 温度調整付きパワーケトル…温度調整が1度単位でできるハリオのコーヒーケトル。sohのおすすめです。
セラミックコーヒーミル・スケルトン…sohとtadasuも愛用するハリオの手挽きのミル。
ジョージ・フォアマン (メリカで食べようずかしめし)…tadasuおすすめの電動グリル。なんでも焼ける。
PrimeSTAR® GXL DNA Polymerase (Takara)…よく増える、10kb以上でも増える、tadasuとsohも超オススメのDNAポリメラーゼ。一家に一台は必須ですね。
耐熱性のPCR用DNAポリメラーゼについて…ep24でもDNAポリメラーゼについて紹介しました。
Turbo Competent E. coli (NEB)…sohがおすすめの成長が爆速の大腸菌の株。朝、形質転換すると夕方にはコロニーが生えてきて捗ります。

Editorial notes

俺たちの2019年はまだ終わらないッ (soh)
初めてのTwitch配信も行いましたが無事うまくいけてよかったです。Turbo!!!(tadasu)
配信・買ってよかったもの紹介など、やりたかったことが2019年内にできて良かったです！(coela)

38. Respect Doesn't Make History

Sun, 29 Dec 2019 11:39:00 +0900

dessanをゲストに迎え、小島秀夫監督、異世界分子生物学会、零號琴、奇書、研究者の固有性と作家性について話しました。

Show notes

小島秀夫
DEATH STRANDING
勝つために戦え！…押井守監督の勝負哲学が収められた一冊。研究者も共感する部分が多いと思います。
異世界分子生物学会
飛浩隆
零號琴
J.J. Abrams
Ship of Theseus…J.J. Abrams監修の奇書
Memories(ギー・ドゥボール)…“紙やすりの表紙で装丁されており、隣り合わせになった他の書籍を破壊するようにできている。”(Wikipedia, ギー・ドゥボールのページより引用)
生者と死者―酩探偵ヨギガンジーの透視術(泡坂妻夫)…“はじめに袋とじのまま、短編小説の「消える短編小説」をお読みください。そのあと各ページを切り開くと、驚くべきことが起こります―。そして謎の超能力者と怪しい奇術師、次次にトリックを見破るヨギガンジーが入り乱れる長編ミステリー「生者と死者」が姿を現すのです。史上初、前代未聞驚愕の仕掛け本。”
自生の夢
小川哲 (おがわさとし)
嘘と正典
分子生物学の基本原理「セントラルドグマ」の理論的導出に成功
Respect Doesn’t Make History…Netflix版ウィッチャーの第２話で吟遊詩人ヤスキエルが発する名言。

Editorial notes

初めて参加させて頂きましたが、楽しく議論が出来た気がします。(dessan)
ヒリヒリした回でした。研究に名前を載せるかという話では、責任の所在のために名前を書くという点もちゃんと議論するべきでした。(tadasu)

37. Biological Enigma

Sun, 29 Dec 2019 11:27:00 +0900

dessanをゲストに迎え、分子細胞生物学の入門知識について話しました。

Show notes

ロバート・フック
Micrographia
アント二・ファン・レーウェンフック
レーウェンフックとフェルメール
細胞説
自然発生説
前成説
後成説(エピジェネシス)
真核生物
原核生物
エピジェネティクス
DNA
RNA
タンパク質
遺伝子
ゲノム
染色体
体細胞分裂
凝集した染色体が娘細胞に分配される … 真核生物においては、DNAを二個の娘細胞に分配するために染色体とよばれる凝集した構造が現れる。姉妹染色体が娘細胞に均等に分配される。本当にこの現象は美しく生命的神秘にあふれている。最後には核の形成と染色体の脱凝集の様子が映されている。どのように姉妹染色体が絡まらずに別れることができるのか、凝集と脱凝集はどのように起こるのかといったような基本的な問題も、関与する遺伝子の理解は進んでいるものの、実際のメカニズムに関しては大きな問いとして残されている。
ウニの発生 … ウニの受精卵が卵割していく様子を撮影した動画。
ゼブラフィッシュの発生 … 受精卵は細胞分裂を通して複雑な構造を形成していく。
減数分裂
セントラルドグマ
コドン
フレームシフト
変異
イザベルスチュワートガードナー美術館
合奏(フェルメール)
まいばいお10 DNA to Protein① … まいんさんの力作。DNAの発見からセントラルドグマまで、非常にまとまっているので是非よんでいただきたい。

Editorial notes

わかりやすさと面白さ、正確さを両立させるのは難しいですね……(dessan)
がんばって説明したのですがやはり説明するのはむずかしい… (tadasu)

36. DNA-of-things

Tue, 24 Dec 2019 08:47:00 +0900

DNAをシリカビーズに封入し、3Dプリント可能な材料に混ぜることで、DNA入り3DオブジェクトをプリントするDNA-of-things (DoT)の技術と、DNA Storageと噴水符号化の技術について紹介しました。

Show notes

A DNA-of-things storage architecture to create materials with embedded memory. Koch et al., Nature Biotech (2019) … DNA-of-thingsのオリジナル論文。スタンフォードバニーちゃんの情報をDNAとして記録し、シリカビーズに入れて3Dプリンティング可能な材料に混ぜ込み、3Dオブジェクトを3Dプリンタによって作成するDNA-of-thingsの開発を行った。情報が劣化することなく、読み出しも問題なく行えた。DNAに情報を書き込む技術としてはDNA Fountain法を用いている。
DNA Fountain enables a robust and efficient storage architecture. Erlich and Zielinski, Science (2017)… 噴水符号(Fountain Code)の技術をDNA Storageに応用した論文。DNA Storageのシャノン限界の見積もりや、過去のDNA Storage論文の比較を行っている。215Petabyte/gramで情報を埋め込むことができると推定している。
DNA Fountain enables a robust and efficient storage architecture. Erlich and Zielinski, Biorixv (2016) … Biorxivに投稿されているバージョン。誰でもアクセス可能。
シフト演算を利用した噴水符号 … 山口大学野崎先生による噴水符号に関する日本語説明記事
WikipeDNA (researchat.fm ep18)
Expansion Microscopy. Chen et al., Science (2015) … Ed Boydenらの技術。細胞に、膨らませることが可能なポリマーを染み込ませて膨らませることでこれまで観察不可能だった小さな構造が観察可能になった。超解像イメージングとは異なるアイデアから生まれた技術。
Hachimoji DNA and RNA: A genetic system with eight building blocks. Hoshika et al., Science (2019) … 新しい人工塩基をつくることにより、4種類から8種類に拡張した論文。PCRしたり、DNA->RNAしたりすることが可能。

Editorial notes

メリークリスマス！！フィギュアに紫外線やX線当てまくるアートが流行る！！(coela)
たまきさんも論文を読んだみたいでよかった (soh)
DNAを全てのオブジェクトに練りこんで、みんなハッピー！！！(tadasu)

35. Get amplified after death

Mon, 23 Dec 2019 17:10:00 +0900

RNAポリメラーゼを固定したES細胞や組織切片上で作用させ、DNAバーコードを位置情報と共に読み出すZombieという技術を紹介しました。

Show notes

俺の通勤電車にCellを読んでる女子が乗ってくるんだが (カクヨム)
In situ readout of DNA barcodes and single base edits facilitated by in vitro transcription, Askary et al., Nature Biotechnol 2019…今回、Sohが紹介した論文。Elowitz labより。
Zombieは、‘Zombie is Optical Measurement of Barcodes by In situ Expression’…の略。上手く言いましたね。
Synthetic recording and in situ readout of lineage information in single cells, Frieda et al., Nature 2017.…一分子mRNAイメージングとゲノム編集を組み合わせた細胞系譜の追跡技術MOEIRを開発したのもElowitz labであり、こちらの論文はPubmedから無料で読めます。
One-shot beautiful experiment. Researchat.fm…Ep09では細胞系譜の追跡技術、イメージングについて話しました。
Evolutionary selected life. Researchat.fm…今回の論文でも使われているABE (Adenine Base Editor)はA-to-Gの一塩基編集を行うゲノム編集技術の一つ。この技術開発の裏側については、ep22で話しました。
沈まぬ太陽 (Netflix)…言わずと知れた山崎豊子原作の名作ドラマ。全20話で少し長いですが、年末にぜひ一気見してください。
Researchat.fmお便りフォーム…感想やご意見などのお便りは一同、引き続きお待ちしております。

Editorial notes

細胞を固定してしまえばin situで高効率な反応が起こせる、という大胆な発想の転換こそがこの論文の全て（Soh）
ゾンビとブードゥー教、小泉八雲、バイオハザードあたりの話をいつかしたい (tadasu)
あとゾンビ映画詳しい人に話を伺いたいですね。(coela)

34. Community Battle

Thu, 12 Dec 2019 21:39:28 +0900

鉄拳 TWT Finals 2019の結果とコミュニティーの重要性について話しました。

Show notes

Tekken World Tour 2019
TWT2019の主要大会結果一覧(格ゲーチェッカー) … 格ゲーチェッカーさんがまとめたTWT2019の結果一覧。パキスタンの国旗が目立つが、様々な国旗が現れているのがわかる。
TWTのスケジュール … 今年からDojoというコミュニティー主体の大会が追加された。
朝日新聞乗京記者によるパキスタン鉄拳事情に関する記事 … EVO Japan 2019を制したArslan Ashを取り巻くパキスタン鉄拳事情についての取材記事。とりあえず内容が濃い。
Arslan Ash … パキスタンから突如現れたニュースター。今年の鉄拳界の主役であることは間違いない。現在Red Bullアスリートとして活躍中。
Awais Honey … ぶっちぎりの強さを誇るパキスタンの豪鬼使い。通称コンボの魔術師。Ash選手を取材した乗京さんの記事でその存在が知られていたが、チクリン選手のパキスタン遠征で10-0の大差をつけて勝利。そのベールを脱いだ。ノビ選手も帰国後の配信で、一番力を出せたら強かったのはAwais Honeyと認めていた。
Bilal … 同じく乗京さんの記事でラホールの強心臓と言われた強豪。TWT2019最終予選で最後の一枠をもぎ取った。
Atif Butt … パキスタンの強豪。TOKYO TEKKEN MASTERS 2019覇者。最終予選の優勝候補筆頭と思われたが後述するEyemusicianの吉光に敗れる。
Heera Malik … パキスタンの強豪。ROXnROLL Tekken Dubai準優勝。最終予選優勝筆頭であったがこちらもEyemusicianの吉光に敗れる。
Qasim Meer … ep3で取り上げたパキスタンの強豪。Ash選手の日本遠征の際、英語チャットでQasim Meer選手について聞いたところ、ボチボチやな、と回答していた。
THE JON … 前評判が高かったパキスタンの強豪。
Farzeen … Ash選手も太鼓判を押すパキスタンの若手強豪。KUROKURO CUP in Pakistanの覇者。これからの活躍が期待される。
Knee … 鉄拳の現役プレイヤーの中で最強の一人と思われている韓国のプレイヤー。そのストイックさはすさまじい。EVO2019はArslan Ashに敗れて2位。その雪辱を果たした。
ノビ … 日本初の鉄拳プロプレイヤー。EVO2015覇者。Awais Honeyの豪鬼を倒すために凄まじい執念を燃やしてTWT Finals 2019に参加。
TWT Finals 2019 grand finals
TWT Finals 2019 top8
チクリン … 長崎を拠点に活動する鉄拳プロプレイヤー。Ashと戦うために長崎から大阪に急遽駆けつけたり、パキスタンに遠征したりと、その鉄拳熱の高さが実りTWT Finals 2019優勝。おめでとうございます！
TWT Finals 2019前のノビ選手とチクリン選手のインタビュー … 気持ちの高ぶりが見て取れる。
Ulsan … 韓国の若手強豪。韓国のKneeを破り決勝へ進出。TWT Finals 2019準優勝。
Eyemusician … 韓国の吉光使い。クルクル回転しながら回復しながら間合いとタイミングを作るその独特のプレイスタイルは観客を魅了する。最終予選4位。パキスタンの強豪を次々と沈めた。最終予選で一番目立った一人。パキスタン勢のレアキャラ対策問題は、実はAsh選手の日本遠征時に用心BΩY選手との対戦(ギガース)で吐露していた。
Eyemusician vs Atif Butt(TWT2019最終予選)
Eyemusician vs Heera(TWT2019最終予選)
Eyemusician動画(Rev Major 2019)
Ash組手 … 黒黒さんが主催したAsh組手。Ash選手が日本にくるまでのトラブルが重なりとてつもないことになったが最終的になんとか実現した。tadasu名義で一口応援させていただきました。本当に楽しく最高の思い出になった。Ash選手の無敵さが発揮された遠征であった。
チクリン選手のパキスタン遠征 … 黒黒さんがクラウドファンディングを企画し実現したチクリン選手のパキスタン遠征。パキスタンの鉄拳猛者たちが明るみに現れた。最終日に行われたKUROKURO CUP in Pakistanでは16歳のFarzeen選手が優勝。Researchat.fmも一口応援させていただきました！パキスタン勢や海外勢と英語チャットできたのが楽しかった。
KUROKUROCUP in Pakistan … 黒黒さんが主催したパキスタンの大会。右下にresearchat.fmのロゴが出ます！
パキスタン鉄拳勢鬼まとめ … 格ゲー情報通といえば白水氏であり、動画勢は誰しもが白水氏の情報をこれでもかというぐらい吸い上げている。その情報量は全格ゲー動画勢の憧れである。その白水氏が徹底的に調べ上げたパキスタン格ゲー事情。必読。
Collision 2019 … ペルーで行われた大会。地元のAbel del Maestroが優勝。野試合で韓国の強豪Qudansがペループレイヤーに10-0で負けたことが話題になった。
Qudansがペルーの猛者に10-0で敗れる
吉光が仁に自分の体力を与える … Collision 2019で地元ペルーのCHAOZ選手がタイの強豪Book選手に対して放った行動。今年No.1の魅せプレイ。自分をレイジ状態に持っていくために行った？
Researchat.fm episode 3 … researchat.fmのep3においてArslan Ashの衝撃について話しました。
図書館の大魔術師

Editorial notes

チクリンさんおめでとうございます！来年以降どうなっていくか楽しみ (tadasu)
鉄拳は完全に動画勢なのですが今年は激動の年でしたね！チクリン選手優勝おめでとうございます！カプコンカップも楽しみです。(coela)

33. Rising

Wed, 11 Dec 2019 22:05:00 +0900

最近新作映画が公開されたガンダムと新刊が発売されたファイブスター物語について話しました。

Show notes

ガンダム
エヴァンゲリオン
ガンダムGのレコンギスタ
キュベレイ(Wikipedia)
ファンネル(Wikipedia)
ファイブスター物語(Wikipedia)
ファイブスター物語(公式)
ゴティックメード(Wikipedia)
GTMカイゼリン … イージーアッセンブル・スーパークオリティモデル「カイゼリン」は年末発送予定です！
∀ガンダム(Wikipedia) … おヒゲのガンダム。現在ネット用語で良く使われている「黒歴史」の言葉の元ネタでもある。
シド・ミード
カブトムシの角は蛹で突然出現できるのか
近藤滋先生のブログ … めちゃくちゃおもしろい。
Beetle horns evolved from wing serial homologs
遺伝研後藤先生の解説
俺の通勤電車にCellを読んでる女子が乗ってくるんだが … 通称俺Cell。なぜかこのポッドキャストのMCと同名の主人公が出てくる。恋愛小説の中で論文紹介をするというトクロンティヌス先生の意欲作。そのバチバチの論文批評は必読。
ポケモンの主人公の名前がアメリカではAsh Ketchum … Satoshiは通用しないので注意。
なぜSatoshiはAshなのか？ … “どうも、satoshiとローマ字表記したものの中から「a」「s」「h」をそれぞれ抜き出してash=アッシュにしたらしい。”
Satoshi(サトシ)とShigeru(シゲル) … もちろんみんな知ってると思うけどSatoshiはポケモンの生みの親である田尻智から、茂は任天堂の宮本茂から来ている (当時のコロコロ(1996 or 1997)に書いてた)。

