Episode summary

ナノレベルの分子構造をDNAシーケンシングから再構成する「DNA Nanoscope」と呼ばれる技術について、原著論文と分野の周辺を紹介しました。

Starring

soh
tadasu
coela

Show notes

• A DNA nanoscope that identifies and precisely localizes over a hundred unique molecular features with nanometer accuracy. (BioRxiv 2020)…今回Sohが紹介する論文はこれ。
• 研エンの仲…“研究者とエンジニアのカップルが、様々な話題について時にゆるく時に白熱した議論をするPodcast”
• 論理回路 (Wikipedia)
• Peng Yen
• Toehold switch (Wyss Institute)
• 原子間力顕微鏡/AFM (Wikipedia)…DNA Origamiの構造もAFMによる観察が行われている。
• Researchat.fm ep16…光学顕微鏡を使わない新しいイメージングの方法DNA Microscopyや染色体の構造を解析するHi-Cについてはep16で話しました。
• Design and self-assembly of two-dimensional DNA crystals. (Nature 1988)…SeemanによるDNA Nanotechnologyの大本の論文。
• Folding DNA to create nanoscale shapes and patterns. (Nature 2006)…Paul W. K. RothemundによるDNA Origamiの元論文。
• Primer Exchange Reaction…このビデオによる解説がとてもわかり易い。
• Programmable autonomous synthesis of single-stranded DNA. (Nature Chemistry 2018)…Primer Exchange Reactionの元論文。
• A DNA nanoscope via auto-cycling proximity recording. (Nature Communications 2017)…Auto-cycling proximity recordingの元論文。
• Determination of bacteriophage lambda tail length by a protein ruler. (Nature 1987) … 自然界におけるmolecular rulerの研究。ファージ のtailの長さとそれを調整するタンパク質に関する論文。
• Flap endonuclease (Wikipedia)
• Oxford Nanopore…長鎖DNAをシーケンスすることができるシーケンサーの一つ。

Editorial notes

• もうちょいうまく説明できた気がする…(soh)
• DNAを使った試みは何かワクワクしますね (tadasu)
• 全然関係ないですが、漫画とかで折り紙で戦うキャラって良いですよね(coela)