Episode summary

kyonさんをゲストに迎え、生涯学習、トランスポゾンを抑制するpiRNA研究の最前線の動向、ハムスターなど動物を用いた研究の醍醐味とその難しさ、コーヒー豆の焙煎、モノクローナル抗体の自作、美しい実験結果を求める姿勢などについて話しました。（ゲスト：kyon）

Starring

tadasu
soh
coela
kyon

Show notes

• The ALLPATHS-LG assembly of Golden Hamster (Mesocricetus auratus) (ハムスターゲノム)… MIT (Broad institute) でシークエンス、アセンブルされたゲノム情報。結構高品質に繋がっているが、約20%がギャップ (N) であるため解析には向いていない。kyonは共同研究を通してゲノムを決め直している。
• CHO細胞…Chinese Hamster Ovary (CHO)細胞はタンパク質の発現などで頻繁に用いられる細胞株の一つ。
• SUZUKI DRZ400SM
• ヤマハ・ビラーゴ/YAMAHA Virago250
• 生涯学習
• Harvard extension school…生涯学習向けのハーバードの講座。様々なレベルの授業が用意されている。多くの授業がオンラインで受けられる。
• アメリカのChild careの価格…これはボストン周辺の価格であり、他の都市では異なる。例えば2-3歳児については週5日、フルタイムで預けると月$2,135、23万円程度である。
• 2-body problem…夫婦などのパートナーがともに科学者としてのキャリアを形成する際、同じ場所（大学や研究所など）でともに職を得ることが非常に難しい場合が往々にしてあり、これを2-body problemと呼ぶ。日本ではほとんど聞かないが、北米などでは夫婦でアプライできるPIポジションなどがある。
• 制限酵素の自動販売機…写真のように酵素が自販機で買えるの羨ましい。
• やなか珈琲…今日はここのエチオピア シダモ・アラングァディの浅煎り (ミディアムロースト) と深煎り (フレンチロースト) の豆を頂いた。次回にレビューします。
• コーヒーの保存法
• 藤本健二…北朝鮮の最高指導者・金正日の元・専属料理人。今はピョンヤンに日本料理屋があるらしい…
• フィッシャーの正確確率検定
• ゴールデンハムスター… ハム太郎はゴールデンハムスター。
• ジャンガリアン
• ハム太郎
• PIWIタンパク質…生殖細胞特異的に発現し、piRNAとpiRISC複合体を形成してRNAサイレンシングに寄与する。主な標的はトランスポゾン。ちなみにPiwi遺伝子を人工的に欠損させると不妊の表現型を示す。
• piRNA…昔はrasiRNA (Repeat associated small interfering RNA) と呼ばれていた。2001年にハエの生殖細胞でトランスポゾンをRNAサイレンシングする因子として最初に見つかった。論文: Double-stranded RNA-mediated silencing of genomic tandem repeats and transposable elements in the D. melanogaster germline. Current Biology 2001
• RNAサイレンシング機構…小さなRNA (20-30塩基) とArgonauteタンパク質から成る複合体 (RISC) が中核となって起こる遺伝子発現制御機構
• PIWI-Interacting RNA: Its Biogenesis and Functions. Annual Review of Biochemistry 2015
• miRNA
• トランスポゾン
• バーバラ・マクリントック…トランスポゾンの発見で1983年にノーベル賞受賞。染色体・遺伝学分野における女性研究者の草分け的存在。
• ヘテロクロマチン
• ヒストンの機構について
• ハエOSC細胞 (Ovarian Somatic Cells, Saito et al., Nature 2009
• モノクローナル抗体 (Wikipedia)
• ハイブリドーマ…kyonはこのハイブリドーマ(細胞)からモノクローナル抗体を産生させ、精製することで実験に使用することができた。
• 免疫沈降法
• イエロールーム
• フリーザ
• Liquid-Liquid Phase Separation in Biology…最近流行りの細胞内におけるphase separation (相分離)について。
• 不完全性周期…マウスは４～５日の短い性周期をもつため不完全性周期動物に分類されます。一方、ヒトは３～４週の長い周期のため完全性周期動物に分類されます。ハムスターは4日です。
• ウェスタンブロット法
• MAX鈴木…大食い系最強YouTuber、フードファイター。
• 今日ヤバいやつにあった (Youtube)…kyon紹介のYoutuber
• Eric Lander (Wikipedia)
• Constructing and Screening a Recombinant DNA Library. MIT 7.01SC Fundamentals of Biology. Eric Lander (Youtube)… Eric Lander先生による超楽しいベーシックなMIT分子生物学の学部の授業。板書の美しさ、英語の聞き取りやすさ、ジョーク、小さな実験からライブラリを用いた大規模実験までを一気通貫で説明するストーリー、どれをとっても素晴らしいのでぜひ見てほしいです。
• Basic Mechanisms of Cloning, excerpt 1, MIT 7.01SC Fundamentals of Biology. Eric Lander (Youtube)… こちらはクローニングの基礎編。制限酵素やライゲースの説明。おなじみのNEBのカタログも登場する。こんな授業を受けたかったなー。
• NEBのカタログ…素晴らしいリソース。NEBが売り出している酵素やそのスペックを眺めているだけで楽しいし、知らない酵素や何気なく使っているバッファーに詳しくなれるし、新しい実験を思いつくヒントになるかもしれない。

Editorial notes

• お声掛けいただいてありがとうございました。初めてのゲスト出演、しかもトップバッター。とっても嬉しかったです！身構えてカンペ作ったけど、皆さんが話題を広げてくれて助かりました。ちなみにちょうど来週、学位審査の中間発表があるのでとても良い練習になりましたｗ (kyon)
• ゲスト回も楽しく収録できてよかったのと二人以上で収録する際、オーディオのルーティングの知見が溜まってよかった (soh)
• kyonさんありがとうございます、とても勉強になりました！これを機にyoutuberさんの動画を観てみようと思う (coela)
• 初期ドラえもんは尻尾を引っ張ると透明になっていたことを思い出しました。そしてcoelaさんがいきなりマウスのシメ方を話し始めて本当にサイコパスで、怖いなと思いました (tadasu)