Editorial notes

ガンダム勉強しないと… (tadasu)
↑Gレコ観るといいんじゃないですかね！！熱が入ってとっ散らかった話をしてしまった！(coela)

32. Want to go somewhere far away

Wed, 27 Nov 2019 14:03:28 +0900

訪れたことのある国々、行ってみたい国や場所、旅行の楽しさ、最近観たNetflix番組について話しました。

Show notes

アーサー王
アーサー王の墓 (アヴァロン)
Fate/Grand Order…アーサー・ペンドラゴン（プロトタイプ）が来てくれました。
メイン州のウニ工場
ガラパゴス諸島ツアーキト-ガラパゴス
ダーウィン種の起源
クノッソスの迷宮
クレタ島
クレタ島にある生物研究所
モーターサイクルダイアリーズ…チェ・ゲバラが南米をバイクで旅をした名映画。[Amazon Video]
大英博物館
テート・モダン…ロンドンにある近代美術館。
旅する木星野道夫…sohとtadasuおすすめのエッセイ。オーロラを見たくなる。
星野道夫
Final Fantasy XV…ファイナルファンタジーシリーズナンバリングタイトルの最新作。野郎4人で車で旅して世界を救う話。
Unnatural selection (Netflix)
仮面ライダーアマゾンズ (Amazon Prime Video)
愛なき森で叫べ (Netflix)
冷たい熱帯魚 (Netflix)

Editorial notes

インドア派ではなく、ただの出不精 (tadasu)
こんな生活をしていては行ったことのない国ばかりで一生を終えてしまう、という問題を改めて考えた。旅行に行こう。人生はとても短い。 (soh)
この後テート・モダンに行きました！すごい良かったです。(coela)

31. Editing the unedited

Fri, 08 Nov 2019 23:59:00 +0900

CRISPR-Cas9を用いた全く新しいゲノム編集技術Prime editing (PE)についての原著論文を紹介しました。

Show notes

Search-and-replace genome editing without double-strand breaks or donor DNA. Anzalone et al., 2019, Nature…今回とりあげたPrime editing論文の原稿。
Functional Genetic Variants Revealed by Massively Parallel Precise Genome Editing. Shalon et al., 2018, Cell…In vivoでgRNAにコードさせたrepiar templateを逆転写反応後に相同組換えで導入する、というアイディアはこの論文が初出。この論文ではバクテリア由来のretronとよばれる配列を利用した。
26. Cool tech googlability…ep26では一塩基RNA編集を解説しました。
22. Evolutionary selected life…ep22ではdeaminaseを用いた一塩基ゲノム編集について最新論文を紹介しました。

Editorial notes

論文を読み進めるにつれ、細胞の中で起こるDNA修復、組み換え、複製機構を知り尽くした上でそのシステムをハックする、というエンジニアリングに大きな感銘を受けた。(soh)
書き込みたい情報をRNAに入れてそれをDNAに埋め込むPrime editingの衝撃たるや。細胞システムのハッキングの方法が美しくすばらしい。これからの稼働効率は日々改善されていくだろう。なぜか3人の音源を2人の音源として編集しました。(tadasu)
実はこの収録3人でやっていたのですが、僕の音源が飛んでしまったために編集で2人で話してるみたいになっているのです！申し訳ありません…。sohも書いてますがprime editingは様々な細胞内現象を熟知して作られている感がヤバイですね、勉強になりました。(coela)

30. Battle Aura

Sat, 02 Nov 2019 02:00:00 +0900

漫画やゲームに登場する武器の元ネタ、現実に存在する変わった武器について話しました。

Show notes

Unreal Engine…ゲームの製作エンジン。ストリートファイターV、フォートナイトなど多くのゲームがこのエンジンで作られている。
Unreal Engineを採用したゲームソフト一覧
Quartz Composer…Macの開発環境として提供されているでビジュアルプログラミング言語。
ソウルキャリバーシリーズ…バンダイナムコ開発の3D格闘ゲーム。様々な武器を持ったキャラクターが特徴。
蛇腹剣…フィクション作品にしばしば登場する、ワイヤーのような紐で繋がっている剣。めっちゃかっこいい。
ガリアンソード…上記蛇腹剣の元祖と思われる。
刀狩りの張…漫画「るろうに剣心」に登場するキャラクター。様々な刀を持っているとの触れ込みだが、実際に作中では2種類ぐらいしか使っていない。
ウルミ…カラリパヤットで使用される武器。鞭のようにしなる刀身を持った剣。
カラリパヤット…インドに古くから存在する武術。
燐火円礫刀…漫画「幽遊白書」に登場する斧の頑丈さと薄刃の切れ味を併せ持つ無双の剣。個人的に飛影vs時雨はベストバウトの一つ。
輪刀… 燐火円礫刀のような形状の武器をこう呼ぶらしい。戦国BASARAの毛利元就、ソウルキャリバーのティラなどがこの形状の武器を使っている。
チャクラム…古代インドで使用された環状の投擲武器。外向きに刃がついている。
ピルム…古代ローマで使用された投槍。
グラディウス…ローマで使われた短めの直剣。脳みそがラスボスのシューティングゲームではない。
スピアスロアー(アストラル)…槍を投げるための道具。てこの原理で飛距離を数倍にする事が可能。
砂漠のカーリマン…漫画「MASTERキートン」の名エピソード。スピアスロアーが登場する。
黒曜石…人類が石器時代から利用している刃物の原材料。切れ味が非常に良い。
マカナ…別名マクアフティル。マヤ文明・アステカ文明で利用された黒曜石を木にはめ込んだ剣。馬の首を落とすほどの切れ味だったとか。槍状のテポストピリーも存在する。
スリング…投石機。投石のための道具。飛距離と威力が飛躍的にアップする。回転させるタイプや棒の先端に石をセットするタイプのものがある。
ダビデ像…言わずと知れたミケランジェロの彫刻。スリングを持っている。
手甲鉤…忍者が使ったとされる金属製の熊手のような爪。穴を掘るのにも使われたとか。
カタール…特徴的な形状をしたインドの武器、と思われがちだが実はジャマダハルと勘違いされている事が多い。これは16世紀の歴史書アーイーネ・アクバリーでの誤植に起因する。
試製拳銃付軍刀…旧日本軍が試作した複合武器。軍刀の柄の部分が拳銃になっている。
銃剣道
マキビシ
ゴンズイ…収録中に「マキビシみたいな魚」と言及されたもの。背びれと胸びれに毒がある。本当にマキビシみたいかは意見が分かれるかもしれない。
ソードブレイカー…相手の剣を奪ったり破壊することを目的に作られた剣。二刀流などで使用された。
ソードブレイカー(漫画)…梅澤春人先生がジャンプで連載していた漫画、全２巻ながら印象的なセリフや地名など、見どころの多い作品。
マインゴーシュ…二刀で戦う際の防御用の短剣。マン・ゴーシュの方がフランス本来の発音に近い。
シュトヘル（漫画）
天竺熱風録（漫画）

参考書籍・サイト

Editorial notes

カラリパヤットについて話すことはもう人生でないだろう。(tadasu)
延々と趣味の話をしてしまった。許されるならまたやりたい。(coela)

29. Born to chat

Fri, 01 Nov 2019 03:20:00 +0900

レガッタ、通し矢、剱岳と修験僧、トランスジャパンアルプスレース、ララムリ、千日回峰行、ツール・ド・空海、科挙と状元、ああ播磨灘について話しました。

Show notes

レガッタ(Wikipedia)
Head of the Charles Regatta…ハーバードとMITの側を流れるチャールズ川で行われるレガッタの対抗戦
ソーシャルネットワーク
ウィンクルボス兄弟(Wikipedia)…ウィンクルボス兄弟はハーバード卒ながら北京オリンピックに出場。彼がレガッタ対抗戦で相手チームがFacebookを使っていたことを知ったことからソーシャルネットワーク(映画)の話は動いていく。
ロドスのレオニダス (Wikipedia)…古代オリンピック最強の選手。マイケルフェルプスが2168年ぶりに記録を塗り替えた。
通し矢 (Wikipedia)…三十三間堂で行われる弓道の大会
コンポジットボウ
コンパウンドボウ
星野勘左衛門
伝運慶作 … 三十三間堂にある伝運慶作の仏像について
仏ゾーン
剱岳（Wikipedia)
力石 (Wikipedia)
2018 Arnold Strongman Classic: Stone Shoulder…現代版力石
How To Lift An Atlas Stone…現代版力石
カリバーン…かのアーサー王が岩から引き抜き王となった選定の剣、ってfateで言ってた。(リンク先はエクスカリバーの項だが記載あり)
聖剣エクスカリバー…聖剣と言えばエクスカリバーというぐらい有名な(？)アーサー王の剣
天の逆鉾…坂本龍馬が抜いたと言われている。
Fateシリーズ…英雄を召喚して戦う人気ゲーム/アニメのシリーズ。有名な物語のアノヒトや過去の偉人が出てきます。
トランスジャパンアルプスレース(TJAR)…2年に一回開催の最強に過酷なレース。Webで生中継あり。
TJAR最強の望月さんのインタビュー
お遍路
ツール・ド・空海 1…お遍路を自転車で回るツール・ド・空海参加者の記録その1
ツール・ド・空海 2…お遍路を自転車で回るツール・ド・空海参加者の記録その2
ララムリ/タラフマラ族(Wikipedia)…メキシコに住む最強のランナー部族。タイヤで作ったサンダルは有名。
Born to Run…ララムリを探しにいく名著。最後のレースは必見。
BORN TO RUNと麻薬の運び屋…ララムリが麻薬組織に使われているのではないかという話。
千日回峰行…天台宗最強の行
一日一生…千日回峰行を二回達成した酒井さんの名著
常行三昧
相応 (Wikipedia)
阿闍梨 (Wikipedia)
科挙 (Wikipedia)
状元 (Wikipedia)…中国における歴代科挙一位
ああ播磨灘

Editorial notes

地元最強は憧れる。ツール・ド・空海があれば出たい。(tadasu)
Researchatのブレーキがどっかいくとこうなるというのが分かりました。(coela)
2人の世界が展開されていますね。今回は出演しておりませんので、リスナーとして楽しみます。(soh)

28. Left is right

Tue, 15 Oct 2019 20:59:00 +0900

三十路がフリック入力を習得するためにがんばった過程とそこから見えきた認知問題（左右盲・文字認識など）、おすすめのNetflixについて話しました。

Show notes

左右盲…色盲といった既存の言葉から派生した言葉で、医学的に定義づけされている病気ではないことに注意。右と左を瞬時に判断できない様子を指す。
フリック入力…ガラケー入力とはことなり中心、左、上、右、下の方向にあ、い、う、え、おの五個の母音が配置されている。「あ」を押しながら左にスワイプすることで「い」が入力される。スマホ時代になりユーザーが爆発的に増えた。
NewtonにおけるHanabiの特許…橋本佳幸さんによるかな入力の特許
おそらく橋本さん本人によるiPhoneフリック入力に対するコメント…正直本人かは不明です。
ニュートンにおけるかな入力…ニュートンにおけるかな入力では「い」は右になっている。これは我々がポッドキャストで指摘した理想の順番に近い。何故、現在のフリック入力は「い」が左なのか。
トグル入力…ガラケー入力のこと。「あ」を5回押すことで「お」が入力される。
増井俊之…我らの先生、増井さん。POBox、Gyazo、Scrapboxなど有名な作品は多数。増井さんのScrapboxでの色々な紹介が好きすぎる。iPhoneにフリック入力を実装した。
増井さんのScrapbox
増井さんがJobsに呼ばれた時の話
増井さんによるペンによるテキスト入力法の記事(1999)
増井さんによるニュートンHanabi評…上記二つの記事を読むに、フリック入力はHanabiが最初というのは少し精彩を欠きました。申し訳ございませんでした。Hanabi以前にT-Cubeというパイメニュー入力が既に存在していました。
T-Cubeの論文
mixiの左右盲コミュニティ…左右盲の様々な問題について話されている。
Inside Bill’s Brain: Decoding Bill Gates, Netflix…Netflixのチームがビル・ゲイツの仕事に密着したドキュメンタリ。Sohおすすめ。

Editorial notes

2010年ごろにあいほんを買って以来、フリック入力しか使っていないのでネイティブを名乗っていきたい (soh)
フリック入力始めました。このメッセージはフリック入力で1分ぐらいかけて書いています。(coela)
フリック入力周りの勉強が不足していました。申し訳ございませんでした。 (tadasu)

27. BURN KNUCKLE!

Mon, 14 Oct 2019 00:38:00 +0900

コジマプロダクションの新作ゲーム DEATH STRANDING、大乱闘スマッシュブラザーズに参戦したテリー・ボガードと格闘ゲームの歴史、地球平面説を題材にしたNetflixのドキュメンタリについて話しました。

Show notes

伊藤穰一氏がMITメディアラボの所長を辞任、資金調達の不正処理で
10x Genomics’ IPO rockets past a $390M raise. FierceBiotech…シングルセル解析のベンチャー、10x Genomicsがついに上場した
Researchat.fmお便りフォーム…お待ちしております！
DEATH STRANDING (デス・ストランディング)…小島秀夫監督の最新作。PS4で11月8日発売！！
Researchat’s Blog…Podcastで話したことをもったいないのでまとめたブログがこちらに。
大乱闘スマッシュブラザーズ SPECIAL…任天堂が発売している大人気対戦型アクションゲーム。
テリー・ボガード…伝説の狼。SNKを代表するキャラクターの一人。このたび大乱闘スマッシュブラザーズへの参戦が発表された。
テリー・ボガード参戦動画…スマッシュブラザーズへテリーの参戦が発表されたときの動画。にくい演出がいっぱいなので必見！！Nintendo Direct 2019.9.5。
格闘ゲーム歴史年表アーケード版（仮）…アーケードの格闘ゲームの年表がまとめられている。
KAKUGE.com…格ゲー用語辞典
格闘ゲーム年表(ニコニコMUGEN Wiki)…格闘ゲームの年表についてまとめられている。MUGENが苦手な人は注意。
空手道(Wikipedia)…データイーストより1984年に発売されたゲーム。世界初のアーケード対戦格闘ゲーム（プレイヤー同士の対戦はできない）。レバーを２本使って操作を行う。続編は史上初の対戦格闘ゲーム「対戦空手道美少女青春編」
アーバンチャンピオン…1984年に任天堂より発売されたファミコン初（そしておそらく家庭用ハード初）の対戦格闘ゲーム。
イー・アル・カンフー(Wikipedia)…1985年にコナミが発売した格闘ゲーム。体力ゲージや連続技が初めて実装された。
ストリートファイター(Wikipedia)…カプコンが1987年に発売した2D対戦格闘ゲーム。ストリートファイターシリーズの第一作目。ボタン（大きな気圧式）を押した強さで弱・中・強攻撃の使い分けができた。
ストリートファイターII(Wikipedia)…1991年にカプコンが発売したアーケード対戦格闘ゲーム。現在の格闘ゲームの基礎を作り、爆発的なヒットを記録した。
餓狼伝説(Wikipedia)…1991年にSNKが発売した対戦格闘ゲーム。以降餓狼シリーズはSNKの看板シリーズの一つとなる。初代餓狼伝説の主人公はテリー・ボガード、アンディ・ボガード、ジョー・ヒガシの三人。
龍虎の拳(Wikipedia)…1992年にSNKが発売した対戦格闘ゲーム。ゲージシステム、超必殺技、乱舞技など画期的なシステムが導入された。あと脱衣K.O。
キング・オブ・ファイターズ(KOF)シリーズ…SNKの格闘ゲーム。SNKを代表するキャラクター達が一堂に会し、チーム戦の勝ち抜き形式で戦う。格闘ゲームにおけるお祭りゲーやクロスオーバー系のゲームの元祖であると思われる。
NEOGEO(Wikipedia)…SNKがかつて販売していたゲーム機。アーケードと家庭で互換性があるのがウリだった。多くの名作ゲームがNEOGEOで稼働していた。
NEOGEO mini…ネオジオのソフトを40本（バージョンにより若干の差異あり）収録！往年の名作がいつでも遊べる！！HDMI接続でテレビに出力可能・アーケードコントローラーも接続可能！！coelaはもちろん買いました。
Behind the Curve, Netflix…Flat earth theoryを信じる人々のNetflixが作成したドキュメンタリー。下らない馬鹿げた人々が唱える説、というありがちな視点ではなく認知のバイアスは誰にでもありうる、というメッセージがとてもよい。
地球平面協会 (Flat Earth Society) (Wikipedia)
Flat Earth Society…公式サイト

Editorial notes

ゲームネタ、まじでわからん! (soh)
Death Strandingも来るし、シェンムーIIIも来る。一体どうなる。(tadasu)
満足するまで喋りました。これから年末にかけて楽しみなゲームがいっぱい発売されますね！(coela)

26. Cool tech googlability

Sat, 05 Oct 2019 10:58:00 +0900

CRISPR-Cas13システムを用いたプログラマブルなRNA編集技術であるREPAIRとRESCUEの原著論文について紹介しました。

Show notes

Misreading Chat CS の論文読んで話をしよう…おすすめComputer science系の論文紹介ポッドキャストです。
RNA修飾とは？
疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割…ADARとRNA編集についてとても詳しくわかりやすい総説記事。
RNA editing with CRISPR-Cas13. Cox et al., 2017 Science…1本目に紹介したADARをdCas13bに融合させA-to-I RNA editingを実現させた。PDFがNCBI Pubmedから無料で読めます。REPAIRv2はoff-target効果がさらに軽減されている。
A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing. OO Abudayyeh et al., 2019 Science…こちらは今年にScienceに掲載された改良版。ADAR2にさらに変異を加えることにより、A-to-IのみならずC-to-U RNA編集が実現され、RESCUEと命名。

Editorial notes

RNA editingによって、off-targetによる編集が起きても最悪の事態が回避できるというのはなるほどと唸りました。ただ、Feng Zhang研のネーミングセンスの悪さはどうにかしていただきたい。検索がめちゃくちゃになる (tadasu)
バリューのある技術をどのように作っていくのか、という観点からもとても勉強になった論文でした (soh)
RNA editingは詳しくないので勉強になった。ここから色んなアプリケーションがつくられていきそうでワクワクする。(coela)

25. Cubic Poop

Tue, 17 Sep 2019 00:00:00 +0900

イグノーベル賞(2019)の授賞式に参加してみての感想と、科学エンターテイメントの重要性について話しました。

Show notes

IgNobel Prize
Improbable Research
Annals of Improbable Research (AIR)
イグ・ノーベル賞とはなんだろう (田口文章)
The 29th First Annual Ig Nobel Prize Ceremony (2019) FULL SHOW
Marc Abrahams
Eric Maskin … ノーベル経済学賞(2007)受賞者
Richard Roberts … ノーベル医学・生理学賞(1993)受賞者
Martin Chalfie … ノーベル化学賞(2008)受賞者 (パンフレットに名前があったものの参加は確認できず)
Jerome Friedman … ノーベル物理学賞(1990)受賞者
Roy Glauber …. ノーベル物理学賞(2005)受賞者
Mikhail(Misha) Lukin … Royのほうきを受け継いだ
IgNobel関係者まとめ
Ms Sweety Poo … 受賞者のスピーチが1分を超えると止めに来る8歳の少女とそのまとめ動画。”Please stop. I’m boared.”
Dr. Jim Bredt(human spotlight)が描いた熱力学の漫画 … 銀色の人力スポットライトおじさん、ことDr. Jim Bretが描いた漫画
Jean Berko Gleason … Welcome, welcomeスピーチとGood-bye, good-byeスピーチを担当している女性。そのお茶目さとは裏腹にすごい研究者である。
2019年イグノーベル賞受賞リストとその参考文献
医学賞:ピッツァが病気や死を予防するかもしれない証拠の収集(ただしピッツァはイタリアで作られ、食べられた場合に限る)
医学教育賞: 整形外科手術を行う外科医をトレーニングするために、クリッカートレーニングと呼ばれる動物トーレニングの方法を利用
生物学賞:磁化された死んだゴキブリは、磁化された生きているゴキブリと比べて振る舞いが違うことの発見
解剖学賞:フランス郵便配達員の陰嚢における温度非対称性を、裸と服を着た場合で測定
化学賞:典型的な5歳児が1日に排出する唾液の全量を推定
工学賞:人間の幼児がオムツを交換するための機械の発明
経済学賞:バクテリアを運ぶためにベストな紙幣の調査
平和賞:痒いところを掻いた時の気持ち良さの計測
心理学賞:ペンをくわえた時に笑顔になり、幸せになることを発見し、そしてそうではないことを発見
物理学賞: どのように、なぜ、ウォンバットはキューブ型のウンチをするかの研究
イグノーベル賞受賞者一覧…今回はここから多く引用させていただきました。話の中で紹介できなくてすいません。
Fellatio by Fruit Bats Prolongs Copulation Time … 2010年イグノーベル賞
Andre Geim … イグノーベル賞(2000)とノーベル賞(2010)の二冠を2019年時点では唯一達成している研究者。その研究もとても独創的。
カエルの磁気浮上 … 強力な磁場を与えることでカエルが空中浮遊する。
グラフェン
黒鉛(グラファイト)
スコッチテープ(セロハンテープ)法 … セロテープをぺりぺりしてグラファイトからグラフェンを分離する。
ヤモリテープ(Gecko tape)…ヤモリが壁に張り付くことができる特性を応用したヤモリてテープの発明について。Fig4に注目。
栄光なき天才たち 2010
伊藤智義
GRAPE

Editorial notes

イグノーベル賞をpodcast枠で狙っていく (soh)
実はイグノーベル賞についてあまり良く知らなかったのですが、科学のコミュニケーションという観点からも非常に面白いイベントだと思った。(coela)
面白いデータを出した全てのポスドクにも乾杯して欲しかった(tadasu)

24. Driving, Surfing, and Sciencing

Sun, 01 Sep 2019 12:42:00 +0900

PCR法の発明者であるKary Mullis博士追悼回。PCRの原理と初期プロトコルやKary Mullisの生涯、爆速DNAポリメラーゼ、DNAを用いたハミルトン経路問題の計算（DNA computing）について話しました。

Show notes

Kary Mullis (Wikipedia)…PCRの発明者。1993年のノーベル化学賞を受賞
Kary Mullis (Web Site)
Kary Mullis: Play! Experiment! Discover!…Kary MullisのTEDプレゼンテーション(2002)。
- 何か知りたいことがあれば、自分で実験し、観察し、記録し、法則性を見つけよ
- アイデアから始めよ、自分で試し、ドンドン改良せよ
- 権威に頼るな (時には必要であるが)
- 自分の行為に正直でなければならない
Sons of Sputnik: Kary Mullis at TEDxOrangeCoast…青春時代、ロケットを作っていた話をKaryが熱心にしている。
Polymerase Chain Reaction: PCR (Wikipedia)…テンプレートDNAから目的領域のDNAを増幅させることができる。分子生物学に必須の基本方法。Denature->Annealing->Extensionのステップを繰り返すことでDNAは指数的に増幅されていく。例えば20回のサイクルではN^20=1,048,576分子に増える。
PCRのトラブルシューティングまとめ
Enzymatic amplification of beta-globin genomic sequences and restriction site analysis for diagnosis of sickle cell anemia…Saiki et al. Science 1985. PCRの最初の論文。現在とプロトコルはほとんど変わっていないが、当時はDNA polymeraseとして、Klenowを用いていたため、温度を上げてDenatureさせた後はKlenowを新しく入れる必要があった (高温になるとKlenowが失活するため)。このため、サイクル反応のたびにどんどん反応容量が増えていき、最終的には140uLのうち、30%ちかくがKlenowになる。
Specific enzymatic amplification of DNA in vitro: the polymerase chain reaction…PCR初期の論文
Specific synthesis of DNA in vitro via a polymerase-catalyzed chain reaction…PCR初期の論文
Primer-directed enzymatic amplification of DNA with a thermostable DNA polymerase…イエローストーン国立公園でとられた好熱細菌であるThermus aquaticusから取られたDNA polymeraseであるTaqを応用したPCRの論文。今のPCRの原型となる。被引用数としてはこの論文が一番PCR関連の中では多い。(2019年現在、被引用数は2万越え)
Thermus aquaticus…イエローストーン国立公園で単離された好熱細菌。DNA polymeraseであるTaqはこの菌から取られた。
5x NEB Phusion Polymerase Buffer…このようにPCRのバッファーだけも売っている。
Thermus thermophilus…伊豆にある峰温泉で取られた好熱細菌。
数兆円の経済効果–PCRの発見…古市泰宏先生によるPCRをめぐる当時の状況とKary Mullisの回顧録。当時の雰囲気を感じ取ることができる。
Cosmological Significance of Time Reversal…Kary Mullisが24歳の時にかいた物理の論文。
KOD DNA Polymerase…国産の耐熱性DNAポリメラーゼ。鹿児島県小宝島の硫気孔から今中先生らにより単離された超好熱始原菌 Thermococcus kodakarensis KOD 1株に由来している。
小宝島…鹿児島の小宝島。一度聖地巡礼で行きたい。
小宝島小・中学校…小宝島には小中学校があり、生徒はいま10人、先生も10人だそうです。鹿児島の本港南埠頭から約12時間で行けるそうです。行ってみたい。のどかな雰囲気が伝わってくる。
超好熱菌由来の新規DNAポリメラーゼの発見とその産業利用…上記のKODの発見などに関する今中先生らによる記事。
峰温泉
PrimeSTAR® Max DNA Polymerase…Takaraの開発した伸長反応が5秒/1kbという驚異的な速度かつ精度を誇るDNAポリメラーゼ。
縁から中心を捉える科学－好熱菌を通して…大島泰郎先生による好熱菌研究のエピソード
Leonard Adleman (Wikipedia)…DNA computingを初めて行ったAdlemanはRSA暗号の提案によって2002年にチューリング賞を受賞している。
Molecular computation of solutions to combinatorial problems. Science 1994…PCRを用いることによって7個の頂点からなるハミルトン経路問題を解くことを示した論文。DNA computingにおける最初の例。PDFが読めますので興味があればぜひ。
グラフ理論 (Wikipedia)
RSA暗号 (Wikipedia)…RSAのAはAdlemanのA。
ハミルトン閉路問題…ハミルトン閉路問題における、閉路の条件を取り除いたものがハミルトン経路問題。
DNA computing (Wikipedia)…未踏の領域。
NP完全問題を解くDNAコンピューター…日本語のDNAコンピューターに関する解説
Solution of a 20-Variable 3-SAT Problem on a DNA Computer. Science 2002…AdlemanによるDNAコンピューター第二弾の論文。
Scaling up molecular pattern recognition with DNA-based winner-take-all neural networks. Nature 2018

Editorial notes

DNAやその基礎反応を利用したコンピューティング技術についてもっと色々と考えていきたいですね (soh)
アイデアを次々と試していきたい (tadasu)

23. Dive into the genome

Wed, 28 Aug 2019 09:00:00 +0900

大谷翔平がボストンにやってきた、架空の人物（ツジモトタロウ、荒川智則、三木・モトユキ・エリクソン等）、メルマガとメーリス、ベトナム旅行記とその魅力、1.5Lを4秒88で飲む男、円城塔とユニコードについて話しました。

Show notes

大谷翔平 (Wikipedia)
フェンウェイパーク (Wikipedia) … アメリカ最古の球場の一つ。ベーブルースがプレイした現存する球場の一つとされている (残りは神宮、甲子園、草薙、リグレーとされているが資料によりバラバラである)。左翼のグリーンモンスターは圧巻。
北米4大スポーツ (Wikipedia) … 野球(MBL), アメリカンフットボール(NFL), バスケットボール(NBA), アイスホッケー(NHL)からなる。
マー君、レッドソックス戦で歴史的炎上
八村塁 (Wikipedia)
渡邊雄太 (Wikipedia
田臥勇太 (Wikipedia)
三浦浩幸 (Wikipedia)
福藤豊 (Wikipedia)
ツジモトタロウ (Wikipedia)…“1974年のNHLドラフトにおいてバッファロー・セイバーズに第11巡指名選手として正式にドラフトされた架空のアイスホッケー選手である。”
二コラブルバギ (Wikipedia)
岡潔 (Wikipedia)
芳賀ゆい (Wikipedia)…伊集院光が伊集院光のオールナイトニッポンでプロデュースした架空のアイドル
電気グルーヴのオールナイトニッポン (Wikipedia)…今、当時の音源を聞いても全く色あせていない。平成新造語などのネタコーナーは極北の一つといっていいだろう。
森達也 (Wikipedia)
FAKE (Amazon)…森達也監督。佐村河内事件を追いかけたドキュメンタリー映画。
A (Amazon)…地下鉄サリン事件後のオウムの様子を施設の内部に潜入して撮影したドキュメンタリー映画。
A2 (Amazon)…Aの2.5年半後に撮影が行われたAの続編。
緑川南京 … twitterで調べてみると今でもコメントがでてきます。緑川なんきょうという読み名が正しいらしい。
多重人格探偵サイコ (Amazon)…かなりグロありなので注意。
大塚英志 (Amazon)
木島日記 (Amazon)
ルーシー・モノストーンの真実 (Amazon)…三木モトユキエリクソンによるルーシー・モノストーン評
Satoshi Nakamoto (Wikipedia)…bitcoinの創始者。
荒川智則…情報統合思念体
phaさん
ギークハウス
cryptographyにおけるSatoshi Nakamotoの投稿
ラポールの形成
10 reasons to visit this secret paradise island…カンボジアの国境近く、フーコック島について。
Sohはモーターバイクに乗ってホーチミンの街をめぐり、飯を食い、ホーチミンの熱気を感じた
Sohが一番気に入ったホーチミンの毛糸のような電線たち。街中の電線がカオスだった。
梅原大吾 (Wikipedia)…日本格ゲー界のレジェンド。
Alex Valle vs Daigo Umehara (1998)…日本のStreet Fighter Zero 3の大会で優勝した梅原選手はアメリカに渡米し、アメリカのチャンピオンAlex Valle選手と戦う。ここから海を越えたゲームコミュニティーの戦いが始まった。途中若かりし頃の有吉がインタビューするのは有名。
Justin Wong (Wikipedia)…アメリカ最強の格ゲーマー
小林尊 (Wikipedia)
ジャアント白田 (Wikipedia)
Moment 37 (背水の逆転劇)…EVO2004の準決勝、Street Fighter III: 3rd strikeにおける梅原大吾 vs Justin Wongの試合でウメハラ選手が見せた大逆転劇。アメリカではEvo Moment 37としてよく知られる。日本では背水の大逆転劇として有名。Justinの春麗が鳳翼扇を繰り出す直前に聞こえる”Let’s go Justin!!!”の掛け声はよくネタにされる。最近別アングルのビデオが発見された。
土門健, 1.5Lを4秒88で飲む男…フードファイトクラブで土門健さんが見せた永久不滅の大記録。1.5Lのスポーツドリンクを4秒88で飲み干した。
1.5Lを4秒以下で飲む男…小林尊さんの証言によると、練習では土門健さんは、1.5Lを4秒以下で飲みきれていたらしい。
円城塔 (Wikipedia)
「文字渦」円城塔 (Amazon)…Sohおすすめ。ぜひハックされた文学の可能性について存分に楽しんでほしいです。
ユニコード (Wikipedia)
方言字 (Wikipedia)…方言と漢字の関係性。地方でしか使われていない漢字の話。
むつごい (香川の方言)
「カオスの紡ぐ夢の中で」金子邦彦 (Amazon)
「読書で離婚を考えた。」円城塔・田辺青蛙 (Amazon)
サンキュータツオ (Wikipedia)
「舟を編む」(Amazon)
熱量と文字数…サンキュータツオさんのポッドキャスト
熱量と文字数: 広辞苑第七版…サンキュータツオさんが広辞苑編纂の裏側を語る。
言海 (Wikipedia)…日本最初の辞書。大槻文彦編纂。
大槻文彦 (Wikipedia)
国語辞典の遊び方 (Amazon)

Editorial notes

ベトナム旅行日記をまとめたいです (soh)
ゲノムの海に揉まれたい (tadasu)

22. Evolutionary selected life

Sun, 18 Aug 2019 20:23:00 +0900

CRISPR-Cas9を用いた一塩基ゲノム編集技術の開発、タンパク質の人工進化、研究開発におけるリスクテイク、フィットネス系のYoutuberについて話しました。

Show notes

Targeted nucleotide editing using hybrid prokaryotic and vertebrate adaptive immune systems. Science 2016…Target-AID法ではヤツメウナギ由来のCDA1を利用し、C-to-T塩基編集技術が実現された。
Programmable editing of a target base in genomic DNA without double-stranded DNA cleavage. Nature 2016…Target-AID法と同時期にDavid LiuらBroad研究所のチームは、ラット由来のAPOBEC1を使用したC-to-T塩基編集技術を報告した。
Programmable base editing of A•T to G•C in genomic DNA without DNA cleavage. Nature 2017…大腸菌のTadAタンパク質を人工的に進化させ、AからGへのDNA塩基編集酵素を作成したオリジナル論文。自然界には存在しないタンパク質を作出することはプロジェクト上、非常に大きなリスクを伴うものであった。
フラスコ内でタンパクが連続的に進化する, PACE法 (Chem-Station)
指向性進化法 Directed Evolution. (Chem-Station)
Increasing the genome-targeting scope and precision of base editing with engineered Cas9-cytidine deaminase fusions. Nature Biotechnology 2017…野生型のrAPOBECに3アミノ酸の変異を導入することにより、2bp程度の非常に狭い範囲のCをTに変換する酵素 BE3-YEEが開発された。
Ep. 10: Alexis Komor & Nicole Gaudelli, base editing’s tenacious duo. GuidePost…BE3とABEをそれぞれ開発した1st authorであるAlexis KomorとNicole Gaudelliが当時の開発の裏側、興奮、論文の受理プロセスなどを生き生きと話しているGuidePostのエピソード。おすすめです。
アジャイルソフトウェア開発 (Wikipedia)
A single CRISPR base editor to induce simultaneous C-to-T and A-to-G mutations. bioRxiv 2019…sohらは2種のdeaminaseを一つのnCas9タンパク質に融合させた新しい一塩基ゲノム編集技術Target-ACEを開発し、C-to-TとA-to-Gの高効率な同時塩基編集を実現、その成果をプレプリントサーバーに公開した。興味がある方はぜひご一読を！
A cytosine deaminase for programmable single-base RNA editing. Science 2019
マッスルグリル: 沼…シャイニー薊さんのチャンネル、マッスルグリルで紹介された減量食「沼」。カーボを摂取するのが特徴。
マッスルグリル: マグマ…減量食第二弾「マグマ」
シャイニー薊という男…リアル刃牙の薊さん、かっこよすぎます！
バルクアカデミー…北村克哉さんのYouTubeチャンネル
北村克哉…レスリング->プロレス->ボディビルという異色の経歴を持つ。

Editorial notes

いつも長く話し過ぎちゃうので今回はコンパクトに、超最新のCRISPR関連のネタを盛り込みました。(soh)
コンパクトでとても勉強になる回だった。沼とマグマで体を作っていきたい。(tadasu)

21. Living in the base-21 world

Mon, 12 Aug 2019 09:00:00 +0900

顕微鏡ワークショップへの参加、技術継承と研究コミュニティーの重要性、研究者の生産性、色が変わる機能性タトゥー、ゴールデンラッキーについて話しました。

Shownotes

2-36進数自動変換…21進数 0123456789ABCDEFGHIJK
Unicodeの拡張…平成などの元号は、unicodeでは一文字の合成文字として表現できるように定義されている。㍻(U+337B)や㍼(U+337C)など。ちなみに令和の元号が新たに制定された今年、unicodeにも合字の令和を追加しようとしたが、すでに㍾の隣が㍿で取られているので、未定義領域のコードポイントU+32FFが令和の合字に追加された。
新元号　令和（れいわ）の文字コードについて
The Unicode Consotiumによる令和の合字アナウンス (Twitter)
キロリットル…UnicodeではU+3398が㎘に割り当てられている。
圧倒的に生産性の高い人（サイエンティスト）の研究スタイル … 安宅和人さんのブログ記事。文章を通して人の人生を変えられるのは本当にすごい。イシューからはじめよの元になっている。これについては追々どこかのエピソードで話す予定です。
イシューからはじめよ (Amazon)
安宅和人
coelaの参加した顕微鏡のワークショップ…ep10でも自作顕微鏡について話した。
共焦点レーザー顕微鏡
Fluorescence Recovery After Photobleaching (FRAP) & Fluorescence Loss In Photobleaching (FLIP)
Fiji…“a “batteries-included” distribution of ImageJ, bundling many plugins which facilitate scientific image analysis.”とあるようにあらかじめ様々な画像解析のアルゴリズムを含んだ画像解析ソフトウェア。
情報通信研究機構は日本標準時 (NICT)…NICRは日本標準時JSTを決めているが、その建物の時計は前後にずれており、NICT時間と呼ばれているらしい。
免疫染色
ブロッキング剤
Point Spread Function (PSF)
Dunning–Kruger effect
Dermal Tattoo Biosensors for Colorimetric Metabolite Detection
Functional tattoos
Golden Lucky (ゴールデンラッキー) … 榎本俊二の傑作ギャグ漫画。完全版の下巻の帯文が「わからないということをわかれ！」(木村祐一さん)でした。
榎本俊二

Editorial notes

ユニコードの世界について語るとき、円城塔「文字渦」は避けて通れないのでいつか紹介したいです (Soh)
久しぶりに、ゴールデンラッキーの狂気に浸りたい。(tadasu)
Podcast中でFDAPとFLIPとFLAP(造語）がごっちゃになって喋っておりました。まだまだ修行が足りません、ごめんなさい。(coela)

20. Seen/unseen Known/unknown

Tue, 06 Aug 2019 14:29:00 +0900

瀬戸内海の島々（直島・女木島・男木島・豊島・犬島)、高松市をめぐる旅とアート、建築の魅力についてたっぷり話しました。

Shownotes

瀬戸内国際芸術祭公式サイト
豊島事件 (豊島・島の学校)
地中美術館公式サイト
ベネッセハウスミュージアム
四国汽船時刻表…瀬戸内芸術祭のための時刻表。
高松市レンタルサイクル… レンタルサイクル。一日100円で借りられる。高松の旅には必須。
直島観光旅サイト直島町観光協会公式
モネの部屋、地中美術館とオランジュリー美術館やまでらくみこのレシピ
安藤忠雄 (Wikipedia) … 建築家。地中美術館、南寺をデザイン。
イサム・ノグチ (Wikipedia)
庵治石
巡回セールス問題 (Wikipedia)
ウォルター・デ・マリア (Wikipedia)
ジェームズ・タレル (Wikipedia)
ローデンクレーター
CoeLux
家プロジェクト
南寺
Kraftwerk: Numbers
護王神社…裏から下に入れます。
栗林公園
イサム・ノグチ庭園美術館…イサム・ノグチを香川につれてきたのも猪熊弦一郎である。ここにも猪熊氏の手腕が光る。イサム・ノグチと丹下健三の関係性については広島平和記念公園のコンペについて調べていただきたい。
丸亀市猪熊弦一郎現代美術館
丹下健三 (Wikipedia)
香川県庁 (Wikipedia)…丹下健三の建築。当時の金子正則知事に猪熊弦一郎が丹下健三を紹介した。(猪熊が仕組み、高松行きの客船で金子と丹下が隣の席になったとどこかで読んだ気がする。)
香川県庁の建築について… この記事に当時の情報が詳しい。上記の猪熊氏、金子氏、丹下氏の情報も詳しい。
瀬戸内のアートディレクターはあの猪熊弦一郎だった！…奇しくも同じ結論にたどり着いた記事を見つけたので掲載しておく。猪熊弦一郎、イサム・ノグチについてはチャンスがあればまたどこかで話したい。
華ひらく…猪熊弦一郎氏によってデザインされた、日本の百貨店初のオリジナル包装紙「華ひらく」。Mitsukoshiの字は当時三越宣伝部の社員だった漫画家、やなせたかしさんによるもの。
金子正則…元香川県知事
丸亀町商店街…丸亀町商店街は全国の商店街復興のシンボルとなっている。
日本一長いアーケード街
男木島
女木島…岡山の桃太郎伝説における鬼ヶ島
女木島の洞窟
男木ラジオ… 男木島のポッドキャスト
男木図書館
会田誠による火葬パフォーマンス…燃やしてたイベントはこのこと。
会田誠と男木島
土人@男木島…手を振ってくれたパフォーマンスはこの土人のことです。
男木小学校の理科室に貼られていた標語: @tarumiさんのtwitterから拝借しました
デビアス…ダイヤモンドの会社
TADANO…クレーンといえばTADANO
総合的な学習の時間
TADANOによるモアイ修復プロジェクト
豊島
豊島美術館
内藤礼
島キッチン
檸檬ホテル
豊島横尾館
心臓音アーカイブ
ストームハウス
マルチ・バスケットボール
犬島
本焼き板…木材の表面を高温で焼くことで炭化させた外装材。防虫・調湿効果がある。岡山でよく見られる。
犬島精錬所美術館
鬼無…香川県高松市鬼無町。1914年に、当時の内閣総理大臣兼外務大臣であった大隈重信が鬼無駅で行った演説「この駅はオニナシかと思えば、キナシと読むそうだ。なかなか面白い地名だと思う。」の全文が読みたい。鬼無駅には桃太郎電鉄の石像あり。
蜘蛛の巣をイメージさせるレースの編み物…世界中の蜘蛛の巣ではなく、蜘蛛の巣を想像させるレースの編み物でした。
犬島と桃太郎伝説…“犬は我が島の住人で船乗りだったのでしょうか。航海術が上手で鬼ケ島の動静監視を行い、「猿」は讃岐国陶村(すえむら)の住人、「雉」は鬼無町雉が谷の住人だといわれています。”
ばらかもん (マンガ)

Editorial notes

瀬戸内の島々を巡る旅行はおすすめです。ちなみに食べたうどんの話は全くできなかったのでそれはまた別の機会に….(soh)
今年中に瀬戸内の島巡りしたい(coela)
猪熊弦一郎が昭和のアートディレクターだった。(tadasu)

19. Neuron Musk

Fri, 26 Jul 2019 12:58:00 +0900

Elon MuskがオーナーをつとめるNeuralinkがbioRxivに発表した論文と発表イベントの内容、Brain Machine Interfaceを含む脳情報関連技術の動向について話しました。

Shownotes

Neuralinkまとめ (Researchat’s Blog) … 今回の情報をブログにまとめました。こちらをご覧ください。
An integrated brain-machine interface platform with thousands of channels (BioRxiv) … Musk and Neuralink, bioRxiv 2019 今回のNeuralinkの発表とともに公開。メイン論文。科学研究論文というよりは企業が公開するホワイトペーパーという形態である。
The “sewing machine” for minimally invasive neural recording … Hanson et al. bioRxiv 2019 2019年の3月にUCSFから発表されていた論文。ラストオーサーのPhilip Sabesは現在NeuralinkのSenior Scientist。今回の発表の根幹を担う技術についてかなり詳しく述べられている。発表時にNeuralinkとの関係は示されていない。
Neuralink Launch Event … Neuralinkの発表。Elon Mask-> Max Hodak-> Matt Mcdougall -> Vanessa Tolosa-> DJ Seo -> Philip Sabes -> 質疑応答 (発表内での順番)
Neuralink
Elon Musk … シリアルアントレプレナー
BMI (Brain Machine Interface:ブレイン・マシン・インタフェース)…他にもBrain Computer Interface(BCI)、Direct Neural Interface、Mind Machine Interface(MMI)などとも呼ばれるケースもある。
情報通信海外技術動向(NICT)…国立研究開発法人情報通信開発機構(NICT)がまとめている各種報告書。
米国における脳情報関連技術に関する研究開発動向…米国におけるBMI関連技術の報告書。国家の取り組みとベンチャー企業Neuralink,FaceBook,Kernelについてまとめられている。
脳関連情報技術の研究開発動向最終報告書…今回は取り上げなかったが、欧州における脳関連技術についてまとめられている。
BMIの市場(Grand View Research)
BMIの市場(Allied Market Research)
State-of-the-art MEMS and microsystem tools for brain research…Microsystems & Nanoengineering誌のレビュー論文。
BrainGate System (Youtube video)
LUKE Arm (Youtube video)
Elon Musk’s formula

Editorial notes

我々は近い将来、脳に刺さったデバイスを通じて意識よりも高速にコミュニケーションする未来が見えた(soh)
欧州の動向についても触れておくべきでした。shownoteにリンク(NITC)を貼っておきました。（coela）
Neuron Muskのファンボーイとして頑張っていきます。(tadasu)

18. WikipeDNA

Sun, 21 Jul 2019 13:07:00 +0900

DNAに大容量のデジタルデータを書き込む技術を開発したベンチャーとその周辺技術、シリコンバレーで巨額の投資を受けたTheranosの一連の顛末を取り上げ、バイオ系ベンチャーにおける技術開発の難しさ、格ゲーの大会の盛り上がり、おすすめの映画とマンガについて話しました。

Show notes

CATALOG…ボストンにあるDNAデータストレージ技術を開発しているベンチャー。
Startup packs all 16GB of Wikipedia onto DNA strands to demonstrate new storage tech…CATALOGは、16GBのwikipediaの全データをDNAに書き込んだと発表した。
Some good news from CATALOG (社内ブログ)…CATALOGの開発チームが最初のPOC実験によって、1kbのデータを初めて書き込むことに成功したときの興奮が伝わってくる。
Random access in large-scale DNA data storage. Nature Biotechnology, 2018…Microsoft社により開発されたDNAストレージ技術。DNAマイクロチップ上に合成された数十万種類のDNAにはデータの他にそのデータブロックを示す番地情報が同時に付与されている。この番地情報に相補的なDNA配列をプライマーとして利用することでPCRによってランダムアクセスを実現した。この手法により、200MB程度の動画データの読み書きがデモされた。
Next-Generation Digital Information Storage in DNA. Science 2012…Sriram KosuriとGeorge Churchらによるoligo chip synthesisを用いた最初のDNAデータストレージ論文。この研究では、PIでありながらもGeorge Churchはベンチに立ち、ピペットを握り実験したんだよと以前SriはSohに話してくれた。ちなみにSriはUCLAでPIとして独立後、Octantという製薬のベンチャーを立ち上げた。
パリティチェック (誤り訂正)…DNAデータストレージの場合は、合成や読み出し時のPCRやシーケンスのエラーなどを考慮し、補正する必要がある。
ランダムアクセス (Wikipedia)
Synthetic recombinase-based state machines in living cells. Science 2016…CATALOGの創業者の一人、Nathaniel RoquetはMITの学生だった頃、Timthy Liu labで合成生物学の研究をしており、DNA組み換え酵素を組み合わせた複雑な遺伝回路を生きた細胞で実装することを成功させた。
史上最大の詐欺スタートアップ「セラノス」のドキュメンタリー、3/18にHBOで公開 (Techcrunch)
世紀の詐欺スタートアップ・セラノスの裁判が2020年夏に開始、最高20年の懲役刑の可能性も (Techcrunch)
Elizabeth Holmes (Wikipedia)
The Inventor (HBO)
Hot Startup Theranos Has Struggled With Its Blood-Test Technology - WSJ
投資コミュニティから世間に富を再配分している（かもしれない）Theranos, On Off and Beyond
Theranosのその後, On Off and Beyond
NABC法…Needs, Approach, Benefits, Competitionで事業構想の評価を行う方法。スタートアップのピッチ作成などに利用されている。
マネー・ショート(映画)…なぜリーマン・ショックのときに4000億円もの莫大な利益を逆に手にすることができたのか？彼らは金融街の他のトレーダーたちと何が違ったのか？とても示唆深い作品。Sohとtadasuはこれを繰り返し見ている。[Amazon Video]
殺人犯の視聴率…SohおすすめのNetflixのドキュメンタリー。
sako
sako選手のtwitter
sako選手のTwitch
Punk (Karin) vs sako (Menat) - CEO 2019 Top 96 - CPT 2019…アメリカで開催された大会CEO 2019でのsako選手の試合。相手は現世界ランキング1位のpunk。
sako(Kage) VS Oil King(Rashid)…以下sako選手のおすすめ動画です。
sakoがアクションRPGでも超絶コンボ！
New Best of sako (SFIV)
Best of sako Menat (SFV)
sako Infinite in Vampire Savior (sakoコンボ)
ヤオチノ乱 (泉仁優一)…coelaおすすめのマンガです。第一話が無料で読めます。[Kindle]

Editorial notes

思いがけずバイオテック系のスタートアップ特集になった。ニッチで特異な技術を持つスタートアップをこれからも注視していきたい (soh)
収録後思いついたんですが、「コールドデータは凍るど」でも良かったかもしれませんね…。sako選手のEVOでの活躍が楽しみです！(coela)
500000bpのDNA情報をDNA storageに書き込む場合に必要な塩基量を述べよ(DNA情報理論後期期末テスト第3問)(tadasu)

17. Ghost in the half-shell

Mon, 15 Jul 2019 18:52:00 +0900

カルビーの新ジャガイモ・ぽろしりの凄さ、個体サイズと染色体数・細胞数の関係性、バオバブバー閉店、世界の武器、象、ゲーム開発や研究における職人技について話しました。

Show notes

ぽろしり…品種改良によって新しく誕生したぽろしりについて
ぽろしりの開発…カルビーにおける馬鈴薯の開発について
倍数体…染色体数の倍数性を持つ個体のこと。2nより大きい3n, 4n, 6n, 8n, 12nなどの染色体数をもつ倍数体のことを多倍体と一般的に呼ぶ
Shifting the limits in wheat research and breeding using a fully annotated reference genome…小麦ゲノムの解読に関するサイエンスの論文
トランスポゾン
動く遺伝因子とトウモロコシ　～深ーい研究の歴史と現在～
POLYPLOIDY IN THE SALAMANDER, EURYCEA BISLINEATA …Fankhauserによるサラマンダーの実験 (1939年)
コモドオオトカゲ
Nucleus-to-cytoplasm ratio
Genome evolution in the allotetraploid frog Xenopus laevis…アフリカツメガエルのゲノム解読に関する論文
Xenopus ruwenzoriensis…ウガンダツメガエル。脅威のdodecaploidy(12n、十二倍体)の染色体を持つ。染色体数の記述としては2n=108。
The fate of duplicated immunity genes in the dodecaploid Xenopus ruwenzoriensis.…貴重な写真付き。ウガンダツメガエル(2n=108)と他のアフリカツメガエルの比較あり。Xenopus tropicalis(二倍体, 2n = 20)とは近い大きさ。Xenopus laevis (異質四倍体, 2n = 36)の方が大きい。ただ、ポッドキャスト内で話したようにおたまじゃくしの大きさを比較した方が、発生生物学的には意味がある(成体はどんどん成長してしまうので)。
異質倍数体… 2種類以上のゲノムで構成されている倍数体。
パラケルスス…鋼の錬金術師の主人公のファミリーネーム「ホーエンハイム」もパラケルススが元ネタだったりします。
クセノフィオフォラ…体長数mmから数十cmの巨大な単細胞の原生動物
バオバブにあるバー…南アフリカ共和国に存在する樹齢6000年のバオバブに作られたバー。通称Pub tree。この記事では樹齢6000年のバオバブにつくられたバーとなっている。
Sunland Baobab: サンランドバオバブ…このバーが存在していたバオバブの木。現在、既に木は大破してしまい、このバーは存在していない。2016年と2017年に大破してしまったらしい。
Age determination of large live trees with inner cavities: radiocarbon dating of Platland tree, a giant African baobab…サンランドバオバブの年齢を放射年代測定によって推定した論文。1060歳+-75歳とされている。
マスターキートン: 砂漠のカーリマン(Amazon)
「砂漠ではスーツがいい」は本当か
トマホーク (Wikipedia)
Harvard Museum of Natural History
Peabody Museum of Archaeology and Ethnology
ハルバード (Wikipedia)
ショーテル (Wikipedia)
DARK SOULS (Wikipedia)
カンナエの戦い(包囲殲滅戦) (Wikipedia)
ハンニバル (Wikipedia)
ヌミディア (Wikipedia)
スキピオ (Wikipedia)
マケドニア (Wikipedia)
カルタゴ (Wikipedia)
ザマの戦い (Wikipedia)
戦象 (Wikipedia)
チャトランガ (Wikipedia)
シャンチー (Wikipedia)
ナーシャ・ジベリ (Wikipedia)… FFシリーズや聖剣伝説に携わった天才プログラマ。ポッドキャスト内ではレストランを経営しているといったが明確なソースはなく、現在の活動は不明。
ナーシャ・ジベリの偉業
FF3の飛空挺
Final Fantasy
トルネコの大冒険 (Wikipedia)
「不思議のダンジョン」の絶妙なゲームバランスは、たった一枚のエクセルから生み出されている！？
Transfer-messenger RNA, tRNA (Wikipedia)
BLAST (Basic Local Alignment Search Tool)…相同なDNA塩基を検索するためのツール。バイオインフォマティクスにとっては最も重要なツールである。
目BLAST…職人芸。研究者の一部には、DNAを配列同士を見比べるだけで相同検索ができる(といわれている都市伝説的な、もしくは見栄を張って自称している)人たちがいる。共感覚との関係性に興味がある。転じて、文章の相同性を目で検索する時にも使われる(レポートのコピペなど)。
RNAの二次構造…RNAやDNAは相補的な塩基同士によって特徴的な二次構造を取る。
Dot-bracket format…RNAの二次構造の表現方法の一つ。podcast中ではちゃんと答えられませんでしたが拡張版のExtended Dot-braketを使えばpseudo-knotなども表現可能です。他にもStockholm formatなど、いろいろあります。
Dot-braket formatの例…大腸菌のAla-tRNAの例。tRNAはわかりやすいので訓練におすすめです。例えば右のような感じ： (((((((..((((........)))).(((((.......))))).....(((((.......))))))))))))....
RNA fold…RNA二次構造の予測ソフトウェアの一つ。Webから利用できる。
SPY×FAMILY

Editorial notes

台本のないゆるふわトークでも案外みんなの引き出しが多くていけるものですな (soh)
エンジニアが投げてくるのはマサカリだった気もしますが、トマホークの方が投げやすそうなのでセーフということで！(coela)
私の体の脂肪は、4倍体になったから大きくなったわけではありません (tadasu)

16. Beyond imaging

Fri, 05 Jul 2019 14:58:11 +0900

DNA microscopy法という分子や細胞の位置を、分子間の近接情報のみから再構成することができる新しい方法論について、原著論文とその周辺技術を中心に詳しく話しました。

Show notes

DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…bioRixv (Open Acess) 論文のPDFが入手できます。
DNA Microscopy論文のFigure 1…PodcastではほぼFigure1の説明に終始しているので、これを見ながら…だと理解の助けになるのかもしれない…
DNA Microscopy: Optics-free Spatio-genetic Imaging by a Stand-Alone Chemical Reaction…Cell Press.
Joshua Weinsteinのセミナー動画 (YouTube)…1st author Joshua Weinsteinが論文には書かれていない背景なども含めてDNA microscopyについてBroad研で発表した動画。
dnamic (GitHub)…DNA microscopyのデータ解析に使われたpythonのコード
In-gel PCR…Four-arm PEG acrylateとHS-PEG-SHというポリエチレングリコール (PEG)をPCR反応液に追加することにより、高温下でも分子の拡散を抑えることができる。この液体の中で、Overlap extension PCRが起き、それぞれのUMIは新しいタグを持ちながら増幅され、近接する2つのUMIを持つ分子同士はUEIを受け取りつつ連結される。
Overlapping extension PCR
Virtual microfluidics for digital quantification and single-cell sequencing. Nature Methods 2016…In-gel PCRの元論文。
In situ cDNA synthesis…固定した細胞に対しても逆転写酵素とプライマーなどを用いてcDNA合成を行うことができる。これを利用することで、細胞内でRNA分子の配列をその場でシーケンシングすることがIn situ RNA sequencing (FISSEQ法)で可能になった。
Fluorescent In Situ Sequencing (FISSEQ)
Illumina sequencing…一塩基ごとに蛍光標識されたdyeを用いた伸長反応により大量のDNA配列を決定する。こちらのYoutubeの動画が原理を知るにはわかりやすい。
A Theory of Network Localization
A remark on global positioning from local distances… Locally rigid embeddingのオリジナル論文。
ブラウン運動…何故、あるUMIを持つDNAが溶液中を移動して、異なるUMIを持つDNAと出会い、Overlap extension PCRを介して、新たなUEIを形成することができるのか。DNA microsocpyで明らかにしようとしている空間サイズでは、PCRに用いられるような高温にしてしまうと、一瞬でDNA群は均一に混じり合ってしまうことが予想されるが、粘度が高いゲル中でPCR反応を行うことにより、DNA分子の拡散を抑えることができる。これにより、UMI diffusion cloudsが形成される。
距離空間 (Wikipedia)
正規分布 (Wikipedia)
Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Lieberman-Aiden et al. Science, 2009…Hi-C法のオリジナル論文。この論文を起点として、核内における染色体高次構造、クロマチン構造解析が爆発的に進むようになった。この方法も光学系ではなく、シーケンシングによってクロマチン構造を明らかにしようというコンセプトからなる。DNA配列同士の”Contact Probability”を中心にしている。
光学顕微鏡の解像度の限界:回折限界…蛍光顕微鏡を用いる際の回折限界は、波長の大きさとレンズの開口数によって計算することができる。
超解像顕微鏡法…2014年に超解像顕微鏡法がノーベル賞を受賞したときに書かれた阪大永井先生の総説。超解像顕微鏡法とは回折限界以下で行うことができる蛍光イメージングのことを指す。PALM, STORM, STED, SIMなど様々な方法が現在用いられている。
ハウスキーピング遺伝子…どの細胞においても定常的に多量発現している遺伝子のこと。GAPDH（glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、β-アクチンなどが含まれる。DNA microscopy法でもbeaconとしてACTBやGAPDHが用いられた。
V(D)J recombination (Wikipedia)…B細胞やT細胞ではランダムな遺伝子群の組み換え反応 (recombination)により、ウィルスやがん細胞など多様な抗原に作用する抗体が作り出される。
smFISH…蛍光標識した蛍光プローブを用いることで一分子のRNAの位置を調べることができる。
MS2 tagging (Wikipedia)…MS2 RNAとそれに結合するMCPタンパク質を組み合わせることで生細胞で特定のRNAを可視化することができる。
CLARITY (Wikipedia)…厚みのある組織の透明化技術の一つ。
DNA Microscopyのsohによるメモ

Editorial notes

Cell誌のTheoryセクションということもあり、日本ではほとんど報道もなく紹介記事も見当たらない中、このDNA microscopyという画期的なコンセプトが伝わればいいと思いますが果たして…(soh)
カンゼンニリカイシタ (coela)
トリッキーな内容と論文の文体から、とてもスマートに感じるDNA microscopyであるが、内容を理解していくにつれて、案外膨大な試行の先にたどり着いた泥臭い方法論なのではないかと思うようになった。枯れたテクノロジーをできるだけ使いたい保守派研究者としては、DNA microscopyに対して思うことはたくさんある。しかし、そのモヤモヤは一度横に置き、自分の研究にどのように応用できるか、そしてこれからのどのように発展するか、その行き先を見つめていきたい (tadasu)

15. Fighting against myself

Mon, 01 Jul 2019 23:52:00 +0900

kyonさんをゲストに迎え、競馬の楽しみ方、サラブレッドの血統と遺伝学、バレエの魅力、サイエンスと芸術の共通点、直島・地中美術館のモネの部屋などについて話しました。（ゲスト：kyon）

Show notes

サラブレッド (Wikipedia)
馬のふるさと、日高｜初めての方におすすめの観光スポット10選…kyonは毎年夏休みに、札幌から日高で牧場めぐりや乗馬や温泉→襟裳岬→帯広でばんえい競馬をドライブしながら楽しんでいる
にいかっぷホロシリ乗馬クラブ…kyonは毎年ここでサラブレッドに乗っている
新冠温泉レ・コードの湯…ここの温泉は泉質もよく、オーシャンビューで景色もとてもよい。日帰り入浴も可能なのでオススメ。
牧場見学ガイド (競走馬のふるさと案内所)
「中央競馬」と「地方競馬」の違い
中央競馬
JRA(日本中央競馬会)ホームページ
はじめての方へ -JRAホームページ
JRAビギナーズセミナー -JRAホームページ…競馬場で競馬を見たいけどはじめてでよくわからない…という方にオススメ。現地で開催しているセミナーです。
地方競馬
ばんえい競走…帯広で開催される地方競馬。サラブレッドではなく「ばん馬」が1トン近くあるそりを引いて障害をこえる、全く異なる種類の競馬である。伴走しながら応援できるのも見どころ。
飛行機で馬が運ばれるときは…中の様子はこんな感じ (らばQ)
馬のパスポート
香港の競馬 (Wikipedia)
シンガポールの競馬 (Wikipedia)
ドバイワールドカップ (Wikipedia)
菊次郎の夏 (Amazon)…北野武の映画のなかでも素晴らしい作品の一つ。毎年夏になると必ず見たくなります。
UMAJO (ウマジョ)
ガンダムとJRAのコラボ…coelaはガンダムエクシアが馬に乗ってる絵が一番シュールで好き。
ゴッドガンダム…機動武闘伝Gガンダムには風雲再起という「モビルホース」が出てくる。もちろん操縦は馬がしている。
JRAxポプテピピック
三大始祖
Genome sequence, comparative analysis, and population genetics of the domestic horse. Science 2009…サラブレッドの全ゲノムシーケンス論文
馬ゲノム研究の現状と展望
馬ゲノムプロジェクト
SNP解析
マイオスタチン…podcast内では”マイオスチン”と言っていましたが、正しくは”マイオスタチン”でした。
Belgian Blue…筋肉モリモリの牛
JRAの研究職について…JRA研究職になるためには獣医でなければならない
ISAG…The International Society and the International Foundation for Animal Genetics(学会)
日本ウマ科学会…馬の染色体は2n=64である。
豚の中で臓器作る
ラバ (Wikipedia)…オスのロバとメスのウマの掛け合わせ。
ケッテイ (Wikipedia)…オスのウマとメスのロバの掛け合わせ。
不稔性…植物の場合は不稔性、動物の場合は不妊性ということが多い。
雑種(wikipedia)
ライガー (Wikipedia)…オスのライオンとメスのトラから生まれた掛け合わせ。
ゾース (Wikipedia)…シマウマとウマから生まれた掛け合わせ。
野生の馬 (畜産ZOO鑑)
ジョアン・モレイラ (Wikipedia)
人馬一体 (Wikipedia)
シマウマの競馬 (Youtube)
あぶみ (Wikipedia)
転生したらSpreadsheetだった件 (なろう小説)
ハーバー・ボッシュ法 (Wikipedia)…効率的なアンモニアの精製方法。1906年、フリッツ・ハーバーとカール・ボッシュが作ったのでこの名前になった。
空気からパンを作る
JIN-仁- (マンガ)…江戸時代に現代の科学の知識だけを持ち込んだら何ができるか？を考えさせられるきっかけとなった作品。
Boston Ballet
Misa Kuranaga (Instragram)…現在はサンフランシスコバレエのプリンシパルとして活躍する日本人バレリーナ。倉永美沙さんのinstagramには多くの練習風景がのっている。
ARTIST PROFILE, Principal Dancer Misa Kuranaga…Boston Balletプリンシパルをつとめた倉永美沙さんの動画。
くるみ割り人形 (Wikipedia)
バレエ (Wikipedia)
Y字バランスからI字バランスへのやり方
マリー・タリオーニ…1832年に世界で初めてトウシューズを履いて踊ったバレリーナ。ラ・シルフィードという妖精が主役の舞台で、妖精が宙を舞うように見せるために履いたのが最初である
ボレロ (Wikipedia)
オペラ (Wikipedia)
エドガー・ドガ (Wikipedia)
ワガノワ・バレエ・アカデミー
直島地中美術館…tadasuとsohお気に入りのモネの部屋があり、自然光の下でモネの睡蓮を鑑賞することができる。このポッドキャストのウェブサイトのヘッダ画像は、sohが以前に撮ったモネの部屋の床である。直島にはほかにも多くの美術館がある。瀬戸内に囲まれた美しい島の一つであり、高松港などからフェリーで行くことができる。
ベネッセアートサイト直島
瀬戸内国際芸術祭2019
クロード・モネ
オランジュリー美術館…coelaおすすめの美術館。パリにある。モネの間は必見。
イサム・ノグチ庭園美術館…tadasuおすすめの高松の美術館。書簡(往復葉書)のやり取りが必要とのこと。
栗林公園…高松にある大名庭園。
圧倒的不審者の極み!(Youtubeチャンネル)…様々なものを溶かして包丁を作るYoutuber…
カオストレイン(Youtubeチャンネル)…名古屋の名鉄に徹底的にフォーカスしたYoutubeチャンネル
ミニ踏切カンカン特集(Youtueチャンネル)…遊園地にある小さな踏切ばかりを集めたYouTube。新しい世界が広がっている…

Editorial notes

ウマの染色体数は必ず聞かれると思ったので、メモっておいてよかった。また呼んでもらえるようにまたネタを蓄積しておきます！(kyon)
競馬、バレエ、芸術、遺伝学と話題の多様性がResearchat.fmらしい回になった (soh)
三大始祖とかいう名前、ファンタジーでいたら最強クラスのやつ (coela)
天馬行空(tadasu)

14. Popte-PIWI-c

Tue, 25 Jun 2019 20:27:00 +0900

kyonさんをゲストに迎え、生涯学習、トランスポゾンを抑制するpiRNA研究の最前線の動向、ハムスターなど動物を用いた研究の醍醐味とその難しさ、コーヒー豆の焙煎、モノクローナル抗体の自作、美しい実験結果を求める姿勢などについて話しました。（ゲスト：kyon）

Show notes

The ALLPATHS-LG assembly of Golden Hamster (Mesocricetus auratus) (ハムスターゲノム)… MIT (Broad institute) でシークエンス、アセンブルされたゲノム情報。結構高品質に繋がっているが、約20%がギャップ (N) であるため解析には向いていない。kyonは共同研究を通してゲノムを決め直している。
CHO細胞…Chinese Hamster Ovary (CHO)細胞はタンパク質の発現などで頻繁に用いられる細胞株の一つ。
SUZUKI DRZ400SM
ヤマハ・ビラーゴ/YAMAHA Virago250
生涯学習
Harvard extension school…生涯学習向けのハーバードの講座。様々なレベルの授業が用意されている。多くの授業がオンラインで受けられる。
アメリカのChild careの価格…これはボストン周辺の価格であり、他の都市では異なる。例えば2-3歳児については週5日、フルタイムで預けると月$2,135、23万円程度である。
2-body problem…夫婦などのパートナーがともに科学者としてのキャリアを形成する際、同じ場所（大学や研究所など）でともに職を得ることが非常に難しい場合が往々にしてあり、これを2-body problemと呼ぶ。日本ではほとんど聞かないが、北米などでは夫婦でアプライできるPIポジションなどがある。
制限酵素の自動販売機…写真のように酵素が自販機で買えるの羨ましい。
やなか珈琲…今日はここのエチオピアシダモ・アラングァディの浅煎り (ミディアムロースト) と深煎り (フレンチロースト) の豆を頂いた。次回にレビューします。
コーヒーの保存法
藤本健二…北朝鮮の最高指導者・金正日の元・専属料理人。今はピョンヤンに日本料理屋があるらしい…
フィッシャーの正確確率検定
ゴールデンハムスター… ハム太郎はゴールデンハムスター。
ジャンガリアン
ハム太郎
PIWIタンパク質…生殖細胞特異的に発現し、piRNAとpiRISC複合体を形成してRNAサイレンシングに寄与する。主な標的はトランスポゾン。ちなみにPiwi遺伝子を人工的に欠損させると不妊の表現型を示す。
piRNA…昔はrasiRNA (Repeat associated small interfering RNA) と呼ばれていた。2001年にハエの生殖細胞でトランスポゾンをRNAサイレンシングする因子として最初に見つかった。論文: Double-stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. Current Biology 2001
RNAサイレンシング機構…小さなRNA (20-30塩基) とArgonauteタンパク質から成る複合体 (RISC) が中核となって起こる遺伝子発現制御機構
PIWI-Interacting RNA: Its Biogenesis and Functions. Annual Review of Biochemistry 2015
miRNA
トランスポゾン
バーバラ・マクリントック…トランスポゾンの発見で1983年にノーベル賞受賞。染色体・遺伝学分野における女性研究者の草分け的存在。
ヘテロクロマチン
ヒストンの機構について
ハエOSC細胞 (Ovarian Somatic Cells, Saito et al., Nature 2009
モノクローナル抗体 (Wikipedia)
ハイブリドーマ…kyonはこのハイブリドーマ(細胞)からモノクローナル抗体を産生させ、精製することで実験に使用することができた。
免疫沈降法
イエロールーム
フリーザ
Liquid-Liquid Phase Separation in Biology…最近流行りの細胞内におけるphase separation (相分離)について。
不完全性周期…マウスは４～５日の短い性周期をもつため不完全性周期動物に分類されます。一方、ヒトは３～４週の長い周期のため完全性周期動物に分類されます。ハムスターは4日です。
ウェスタンブロット法
MAX鈴木…大食い系最強YouTuber、フードファイター。
今日ヤバいやつにあった (Youtube)…kyon紹介のYoutuber
Eric Lander (Wikipedia)
Constructing and Screening a Recombinant DNA Library. MIT 7.01SC Fundamentals of Biology. Eric Lander (Youtube)… Eric Lander先生による超楽しいベーシックなMIT分子生物学の学部の授業。板書の美しさ、英語の聞き取りやすさ、ジョーク、小さな実験からライブラリを用いた大規模実験までを一気通貫で説明するストーリー、どれをとっても素晴らしいのでぜひ見てほしいです。
Basic Mechanisms of Cloning, excerpt 1, MIT 7.01SC Fundamentals of Biology. Eric Lander (Youtube)… こちらはクローニングの基礎編。制限酵素やライゲースの説明。おなじみのNEBのカタログも登場する。こんな授業を受けたかったなー。
NEBのカタログ…素晴らしいリソース。NEBが売り出している酵素やそのスペックを眺めているだけで楽しいし、知らない酵素や何気なく使っているバッファーに詳しくなれるし、新しい実験を思いつくヒントになるかもしれない。

Editorial notes

お声掛けいただいてありがとうございました。初めてのゲスト出演、しかもトップバッター。とっても嬉しかったです！身構えてカンペ作ったけど、皆さんが話題を広げてくれて助かりました。ちなみにちょうど来週、学位審査の中間発表があるのでとても良い練習になりましたｗ (kyon)
ゲスト回も楽しく収録できてよかったのと二人以上で収録する際、オーディオのルーティングの知見が溜まってよかった (soh)
kyonさんありがとうございます、とても勉強になりました！これを機にyoutuberさんの動画を観てみようと思う (coela)
初期ドラえもんは尻尾を引っ張ると透明になっていたことを思い出しました。そしてcoelaさんがいきなりマウスのシメ方を話し始めて本当にサイコパスで、怖いなと思いました (tadasu)

13. Once in a lifetime

Mon, 17 Jun 2019 09:44:00 +0900

撤回された論文の再掲載、おすすめのアメコミ映画、テトリス、植物など長期に及ぶ観察や研究の難しさ、実験室での進化実験、種の起源、マンガについて話しました。

Show notes

Nature誌でretractionされた論文が再びNatureに掲載されたときのエディターのツイート
Asia’s glaciers are a regionally important buffer against drought. Nature 2018…アジアにおける氷河が干ばつに対して重要な役割を担っている、という再掲載された気象学の原著論文。
シンソール (Wikipedia)… 美容やボディビルの目的のために使われる合成油脂。使い過ぎると危険なので注意が必要。シンソールにより、ポパイのようないびつな筋肉を作る人たちが最近は存在する。ポッドキャスト内では、表現などに少し配慮が足りなかったと反省しております。画像検索するとシンソールユーザーがの画像がヒットしますが、閲覧要注意です。
Arnold Strongman Classic… シュワちゃんが開催している最強の男を決めるコンテスト。
2019 Arnold Strongman Classic, Rogue Wheel of Pain… シュワちゃんが初主演したコナン・ザ・グレートに登場するWheel of Painを再現したもの。総重量9000kg。
マッドマックス怒りのデス・ロード (Wikipedia)… coelaとtadasuにとって最高の映画。[Amazon Video]
マーベル・コミック (Wikipedia)
DCコミックス (Wikipedia)
MCU:マーベル・シネマティック・ユニバース (Wikipedia)
ダークナイト(映画)
東映スパイダーマン (Wikipedia)
ヒョウタンツギ… 手塚治虫先生のスターシステムとして登場するキャラクターといえばヒョウタンツギ。
ヒョウタンツギファミリー… スパイダー、ブタナギ、ロロールル、ママー、ブクツギキュ。見たことあるような、ないような。
スパイダーマン:スパイダーバース (Wikipedia) … [Amazon Video]
スパイダーハム(Spider Ham) (Wikipedia)… 心なしかヒョウタンツギに酷似している気がする。
Tetris In 140 Bytes… Tetrisをone-linerで書く！
テトリス in メガドライブミニ
マインクラフトがテトリスを抜く… ポッドキャスト内で、テトリスが売り上げ一位と言いましたが、最近マイクラフトが抜いていました。訂正しておきます。
リュウゼツラン… 開花は数十年に一回と言われている。
竹の花… 開花は120年に一回と言われている。
ピッチドロップ実験 (Wikipedia)… 1927年に開始された実験。今の所、9滴目までが落下した。
The Pitch Drop Experiment on Livestream…ピッチドロップ実験のライブストリーミング。落ちる瞬間が見れるかも（？）
暗黒バエ (Wikipedia)… 京都大学において、1954年に始められた実験。恒常暗黒下においてショウジョウバエを飼育することでどのように「進化」が起きるかを検証しようとした実験。実験から60年以上が経過し、現在約1,500世代目に達している。
リチャード・レンスキーラボのウェブサイト
The dynamics of molecular evolution over 60,000 generations. Nature 2017.…大腸菌の実験室進化 (Long-term evolution experiment, LTEE)のLenskiたちの論文。なんと60,000世代の継代で見られた大腸菌ゲノムの変化を報告しており、実験はまだ続いている。
HeLa細胞 (Wikipedia)… 世界中のラボで、ヒト培養細胞として使われている細胞。元々は、ヘンリエッタ・ラックスさんの子宮頸がんに由来する細胞。HeLaS3, HeLa Kyoto, Biken HeLaなど、様々なHeLa細胞株が存在する。
Multi-omic measurements of heterogeneity in HeLa cells across laboratories. Nature Biotechnology, 2019…HeLa細胞の研究室間での不均質性についての最新の報告
家具になる木… 成長する木を曲げていくことにより、椅子などの家具を作成する。だいたい5-10年かかる。
Washington Elm (Wikipedia)… ジョージ・ワシントンが独立戦争時に初めて指揮をとったとされるニレの木。元々公式な文書は存在せず、木自体も現存しない (別のニレの木が植えられている。)
植物の時間
バオバブにあるバー… 南アフリカ共和国に存在する樹齢6000年のバオバブに作られたバー。通称Pub tree。この記事では樹齢6000年のバオバブにつくられたバーとなっている。
Sunland Baobab: サンランドバオバブ… このバーが存在していたバオバブの木。現在、既に木は大破してしまい、このバーは存在していない。2016年と2017年に大破してしまったらしい。
Age determination of large live trees with inner cavities: radiocarbon dating of Platland tree, a giant African baobab… サンランドバオバブの年齢を放射年代測定によって推定した論文。1060歳+-75歳とされている。
種の起源 (Wikipedia)… チャールズ・ダーウィンが初めて進化について言及した書物。
チャールズ・ダーウィン「種の起源」初版(お宝鑑定団)… 国立遺伝学研究所に所蔵されている「種の起源」初版本。毎年4月に行われるお花見兼見学会に参加すると展示されている。
ゴルトシュミット文庫… ゴルトシュミットが遺伝研に寄付した蔵書のこと。
リチャード・ゴルトシュミット (Wikipedia)… ゴルトシュミットと日本の関係性については、建部民雄先生のゴルトシュミットシリーズに詳しい。
コンラッド・ウォディントン (Wikipedia)… 発生生物学者。エピジェネティクスなどの重要な概念を提唱している。ep12で少し触れた岡田節人先生の師匠。
The strategy of the genes… エピジェネティクスについて言及された書物。
いがらしみきお… 代表作としてぼのぼのや忍ペンまん丸が知られている漫画家。しかしぼのぼの以前はシュール系4コマ漫画、最近はホラー漫画と幅広く活躍されている。
ネ暗トピア… ぼのぼの以前のいがらしみきお先生をが描いたシュール系ギャグ4コマ漫画。
Sink… いがらしみきお先生のホラー作品。
ガンジョリ―いがらしみきおモダンホラー傑作選… 小学校で細胞について習った少年が、周りのすべてが細胞の集合体に見えてくるホラー「みんなサイボー」が収録されている。
飯降山 (Wikipedia)… 福井県に存在する実際の山。
飯降山(いぶり山)… いがらしみきお先生が担当したまんが日本昔ばなしの回。現在のところ、まんが日本昔ばなしの最終新作となっている。

Editorial notes

収録後に知ったんですけど、ホークアイの単独ドラマシリーズが作られてるんですね！！！やったー！！(coela)
バオバブにつくられたバーに関しての話について色々と調べてみると、サンランドバオバブは既に大破しており、バーもは閉店していることがわかった。そして、樹齢も6000年と書かれていたが、最新の放射同定を用いた研究によると1000年程度とのことで、色々と植物は難しい。まだまだ植物の研究には早かったということで一つ…(tadasu)
収録で初めて知りましたが、ピッチドロップ実験の次の一滴が落ちる瞬間を楽しみにしたい (soh)

12. Open Source Cola

Sun, 09 Jun 2019 23:49:00 +0900

ボストンのコーヒー事情、コーヒーのこだわり、希少性の高い食品や物の価値、地球温暖化の原因、お便り機能の実装、おすすめの本紹介、書店や図書館の魅力、科学研究におけるデータ共有の難しさ、オープンソース化されたコーラの作り方などについて話しました。

Show notes

Corne CHerry (自作キーボード)
蔦屋六本木
Blue bottle coffee
Dunkin’
サードウェーブ、セカンドウェーブコーヒー (Wikipedia)
すきやばし次郎… いつか行ってみたい。豊洲の次郎の昼はお手頃価格らしいです。
コピ・ルアック (Wikipedia)
メルビル　白鯨
竜涎香
偽ダイヤモンドの見分け方
デビアスの人工ダイヤ… 天然ダイヤ大手のデビアスが手がける人工ダイヤ。1カラット$800 (約88000円)！！！なんと天然ダイヤの1/10の値段です！
How much gold has been mined?…人類が掘り起こした金の総量。ちなみに話題に出てたゲームはペルソナ5です。
Energy and Policy Considerations for Deep Learning in NLP…NLP、Deep LearningとCO2排気量について。
地球温暖化問題と21世紀の気候変動予測東工大丸山茂徳
巨大火山噴火が気候・生態系へ及ぼす影響地球システムモデルによる予測… ピナツボ火山によって地球の平均気温が低下したことなど、空気中のエアロゾルの生成が大きな原因であることを概説している発表スライド。
Behind Kyoto University’s Research. Vol. 2., サバクトビバッタを追って前野ウルド浩太郎
バッタを倒しにアフリカへ (Amazon)… 上記の前野ウルド浩太郎先生の名著。
蝗害(こうがい)… バッタと人類の戦いの歴史。
Researchat.fmのお便りフォーム…こちらからお便りが送れます。
紹介した本その1: 人類が知っていることの短い歴史 (Amazon)
紹介した本その2: ネアンデルタールは私たちと交配した (Amazon)
TED talk: DNA clues to our inner neanderthal (日本語字幕あり)
紹介した本その3: これでナットク！植物の謎植木屋さんも知らないたくましいその生き方 (Amazon)
植物Q&A, 植物生理学会… 上記の本の元になったQ&Aサイト。これを見るだけで非常に楽しい。植物の魅力満載。
ブルーバックス… 科学をあなたのポケットに。いつかは書きたいブルーバックス。
岡田節人… 日本の発生生物学者。
ルイセンコの時代があった(岡田節人)… 岡田節人先生の回顧録。”私はそこでの2年間何を学んだか？ゆったりとティーをすする風景であり、個々の研究結果などよりも、ウォディントンの語る『源氏物語』と『失われし時を求めて』の比較をいかに面白い話題として楽しむかということであった。これは科学の歴史の古い国に許される贅沢だったのだろう。”
からだの設計図―プラナリアからヒトまで (Amazon)… 本編では紹介しなかったが、岡田節人先生の名著。岡田先生の語り口が非常に心地よい。他の新書も非常によみやすい。
国立遺伝学研究所… 日本の遺伝学研究の拠点。1949年設立。通称遺伝研(地元の人は遺伝学)。この研究所の図書についてはep13でも言及。
ISMB2019
大英博物館マンガ展
Cell Press, STAR methods
NCBI
EBI
DDBJ
INSDC
家二郎のプロトコル… みんな憧れの家二郎。
オープンコーラ
OpenCola
OpenCola Soft Drink FormulaVersion 1.1.3
GNUライセンス
ドクターペッパー
Fortran
Lisp
大勝軒のレシピ… テレビに映ってしまったレシピの画像。
自由および不自由なソフトウェアの分類 (GNU公式ページ)
本の虫: 不自由なソフトウェアの時代は終わった
id774.net: 我々はなぜ自由なソフトウェアを使うのか
月刊少女野崎くん（マンガ）… リンク先から1話と最新話が読めます。[Kindle]

Editorial notes

真に自由なコーラを求め、自作コーラの旅に出たい…. (soh)
ソース無くしてコーラ無し (coela)
全てをフリーに、オープンに。不自由なコーラは飲めないという境地に達したい (tadasu)

11. Intelligence requires a body

Thu, 23 May 2019 00:00:00 +0900

身体改造・身体拡張特集回。ナノ粒子を網膜に打ち込むことで近赤外線が「見える」ように改造されたマウスの論文から始まり、超能力（第六感）、バイオハッキング (Biohacking)、グラインダー (Grinder)、侵襲性・非侵襲性デバイス、自由意志、ニューロハッキングについて話しました。

Show note

身体改造・拡張について

Embodied Artificial Intelligence -On the role of morphology and materials in the emergence of cognition-. Pfeifer. 2002…Inteligence requires a body.
Mammalian Near-Infrared Image Vision through Injectable and Self-Powered Retinal Nanoantennae. Ma et al., Cell, 2019…哺乳類は750nm以上の波長を持つ赤外線域の光を見ることはできない。本論文では、985nm周辺の近赤外線により励起し、580nm周辺の緑の光を放出するナノ粒子を、マウスの光受容体、桿体細胞のouter segment上に外科手術によって注入することで、赤外線を緑色光としてマウスが知覚できる様になったことを示した。ゲノム配列の変化を伴わない、侵襲性生体デバイスのこれからの発展を匂わせる論文である。
ロドプシン… ヒトの「見える」という機能を支えるタンパク質。最近では光によって様々な操作を細胞内で行う光遺伝学という分野において、もっとも重要な位置を占めるタンパク質でもある。
シャコのロドプシン… 本ポッドキャスト内ではシャコのロドプシンは23種類と言ったが、実際には12種類であった。しかし、ヒトの眼には通常、赤、緑、青の光にそれぞれ反応する3種類しかないため、それと比較すると、シャコは驚異的な色覚を持つと予想されていた。しかし、最新の研究では、シャコの色覚は、12種類の光受容細胞からの情報を組み合わせるのではなく、個々の光受容細胞からの情報を単独で処理する単純かつ効率的な機構に頼っていることが判明した。この発見により、シャコが驚異的な色覚を持つという予想は完全に覆された。
Long-term in vivo glucose monitoring using fluorescent hydrogel fibers. Heo et al., PNAS, 2011…東大の竹内研から発表された論文。マウスの耳に血糖値に応じて光の強度が変化するハイドロゲルを埋め込み、ライブで血糖値の変化を測定することに成功した。これもこれからの侵襲性生体デバイスの開発を期待させる、とても面白い論文となっている。
ピット器官…ニシキヘビや、ガラガラヘビ、マムシはピット器官を通して、赤外線を感じることができる。下記のロレンチーニ器官もそうであるが、世の中にはヒトが知覚不可能な現象を感知する仕組みを持つ動物たちが存在する。その意味で、本ポッドキャストでは自然界に実在する「超能力」として紹介した。
ロレンチーニ器官…サメの頭部に存在する小さな穴の器官のこと。プロトン伝達体であるゼリー状の物質が詰まっており、100万分の1ボルトという極小の電位差を感知することができる。
身体改造(body modification)… タトゥー、スカリフィケーション、ピアス・肉体穿孔、インプラント、セイリーン・インフュージョン、ボディ・サスペンション、纏足、宦官、トレパネーションなど。伸長・狭窄・切開・切断・縫合・焼灼などの手段を用い、人間の肉体に意図的に、また多くの場合は恒久的に変形を施すことで装飾する行為である。
カストラート… 本ポッドキャストでは触れなかったが、男性ホルモンの分泌による第二次性徴期における変声期を飛ばすために施された去勢のことを指す。これにより、ボーイ・ソプラノ時の声質や音域をできうる限り持続させようとした。今は人道的な理由から廃れた。
シックスパック、ミケランジェロ…日本の身体改造業界における先駆者である高須院長の見事なシックスパックは必見である。
Grinder(biohacking): グラインダー(バイオハッキング)…DIYの精神で、身体をサイバネティックなデバイスによって改良する、もしくは化学物質を体内に注入することで身体を変化させたり、体の機能性を強化させたりする人たちのことをグラインダーと呼ぶ。ハッカー文化の一つとして考えられている。本ポッドキャストは、彼らの動向に注視していく必要があるだろう。
CRISPRを自分の体に打ち込んだ男
I Have a Magnet Implant In My Finger…磁石を指の先にいれてどのように生活が変わっていったのか、Grinderの体験記。触覚の一部としての”磁覚”が目覚め始める。
Why most of Three Square Market’s employees jumped at the chance to wear a microchip - 従業員にマイクロチップを導入する事で軽食などの購入をマイクロチップ経由で可能にしようとした。
耳にヘッドフォンを埋め込みガチで「No Music No Life」を達成した男…耳をヘッドフォン化したグラインダー
The Most Extreme Body Hacks That Actually Change Your Physical Abilities…暗視目薬の自作から、大きな生体デバイス(テキストを発信することが可能)、そしてポッドキャスト内では触れなかったアレの切断まで、Grinderたちの挑戦についてまとめられた記事。
Bluetoothによって脳波を飛ばすことで、下半身麻痺状態の男性の歩行をコントロールする
自由意志
機能的電気刺激による動作を、自分自身の能力でタスク遂行したと誤解させる研究(稲見先生のツイート)… 機能的電気刺激で、本来の動作より速く正確にに手指を制御。しかし本人は自分自身の能力でタスクを遂行できたと誤解。
Google Xの血中ナノマシンプロジェクト…Google Xが開発しているとされている血中ナノマシンについての記事。最近はあまり話を聞かない。
Autologous Induced Stem-Cell–Derived Retinal Cells for Macular Degeneration. Mandai et al. N Engl J Med, 2017…加齢黄斑変性の患者の網膜に対して、患者自身のiPS細胞に由来する網膜色素上皮シートを移植した論文。
攻殻機動隊
サナダムシをお腹の中で飼っていた藤田紘一郎先生…サナダムシを自分の体内で飼っていたエピソード。何かを体に寄生させるという設定はフィクションの世界でも幅広く使われており、幽遊白書の北神が用いた装具や家畜人ヤプーのエンジン虫などを想起する方もいるだろう。今回は、抜けてしまっていた領域なので、このような形での身体拡張の世界も調査する必要がある。
スケルトニクス…とりあえずかっこいい。
The Thrid Thumb Project: 6本目の指…原題は3本目の親指。小指の横に装着され、フットペダルによって操作する。
東京大学稲見・檜山研究室
未踏プロジェクト
MetaLimbs…4本腕について。動作原理は6本目の指と似ている。
忍風カムイ外伝 5話「五ツ」…名張の五ツは、カムイ外伝に登場する胸から3本目の腕が生えている忍者の一人。両手両足に胸からの腕を含めて五ツ。
Neurohacking…カフェインやアルコールに始まり、スマートドラッグなどを用いたニューロハッキングについての記事。本ポッドキャストでは話すことができなかったが、スマドラ後進国日本の我々としては、諸外国の動向は気になるというのが正直なところであろう。
スマートドラッグ…ヌートロピックやメモリエンハンサー、ニューロエンハンサー、コグニティブエンハンサー、インテリジェンスエンハンサーと、様々な呼び名を持つ、スマートドラッグ(通称スマドラ)。ADHDやナルコレプシーの治療薬などが用いられるが、日本では覚せい剤認定されていたり、医療以外での利用が難しいケースがほとんどである。また諸外国でもスマドラの常用、乱用が非常に大きな問題となっている。ダメ！絶対！

マンガ

その他

mixi … 昔、インターネットにはmixiという大国があった！！！我々の青春は間違いなくmixiと共にあったが、今や兵どもが夢の跡状態である。そして、その残り香を楽しめる時間も、もう長くないかもしれない。アカウントを持っている方は、インターネットの辺境にひっそりと佇む古代帝国mixiを徘徊してみていただきたい。mixiは加入した順番でidが振られているので、id=1はmixiという大国を作った創造神の証である。id=2は初代社長。mixiのコミュニティは素晴らしいインターネット上の社交場だったと思うが、現在、代替するものは存在していない。

Editorial notes

知性と肉体の不可分性について考えさせられた回であった。タイトルには、Rolf Pfeifer博士の言葉を引用した。バイオハッキングによる肉体の変容は、人間の「知性」をどのように変容させるのか。自己の肉体を自由にハッキングしているグラインダーという先駆者の存在を知った。彼らの文化や実験をこれからも追跡していきたい (興味はあるが、今の所自分が施す勇気はない) (tadasu)。
バイオハッキングは何もアメリカのごく一部のオタクたちのハッカー文化ではなく、程度の差こそあれ、メガネやコンタクトレンズといった器具も社会に広く受け入れられた非侵襲性の身体拡張として捉えることができる、というのは非常に新鮮だった。今後登場する様々な非侵襲的なデバイスによって、我々の知性は大きく変えられてしまう可能性があり、新しい認知をもとにした映画や文学の登場を期待したい (Soh)。
まずはドリアン海王の発言が一部間違っていた事を深くお詫び申し上げます。遅かれ早かれ、攻殻機動隊や銃夢みたいな時代は絶対に来ると思うのだが、転換期となるキラーアプリケーションが何になるなのか気になる。あとアイアンマンとかガンダムが好きなので、着脱が簡単なボディスーツの発展も同時に期待したいところです（coela）。

10. The endgame keyboard

Fri, 17 May 2019 00:00:00 +0900

記念すべき第10回のエピソードは、キーボードを自作する楽しみ、研究における道具や技術を自作するか問題、ゲームコントローラーの改造、Hit Box、超解像顕微鏡の設計と組み立て、マンガについて話しました。

Show note

Introduction

輝け!!デーモン・コアくん (Youtube)

自作キーボードについて

快適なPC環境を求めて。僕が魅了された「自作キーボード」の世界…自作キーボードの世界についてのわかりやすい解説。
遊舎工房…coelaは今回ここを利用して自作のキーボードを作った。
Happy Hacking Keyboard, HHKB…tadasu, soh, coelaは3人ともにこのHHKBを普段の仕事に使っている。
親指シフト (Wikipedia)
無連想式漢字直接入力
Kinesisキーボード
東プレ Realforce
LEOPOLD Keyboard
meishiキーボード…coelaが最初に作った自作キーボードのキット。キーが4つで初心者にやさしく、はんだづけ、ファームウエアの書き込みなどを学ぶことが出来る。
Corne Cherry…coelaが二個目に作った自作キーボードのキット。通常のキーボードの40%程のキーしかないコンパクトさ、左右分割、親指で使えるキーが多い、などの特徴がある。LEDの半田付けを除けば初心者のcoelaでも動作するところまで組むことができた(LEDは後に追加することも可)。
メカニカルキーボードをオススメしたい！…メンブレン・メカニカル・静電容量無接点の三種類のキースイッチについて書かれている。Cherry MX（メカニカルキースイッチ）についての解説もあり。
オリジナルのキーキャップを作る…昇華インクとアイロンをつかって自宅で好きな見た目のキーキャップを作る方法を紹介している。昇華インクでオリジナルの絵柄を印刷してくれる業者さんへのリンクもあり。
キーキャップの湯の誘いキーキャップの素材、プロファイル、印字方法などについて詳しく書かれている。他にも勉強になる記事がたくさん。
3D 形状のキーキャップを作った話、あるいは自作 3D キーボードのすヽめ…キーキャップを3Dプリンター使って自作している方もいる。
エルゴノミックキーボードの簡単な歴史… キーボードの変遷について。
天下一キーボードわいわい会 Vol.2
自作キーボードを作るために必要なもの

自作アケコンとHit Boxについて

sakonoko_game (Twitch) … sako選手のTwitchチャンネル。毎週月曜日の定期配信の他、トーナメント中は応援配信なども行っている。
「隼」レバーはなぜ斜め上に入りにくいのか。HORI「ファイティングエッジ」開発陣とプロゲーマー・sako氏に聞く，アーケードスティックの最前線…インタビューの最後にときど選手がエキシビションマッチでもちいた改造アケコン（いわゆる「情熱ボタン」）についての言及と、sako選手がEVO2014で使用した通常よりボタンが多いhori製アケコンの写真あり。
Hit Box (格ゲー用ゲームコントローラー)
SFV Shortcut Guide…hitbox公式のストリートファイターVにおける操作方法説明。歩き昇竜、しゃがみ昇竜、一回転入力などについて動画付きで解説されている。
自作ヒットボックス製作過程、全部見せます！！… ガフロ選手によるHit Box自作動画
三次元Hit Box… 左側のボタンが手の形状に合わせるように立体的なボタン配置がなされている。

その他

自作の顕微鏡 (超解像顕微鏡、一分子顕微鏡)の組み立て動画…超解像顕微鏡や一分子顕微鏡は、自作顕微鏡の作成により、市販のものと比べかなり安い値段で自分たちで組み立てることができる。The Stasevich lab in Colorado State University, Tatsuya Morisaki先生の組み立て風景の早回し動画。
Thorlabs, Inc.… Thorlabsさんなどで、顕微鏡のパーツを揃えることができる。
細胞生物学ワークショップ蛍光顕微鏡トレーニングコース…大阪大学で開催されているサマーワークショップ。このワークショップから顕微鏡の世界に入っていく研究者は多い。自作顕微鏡 (for molecular and cellular biology)のためのワークショップが日本ではよく行われているので、顕微鏡を始めたいひとはそこに参加するのが第一歩になると思う。市販の顕微鏡と比べ、かなり安価に顕微鏡を組むことができ、かつ自由度が高いため、様々なアプリケーションが期待できる。
E-Gel Precast Agarose Gels
リカンベント(自転車)
竹刀及び剣道具等の安全性・公平性に関するパブリックコメントの結果について(全日本剣道連盟)… 小手布団の長さについて。”Q: 小手の長さについて、「1/2以上」でなくてもよいのではないでしょうか。また、えぐりの深さは特に規制は必要ないのではないでしょうか。（同様の意見複数あり）A: 安全を担保するため1/2以上としました。えぐりについては、深くすることにより、打突部位を小さくしている小手もみられるため、公平性の面から規定が必要であると考えます。”
いんよう！(Podcast番組)

マンガ

異世界おじさん (マンガ) … [Kindle]

Editorial notes

自作キーボードについて勉強が足りていない身であるので間違ったこといってたらごめんなさい。各種ブログ記事や、Corne Cherry の設計者であるfoostan氏の自作キーボード設計入門が非常に参考になりました。来年は基盤から注文して自作キーボードつくりたい。(coela)
自作キーボード沼にはあまりハマらないよう生きていきたい (Soh)
子供の頃から、あまり文房具やキーボード、剣道部の竹刀などにこだわりは無く、自分が道具に合わせていくという「弘法筆を選ばず」のスタイルでやってきたが、今回の自作キーボードやヒットボックスについては「機能を向上させる」という点から興味深かった。あまり意識していなかったが、coelaさんの指摘通り、顕微鏡の自作などもこの範疇に入るといるということに気づかされた。「自作すればいい」と考えると色々な可能性が拡がるので、意識していきたい。(tadasu)

9. One-shot beautiful experiment

Sun, 05 May 2019 00:00:00 +0900

シドニー・ブレナー博士特集回（後半）では、顕微鏡を用いた線虫の全細胞系譜追跡の偉業を振り返るとともに、CRISPR-Cas9ゲノム編集法やイメージング技術を用いた最新の細胞系譜追跡技術、技術開発にまつわる世代を超えたアイデアの伝搬とその哲学、顕微鏡（光学系）を使わないイメージング技術の台頭などについて話しました。

Show notes

The embryonic cell lineage of the nematode Caenorhabditis elegans. Developmental Biology, 1983…Sulstonらによって線虫の全細胞における細胞系譜が初めて明らかにされた記念碑的な論文。Sulstonは4時間に及ぶ顕微鏡観察を毎日2回繰り返すことを何年も続け、959個の細胞系譜を明らかにした。
Jey Shendre…HarvardのGeorge Churchのlabで博士課程の学生だった頃、一発の実験で細胞系譜を一斉に追跡できるテクノロジーを作れ、と言われ無茶苦茶だと思いつつ取り組んだがうまく行かなかった。独立後、ラボメンバーとともにCRISPR-Cas9によるゲノム編集を用いることで当時は不可能だったアイデアを実現させ、それがGESTALT法 (Science 2016)となった。
Whole-organism lineage tracing by combinatorial and cumulative genome editing. Science, 2016…Jey Shendreによる全く新しい細胞系譜の追跡方法。CRISPR-Cas9によるゲノム編集を人工的な配列に引き起こすことにより、生体内で変異パタンを生成させ、このパタンの系統樹を描くことにより細胞系譜を追跡するGESTALT法。ゼブラフィッシュにおける複雑な細胞系譜が顕微鏡を使わず、一度のシーケンシングによって再構成できることを世界で初めて示した。このアイデアに世界中の研究者らが触発され、多くの関連技術群が開発される契機となった。
Synthetic recording and in situ readout of lineage information in single cells. Nature, 2016…Long CaiとMichael ElowitzらによるCRISPR-Cas9と一分子RNA FISH法を組み合わせた細胞系譜の追跡技術、MEMOIR法。人工的な配列が時間経過とともにゲノム編集によって破壊され、一分子RNA FISHの蛍光が減弱するパタンを利用して、細胞系譜を追跡することができる方法。
light sheet fluorescence microscopy…Light sheet fluorescence microscopyのアイデア自体は古く、100年近く遡る。最近の光学系とカメラ、制御系の発展により、大きな分野となりつつある。
Transgenic strategies for combinatorial expression of fluorescent proteins in the nervous system. Livet et al. Nature, 2007…Brainbowのオリジナル論文。Cre-LoxPによるDNA組み換え酵素によって複数の蛍光タンパク質をランダムに発現させ、その多色のパタンによってクローンを標識・追跡が可能となる。
Sequencing the connectome. Zador et al. PLos Biol., 2012- ZadorらによるDNAバーコードを用いたコネクトーム計測のアイデア論文。大規模な空間情報を顕微鏡を使わずにいかにシーケンシングによって明らかにするか？という全く新しい発想を提示した一方、このアイデアがどのように実現できるのか、この当時はまだ自明でなかった（今も）。
Comprehensive mapping of long-range interactions reveals folding principles of the human genome. Lieberman-Aiden et al. Science, 2009…Hi-C法のオリジナル論文。この論文を起点として、核内における染色体高次構造、クロマチン構造解析が爆発的に進むようになった。
Capturing chromosome conformation. Dekker et al. Science, 2002…Hi-C法の基礎となった3C法のオリジナル論文。ホルムアルデヒドによる固定、制限酵素による切断、ライゲーション、PCR増幅という分子細胞生物学に必須ないくつかの基本的なテクニックを組み合わせることで、Job Dekkerはこの天才的なアイデアを生み出した。3C法の発明は分子細胞生物学、ゲノミクス研究の歴史において特異点的な偉業である。Job Dekkerはこの方法論にたどり着いた理由について、彼自身が博士時代にNMRの研究を行なっていたこと、分子生物学の実験でPCRだけはうまくできたこと、実験初期にすぐにうまくいったことだと、以前tadasuに語ってくれた。しかしその特異さゆえ、2009年のHi-C論文が世に出るまではなかなか評価されることはなかった。
Turning point: Job Dekker…Job Dekkerのポスドク回顧録。
DNA microscopy: Optics-free spatio-genetic imaging by a stand-alone chemical reaction…Avivによる光学系を全く用いない顕微鏡のアイデアであるDNA microscopy法。この技術の行方は今後も注視する必要がある。
low-input, high-throughput, no-output biology…Brennerが2008年に残した言葉。
“Progress in science depends on new techniques, new discoveries and new ideas, probably in that order”というSydney Brennerの言葉

8. From invisible to visible

Wed, 01 May 2019 00:00:00 +0900

Event Holizon Telescopeによる人類初のブラックホールの観測とその盛り上がり、天文学者の仕事、科学における観測技術の重要性、若手研究者の活躍、マンガについて話しました。本収録はシドニー・ブレナー博士特集回のインターバルをまとめたものです。

Show Notes

The Event Horizon Telescope (EHT)… EHTの公式サイト
史上初、ブラックホールの撮影に成功 ― 地球サイズの電波望遠鏡で、楕円銀河M87に潜む巨大ブラックホールに迫る (アルマ望遠鏡)
本間希樹先生 (天文学者、TBS 情熱大陸)… 初めてブラックホールを観測した瞬間が映像に残されている
Black hole picture captured for first time in space breakthrough (The Guardian)
Astronomer slams sexists trying to tear down black hole researcher’s rep… ブラックホールの画像解析アルゴリズムを作成したKatie Boumanを巡る女性差別主義者たちの主張とその否定に関する記事
ソーシャル・ネットワーク (映画)
アメリカの大学におけるフラタニティーと呼ばれる社交クラブについて
Katie Bouman, What does a black hole look like (TED talk)… 当時MITの博士学生であったBoumanがブラックホールの観測と画像の再構成についてわかりやすく解説しているトーク(英語)
Kazunori Akiyama
ロザリンド・フランクリン
二重螺旋完全版
惑星のさみだれ (マンガ)

7. In the golden age of molecular biology

Thu, 25 Apr 2019 00:00:00 +0900

シドニー・ブレナー博士特集回（前半）。RNAタイクラブ、シドニー・ブレナーによる遺伝暗号解明へのアプローチ、ガモフの仮説、コドンとアミノ酸の対応関係、ファージを用いた遺伝学について、1950~60年初頭に出版された当時の原著論文を紹介し、分子生物学の黎明期における美しい実験や大胆な仮説と発見のドラマについて話しました。

Show Notes

Sydney Brenner (Microsoft Academic)… シドニー・ブレナー博士の業績一覧
RNA Tie Club… RNAタイクラブでは、DNA上の情報を元にタンパク質が作られる仕組みを解明しようとした。構成メンバー数はアミノ酸の数にならい20人。メンバーは二重らせん柄のネクタイを締めアミノ酸由来のコードネームを持っていた。ガモフ: アラニン、クリック: チロシン、ワトソン:プロリン、ブレナー：バリン。20人中8人がノーベル賞を受賞した。モットーは”do or die; or don’t try”だった。
The most beautiful wrong ideas in science… ガモフのダイアモンド仮説について、当時の状況や考察が書かれている。タイトルが秀逸。
On the impossibility of all overlapping triplet codes in information transfer from nucleic acid to proteins. (Brenner. PNAS, 1957.)… ブレナーが3文字からなるオーバーラップコドン仮説を否定した論文。当時既知であったアミノ酸配列を用いて、簡単な計算からとても美しい回答を出した。付録にあるアミノ酸配列一覧は必見。
Possible Relation between Deoxyribonucleic Acid and Protein Structures. (Gamow. Nature. 1954.)
Mattew Meselson… メセルソンはDNAの半保存的複製を同位体標識を用いることで証明した後、mRNAの証明にブレナーとヤコブとともに取り組んだ。ブレナーとヤコブはそれぞれ、線虫の研究とオペロンの研究でノーベル賞を受賞したが、メセルソンは未だ受賞できていない。
An unstable intermediate carrying information from genes to ribosomes for protein synthesis. (Brenner, Jacob, Meselson. Nature, 1961.)
A Most “Elegant” Experiment: Sydney Brenner, Francois Jacob, Mathew Meselson, and the Discovery of Messenger RNA… 当時のヤコブ目線でmRNA発見時のエピソードが色々と書かれている。リボソームの分離がうまくいかなくて苦しんでいたが、マグネシウムを大量にいれることで解決した。
ポール・チャールズ・ザメクニック
マーロン・ホーグランド
General nature of the genetic code for proteins. (Crick, Barnett, Brenner, Watts-tobin. Nature, 1961.)… ファージを用いた実験によって、塩基が欠質するごとにフレームシフトが起きることを示し、また3塩基の欠質によって復活する部分があることを示した。これによりコドンの3塩基性(もしくは3の倍数)、コドンがオーバラップしていない、カンマになるような部分はない(comma-free model)、一つのアミノ酸が複数のコドンによってコードされる、ことが示された(示唆された)。
Marshall Nirenberg… ニーレンバーグは遺伝学や分子生物学のバックグラウンドを持たなかったが、思い切って新分野に挑戦した。まず彼が取り掛かったのは、論文を読むために速読をマスターすること、ということは興味深い。
The dependence of cell-free protein synthesis in E. coli upon naturally occurring or synthetic polyribonucleotides. (Nirenberg and Matthaei. PNAS, 1961.)… ニーレンバーグとマッシー(マタエイのほうが一般的？)によって、UUUがフェニルアラニンをコードしていることを示した論文。ニーレンバーグはRNAネクタイクラブのメンバーではなかったが、コドンとアミノ酸の対応を最初に解明し、最終的に64個のコドンのうち50以上のコドンは彼のグループによって解明された。
TRAC (プログラミング言語)
Writing my own computing language for Trac… ブレナーはこのTRACのインタプリタを書いたことがあるらしい。
A speculation on the origin of protein synthesis. (Crick, Brenner, Klug, Pieczenik. Origns of Life, 1976.)

補足資料

T4ファージを用いた遺伝解析… このpodcastをやる前にしっかりこの資料を読んでおくべきだった。遺伝学やT4ファージの実験についての理解が低いため、クリックとブレナーの1961年の論文の説明に関してはDNA組み換えの観点から説明するべきだった。すばらしい資料。
＜走馬灯の逆廻しエッセイ＞第18話「ゲノムコードの解読」Nirenberg… mRNAキャップを発見された古市先生によるニーレンバーグ論文の解説。なぜ、彼らだけがこの実験を行えたのか、なぜpoly(U)配列だったのか、など素晴らしい解説が盛りだくさんである。他の記事も非常におもしろく、podcast放送後に勉強させていただいた。

6. A senior who pretends to be a beginner

Sun, 07 Apr 2019 10:13:00 +0900

すあまってなんですか？、かまぼことすあまの違い、ところてんの食べ方、讃岐うどん原理主義、エンジョイ勢とガチ勢、物ごとにのめり込んでいくプロセスについて、研究をする上での同僚の存在、研究におけるチームプレイ、老害と認知バイアス、人生における再現可能な部分について話しました。

Show notes

5. Natto is soy sauce

Fri, 05 Apr 2019 00:00:00 +0900

ポッドキャスト、日本の昔のインターネット、納豆と醤油の違い、羊羹と赤福の魅力、定食を何から食べるのか問題、ビールを飲みながら白米を食べるのか問題、ボストン周辺のラーメン事情、マンガについて話しました。

Show notes

4. Optimization of timeline in Twitter

Sun, 24 Mar 2019 00:00:00 +0900

iPad ProのCapsLock問題、エルゴノミクスキーボード、エディタ、データ解析のためのプログラミング言語と環境、研究のための情報収集、最新論文の収集技術について話しました。

Show notes

3. Here Comes A New Challenger!

Thu, 07 Mar 2019 00:00:00 +0900

eスポーツ、EVO JAPAN 2019、パキスタン勢とArslan Ash、eスポーツと渡航ビザ問題、格ゲー動画勢の楽しみ方、eスポーツの解説とサイエンスコミュニケーション、ウメハラの攻略法、サムライスピリッツの新作、おすすめのマンガ情報について話しました。

Show notes

2. An emerging technology is always not perfect

Thu, 07 Mar 2019 00:00:00 +0900

CRISPR-Cas9使ったゲノム編集の歴史、Off-target問題、1塩基ゲノム編集、バクテリアへのデータ保存、Anti-CRISPRタンパクなどについて話しました。

Show notes

1. 600 tabs in your browser

Fri, 22 Feb 2019 00:00:00 +0900

tadasu、soh、coelaの3人でアメリカで見つかった珍しいザリガニ、染色体数や生物個体のサイズ、ハッカソン、強迫的ホーディングと片付け、ドラゴンボール、la la landなどについて話しました。